Projekty finansowane przez NCN
Algorytmy dla problemu dopasowania wielu sekwencji oraz problemów pokrewnych
2012/05/N/ST6/03158
Słowa kluczowe:
dopasowanie wielu sekwencji algorytmy równoległe GPGPU
Deskryptory:
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
Panel:
ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca:
Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki
woj. śląskie
Konkurs: PRELUDIUM 3 - ogłoszony 2012-03-15
Przyznana kwota: 80 520 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2013-03-25
Zakończenie projektu: 2016-09-24
Planowany czas trwania projektu: 42 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Serwer obliczeniowy. Za kwotę 16 000 PLN
- Oprogramowanie. Za kwotę 5 000 PLN
- Komputer przenośny.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (3)
- FAMSA: Fast and accurate multiple sequence alignment of huge protein familiesAutorzy:Sebastian Deorowicz, Agnieszka Debudaj-Grabysz, Adam GudyśCzasopismo:Scientific Reports (rok: 2016, tom: 6, strony: article no. 33964), Wydawca: Nature ResearchStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/srep33964 - link do publikacji
- QuickProbs - A Fast Multiple Sequence Alignment Algorithm Designed for Graphics ProcessorsAutorzy:Adam Gudyś, Sebastian DeorowiczCzasopismo:PLoS ONE (rok: 2014, tom: 9(2), strony: e88901), Wydawca: Public Library of ScienceStatus:OpublikowanaDoi:10.1371/journal.pone.0088901 - link do publikacji
- QuickProbs 2: towards rapid construction of high-quality alignments of large protein familiesAutorzy:Adam Gudyś, Sebastian DeorowiczCzasopismo:Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: article no. 41553), Wydawca: Nature ResearchStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/srep41553 - link do publikacji