Projects funded by the NCN

Development of algorithmic and statistical methods in mass spectrometry

Call: SONATA 13 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Michał Startek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Provability, computation and combinatorics at the lower and intermediate levels of the Gödel hierarchy

Call: OPUS 14 , Panel: ST1

Principal investigator: dr hab. Leszek Kołodziejczyk

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Algorithmic challenges of mass spectrometry.

Call: OPUS 15 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Integrative bioinformatics methods for high throughput molecular biology experimental data in the analysis or radiosensi...

Call: HARMONIA 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Joanna Polańska

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Optimality, universality and controllability in quantum computation theory

Call: SONATA BIS 5 , Panel: ST1

Principal investigator: dr Adam Sawicki

Centrum Fizyki Teoretycznej PAN

Methods for supervised and unsupervised classification of metagenomic DNA fragments extracted from various environmental...

Call: SONATA 10 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Jolanta Kawulok

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Development of CNV detection methods based on depth of coverage

Call: PRELUDIUM 18 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Wiktor Tomasz Kuśmirek

Politechnika Warszawska

Polynomial finite state computation

Call: MAESTRO 14 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Mikołaj Bojańczyk

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Exploring the influence of genomic features on mutational signatures across tumors

Call: OPUS 26 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Damian Wójtowicz

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Processing massive string data and beyond: algorithms and conditional lower bounds

Call: OPUS 26 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Paweł Gawrychowski

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Matematyki i Informatyki

Methods and algorithms for organization of computations in the class of anelastic numerical models for geophysical flows...

Call: OPUS 2 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Roman Wyrzykowski

Politechnika Częstochowska, Wydział Inżynierii Mechanicznej i Informatyki

iCell: information processing in living organisms. The role of three-dimensional structure and multi-scale properties in...

Call: OPUS 8 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Linguistic workshop for speech analysis and recognition

Call: SONATA 2 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Bartosz Ziółko

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji

Models and methods of computer science in cell biology

Call: OPUS 3 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Marta Kasprzak

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

Development of universal data representation models to improve the quality of machine learning techniqes with an exampla...

Call: PRELUDIUM 11 , Panel: ST6

Principal investigator: Magdalena Wiercioch

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki

Efficient simulation algorithms for models of stochastic processes in computational biology and synthesis of the signali...

Call: OPUS 12 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Krzysztof Puszyński

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Abstract Machines for Programming Languages: Investigations in Formal Interderivations

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Witold Charatonik

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Matematyki i Informatyki

Study of the capabilities and limits of the use of Petri nets for modeling and analysis of complex biological systems on...

Call: OPUS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Piotr Formanowicz

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

An integrated approach to the prediction of the structures of proteins and protein complexes with the use of the coarse-...

Call: HARMONIA 5 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Józef Liwo

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Coarse-grained modeling of the calcium, sodium, magnesium and potassium cations with proteins

Call: PRELUDIUM 11 , Panel: ST4

Principal investigator: dr Agnieszka Lipska

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Densitals, Ditopology, and Double Drachmanization: New Concepts and Formalisms for Computation and Analysis of the Two-E...

Call: OPUS 24 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Jerzy Ciosłowski

Uniwersytet Szczeciński, Instytut Fizyki

The role of solvation water in shaping the activity of antifreeze proteins.

Call: PRELUDIUM 14 , Panel: ST4

Principal investigator: Joanna Grabowska

Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny

Biologically Meaningful Inference of Phylogenetic Networks

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Piotr Górecki

Uniwersytet Warszawski

Development of comparison methodology, modern validation metrics and modern visualization techniques for biclustering al...

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Patryk Orzechowski

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej

PerM-Cloud, ALgorithms and methods of processing big genomic data repositories in computing cloud environment towards th...

Call: OPUS 7 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Michał Okoniewski

Politechnika Warszawska, Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych

Analysis of the conformations of organic compounds in macromolecular structures

Call: PRELUDIUM 18 , Panel: ST6

Principal investigator: Joanna Magdalena Macnar

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

A new notion of finiteness in computation theory

Call: OPUS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Mikołaj Bojańczyk

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Extended microbiome characterization by the exploitation of the microbial intra-community synergies -- towards better un...

Call: SONATA BIS 10 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Paweł Piotr Łabaj

Uniwersytet Jagielloński, Małopolskie Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego

Understanding the exaptation of tissue-specific enhancers by modeling the changes of spatial chromatin architecture.

Call: PRELUDIUM BIS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Barbara Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Developement of new methods for designing RNA molecules that fold into desired spatial structures and their use for deve...

Call: OPUS 13 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Janusz Bujnicki

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

Compression of large-scale genomic data collections

Call: OPUS 13 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Sebastian Deorowicz

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Compression and analysis of genomic data

Call: OPUS 9 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Sebastian Deorowicz

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Modeling 3D structures and dynamics of RNA complexes with metal ions, with particular emphasis on the formation of non-c...

Call: SONATA 9 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr Dorota Niedziałek

Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk

Searching for hydrodynamic interactions orientational effects in the kinetics of bio-molecular association

Call: OPUS 7 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Jan Antosiewicz

Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki

Functional motif-targeted RNA structure modeling

Call: OPUS 27 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Marta Szachniuk

Politechnika Poznańska

The existence and an algorithm for the computation of equilibrium in a simple exchange model. The multivalued case

Call: OPUS 5 , Panel: HS4

Principal investigator: dr Piotr Maćkowiak

Uniwersytet Ekonomiczny w Poznaniu, Wydział Informatyki i Gospodarki Elektronicznej

Multi-scale model of tumor dynamics as a key component of the system for optimal anti-cancer therapy

Call: HARMONIA 5 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Witold Dzwinel

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji

Methods and algorithms of discovering novel phenomena in genomes and transcriptomes with the statistical analysis of nuc...

Call: PRELUDIUM 7 , Panel: ST6

Principal investigator: Marek Wiewiórka

Politechnika Warszawska, Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych

Algorithms for multiple alignment of genomes. Sequence alignment in a context of phylogenetic reconstruction.

Call: SONATA 11 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Adam Gudyś

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Grammatical inference methods in classification of amyloidogenic proteins

Call: OPUS 11 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Olgierd Unold

Politechnika Wrocławska

Methods for the similarity analysis of low complexity regions in proteins

Call: PRELUDIUM 20 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Patryk Paweł Jarnot

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Thermodynamics of Information Processing: From Theory to Applications

Call: SONATA 19 , Panel: ST2

Principal investigator: dr Patryk Lipka-Bartosik

Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki

Development of a comprehensive set of computational tools for the search of new ligands of particular receptor - case st...

Call: OPUS 16 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Sabina Podlewska

Instytut Farmakologii im. Jerzego Maja Polskiej Akademii Nauk

Investigation of the hybrid structures hosting Majorana Bound States.

Call: PRELUDIUM 16 , Panel: ST3

Principal investigator: dr Aksel Kobiałka

Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie, Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki

Analysis and compression of data from the third generation of sequencing instruments

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Sebastian Tomasz Deorowicz

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Relative dependencies analysis in the exploration of multi-omics data

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Marcin Czajkowski

Politechnika Białostocka, Wydział Informatyki

The new methodology for better understanding of ligand-RNA interactions.

Call: OPUS 20 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Filip Artur Stefaniak

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

LCRPlatform: new algorithms and methods for the comprehensive identification, categorization, and annotation of protein ...

Call: OPUS 20 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Marcin Maciej Grynberg

Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk

New and efficient methods for the flexible molecular docking of proteins.

Call: MAESTRO 6 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Andrzej Koliński

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii