Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

The study of the molecular structure of self-organizing pectin fraction from plant walls

2015/17/B/NZ9/03589

Keywords:

pectins numerical modeling atomic force microscopy

Descriptors:

  • NZ9_13: Other related subjects

Panel:

NZ9 - Fundamentals of applied life sciences and biotechnology: agricultural, forestry, horticulture, animal production and fishery, food and nutrition sciences, industrial biosciences, environmental biotechnology and remediation

Host institution :

Instytut Agrofizyki im. Bohdana Dobrzańskiego PAN

woj. lubelskie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr hab. Artur Zdunek 

Number of co-investigators in the project: 7

Call: OPUS 9 - announced on 2015-03-16

Amount awarded: 595 000 PLN

Project start date (Y-m-d): 2016-02-15

Project end date (Y-m-d): 2019-12-14

Project duration:: 46 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Project description

Download the project description in a pdf file

Note - project descriptions were prepared by the authors of the applications themselves and placed in the system in an unchanged form.

Equipment purchased [PL]

  1. Pompa próżniowa (4 000 PLN)
  2. Powlekacz obrotowy (40 000 PLN)
  3. Rozszerzona licencja programu PQSmol (10 000 PLN)
  4. Eksykator próżniowy (3 000 PLN)
  5. Zestaw do homogenizowania próbek stałych (16 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (11)
  • Articles in post-conference publications (24)
  1. Cross-linking of sodium carbonate-soluble pectins from apple by zinc ions
    Authors:
    Diana Gawkowska, Justyna Cybulska, Artur Zdunek
    Academic press:
    Carbohydrate Polymers (rok: 2018, tom: 196, strony: 45298), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.carbpol.2018.05.024 - link to the publication
  2. Extension of the GROMOS 56A6CARBO/CARBO_R Force Field for Charged, Protonated and Esterified Uronates
    Authors:
    Karina Panczyk, Karolina Gaweda, Mateusz Drach, Wojciech Plazinski
    Academic press:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2018, tom: 122, strony: 3696-3710), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/acs.jpcb.7b11548 - link to the publication
  3. An Atomic Force Microscopy Study on the Effect Arabinofuranosidase on the Structure of Pectin Extracted from Apple Fruit Using Sodium Carbonate
    Authors:
    Pieczywek, P. M., Cybulska, J., & Zdunek, A.
    Academic press:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2020, tom: 21, strony: 4064), Wydawca: MDPI
    Status:
    Published
    DOI:
    10.3390/ijms21114064 - link to the publication
  4. Changes of pectin nanostructure and cell wall stiffness inducedin vitro by pectinase
    Authors:
    Kozioł A., Cybulska J., Pieczywek P.M, Zdunek A.
    Academic press:
    Carbohydrate Polymers (rok: 2017, tom: 161, strony: 197-207), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.carbpol.2017.01.014 - link to the publication
  5. Resolving the nanostructure of sodium carbonate extracted pectins (DASP) from apple cell walls with atomic force microscopy and molecular dynamics
    Authors:
    Pieczywek P.M., Kozioł A., Płaziński W., Cybulska J., Zdunek A.
    Academic press:
    Food Hydrocolloids (rok: 2020, tom: 104, strony: 105726), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.foodhyd.2020.105726 - link to the publication
  6. Cross-linking of diluted alkali-soluble pectin from apple (Malus domestica fruit) in different acid-base conditions
    Authors:
    Gawkowska, D., Cieśla, J., Zdunek, A., Cybulska, J.
    Academic press:
    Food Hydrocolloids (rok: 2019, tom: 92, strony: 285-292), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.foodhyd.2019.02.010 - link to the publication
  7. Dissipative particle dynamics model of homogalacturonan based on molecular dynamics simulations
    Authors:
    Pieczywek, P. M., Płaziński, W., & Zdunek, A.
    Academic press:
    Scientific Reports (rok: 2020, tom: 10, strony: 14691), Wydawca: Nature
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1038/s41598-020-71820-2 - link to the publication
  8. The concentration-modified physicochemical surface properties of sodium carbonate-soluble pectin from pears (Pyrus communis L.)
    Authors:
    Cieśla, J., Koczańska, M., Pieczywek, M. P., Cybulska, J., & Zdunek, A.
    Academic press:
    Food Hydrocolloids (rok: 2021, tom: 113, strony: 106524), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.foodhyd.2020.106524 - link to the publication
  9. Aggregation and weak gel formation by pectic polysaccharide homogalacturonan
    Authors:
    Pieczywek, M. P., Cieśla, J., Płaziński, W., Zdunek, A.
    Academic press:
    Carbohydrate Polymers (rok: 2021, tom: 256, strony: 117566), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.carbpol.2020.117566 - link to the publication
  10. Structure-Related Gelling of Pectins and Linking with Other Natural Compounds: A Review
    Authors:
    Gawkowska D, Cybulska J, Zdunek A.
    Academic press:
    Polymers (rok: 2018, tom: 10(7), 762, strony: b.d.), Wydawca: MDPI
    Status:
    Published
    DOI:
    10.3390/polym10070762 - link to the publication
  11. The Effect of Concentration on the Cross-Linking and Gelling of Sodium Carbonate-Soluble Apple Pectins
    Authors:
    Diana Gawkowska, Jolanta Cieśla, Artur Zdunek, Justyna Cybulska
    Academic press:
    Molecules (rok: 2019, tom: 24(8), strony: nr artukułu 1635), Wydawca: MDPI
    Status:
    Published
    DOI:
    10.3390/molecules24081635 - link to the publication
  1. Cross-linking of pectins (sodium carbonate fraction) by divalent metal ions: a case study on zinc ions
    Authors:
    Ganczarenko D., Cybulska J., Zdunek A.
    Conference:
    XVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Biofizycznego (rok: 2016, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biofizyczne
    Data:
    konferencja 28 czerwca - 1 lipca, 2016
    Status:
    Published
  2. In vitro pectinase-induced changes of pectin structures and cell wall stiffness
    Authors:
    Kozioł A., Cybulska J., Pieczywek P.M., Zdunek A.
    Conference:
    XIX Annual Linz Winter Workshop (rok: 2017, ), Wydawca: Johannes Kepler University Linz
    Data:
    konferencja 3-6 lutego 2017
    Status:
    Published
  3. Influence of pectin concentration on cross-linking process
    Authors:
    Gawkowska Diana, Cieśla Jolanta, Kozioł Arkadiusz, Cybulska Justyna, Zdunek Artur
    Conference:
    Biologically Active Compounds in Food 2 nd International Conference (rok: 2017, ), Wydawca: Lodz University of Technology, Polish Society of Food Technologists
    Data:
    konferencja 9-10.11.2017
    Status:
    Published
  4. Possible self-assembly mechanism of sodium carbonate-soluble fraction of pectin (DASP) studied with the atomic force microscopy and molecular dynamics
    Authors:
    Pieczywek, P.M., Kozioł, A., Gawkowska, D., Zdunek, A.
    Conference:
    12th International Conference on Agrophysics: Soil, Plants & Climate (rok: 2018, ), Wydawca: Instytut Agrofizyki PAN w Lublinie
    Data:
    konferencja 17-19.09.2018
    Status:
    Published
  5. Structural organization of apple pectin extracted using sodium carbonate in different acid-base conditions
    Authors:
    J. Cybulska, J. Cieśla, D. Gawkowska, A. Zdunek
    Conference:
    15th International Conference on Polysaccharides- Glycoscience (rok: 2019, ), Wydawca: Czach Chemical Society
    Data:
    konferencja 13-15 listopada
    Status:
    Published
  6. Wpływ jonów cynku na elektrokinetyczne i strukturalne właściwości frakcji DASP pektyn
    Authors:
    Gawkowska Diana, Cieśla Jolanta, Kozioł Arkadiusz, Cybulska Justyna, Zdunek Artur
    Conference:
    X Sympozjum Doktorantów "Współczesne Problemy w Naukach o Życiu" (rok: 2017, ), Wydawca: Instytut Agrofizyki PAN
    Data:
    konferencja 26.10.2017
    Status:
    Published
  7. Właściwości reologiczne i strukturalne pektyn rozpuszczalnych w rozcieńczonych alkaliach modyfikowanych jonami cynku
    Authors:
    Diana Gawkowska, Justyna Cybulska, Artur Zdunek
    Conference:
    Kuźnia Młodych Talentów Akademii Młodych Uczonych Polskiej Akademii Nauk (rok: 2018, ), Wydawca: Akademia Młodych Uczonych PAN
    Data:
    konferencja 18-21.09.2018
    Status:
    Published
  8. Acidic, electrokinetic and structural properties of zinc ions/pectin systems
    Authors:
    Gawkowska Diana, Cieśla Jolanta, Kozioł Arkadiusz, Cybulska Justyna, Zdunek Artur
    Conference:
    Biologically Active Compounds in Food 2 nd International Conference (rok: 2017, ), Wydawca: Lodz University of Technology, Polish Society of Food Technologists
    Data:
    konferencja 9-10.11.2017
    Status:
    Published
  9. In vitro enzymatic-induced DASP nanostructure reorganization
    Authors:
    Kozioł Arkadiusz, Pieczywek Piotr, Cybulska Justyna, Zdunek Artur
    Conference:
    8th AFM BioMed Conference Kraków (rok: 2017, ), Wydawca: Jagiellonian University, Institute of Nuclear Physics PAS
    Data:
    konferencja 4-8.09.2017
    Status:
    Published
  10. The concentration affected aggregation and gelation in solution of sodium carbonate-soluble pectin extracted from pears
    Authors:
    Koczańska, M., Cieśla, J., Gawkowska, D., Pieczywek, P., Cybulska, J., Zdunek, A.
    Conference:
    12th International Conference on Agrophysics: Soil, Plants & Climate (rok: 2018, ), Wydawca: Instytut Agrofizyki PAN w Lublinie
    Data:
    konferencja 17-19.09.2018
    Status:
    Published
  11. Właściwości kwasowo-zasadowe pektyn wyizolowanych z jabłek
    Authors:
    Ganczarenko Diana, Cieśla Jolanta, Cybulska Justyna, Zdunek Artur
    Conference:
    60. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego (rok: 2017, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Data:
    konferencja 17-21.09.2017
    Status:
    Published
  12. Zinc and strontium ions as cross-linking agents of pectins
    Authors:
    Ganczarenko D., Cybulska J., Zdunek A>
    Conference:
    11th International Conference on Agrophysics (rok: 2016, ), Wydawca: Instytut Agrofizyki im. B. Dobrzańskiego PAN
    Data:
    konferencja 26-28 września 2016
    Status:
    Published
  13. Jony cynku jako czynnik sieciujący pektyny
    Authors:
    Diana Ganczarenko, Justyna Cybulska, Artur Zdunek
    Conference:
    XXIII Lubelskie Warsztaty Biofizyczne (rok: 2019, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biofizyczne oddział w Lublinie
    Data:
    konferencja 24-25 maja 2016
    Status:
    Published
  14. Structure and role of pectins (sodium carbonate fraction) for cell walls mechanics
    Authors:
    Kozioł A., Cybulska J., Pieczywek P.M., Zdunek A.
    Conference:
    XVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Biofizycznego (rok: 2016, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biofizyczne
    Data:
    konferencja 28 czerwca - 1 lipca, 2016
    Status:
    Published
  15. The cross-linking process of sodium carbonate-soluble pectin from apples in the presence of strontium chloride'
    Authors:
    Gawkowska, D., Cieśla, J., Cybulska, J., Zdunek, A.
    Conference:
    12th International Conference on Agrophysics: Soil, Plants & Climate (rok: 2018, ), Wydawca: Instytut Agrofizyki PAN w Lublinie
    Data:
    konferencja 17-19.09.2018
    Status:
    Published
  16. The structural characterization of sodium carbonate soluble fraction of pectin (DASP) extracted from plant cell walls
    Authors:
    Pieczywek Piotr, Kozioł Arkadiusz, Ganczarenko Diana, Zdunek Artur
    Conference:
    8th AFM BioMed Conference (rok: 2017, ), Wydawca: Jagiellonian University, Institute of Nuclear Physics PAS
    Data:
    konferencja 4-8.09.2017
    Status:
    Published
  17. Wpływ jonów cynku na proces żelowania pektyn rozpuszczalnych w rozcieńczonych alkaliach
    Authors:
    Diana Gawkowska, Jolanta Cieśla, Justyna Cybulska, Artur Zdunek
    Conference:
    VI Sympozjum Inżynierii Żywności (rok: 2018, ), Wydawca: Wydział Nauk o Żywności SGGW
    Data:
    konferencja 26-27.06.2018
    Status:
    Published
  18. An effect of pH on gelation of sodium carbonate-soluble pectin extracted from pears
    Authors:
    Koczańska, M., Cieśla, J., Gawkowska, D., Pieczywek, P., Cybulska, J., Zdunek, A.
    Conference:
    12th International Conference on Agrophysics: Soil, Plants & Climate (rok: 2018, ), Wydawca: Instytut Agrofizyki PAN w Lublinie
    Data:
    konferencja 17-19.09.2018
    Status:
    Published
  19. Interaction of zinc ions with diluted alkali soluble pectin fraction
    Authors:
    Ganczarenko Diana, Cieśla Jolanta, Kozioł Arkadiusz, Cybulska Justyna, Zdunek Artur
    Conference:
    16th International Workshop for Young Scientists "BioPhys Spring 2017" (rok: 2017, ), Wydawca: Instytut Agrofizyki im. B. Dobrzańskiego PAN
    Data:
    konferencja 1-3.06.2017
    Status:
    Published
  20. Investigation on interactions of pectins with divalent metal ions (zinc and strontium ions)
    Authors:
    Ganczarenko D., Cybulska J., Zdunek A.
    Conference:
    12th International Conference on Polysaccharides-Glycoscience (rok: 2016, ), Wydawca: Czech Chemical Society
    Data:
    konferencja 19-21 października 2016
    Status:
    Published
  21. Oddziaływanie pektyn rozpuszczalnych w rozcieńczonych alkaliach z jonami cynku i strontu
    Authors:
    Ganczarenko D.
    Conference:
    IX Sympozjum Doktorantów pt. "Cztery Żywioły – współczesne problemy w naukach o życiu" (rok: 2016, ), Wydawca: Wydział Inżynierii Produkcji, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie
    Data:
    konferencja 27 października 2016
    Status:
    Published
  22. Physicochemical properties of the diluted alkali-soluble pectin from pears and its concentration-affected cross-linking process.
    Authors:
    Cieśla J., Koczańska M., Pieczywek P., Gawkowska D., Cybulska J., Zdunek A.
    Conference:
    15th International Conference on Polysaccharides - Glycoscience (rok: 2019, ), Wydawca: Czech Chemical Society
    Data:
    konferencja 13-15 listopada
    Status:
    Published
  23. The influence of zinc ions on the cross-linking of diluted alkali soluble pectin from apples
    Authors:
    Diana Gawkowska, Jolanta Cieśla, Arkadiusz Kozioł, Justyna Cybulska, Artur Zdunek
    Conference:
    VI International Session of Young Scientific Staff 'Food - tradition and modernity' (rok: 2018, ), Wydawca: Towarzystwo Wydawnictw Naukowych Libropolis Sp.z. o.o.
    Data:
    konferencja 24-25.05.2018
    Status:
    Published
  24. Wpływ stężenia pektyn ekstrahowanych węglanem sodu z jabłek na ich proces sieciowania
    Authors:
    Gawkowska D., Cieśla J., Cybulska J., Zdunek A.
    Conference:
    Konferencja Doktorantów pt. "Cztery Żywioły – współczesne problemy w naukach o życiu" (rok: 2018, ), Wydawca: Wydział Inżynierii Produkcji Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie
    Data:
    konferencja 25 października 2018
    Status:
    Published

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy