Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Genomic and transcritpomic consequences of different methods for variability generation in cucumber.

2013/11/B/NZ9/00814

Keywords:

Next generation sequencing genomes transcriptomes transgenesis mutagenesis somaclonal variation

Descriptors:

  • NZ9_4: Horticulture

Panel:

NZ9 - Fundamentals of applied life sciences and biotechnology: agricultural, forestry, horticulture, animal production and fishery, food and nutrition sciences, industrial biosciences, environmental biotechnology and remediation

Host institution :

Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, Wydział Ogrodnictwa, Biotechnologii i Architektury Krajobrazu

woj. mazowieckie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr hab. Wojciech Pląder 

Number of co-investigators in the project: 6

Call: OPUS 6 - announced on 2013-09-16

Amount awarded: 1 240 227 PLN

Project start date (Y-m-d): 2014-09-11

Project end date (Y-m-d): 2018-09-10

Project duration:: 48 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (4)
  • Articles in post-conference publications (18)
  1. Biological significance, computational analysis, and applications of plant microRNAs
    Authors:
    Maria Szwacka, Magdalena Pawełkowicz, Agnieszka Skarzyńska, Paweł Osipowski, Michał Wojcieszek, Zbigniew Przybecki, Wojciech Pląder
    Academic press:
    ACTA PHYSIOLOGIAE PLANTARUM (rok: 2018, tom: 40/8, strony: 146 (0-30)), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1007/s11738-018-2718-4 - link to the publication
  2. Expression of the thaumatin II transgene in cucumber plants has minimal influence on the fruit transcriptomes
    Authors:
    MagdalenaPawełkowicz, Agnieszka Skarzyńska, Małgorzata Sroka, Maria Szwacka, Tomasz Pniewski, WOjciech Pląder
    Academic press:
    Trangenic Research (rok: 2019, tom: nd, strony: nd), Wydawca: Springer
    Status:
    Submitted
    DOI:
    nd - link to the publication
  3. A high-quality cucumber genome assembly enhances computational comparative genomics
    Authors:
    Paweł Osipowski, Magdalena Pawełkowicz, Michał Wojcieszek, Agnieszka Skarzyńska, Zbigniew Przybecki, Wojciech Pląder
    Academic press:
    Molecular Genetics and Genomics (rok: 2019, tom: nd, strony: 45308), Wydawca: Springer
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1007/s00438-019-01614-3 - link to the publication
  4. Genome-wide discovery of DNA variants in cucumber somaclonal lines
    Authors:
    Agnieszka Skarzyńska; Magdalena Pawełkowicz; Wojciech Pląder
    Academic press:
    Gene (rok: 2019, tom: nd, strony: nd), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Submitted
    DOI:
    nd - link to the publication
  1. Comparison of de novo assembly statistics of Cucumis sativus L.
    Authors:
    WOJCIESZEK M., KUŚMIREK W., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W., NOWAK RM
    Conference:
    XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017, Wilga, 28.05-04.06.17 (rok: 2017, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 28.05-04.06.2017
    Status:
    Published
  2. Detection of genomic rearrangement in cucumber using genomecmp software.
    Authors:
    KULAWIK M., PAWEŁKOWICZ M., WOJCIESZEK M., PLĄDER W., NOWAK RM.
    Conference:
    XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 28.05-04.06.17
    Status:
    Published
  3. Application of bioinformatics techniques for protein interaction analysis
    Authors:
    Jowita Grzędzicka, Agnieszka Skarzyńska, Kacper Posyniak, Tomasz Mróz, Wojciech Pląder
    Conference:
    XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Proc of SPIE
    Data:
    konferencja 03.06 - 10.06.18
    Status:
    Published
  4. Assembly of cucumber (Cucumis sativus L.) somaclones.
    Authors:
    SKARZYŃSKA A., KUŚMIREK W., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W., NOWAK RM.
    Conference:
    XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 28.05-04.06.17
    Status:
    Published
  5. Comparative genomics of homozygous B10 cucumber line individuals show dynamics within functional loci
    Authors:
    OSIPOWSKI P., WOJCIESZEK M., PAWEŁKOWICZ M., SKARZYŃSKA A., PLĄDER W., PRZYBECKI Z.
    Conference:
    6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, ), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
    Data:
    konferencja 11-14.09.17
    Status:
    Published
  6. Identification and bioinformatics comparison of two novel phosphatases in monoecious and gynoecious cucumber lines
    Authors:
    Pawełkowicz M., Wojcieszek M., Osipowski P., Krzywkowski T., Pląder W., Przybecki Z.,
    Conference:
    XXXVIII-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2016, (rok: 2016, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 30.05 – 05.06.2016
    Status:
    Published
  7. Transcriptome analysis of flower buds of cucumber to identify potential genes involved in sex differentiation
    Authors:
    Skarzyńska A., Pawełkowicz M., Wojcieszek M., Osipowski P., Pląder W., Przybecki Z.
    Conference:
    17th European Congress on Biotechnology, Kraków, Polska (rok: 2016, ), Wydawca: New Biotechnology
    Data:
    konferencja 03 – 06.06.2016
    Status:
    Published
  8. Comparison of bioinformatics programs for analysis of single nucleotide variants
    Authors:
    Agnieszka Skarzyńska, Magdalena Pawełkowicz, Wojciech Pląder
    Conference:
    XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Proc of SPIE
    Data:
    konferencja 03.06 - 10.06.18
    Status:
    Published
  9. Genomic comparison of cucumber growth type mutants.
    Authors:
    WOJCIESZEK M., PAWEŁKOWICZ M., PRZYBECKI Z., PLĄDER W.
    Conference:
    6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, ), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
    Data:
    konferencja 11-14.09.17
    Status:
    Published
  10. Identification of hypothetical changes caused by in vitro regeneration process
    Authors:
    SKARZYŃSKA A., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
    Conference:
    Plant Genome Evolution 2017, Sitges, Spain, (rok: 2017, ), Wydawca: Elseviere
    Data:
    konferencja 01-03.11.17
    Status:
    Published
  11. Interaction analysis of genes potentially involved in sex differentiation in cucumber.
    Authors:
    PAWEŁKOWICZ M., SKARZYŃSKA A., PLĄDER W., PRZYBECKI Z.
    Conference:
    Plant Genome Evolution 2017, Sitges, Spain, (rok: 2017, ), Wydawca: Elseviere
    Data:
    konferencja 01-03.11.17
    Status:
    Published
  12. Different approaches of NGS reads correction for structural variant calling of cucumber somaclonal lines.
    Authors:
    SKARZYŃSKA A., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
    Conference:
    6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, ), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
    Data:
    konferencja 11-14.09.17
    Status:
    Published
  13. Is an in Vitro Regeneration Process a Source of Genomic Changes?
    Authors:
    Agnieszka Skarzynska, Magdalena Pawelkowicz, Wojciech Plader
    Conference:
    Plant Genetics and Breeding Technologies III (rok: 2018, ), Wydawca: VISCEA, Viena, Austria
    Data:
    konferencja 12.07 - 13.07.18
    Status:
    Published
  14. Is trangenesis significantly altering the cucumber genome?
    Authors:
    SKARZYŃSKA A., SZWACKA M., OSIPOWSKI P., PAWEŁKOWICZ M., PLĄDER W.
    Conference:
    6th Central European Congress of Life Sciences Eurobiotech (rok: 2017, ), Wydawca: Targi w Krakowie Ltd.
    Data:
    konferencja 11-14.09.17
    Status:
    Published
  15. The construction of genomic libraries in BAC and its practical application and bioinformatic usage
    Authors:
    Agnieszka Skarzyńska, Kohei Yagi, Maciej Kiełek, Wojciech Gutman, Wojciech Pląder, Zbigniew Przybecki
    Conference:
    XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Proc of SPIE
    Data:
    konferencja 03.06 - 10.06.18
    Status:
    Published
  16. CuGene as tool to view and explore genomic data.
    Authors:
    HAPONIUK M., PAWEŁKOWICZ M., PRZYBECKI Z., NOWAK RM
    Conference:
    XL-th IEEE-SPIE Joint Symposium (rok: 2017, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 28.05-04.06.17
    Status:
    Published
  17. The utility of optical detection system (qPCR) and bioinformatics methods in reference gene expression analysis
    Authors:
    Skarzyńska A., Pawełkowicz M., Pląder W., Przybecki Z.
    Conference:
    XXXVIII-th IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2016 (rok: 2016, ), Wydawca: Proc. of SPIE
    Data:
    konferencja 30.05 – 05.06.2016
    Status:
    Published
  18. Transcriptome based annotation for new version of C. sativus genome
    Authors:
    Wojcieszek M., Osipowski P., Pawełkowicz M., Skarzyńska A., Borodowsky M., Pląder W., Przybecki Z
    Conference:
    17th European Congress on Biotechnology, Kraków, Polska (rok: 2016, ), Wydawca: New Biotechnology
    Data:
    konferencja 03 – 06.06.2016.
    Status:
    Published

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy