Połączenie symulacji molekularnej i uczenia głębokiego w projektowaniu leków de novo
2020/37/N/ST6/02728
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_007: Sztuczna inteligencja, systemy inteligentne i wieloagentowe
- ST6_011: Uczenie maszynowe, statystyczne przetwarzanie danych i zastosowania w przetwarzaniu sygnałów (np. mowy, obrazów, filmów)
- ST6_012: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki
woj. małopolskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 2
Konkurs
PRELUDIUM 19 – ogłoszony 2020-03-16
- Przyznana kwota
- 85 932 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2021-02-01
- Zakończenie projektu
- 2024-01-31
- Planowany czas trwania projektu
- 36 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (6)
-
Generation of new inhibitors of selected cytochrome P450 subtypes – in silico study
- Autorzy:
- Tomasz Danel, Agnieszka Wojtuch, Sabina Podlewska
- Czasopismo:
- Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2022, tom: 20, strony: 5639-5651), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.csbj.2022.10.005 – link do publikacji
-
Extended study on atomic featurization in graph neural networks for molecular property prediction
- Autorzy:
- Agnieszka Wojtuch, Tomasz Danel, Sabina Podlewska, Łukasz Maziarka
- Czasopismo:
- Journal of Cheminformatics (rok: 2024, tom: 15, strony: -), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13321-023-00751-7 – link do publikacji
-
Relative molecule self-attention transformer
- Autorzy:
- Łukasz Maziarka, Dawid Majchrowski, Tomasz Danel, Piotr Gaiński, Jacek Tabor, Igor Podolak, Paweł Morkisz, Stanisław Jastrzębski
- Czasopismo:
- Journal of Cheminformatics (rok: 2024, tom: 16, strony: -), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13321-023-00789-7 – link do publikacji
-
Generative Models Should at Least Be Able to Design Molecules That Dock Well: A New Benchmark
- Autorzy:
- Tobiasz Ciepliński, Tomasz Danel, Sabina Podlewska, Stanisław Jastrzębski
- Czasopismo:
- Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2023, tom: 63, strony: 3238–3247), Wydawca: American Chemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jcim.2c01355 – link do publikacji
-
Docking-based generative approaches in the search for new drug candidates
- Autorzy:
- Tomasz Danel, Jan Łęski, Sabina Podlewska, Igor T Podolak
- Czasopismo:
- Drug Discovery Today (rok: 2023, tom: 28, strony: -), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.drudis.2022.103439 – link do publikacji
-
Machine learning accelerates pharmacophore-based virtual screening of MAO inhibitors
- Autorzy:
- Marcin Cieślak, Tomasz Danel, Olga Krzysztyńska-Kuleta, Justyna Kalinowska-Tłuścik
- Czasopismo:
- Scientific Reports (rok: 2024, tom: 14, strony: nie dotyczy), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/s41598-024-58122-7 – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (3)
-
ProGReST: Prototypical Graph Regression Soft Trees for Molecular Property Prediction
- Autorzy:
- Dawid Rymarczyk, Daniel Dobrowolski, Tomasz Danel
- Konferencja:
- Proceedings of the 2023 SIAM International Conference on Data Mining (SDM) (rok: 2023, tom: SIAM International Conference on Data Mining (SDM23), strony: 379 - 387), Wydawca: Society for Industrial and Applied Mathematics
- Data:
- konferencja 27-29 kwietnia 2023
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1137/1.9781611977653.ch43 – link do publikacji
-
SONGs: Self-Organizing Neural Graphs
- Autorzy:
- Łukasz Struski, Tomasz Danel, Marek Śmieja, Jacek Tabor, Bartosz Zieliński
- Konferencja:
- 2023 IEEE/CVF Winter Conference on Applications of Computer Vision (WACV) (rok: 2023, tom: 2023 IEEE/CVF Winter Conference on Applications of Computer Vision (WACV), strony: 3837-3846), Wydawca: IEEE
- Data:
- konferencja 2-7 stycznia 2023
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1109/WACV56688.2023.00384 – link do publikacji
-
Comparison of Atom Representations in Graph Neural Networks for Molecular Property Prediction
- Autorzy:
- Agnieszka Pocha, Tomasz Danel, Sabina Podlewska, Jacek Tabor, Łukasz Maziarka
- Konferencja:
- 2021 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN) Proceedings (rok: 2021, tom: IJCNN 2021), Wydawca: IEEE
- Data:
- konferencja 18-22 Lipca 2021
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1109/IJCNN52387.2021.9533698 – link do publikacji