Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Refinement of the OPLS-AA force field parameters for selected phospholipids on the basis of quantum-mechanical calculations and ab initio molecular dynamics simulations.

2015/17/D/ST4/00555

Keywords:

biomembranes QM calculations ab initio MD simulations phosphatidylcholine phosphatidylethanolamine

Descriptors:

  • ST4_13: Solid-state chemistry, surface physicochemistry
  • ST4_15: Colloid chemistry

Panel:

ST4 - Chemistry: physical chemistry/chemical physics, theoretical chemistry, analytical chemistry, inorganic chemistry, organic chemistry, method development

Host institution :

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

woj. małopolskie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr Anna Wójcik-Augustyn 

Number of co-investigators in the project: 3

Call: SONATA 9 - announced on 2015-03-16

Amount awarded: 251 000 PLN

Project start date (Y-m-d): 2016-04-04

Project end date (Y-m-d): 2020-04-03

Project duration:: 48 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Project description

Download the project description in a pdf file

Note - project descriptions were prepared by the authors of the applications themselves and placed in the system in an unchanged form.

Equipment purchased [PL]

  1. Licencja na pakiet CHARMM (3 000 PLN)
  2. Licencja na program Gaussian 09 (13 500 PLN)
  3. dysk przenośny USB 3.0, pojemność 2 TB (4 szt.) (2 000 PLN)
  4. zestaw urządzeń sieciowych: switch i router (1 000 PLN)
  5. Licencja na pakiet programów AMBER14 (2 500 PLN)
  6. Serwery obliczeniowe HP Z820, parametry co najmniej: 2xCPU Xeon E5 2630v2, 2xGPU GTX780, RAM 64GB DDR3, SDD 128GB, HDD 2x1TB 7200RPM, zasilacz 1125W (3 szt.) (60 000 PLN)
  7. drukarka laserowa (2 000 PLN)
  8. licencja na oprogramowanie SCIGRESS Worksystem (14 760 PLN)
  9. Laptop z co najmniej 8GB RAM, dyskiem HDD co najmniej 750GB i matrycą matową Full HD z torbą i myszką (8 000 PLN)
  10. serwer plików z macierzą dyskową 8 x 3TB (minimum to: procesor i5, RAM 8GB, 8 dysków HDD 3TB w macierzy RAID (karta sprzętowa), obudowa serwerowa, dysk SSD (na system operacyjny) (15 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (3)
  1. "Optimal Solution to the Torsional Coefficient Fitting Problem in Force Field Parametrization"
    Authors:
    Adrian Kania, Krzysztof Sarapata, Michał Gucwa, and Anna Wójcik-Augustyn*
    Academic press:
    The Journal of Physical Chemistry A (rok: 2021, tom: 125, strony: 2673-2681), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/acs.jpca.0c10845 - link to the publication
  2. The importance of atomic partial charges in the reproduction of intermolecular interactions for the triacetin - a model of glycerol backbone
    Authors:
    Adrian Kania, Maciej Bratek, Jan Majta, Krzysztof Sarapata, Wojciech Gałan, Michał Markiewicz, Anna Wójcik-Augustyn
    Academic press:
    Chemistry and Physics of Lipids (rok: 2022, tom: 245, strony: 105203), Wydawca: ELSEVIER
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.chemphyslip.2022.105203 - link to the publication
  3. Condensed phase properties of n-pentadecane as emerging from the application of biomolecular force fields
    Authors:
    Maciej Bratek, Anna Wójcik-Augustyn, Adrian Kania, Jan Majta, Krzysztof Murzyn
    Academic press:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2020, tom: 67, strony: 309-318), Wydawca: Polish Biochemical Society
    Status:
    Published
    DOI:
    10.18388/abp.2020_5414 - link to the publication

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy