Projects funded by the NCN

Metody integracji wieloskalowej informacji biologicznej w sztucznych systemach uczących się

Call: ETIUDA 3 , Panel: ST6

Principal investigator: Julian Zubek

Instytut Podstaw Informatyki Polskiej Akademii Nauk

iCell: information processing in living organisms. The role of three-dimensional structure and multi-scale properties in...

Call: OPUS 8 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Construction of multi-state DNA computer working with more than one restriction enzymes

Call: OPUS 1 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Tomasz Popławski

Uniwersytet Łódzki, Wydział Biologii i Ochrony Środowiska

Maximizing informative content of low quality OCT scans for modern computer-aided diagnostic procedures (Project CADOCT)

Call: PRELUDIUM 8 , Panel: ST6

Principal investigator: Agnieszka Stankiewicz

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

New and efficient methods for the flexible molecular docking of proteins.

Call: MAESTRO 6 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Andrzej Koliński

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Development of machne learning methods with an application of determining of chemical compounds activitiy

Call: PRELUDIUM 7 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Marek Śmieja

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki

Methods and algorithms of discovering novel phenomena in genomes and transcriptomes with the statistical analysis of nuc...

Call: PRELUDIUM 7 , Panel: ST6

Principal investigator: Marek Wiewiórka

Politechnika Warszawska, Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych

A novel approach to de novo genome assembly problem based on UCT search strategy (Upper Confidence Bound applied to Tree...

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: ST6

Principal investigator: Ewa Matczyńska

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki

Development of comparison methodology, modern validation metrics and modern visualization techniques for biclustering al...

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Patryk Orzechowski

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej

Multi-scale model of tumor dynamics as a key component of the system for optimal anti-cancer therapy

Call: HARMONIA 5 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Witold Dzwinel

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji

Stochastic models based on stochastically monotone Markov processes: analysis of stationary conditions.

Call: OPUS 1 , Panel: ST1

Principal investigator: prof. Ryszard Szekli

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Matematyki i Informatyki

Algorithm engineering for full-text indexes

Call: OPUS 5 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Szymon Grabowski

Politechnika Łódzka, Wydział Elektrotechniki, Elektroniki, Informatyki i Automatyki

Dynamics of binding of heterochromatin protein 1 (HP1) and its significance for DNA replication.

Call: OPUS 5 , Panel: NZ3

Principal investigator: dr Tytus Bernas

Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN

Integrative bioinformatics methods for high throughput molecular biology experimental data in the analysis or radiosensi...

Call: HARMONIA 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Joanna Polańska

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Study of interaction and signal passing in complexes of GPCRs with arrestin

Call: HARMONIA 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Sławomir Filipek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Study of the capabilities and limits of the use of Petri nets for modeling and analysis of complex biological systems on...

Call: OPUS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Piotr Formanowicz

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

Modelling stress-induced transposon activity

Call: HARMONIA 3 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Automated, high-throughput modeling of RNA three-dimensional structures

Call: MAESTRO 3 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Ryszard Adamiak

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

Computational methods for identyfiing drug resistance associated mutations in bacterial strains

Call: PRELUDIUM 3 , Panel: ST6

Principal investigator: Michał Woźniak

Uniwersytet Warszawski

Algorithms for the multiple sequence alignment problem and its variants

Call: PRELUDIUM 3 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Adam Gudyś

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Models and methods of computer science in cell biology

Call: OPUS 3 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Marta Kasprzak

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

Processing massive string data and beyond: algorithms and conditional lower bounds

Call: OPUS 26 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Paweł Gawrychowski

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Matematyki i Informatyki

Exploring multiple loop motifs in RNA structures

Call: SONATA 19 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Tomasz Żok

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki i Telekomunikacji

Unifying Macro-Evolutionary Models and Phylogenetic Networks

Call: OPUS 26 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Górecki

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Establishing a universal pangenome model

Call: OPUS 24 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Norbert Dojer

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Understanding the exaptation of tissue-specific enhancers by modeling the changes of spatial chromatin architecture.

Call: PRELUDIUM BIS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Algorithms for processing nucleotide and aminoacid sequences

Call: OPUS 23 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Sebastian Deorowicz

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Optimal-transport based algorithms for Mass Spectrometry and NMR

Call: OPUS 21 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

A novel probabilistic model for cell type identification in spatial transcriptomics and single-cell RNA sequencing data

Call: PRELUDIUM 20 , Panel: ST6

Principal investigator: Agnieszka Geras

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Methods for the similarity analysis of low complexity regions in proteins

Call: PRELUDIUM 20 , Panel: ST6

Principal investigator: Patryk Jarnot

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Predicting 3D RNA structures using Generative Adversarial Networks

Call: PRELUDIUM BIS 2 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Marta Szachniuk

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki i Telekomunikacji

LCRPlatform: new algorithms and methods for the comprehensive identification, categorization, and annotation of protein ...

Call: OPUS 20 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Marcin Grynberg

Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk

Phylogenetic models to infer cancer evolution

Call: SONATA 16 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Jarosław Paszek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Machine learning, bio-modeling and medical image processing in prediction of metastases in lung cancer

Call: OPUS 19 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Andrzej Świerniak

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Linguistic workshop for speech analysis and recognition

Call: SONATA 2 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Bartosz Ziółko

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji

Protein inference and quantification: a regularization approach

Call: PRELUDIUM 19 , Panel: ST6

Principal investigator: Mateusz Staniak

Uniwersytet Wrocławski

Analysis of the conformations of organic compounds in macromolecular structures

Call: PRELUDIUM 18 , Panel: ST6

Principal investigator: Joanna Macnar

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Spatial network model of sequence and structure diversity of Human genome at a population scale

Call: PRELUDIUM BIS 1 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Politechnika Warszawska, Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych

Development of CNV detection methods based on depth of coverage

Call: PRELUDIUM 18 , Panel: ST6

Principal investigator: Wiktor Kuśmirek

Politechnika Warszawska

Feature exploration and modelling of quadruplex structures

Call: OPUS 18 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Marta Szachniuk

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

Mathematical modelling of processes which neutralize reactive oxygen species in different types of cells

Call: PRELUDIUM 18 , Panel: ST6

Principal investigator: Sylwia Ciesielska

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Modeling cellular metabolism using telecommunication approach

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Tadeusz Wysocki

Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich w Bydgoszczy, Wydział Telekomunikacji, Informatyki i Elektrotechniki

Genome assembly algorithms for genetic disorders diagnosis

Call: PRELUDIUM 17 , Panel: ST6

Principal investigator: Barbara Poszewiecka

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Relative dependencies analysis in the exploration of multi-omics data

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Marcin Czajkowski

Politechnika Białostocka, Wydział Informatyki

Algorithms and statistical models for predicting molecules fragmentation scheme during collision-induced dissociation

Call: PRELUDIUM 17 , Panel: ST6

Principal investigator: Grzegorz Skoraczyński

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Biologically Meaningful Inference of Phylogenetic Networks

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Górecki

Uniwersytet Warszawski

Analysis and compression of data from the third generation of sequencing instruments

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Sebastian Deorowicz

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Development of a comprehensive set of computational tools for the search of new ligands of particular receptor - case st...

Call: OPUS 16 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Sabina Podlewska

Instytut Farmakologii im. Jerzego Maja Polskiej Akademii Nauk

Combining Rosetta method with deeply coarse grained SURPASS model into a novel multiscale algorithm for modeling protein...

Call: OPUS 15 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dominik Gront

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Algorithmic challenges of mass spectrometry.

Call: OPUS 15 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki