Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Integracyjna biologia systemów: wnioskowanie z heterogenicznych danych

2011/01/B/NZ2/00864

Słowa kluczowe:

estymacja MCMC wnioskowanie bayesowskie RRZ LC-MS analiza wrażliwości aCGH nowoczesne metody sekwencjonowania.

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ2_9: Biologia systemowa
  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Anna Gambin 

Liczba wykonawców projektu: 10

Konkurs: OPUS 1 - ogłoszony 2011-03-15

Przyznana kwota: 561 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2011-12-27

Zakończenie projektu: 2015-06-26

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. laptop (3 szt.). Za kwotę 4 729 PLN
  2. drukarka.

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (20)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
  1. Computational models of the JAK1/2-STAT1 signaling.
    Autorzy:
    Gambin A, Charzyńska A, Ellert-Miklaszewska A, Rybiński M.
    Czasopismo:
    Jak Stat (rok: 2013, tom: 0,0854166666666667, strony: e24672), Wydawca: Landes Bioscience
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.4161/jkst.24672 - link do publikacji
  2. Effective reaction rates in diffusion-limited phosphorylation-dephosphorylation cycles IF: 2,326
    Autorzy:
    Paulina Szymańska, Marek Kochańczyk, Jacek Miękisz, and Tomasz Lipniacki
    Czasopismo:
    Phys. Rev. E (rok: 2015, tom: 91, strony: 22702), Wydawca: American Physical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1103/PhysRevE.91.022702 - link do publikacji
  3. Inverted low-copy repeats and genome instability--a genome-wide analysis. IF: 5,686
    Autorzy:
    Dittwald P, Gambin T, Gonzaga-Jauregui C, Carvalho CM, Lupski JR, Stankiewicz P, Gambin A.
    Czasopismo:
    Human Mutation (rok: 2013, tom: 34(1), strony: 210-220), Wydawca: Wiley-Liss on behalf of the Human Genome Variation Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/humu.22217 - link do publikacji
  4. Small noncoding differentially methylated copy-number variants, including lncRNA genes, cause a lethal lung developmental disorder. IF: 14,397
    Autorzy:
    Szafranski P, Dharmadhikari AV, Brosens E, Gurha P, Kolodziejska KE, Zhishuo O, Dittwald P, Majewski T, Mohan KN, Chen B, Person RE, Tibboel D, de Klein A, Pinner J, Chopra M, Malcolm G, Peters G, Arbuckle S, Guiang SF 3rd, Hustead VA, Jessurun J, Hirsch R, Witte DP, Maystadt I, Sebire N, Fisher R, Langston C, Sen P, Stankiewicz P.
    Czasopismo:
    Genome Research (rok: 2013, tom: 23(1), strony: 23-33), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1101/gr.141887.112 - link do publikacji
  5. Comment on Computation of Isotopic Peak Center-Mass Distribution by Fourier Transform" IF: 5,695
    Autorzy:
    Hu H, Dittwald P, Zaia J, Valkenborg D.
    Czasopismo:
    Analytical Chemistry (rok: 2013, tom: 85(24), strony: 12189-12192), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/ac402731h - link do publikacji
  6. Multiple samples aCGH analysis for rare CNVs detection IF: 2,09
    Autorzy:
    Sykulski M, Gambin T, Bartnik M, Derwińska K, Wiśniowiecka-Kowalnik B, Stankiewicz P, Gambin A.
    Czasopismo:
    Journal of Clinical Bioinformatics (rok: 2013, tom: 11;3(1):12., strony: -), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/2043-9113-3-12 - link do publikacji
  7. NAHR-mediated copy-number variants in a clinical population: Mechanistic insights into both genomic disorders and Mendelizing traits. IF: 14,397
    Autorzy:
    Dittwald P, Gambin T, Szafranski P, Li J, Amato S, Divon MY, Rodríguez Rojas LX, Elton LE, Scott DA, Schaaf CP, Torres-Martinez W, Stevens AK, Rosenfeld JA, Agadi S, Francis D, Kang SH, Breman A, Lalani SR, Bacino CA, Bi W, Milosavljevic A, Beaudet AL, Patel A, Shaw CA, Lupski JR, Gambin A, Cheung SW, Stankiewicz P
    Czasopismo:
    Genome Research (rok: 2013, tom: 23(9), strony: 1395-13409), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1101/gr.152454.112 - link do publikacji
  8. Synthetic sickness or lethality points at candidate combination therapy targets in glioblastoma. IF: 6,198
    Autorzy:
    Szczurek E, Misra N, Vingron M.
    Czasopismo:
    Int J Cancer (rok: 2013, tom: 133(9), strony: 2123-2132), Wydawca: John Wiley & Sons on behalf of the Union for International Cancer Control
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/ijc.28235 - link do publikacji
  9. BRAIN: a universal tool for high-throughput calculations of the isotopic distribution for mass spectrometry. IF: 5,695
    Autorzy:
    Dittwald P, Claesen J, Burzykowski T, Valkenborg D, Gambin A.
    Czasopismo:
    Analytical Chemistry (rok: 2013, tom: 85(4), strony: 1991-1994), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/ac303439m. - link do publikacji
  10. Functional performance of aCGH design for clinical cytogenetics. IF: 1,162
    Autorzy:
    Gambin T, Stankiewicz P, Sykulski M, Gambin A.
    Czasopismo:
    Computers in Biology and Medicine (rok: 2013, tom: 43(6), strony: 775-785), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.compbiomed.2013.02.008 - link do publikacji
  11. Inferring serum proteolytic activity from LC-MS/MS data. IF: 3,02
    Autorzy:
    Dittwald P, Ostrowski J, Karczmarski J, Gambin A.
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2012, tom: 5:S7, strony: 44570), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/1471-2105-13-S5-S7 - link do publikacji
  12. On the Fine Isotopic Distribution and Limits to Resolution in Mass Spectrometry. IF: 2,945
    Autorzy:
    Dittwald P, Valkenborg D, Claesen J, Rockwood AL, Gambin A.
    Czasopismo:
    J Am Soc Mass Spectrom. (rok: 2015, tom: 1, strony: 44575), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s13361-015-1180-4 - link do publikacji
  13. Delete or merge regressors for linear model selection. IF: 1,024
    Autorzy:
    A. Maj-Kanska, P. Pokarowski and A. Prochenka
    Czasopismo:
    Electronic Journal of Statistics (rok: 2015, tom: 9, strony: 1749-1778), Wydawca: The Institute of Mathematical Statistics and the Bernoulli Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1214/15-EJS1050 - link do publikacji
  14. Modelling the efficacy of hyperthermia treatment. IF: 4,907
    Autorzy:
    Rybinski M, Szymanska Z, Lasota S, Gambin A.
    Czasopismo:
    Journal of the Royal Society Interface (rok: 2013, tom: 10(88), strony: 20130527), Wydawca: The Royal Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    0.1098/rsif.2013.0527 - link do publikacji
  15. State-dependent swap strategies and automatic reduction of number of temperatures in adaptive parallel tempering algorithm IF: 1,623
    Autorzy:
    MK Łącki B Miasojedow
    Czasopismo:
    Stat Comput (rok: 2015, tom: 1, strony: 44576), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s11222-015-9579-0 - link do publikacji
  16. StochDecomp--Matlab package for noise decomposition in stochastic biochemical systems. IF: 4,621
    Autorzy:
    Jetka T, Charzyńska A, Gambin A, Stumpf MP, Komorowski M.
    Czasopismo:
    Bioinformatics. (rok: 2014, tom: 30(1), strony: 137-138), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btt631 - link do publikacji
  17. An efficient method to calculate the aggregated isotopic distribution and exact center-masses. IF: 3,594
    Autorzy:
    Claesen J, Dittwald P, Burzykowski T, Valkenborg D.
    Czasopismo:
    J Am Soc Mass Spectrom (rok: 2012, tom: 23(4), strony: 753-763), Wydawca: Springer Science+Business Media (USA)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s13361-011-0326-2 - link do publikacji
  18. Computational modeling of sphingolipid metabolism. IF: 2,44
    Autorzy:
    Wronowska W, Charzyńska A, Nienałtowski K, Gambin A.
    Czasopismo:
    BMC Syst Biol. (rok: 2015, tom: 0,407638888888889, strony: 44577), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12918-015-0176-9. - link do publikacji
  19. Sensitivity analysis of mathematical models of signaling pathways
    Autorzy:
    Agata Charzyńska, Anna Nałęcz, Mikołaj Rybiński, Anna Gambin
    Czasopismo:
    Biotechnologia (rok: 2012, tom: 93(3), strony: 291-308), Wydawca: Biotechnology Committee Polish Academy of Sciences and the Institute of Bioorganic Chemistry Polish Academy of Sciences
    Status:
    Opublikowana
  20. Towards automated discrimination of lipids versus peptides from full scan mass spectra.
    Autorzy:
    Dittwald P, Nghia VT, Harris GA, Caprioli RM, Van de Plas R, Laukens K, Gambin A, Valkenborg D.
    Czasopismo:
    EuPA Open Proteom. (rok: 2014, tom: 4, strony: 87-100), Wydawca: Elsevier ( European Proteomics Association )
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.euprot.2014.05.002 - link do publikacji
  1. Efficient and Error-Tolerant Sequencing Read Mapping
    Autorzy:
    Piotr Jaroszyński, Norbert Dojer
    Konferencja:
    International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (rok: 2013, ), Wydawca: Francisco Ortuno, Ignacio Rojas
    Data:
    konferencja 18-20.03
    Status:
    Opublikowana