Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Analysis of similarity of biopolymer structures using descriptors of local structure.

2011/03/D/NZ2/02004

Keywords:

local descriptors of structure structural alignment structure comparison NP-completeness structural fragments segment swaps circular permutations multiple alignments clique searching Motzkin-Straus theorem evolutionary algorithms

Descriptors:

  • NZ2_7: Bioinformatics
  • ST6_9: Human computer interaction, speech recognition and synthesis, natural language processing
  • NZ2_3: Proteomics

Panel:

NZ2 - Genetics, genomics: molecular genetics, genomics, proteomics, bioinformatics, systems biology, genetic epidemiology

Host institution :

Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego PAN

woj. mazowieckie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr Paweł Daniluk 

Number of co-investigators in the project: 5

Call: SONATA 2 - announced on 2011-09-15

Amount awarded: 390 875 PLN

Project start date (Y-m-d): 2012-10-08

Project end date (Y-m-d): 2017-10-07

Project duration:: 60 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. Stacja robocza (7 408 PLN)
  2. Stacja robocza o dużej mocy obliczeniowej wyposażona w monitor LCD o wysokiej częstotliwości odświeżania umożliwiający wyświetlanie obrazów 3D z odpowiednimi okularami (29 750 PLN)
  3. Zestaw do wyświetlania w technologii 3D (karta graficzna klasy nVidia GTX 580, monitor, okulary) z urządzeniem haptycznym (np. Novint Falcon) (2 szt.) (12 500 PLN)
  4. Urządzenia do wizualizacji i interaktywnej pracy z obiektami trójwymiarowymi.
  5. Przenośna stacja robocza z kartą graficzną umożliwiającą prowadzenie obliczeń w technologii CUDA (9 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (3)
  • Book publications / chapters in book publications (1)
  1. ResiCon: a method for the identification of dynamic domains, hinges and interfacial regions in proteins.
    Authors:
    Maciej Dziubiński, Paweł Daniluk, Bogdan Lesyng
    Academic press:
    Bioinformatics (rok: 2016, tom: 32, strony: 25-34), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1093/bioinformatics/btv525 - link to the publication
  2. Implementation of a maximum clique search procedure on CUDA
    Authors:
    Paweł Daniluk, Grzegorz Firlik, Bogdan Lesyng
    Academic press:
    Journal of Heuristics (rok: 2019, tom: 25, strony: 247–271), Wydawca: Springer US
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1007/s10732-018-9393-x - link to the publication
  3. WeBIAS: a web server for publishing bioinformatics applications
    Authors:
    Paweł Daniluk, Bartek Wilczyński, Bogdan Lesyng
    Academic press:
    BMC Research Notes (rok: 2015, tom: 8, strony: 628), Wydawca: BioMed Central Ltd
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/s13104-015-1622-x - link to the publication
  1. Theoretical and Computational Aspects of Protein Structural Alignment
    Authors:
    Paweł Daniluk, Bogdan Lesyng
    Book:
    Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes (rok: 2014, tom: 1, strony: 557-598), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy