Projekty finansowane przez NCN
Całościowe przewidywanie kooperatywnych elementów regulatorowych w genomach eukariotycznych
2011/03/N/NZ2/03177
Słowa kluczowe:
czynniki transkrypcyjne kooperatywne wiązanie specyficzność dla typów komórek obszary regulatorowe otwartość chromatyny DNase-seq modyfikacje epigenetyczne
Deskryptory:
- NZ2_7: Bioinformatyka
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
- NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
Panel:
NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
woj. mazowieckie
Konkurs: PRELUDIUM 2 - ogłoszony 2011-09-15
Przyznana kwota: 79 100 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2012-09-18
Zakończenie projektu: 2014-09-17
Planowany czas trwania projektu: 24 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Notebook Sony Vaio SVS1312R9EB. Za kwotę 5 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (3)
- SOXE transcription factors form selective dimers on non-compact DNA motifs through multifaceted interactions between dimerization and high-mobility group domainsAutorzy:Yong-Heng Huang, Aleksander Jankowski, Kathryn S. E. Cheah, Shyam Prabhakar, Ralf JauchCzasopismo:Scientific Reports (rok: 2015, tom: 5, strony: 10398), Wydawca: Nature Publishing GroupStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/srep10398 - link do publikacji
- Comprehensive prediction in 78 human cell lines reveals rigidity and compactness of transcription factor dimersAutorzy:Aleksander Jankowski, Ewa Szczurek, Ralf Jauch, Jerzy Tiuryn, Shyam PrabhakarCzasopismo:Genome Research (rok: 2013, tom: 23(8), strony: 1307-18), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1101/gr.154922.113 - link do publikacji
- TACO: a general-purpose tool for predicting cell-type–specific transcription factor dimersAutorzy:Aleksander Jankowski, Shyam Prabhakar, Jerzy TiurynCzasopismo:BMC Genomics (rok: 2014, tom: 15, strony: 208), Wydawca: BioMed CentralStatus:OpublikowanaDoi:10.1186/1471-2164-15-208 - link do publikacji