Wyszukiwarka projektów

Publikacje w czasopismach (8)

1. Structure prediction of linear and cyclic peptides using CABS-flex

   Autorzy:

   Aleksandra Badaczewska-Dawid, Karol Wróblewski, Mateusz Kurcinski, Sebastian Kmiecik

   Czasopismo:

   Briefings in bioinformatics (rok: 2024, tom: 25, 2, strony: 46030), Wydawca: Oxford Academic

   Status:

   Opublikowana

   DOI:

   10.1093/bib/bbae003 – link do publikacji

2. RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures

   Autorzy:

   Fan Bu, Yagoub Adam, Ryszard W. Adamiak, Maciej Antczak, Belisa Rebeca H. de Aquino, Nagendar Goud Badepally, Robert T. Batey, Eugene F. Baulin, Pawel Boinski, Michal J. Boniecki, Janusz M. Bujnicki, Kristy A. Carpenter, Jose Chacon, Shi-Jie Chen, Wah Chiu, Pablo Cordero, Naba Krishna Das, Rhiju Das, Wayne K. Dawson, Frank DiMaio, Feng Ding, Anne-Catherine Dock-Bregeon, Nikolay V. Dokholyan, Ron O. Dror, Stanisław Dunin-Horkawicz, Stephan Eismann, Eric Ennifar, Reza Esmaeeli, Masoud Amiri Farsani, Adrian R. Ferré-D'Amaré, Caleb Geniesse, George E. Ghanim, Horacio V. Guzman, Iris V. Hood, Lin Huang, Dharm Skandh Jain, Farhang Jaryani, Lei Jin, Astha Joshi, Masha Karelina, Jeffrey S. Kieft, Wipapat Kladwang, Sebastian Kmiecik, Deepak Koirala, Markus Kollmann, Rachael C. Kretsch, Mateusz Kurciński, Jun Li, Shuang Li, Marcin Magnus, BenoÎt Masquida, S. Naeim Moafinejad, Arup Mondal, Sunandan Mukherjee, Thi Hoang Duong Nguyen, Grigory Nikolaev, Chandran Nithin, Grace Nye, Iswarya P. N. Pandaranadar Jeyeram, Alberto Perez, Phillip Pham, Joseph A. Piccirilli, Smita Priyadarshini Pilla, Radosław Pluta, Simón Poblete, Almudena Ponce-Salvatierra, Mariusz Popenda, Lukasz Popenda, Fabrizio Pucci, Ramya Rangan, Angana Ray, Aiming Ren, Joanna Sarzynska, Congzhou Mike Sha, Filip Stefaniak, Zhaoming Su, Krishna C. Suddala, Marta Szachniuk, Raphael Townshend, Robert J. Trachman III, Jian Wang, Wenkai Wang, Andrew Watkins, Tomasz K. Wirecki, Yi Xiao, Peng Xiong, Yiduo Xiong, Jianyi Yang, Joseph David Yesselman, Jinwei Zhang, Yi Zhang, Zhenzhen Zhang, Yuanzhe Zhou, Tomasz Zok, Dong Zhang, Sicheng Zhang, Adriana Żyła, Eric Westhof & Zhichao Miao

   Czasopismo:

   Nature Methods (rok: 2024, tom: 22, strony: 399–411), Wydawca: Springer nature

   Status:

   Opublikowana

   DOI:

   10.1038/s41592-024-02543-9 – link do publikacji

3. Protein–Protein Docking with Large-Scale Backbone Flexibility Using Coarse-Grained Monte-Carlo Simulations

   Autorzy:

   Kurcinski, M.; Kmiecik, S.; Zalewski, M.; Kolinski, A.

   Czasopismo:

   International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 7341), Wydawca: MDPI

   Status:

   Opublikowana

   DOI:

   10.3390/ijms22147341 – link do publikacji

4. MAPIYA contact map server for identification and visualization of molecular interactions in proteins and biological complexes.

   Autorzy:

   Badaczewska-Dawid A.E., Chandran N., Wróblewski K., Kurcinski M, Kmiecik S.

   Czasopismo:

   Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: W474–W482), Wydawca: Oxford University Press

   Status:

   Opublikowana

   DOI:

   10.1093/nar/gkac307 – link do publikacji

5. Exploring protein functions from structural flexibility using CABS-flex modeling

   Autorzy:

   Chandran Nithin, Rocco Peter Fornari, Smita P. Pilla, Karol Wroblewski, Mateusz Zalewski, Rafał Madaj, Andrzej Kolinski, Joanna M. Macnar, Sebastian Kmiecik

   Czasopismo:

   Protein Science (rok: 2024, tom: 33, strony: e5090), Wydawca: Wiley

   Status:

   Opublikowana

   DOI:

   10.1002/pro.5090 – link do publikacji

6. Comparative analysis of RNA 3D structure prediction methods: towards enhanced modeling of RNA–ligand interactions

   Autorzy:

   Nithin C., Kmiecik S., Błaszczyk R., Nowicka J., Tuszyńska I.

   Czasopismo:

   Nucleic Acids Research (rok: 2024, tom: 52(13), strony: 7465-7486), Wydawca: Oxford Academic

   Status:

   Opublikowana

   DOI:

   10.1093/nar/gkae541 – link do publikacji

7. Integrating AlphaFold pLDDT Scores into CABS-flex for enhanced protein flexibility simulations.

   Autorzy:

   Karol Wróblewski , Sebastian Kmiecik

   Czasopismo:

   Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2024, tom: 23, strony: 4350-4356), Wydawca: Elsevier

   Status:

   Opublikowana

   DOI:

   10.1016/j.csbj.2024.11.047 – link do publikacji

8. A3D database: structure-based predictions of protein aggregation for the human proteome

   Autorzy:

   Badaczewska-Dawid A.E., Garcia-Pardo J.,Kuriata A., Pujols J., Ventura S., Kmiecik S.

   Czasopismo:

   Biorxiv (rok: 2021, tom: -, strony: -), Wydawca: -

   Status:

   Opublikowana

   DOI:

   10.1101/2021.11.17.468872 – link do publikacji