Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Białka przy powierzchniach ciał stałych i struktury białkowe w symulacjach i doświadczeniu

2011/01/B/ST3/02190

Słowa kluczowe:

białka ciała stałe półprzewodniki nanocząstki otoczki wirusów bioczujniki AFM

Deskryptory:

  • NZ1_3: Biofizyka

Panel:

ST3 - Fizyka fazy skondensowanej: struktura, własności elektronowe, płyny, nano-nauka

Jednostka realizująca:

Instytut Fizyki PAN

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Marek Cieplak 

Liczba wykonawców projektu: 8

Konkurs: OPUS 1 - ogłoszony 2011-03-15

Przyznana kwota: 390 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2011-12-01

Zakończenie projektu: 2014-11-30

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. 3 serwery, 3 UPS, macierz dyskowa. Za kwotę 109 000 PLN
  2. Breakout box. Za kwotę 7 500 PLN
  3. UVO cleaner. Za kwotę 25 000 PLN
  4. pudełko 40 złotych ostrzy AFM. Za kwotę 4 000 PLN
  5. Thermal K - moduł do kalibracji igieł. Za kwotę 16 500 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (18)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Unbinding and unfolding of adhesion protein complexes through stretching: interplay between shear and tensile mechanical clamps IF: 2,921
    Autorzy:
    B. Różycki, Ł. Mioduszewski, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2014, tom: 82, strony: 3144-3153), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.24674 - link do publikacji
  2. Amino acids and proteins at ZnO-water interfaces in molecular dynamics simulations IF: 3,829
    Autorzy:
    D. Nawrocki, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2013, tom: 15, strony: 13628-13636), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c3cp52198b - link do publikacji
  3. Interactions of aqueous amino acids and proteins with the (110) surface of ZnS in molecular dynamics simulations IF: 3,16
    Autorzy:
    G. Nawrocki, M. Cieplak
    Czasopismo:
    J. Chem. Phys. (rok: 2014, tom: 140, strony: 95101), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4866763 - link do publikacji
  4. Theoretical tests of the mechanical protection strategy in protein nanomechanics IF: 3,392
    Autorzy:
    M. Chwastyk, A. Galera, M. Sikora, A. Gomez-Sicilia, M. Carrion-Vazquez, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Proteins (rok: 2013, tom: w druku, strony: w druku), Wydawca: Wiley
    Status:
    Przyjęta do publikacji
  5. Aqueous Amino Acids and Proteins Near the Surface of Gold in Hydrophilic and Hydrophobic Force Fields IF: 4,835
    Autorzy:
    G. Nawrocki, M. Cieplak
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. C (rok: 2014, tom: 118, strony: 12929-12943), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/jp5030558 - link do publikacji
  6. Denaturation of proteins near polar surfaces IF: 3,176
    Autorzy:
    A. Starzyk, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2011, tom: 135, strony: 235103), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4813854 - link do publikacji
  7. Energy landscape and dynamics of an HP lattice model of proteins - The role of anisotropy IF: 2,26
    Autorzy:
    Marek Cieplak, Jayanth R. Banavar
    Czasopismo:
    EPL (rok: 2013, tom: 104, strony: 58001), Wydawca: EDP Sciences, IOP Publishing, Italian Physical Society dla European Physical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1209/0295-5075/104/58001 - link do publikacji
  8. Energy landscape and dynamics of proteins – an exact analysis of a simplified lattice model, IF: 2,313
    Autorzy:
    M. Cieplak, J. R. Banavar
    Czasopismo:
    Physical Review E (Rapid Communication) (rok: 2013, tom: 88, strony: 040702(R)), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1103/PhysRevE.88.040702 - link do publikacji
  9. Proteins in the electric field near the surface of mica IF: 3,176
    Autorzy:
    A. Starzyk, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2013, tom: 139, strony: 45102), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4813854 - link do publikacji
  10. Formation of cystine slipknots in dimeric proteins IF: 3,73
    Autorzy:
    M. Sikora, M. Cieplak
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2013, tom: 8, strony: e57443), Wydawca: PLOS - Public Library of Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0057443 - link do publikacji
  11. Knotted proteins under tension IF: 2,561
    Autorzy:
    M. Chwastyk, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Israel J. Chem. (rok: 2014, tom: 54, strony: 1241-1249), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/ijch.201400004 - link do publikacji
  12. Nanoindentation of 35 virus capsids in a molecular model: Relating Mechanical Properties to Structure IF: 3,73
    Autorzy:
    M. Cieplak, M. O. Robbins
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2013, tom: 8, strony: e63640), Wydawca: PLOS - Public Library of Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0063640 - link do publikacji
  13. Protein Unfolding by Biological Unfoldases: Insights from Modeling IF: 3,832
    Autorzy:
    M. Wojciechowski, P. Szymczak, M. Carrion-Vazquez, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Biophysics J. (rok: 2014, tom: 107, strony: 1661-1668), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bpj.2014.07.035 - link do publikacji
  14. Structure-based analysis of thermodynamic and mechanical properties of cavity-containing proteins - case study of plant pathogenesis-related proteins of class 10 IF: 4,25
    Autorzy:
    M. Chwastyk, M. Jaskólski, M. Cieplak
    Czasopismo:
    FEBS Journal (rok: 2014, tom: 281, strony: 416-429), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1111/febs.12611 - link do publikacji
  15. Topological features in stretching of proteins IF: 3,267
    Autorzy:
    M. Sikora, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Biochemical Society Transactions (rok: 2013, tom: 41, strony: 519-522), Wydawca: Portland Press Limited, London
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1042/BST20120289 - link do publikacji
  16. A multi-scale molecular dynamics study of micron-size supraparticle assembly from alkyl-coated 30 nm nanoparticles IF: 3,829
    Autorzy:
    D. Thompson, M. Sikora, P. Szymczak, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2013, tom: 15, strony: 8132-8143), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c3cp50523e - link do publikacji
  17. Cystine plug and other novel mechanisms of large mechanical stability in dimeric proteins IF: 7,435
    Autorzy:
    M. Sikora, M. Cieplak
    Czasopismo:
    Physical Review Letters (rok: 2012, tom: 109, strony: 208101), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1103/Phys. - link do publikacji
  18. Proteins at air-water interfaces: a coarse-grained approach IF: 4,384
    Autorzy:
    M. Cieplak, D. B. Allen, R. L. Leheny, D. H. Reich
    Czasopismo:
    Langmuir (rok: 2014, tom: 30, strony: 12888-96), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
  1. Mechanostability of proteins in structure based models
    Autorzy:
    M. Cieplak
    Konferencja:
    International Symposium on Biomechanics, (rok: 2012, ), Wydawca: Shanghai Scientific and Technological Literature Publishing House
    Data:
    konferencja listopad 2011
    Status:
    Opublikowana
  1. Mechanostability of virus capsids and their proteins in structure-based models
    Autorzy:
    M. Cieplak
    Książka:
    Computational Methods to study the structure and dynamics of biomolecules and biomolecular processes - from bioinformatics to molecular quantum mechanics (rok: 2014, tom: -, strony: 295-315), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana