Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Influence of selection on a crop plant genome - identification and characterization of sequences targeted by domestication and breeding in rye (Secale cereale L.).

2014/14/E/NZ9/00285

Keywords:

rye structural genomic NGS genotyping DArT genetic diversity genetic map selection pressure

Descriptors:

  • NZ2_2: Genomics, transcriptomics, epigenomics
  • NZ9_12: Conservation of genetic resources
  • NZ9_1: Agronomy

Panel:

NZ9 - Fundamentals of applied life sciences and biotechnology: agricultural, forestry, horticulture, animal production and fishery, food and nutrition sciences, industrial biosciences, environmental biotechnology and remediation

Host institution :

Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, Wydział Ogrodnictwa, Biotechnologii i Architektury Krajobrazu

woj. mazowieckie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr hab. Hanna Bolibok-Brągoszewska 

Number of co-investigators in the project: 4

Call: SONATA BIS 4 - announced on 2014-06-16

Amount awarded: 1 834 141 PLN

Project start date (Y-m-d): 2015-06-03

Project end date (Y-m-d): 2022-12-02

Project duration:: 90 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. komputer z oprogramowaniem Windows Office (4 szt.) (18 000 PLN)
  2. zamrażarka (-20 stopni C) (3 000 PLN)
  3. zestaw pipet (3 szt.) (16 500 PLN)
  4. lodówka (2 500 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (4)
  • Articles in post-conference publications (9)
  1. Effective BAC clone anchoring with genotyping-by-sequencig and Diveristy Arrays Technology in a large genome cereal rye
    Authors:
    Ewa Borzęcka, Anna Hawliczek-Strulak, Leszek Bolibok, Piotr Gawroński, Katarzyna Tofil, Paweł Milczarski, Stefan Stojałowski, Beata Myśków, Małgorzata Tagońska-Karasek, Agnieszka Grądzielewska, Miłosz Smolik, Andrzej Kilian, Hanna Bolibok-Brągoszewska
    Academic press:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 8428), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1038/s41598-018-26541-y - link to the publication
  2. Deep sampling and pooled amplicon sequencing reveals hidden genic variation in heterogeneous rye accessions
    Authors:
    Anna Hawliczek, Leszek Bolibok, Katarzyna Tofil, Ewa Borzęcka, Joanna Jankowicz-Cieślak, Piotr Gawroński, Adam Kral, Bradley J. Till, Hanna Bolibok-Brągoszewska
    Academic press:
    BMC Genomics (rok: 2020, tom: 21, strony: nie dotyczy), Wydawca: BioMed Central Ltd/Springer Nature
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/s12864-020-07240-3 - link to the publication
  3. Selective sweeps identification in distinct groups of cultivated rye (Secale cereale L.) germplasm provides potential candidate genes for crop improvement.
    Authors:
    Anna Hawliczek, Ewa Borzęcka, Katarzyna Tofil, Nikolaos Alachiotis, Leszek Bolibok, Piotr Gawroński, Dörthe Siekmann, Bernd Hackauf, Roman Dušinský, Miroslav Švec, Hanna Bolibok-Brągoszewska
    Academic press:
    BMC Plant Biology (rok: 2023, tom: 23, strony: 323), Wydawca: SpringerNature
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/s12870-023-04337-1 - link to the publication
  4. Chromosome-scale genome assembly provides insights into rye biology, evolution and agronomic potential
    Authors:
    Timothy Rabanus-Wallace, M; Hackauf, Bernd; Mascher, Martin; Lux, Thomas; Wicker, Thomas; Gundlach, Heidrun; Baez, Mariana; Houben, Andreas; X Mayer, Klaus F; Guo, Liangliang; Poland, Jesse Pozniak, Curtis J; Walkowiak, Sean; Melonek, Joanna; Praz, Coraline R; Schreiber, Mona; Budak, Hikmet; Heuberger, Matthias; Steuernagel, Burkhard; Wulff, Brande; Börner, Andreas ;Byrns, Brook ;Čížková, Jana; Brian Fowler, D; Fritz, Allan; Himmelbach, Axel; Kaithakottil, Gemy; Keilwagen, Jens; Keller, Beat; Konkin, David; Larsen, Jamie; Li, Qiang; Myśków, Beata; Padmarasu, Sudharsan; Rawat, Nidhi; Sesiz, Uğur; Biyiklioglu-Kaya, Sezgi; Sharpe, Andy; Šimková, Hana; Small, Ian; Swarbreck, David; Toegelová, Helena; Tsvetkova, Natalia; Voylokov, Anatoly V ;Vrána, Jan; Bauer, Eva; Bolibok-Bragoszewska, Hanna; Doležel, Jaroslav; Hall, Anthony; Jia, Jizeng; Korzun, Viktor; Laroche, André; Ma, Xue-Feng; Ordon, Frank; Özkan, Hakan; Rakoczy-Trojanowska, Monika; Scholz, Uwe; Schulman, Alan H; Siekmann, Dörthe; Stojałowski, Stefa;n Tiwari, Vijay K; Spannagl, Manuel; Stein, Nils
    Academic press:
    Nature Genetics (rok: 2021, tom: 53, strony: 564-573), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1038/s41588-021-00807-0 - link to the publication
  1. Analiza genetycznego zróznicowania wewnątrz-i miedzyodmianowego u żyta z różnych obszarów geograficznych
    Authors:
    Kutlug Onal I, Kielak O, Hawliczek A, Abuya H, Droszcz M, Ur Rehman S, Bolibok-BragoszewskaH
    Conference:
    Konferencja Naukowa "Genetyka Aplikacyjna Roślin - wyzwania XXI wieku" (rok: 2021, ), Wydawca: SGGW KGHiBR
    Data:
    konferencja 22-24.09.
    Status:
    Published
  2. Development of an efficient Ecotilling protocol for rye
    Authors:
    Hawliczek-Strulak A, Till B, Jankowicz-Cieślak J, Borzęcka E, Tofil K, Kral A, Bolibok-Brągoszewska H
    Conference:
    8th International Triticeae Symposium (rok: 2017, ), Wydawca: Helmut Knupffer
    Data:
    konferencja June 12-16
    Status:
    Published
  3. Development of genomics resources in a large-genome non-model species Secale cereale L
    Authors:
    Bolibok-Brągoszewska H, Gawroński P, Hawliczek-Strulak A, Borzęcka E, Tofil K, Pawełkowicz M, Schmittner K, Ringauf A, Plader W
    Conference:
    Polski Kongres Genetyki (rok: 2016, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Genetyczne
    Data:
    konferencja 19-22 września
    Status:
    Published
  4. Identyfikacja śladów presji selekcyjnej w genomach form żyta o różnym pochodzeniu i stopniu ulepszenia
    Authors:
    Hawliczek A, Borzecka E, Alachiotis A, Tofil K, Gawroński P, Siekman D, Hackakuf B, Dusinsky R, Svec M, Bolibok-Bragoszewska H
    Conference:
    Genetyka aplikacyjna roślin - wyzwania XXI wieku (rok: 2021, ), Wydawca: KGHiBR SGGW
    Data:
    konferencja 22-24.09.
    Status:
    Published
  5. Insights into influence of domestication and selection on the rye (Secale L.) genome based on GBS genotyping of diverse accessions with different origin and improvement status
    Authors:
    Anna Hawliczek, Ewa Borzęcka, Nikolaos Alachiotis, Katarzyna Tofil, Piotr Gawroński, Dörthe Siekmann, Bernd Hackauf, Roman Dušinský, Miroslav Švec, Hanna Bolibok-Brągoszewska
    Conference:
    5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding (rok: 2019, ), Wydawca: AKJournals AkCongress
    Data:
    konferencja 4-7 November
    Status:
    Published
  6. Wysokoprzepustowe sekwencjonowanie w ocenie zróżnicowania genów oraz w identyfikacji ich funkcjonalnych wariantów
    Authors:
    ANNA HAWLICZEK, BRADLEY TILL, JOANNA JANKOWICZ-CIEŚLAK, EWA BORZĘCKA, KATARZYNA TOFIL, ADAM KRAL, HANNA BOLIBOK-BRĄGOSZEWSKA
    Conference:
    XIV OGÓLNOPOLSKA KONFERENCJA NAUKOWA NAUKA DLA HODOWLI I NASIENNICTWA ROŚLIN UPRAWNYCH ZAKOPANE, 5.02 — 8.02.2019r. (rok: 2019, ), Wydawca: INSTYTUT HODOWLI I AKLIMATYZACJI ROŚLIN PAŃSTWOWY INSTYTUT BADAWCZY
    Data:
    konferencja 5.02 — 8.02.2019
    Status:
    Published
  7. High-throughput anchoring of BAC clones to a rye genetic map using DArTseq technology
    Authors:
    Borzęcka E, Hawliczek-Strulak A, Tofli K, Gawroński P, Bolibok-Brągoszewska H
    Conference:
    8th International Triticeae Symposium (rok: 2017, ), Wydawca: Helmut Knupfer
    Data:
    konferencja June 12-16
    Status:
    Published
  8. Markery molekularne nowej generacji w genomice żyta
    Authors:
    Hanna Bolibok-Brągoszewska, Anna Hawliczek-Strulak, Ewa Borzęcka, Katarzyna Tofil
    Conference:
    Nowe osiągnięcia polskich zespołów badawczych w dziedzinie genetyki, hodowli i biotechnologii roślin (rok: 2016, ), Wydawca: Wydział Kształtowania Środowiska i Rolnictwa, Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny
    Data:
    konferencja 8-10 czerwca
    Status:
    Published
  9. Biblioteka BAC i technologia Oxford Nanopore w poszukiwaniu genów warunkujących istotne użytkowo cechy żyta
    Authors:
    EWA BORZĘCKA, ANNA HAWLICZEK, PIOTR GAWROŃSKI, MAGDALENA PAWEŁKOWICZ, KATARZYNA TOFIL, HANNA BOLIBOK-BRĄGOSZEWSKA
    Conference:
    XIV OGÓLNOPOLSKA KONFERENCJA NAUKOWA NAUKA DLA HODOWLI I NASIENNICTWA ROŚLIN UPRAWNYCH ZAKOPANE, 5.02 — 8.02.2019 r. (rok: 2019, ), Wydawca: INSTYTUT HODOWLI I AKLIMATYZACJI ROŚLIN PAŃSTWOWY INSTYTUT BADAWCZY
    Data:
    konferencja 5.02 — 8.02.2019
    Status:
    Published

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy