Change language

Wyszukiwarka projektów

Narzędzia, algorytmy i modele w badaniu wspólnej ewolucji gatunków, genów i białek.

2011/01/B/ST6/02777

Słowa kluczowe

Deskryptory

  • ST6_9: Obliczenia naukowe

Panel

ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki »

Kierownik projektu (z jednostki realizującej)

dr hab. Paweł Piotr Górecki

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs

OPUS 1 – ogłoszony 2011-03-15

Przyznana kwota
386 300 PLN
Rozpoczęcie projektu
2011-12-07
Zakończenie projektu
2015-06-06
Planowany czas trwania projektu
42 miesiące (z wniosku)
Status projektu
Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. 2 komputery stacjonarne.
  2. Laptop (2 szt.). Za kwotę 15 000 PLN
  3. Serwer. Za kwotę 45 000 PLN
  4. projektor+monitor.

Dane z raportu końcowego/rocznego

Publikacje w czasopismach (12)

  1. Exact Solutions for Species Tree Inference from Discordant Gene Trees

    Autorzy:
    W.C. Chang, P. Górecki, O. Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of Bioinformatics and Computational Biology (rok: 2013, tom: 11, strony: 1342005), Wydawca: WorldScientific
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1142/S0219720013420055 – link do publikacji

  2. Unrooted Tree Reconciliation: A Unified Approach

    Autorzy:
    Paweł Górecki, Oliver Eulenstein, Jerzy Tiuryn
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2013, tom: 0,418055555555556, strony: 522 - 536), Wydawca: IEEE/ACM
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1109/TCBB.2013.22 – link do publikacji

  3. Refining Discordant Gene Trees

    Autorzy:
    P. Górecki and O. Eulenstein
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2014, tom: 1, strony: brak), Wydawca: BMC
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1186/1471-2105-15-S13-S3 – link do publikacji

  4. Maximizing Deep Coalescence Cost

    Autorzy:
    Paweł Górecki and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2014, tom: 1, strony: 1), Wydawca: IEEE/ACM
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1109/TCBB.2013.144 – link do publikacji

  5. A Robinson-Foulds Measure to Compare Unrooted Trees with Rooted Trees

    Autorzy:
    Paweł Górecki and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes In Computer Science (rok: 2012, tom: 7292, strony: 102-114), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1007/978-3-642-30191-9_12 – link do publikacji

  6. Deep Coalescence Reconciliation with Unrooted Gene Trees: Linear Time Algorithms

    Autorzy:
    Paweł Górecki and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes In Computer Science (rok: 2012, tom: 7434, strony: 531-542), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1007/978-3-642-32241-9_45 – link do publikacji

  7. Crystal Structures of the Outer Membrane Domain of Intimin and Invasin from Enterohemorrhagic Escherichia coli and Enteropathogenic Yersinia pseudotuberculosis

    Autorzy:
    James W. Fairman, Nathalie Dautin, Damian Wojtowicz, Wei Liu, Nicholas Noinaj, Travis J. Barnard, Eshwar Udho, Teresa M. Przytycka, Vadim Cherezov, and Susan K. Buchanan
    Czasopismo:
    Structure (rok: 2012, tom: 20(7), strony: 1233–1243), Wydawca: Cell Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.str.2012.04.011 – link do publikacji

  8. GTP Supertrees from Unrooted Gene Trees: Linear Time Algorithms for NNI Based Local Searches

    Autorzy:
    Paweł Górecki, J. Gordon Burleigh, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2012, tom: 7292, strony: 102-114), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1007/978-3-642-30191-9_11 – link do publikacji

  9. DrML: Probabilistic Modeling of Gene Duplications

    Autorzy:
    P. Górecki and O. Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2014, tom: 21, strony: 89-98), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1089/cmb.2013.0078 – link do publikacji

  10. Fast Algorithms for Inferring Gene-Species Associations

    Autorzy:
    Arkadiusz Betkier, Paweł Szczęsny, Paweł Górecki
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2015, tom: 9096, strony: 36-47), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1007/978-3-319-19048-8_4 – link do publikacji

  11. Duplication cost diameters

    Autorzy:
    Paweł Górecki, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2014, tom: 8492, strony: 212-223), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1007/978-3-319-08171-7_19 – link do publikacji

  12. Gene Tree Diameter for Deep Coalescence

    Autorzy:
    P.Górecki and O.Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2015, tom: 12, strony: 231-242), Wydawca: IEEE/ACM
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1109/TCBB.2013.144 – link do publikacji

Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (6)

  1. Algorithms for Unrooted Gene Trees with Polytomies

    Autorzy:
    P.Górecki and O.Eulenstein
    Konferencja:
    ISBRA 2013 (rok: 2013, strony: 46027), Wydawca: UNC Charlotte
    Data:
    konferencja 20-22, Maj, 2013
    Status:
    Opublikowana

  2. Exact Solutions for Classic Gene Tree Parsimony Problems

    Autorzy:
    W.C. Chang, P.Górecki, A.Wehe, O.Eulenstein
    Konferencja:
    BICOB 2013 (rok: 2013, strony: 46028), Wydawca: BICOB 2013
    Data:
    konferencja 4-6 marca 2013
    Status:
    Opublikowana

  3. Evolutionary costs in gene-species reconciliation

    Autorzy:
    Paweł Górecki, Oliver Eulenstein, Jerzy Tiuryn
    Konferencja:
    MCEB'2012 (rok: 2012, strony: 1 (poster)), Wydawca: -
    Data:
    konferencja lipiec 2012
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    link do publikacji

  4. Unconstrained gene tree diameters for deep coalescence

    Autorzy:
    Paweł Górecki, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Konferencja:
    The 5th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics (rok: 2014, strony: 114-121), Wydawca: ACM
    Data:
    konferencja 20-23/09/2014
    Status:
    Opublikowana

  5. Towards more realistic tree reconciliation

    Autorzy:
    Agnieszka Mykowiecka, Paweł Górecki
    Konferencja:
    RECOMB 2015 (rok: 2015, strony: 1 (poster)), Wydawca: -
    Data:
    konferencja 12-15 kwiecień
    Status:
    Opublikowana

  6. Episode clustering problems for unrooted gene trees

    Autorzy:
    Jarosław Paszek, Paweł Górecki
    Konferencja:
    RECOMB 2015 (rok: 2015, strony: 1 (poster)), Wydawca: -
    Data:
    konferencja 12-15 kwiecień
    Status:
    Opublikowana

« Nowe wyszukiwanie

Projekt graficzny i wykonanie: Jakub Piotrowski