Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Rozwój narzędzi do racjonalnego projektowania leków peptydowych

2020/39/B/NZ2/01301

Słowa kluczowe:

projektowanie leków bioinformatyka strukturalna dokowanie białko-peptyd modelowanie gruboziarniste modelowanie wieloskalowe

Deskryptory:

  • NZ2_010: Modelowanie i symulacje biologiczne
  • NZ2_008: Biologia obliczeniowa
  • NZ2_007: Bioinformatyka

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Sebastian Kmiecik 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 20 - ogłoszony 2020-09-15

Przyznana kwota: 1 867 576 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2021-07-01

Zakończenie projektu: 2025-07-06

Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt zakończony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (11)
  1. RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures
    Autorzy:
    Fan Bu, Yagoub Adam, Ryszard W. Adamiak, Maciej Antczak, Belisa Rebeca H. de Aquino, Nagendar Goud Badepally, Robert T. Batey, Eugene F. Baulin, Pawel Boinski, Michal J. Boniecki, Janusz M. Bujnicki, Kristy A. Carpenter, Jose Chacon, Shi-Jie Chen, Wah Chiu, Pablo Cordero, Naba Krishna Das, Rhiju Das, Wayne K. Dawson, Frank DiMaio, Feng Ding, Anne-Catherine Dock-Bregeon, Nikolay V. Dokholyan, Ron O. Dror, Stanisław Dunin-Horkawicz, Stephan Eismann, Eric Ennifar, Reza Esmaeeli, Masoud Amiri Farsani, Adrian R. Ferré-D'Amaré, Caleb Geniesse, George E. Ghanim, Horacio V. Guzman, Iris V. Hood, Lin Huang, Dharm Skandh Jain, Farhang Jaryani, Lei Jin, Astha Joshi, Masha Karelina, Jeffrey S. Kieft, Wipapat Kladwang, Sebastian Kmiecik, Deepak Koirala, Markus Kollmann, Rachael C. Kretsch, Mateusz Kurciński, Jun Li, Shuang Li, Marcin Magnus, BenoÎt Masquida, S. Naeim Moafinejad, Arup Mondal, Sunandan Mukherjee, Thi Hoang Duong Nguyen, Grigory Nikolaev, Chandran Nithin, Grace Nye, Iswarya P. N. Pandaranadar Jeyeram, Alberto Perez, Phillip Pham, Joseph A. Piccirilli, Smita Priyadarshini Pilla, Radosław Pluta, Simón Poblete, Almudena Ponce-Salvatierra, Mariusz Popenda, Lukasz Popenda, Fabrizio Pucci, Ramya Rangan, Angana Ray, Aiming Ren, Joanna Sarzynska, Congzhou Mike Sha, Filip Stefaniak, Zhaoming Su, Krishna C. Suddala, Marta Szachniuk, Raphael Townshend, Robert J. Trachman III, Jian Wang, Wenkai Wang, Andrew Watkins, Tomasz K. Wirecki, Yi Xiao, Peng Xiong, Yiduo Xiong, Jianyi Yang, Joseph David Yesselman, Jinwei Zhang, Yi Zhang, Zhenzhen Zhang, Yuanzhe Zhou, Tomasz Zok, Dong Zhang, Sicheng Zhang, Adriana Żyła, Eric Westhof & Zhichao Miao
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2024, tom: 22, strony: 399–411), Wydawca: Springer nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41592-024-02543-9 - link do publikacji
  2. Comparative analysis of RNA 3D structure prediction methods: towards enhanced modeling of RNA–ligand interactions
    Autorzy:
    Nithin C., Kmiecik S., Błaszczyk R., Nowicka J., Tuszyńska I.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2024, tom: 52(13), strony: 7465-7486), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkae541 - link do publikacji
  3. A3D database: structure-based predictions of protein aggregation for the human proteome
    Autorzy:
    Badaczewska-Dawid A.E., Garcia-Pardo J.,Kuriata A., Pujols J., Ventura S., Kmiecik S.
    Czasopismo:
    Biorxiv (rok: 2021, tom: -, strony: -), Wydawca: -
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1101/2021.11.17.468872 - link do publikacji
  4. MAPIYA contact map server for identification and visualization of molecular interactions in proteins and biological complexes.
    Autorzy:
    Badaczewska-Dawid A.E., Chandran N., Wróblewski K., Kurcinski M, Kmiecik S.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: W474–W482), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkac307 - link do publikacji
  5. Protein–Protein Docking with Large-Scale Backbone Flexibility Using Coarse-Grained Monte-Carlo Simulations
    Autorzy:
    Kurcinski, M.; Kmiecik, S.; Zalewski, M.; Kolinski, A.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 7341), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22147341 - link do publikacji
  6. Structure prediction of linear and cyclic peptides using CABS-flex
    Autorzy:
    Aleksandra Badaczewska-Dawid, Karol Wróblewski, Mateusz Kurcinski, Sebastian Kmiecik
    Czasopismo:
    Briefings in bioinformatics (rok: 2024, tom: 25, 2, strony: 45665), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bib/bbae003 - link do publikacji
  7. Protein–Protein Docking with Large-Scale Backbone Flexibility Using Coarse-Grained Monte-Carlo Simulations
    Autorzy:
    Kurcinski, M.; Kmiecik, S.; Zalewski, M.; Kolinski, A.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 7341), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22147341 - link do publikacji
  8. Structure prediction of linear and cyclic peptides using CABS-flex
    Autorzy:
    Aleksandra Badaczewska-Dawid, Karol Wróblewski, Mateusz Kurcinski, Sebastian Kmiecik
    Czasopismo:
    Briefings in bioinformatics (rok: 2024, tom: 25, 2, strony: 45665), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bib/bbae003 - link do publikacji
  9. Integrating AlphaFold pLDDT Scores into CABS-flex for enhanced protein flexibility simulations.
    Autorzy:
    Karol Wróblewski , Sebastian Kmiecik
    Czasopismo:
    Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2024, tom: 23, strony: 4350-4356), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2024.11.047 - link do publikacji
  10. Exploring protein functions from structural flexibility using CABS-flex modeling
    Autorzy:
    Chandran Nithin, Rocco Peter Fornari, Smita P. Pilla, Karol Wroblewski, Mateusz Zalewski, Rafał Madaj, Andrzej Kolinski, Joanna M. Macnar, Sebastian Kmiecik
    Czasopismo:
    Protein Science (rok: 2024, tom: 33, strony: e5090), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/pro.5090 - link do publikacji
  11. MAPIYA contact map server for identification and visualization of molecular interactions in proteins and biological complexes.
    Autorzy:
    Badaczewska-Dawid A.E., Chandran N., Wróblewski K., Kurcinski M, Kmiecik S.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: W474–W482), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkac307 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy