Eksploracja cech i modelowanie struktury kwadrupleksów
2019/35/B/ST6/03074
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_013: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- ST6_012: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki i Telekomunikacji
woj. wielkopolskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
dr hab. Marta Xymena Szachniuk
Liczba wykonawców projektu: 7
Konkurs
OPUS 18 – ogłoszony 2019-09-16
- Przyznana kwota
- 867 600 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2020-07-14
- Zakończenie projektu
- 2023-07-13
- Planowany czas trwania projektu
- 36 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (15)
-
DrawTetrado to create layer diagrams of G4 structures
- Autorzy:
- M. Zurkowski, T. Zok, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 3835-3836), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btac394 – link do publikacji
-
Virxicon: a lexicon of viral sequences
- Autorzy:
- M. Kudla, K. Gutowska, J. Synak, M. Weber, K.S. Bohnsack, P. Lukasiak, T. Villmann, J. Blazewicz, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2020, tom: 36, strony: 5507-5513), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btaa1066 – link do publikacji
-
Evaluation of the stereochemical quality of predicted RNA 3D models in the RNA-Puzzles submissions
- Autorzy:
- F. Carrascoza, M. Antczak, Z. Miao, E. Westhof, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- RNA (rok: 2022, tom: 28, strony: 250-262), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1261/rna.078685.121 – link do publikacji
-
Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models
- Autorzy:
- M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, A. Korpeta, R.W. Adamiak, M. Antczak, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- Nucleic Acids Research (rok: 2021, tom: 49, strony: 9625-9632), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/nar/gkab716 – link do publikacji
-
BioCommons: a robust java library for RNA structural bioinformatics
- Autorzy:
- T. Zok
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2021, tom: 37, strony: 2766-2767), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btab069 – link do publikacji
-
In vitro and in silico analysis of miR-125a with rs12976445 polymorphism in breast cancer patients
- Autorzy:
- T.P. Lehmann, J. Miskiewicz, N. Szostak, M. Szachniuk, S. Grodecka-Gazdecka, P.P. Jagodzinski
- Czasopismo:
- Applied Sciences (rok: 2020, tom: 10, strony: 7275), Wydawca: MDPI
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.3390/app10207275 – link do publikacji
-
RNAsolo: a repository of cleaned PDB-derived RNA 3D structures
- Autorzy:
- B.Adamczyk, M. Antczak, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 3668-3670), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btac386 – link do publikacji
-
When will RNA get its AlphaFold moment?
- Autorzy:
- B. Schneider, B. Sweeney, A. Bateman, J. Cerny, T. Zok, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: 9522-9532), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/nar/gkad726 – link do publikacji
-
How bioinformatics resources work with G4 RNAs
- Autorzy:
- J. Miskiewicz, J. Sarzynska, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- Briefings in Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 46036), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bib/bbaa201 – link do publikacji
-
RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures
- Autorzy:
- K. Luwanski, V. Hlushchenko, M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, D. Martsich, M. Szachniuk, M. Antczak
- Czasopismo:
- Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: W663-W669), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/nar/gkac218 – link do publikacji
-
RNAloops: a database of RNA multiloops
- Autorzy:
- J. Wiedemann, J. Kaczor, M. Milostan, T. Zok, J. Blazewicz, M. Szachniuk, M. Antczak
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 4200–4205), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btac484 – link do publikacji
-
RNA tertiary structure prediction using RNAComposer in CASP15
- Autorzy:
- J. Sarzynska, M. Popenda, M. Antczak, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2023, tom: 91, strony: 1790-1799), Wydawca: Wiley
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/prot.26578 – link do publikacji
-
ONQUADRO: a database of experimentally determined quadruplex structures
- Autorzy:
- T. Zok, N. Kraszewska, J. Miskiewicz, P. Pielacinska, M. Zurkowski, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: D253-D258), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/nar/gkab1118 – link do publikacji
-
High-quality, customizable heuristics for RNA 3D structure alignment
- Autorzy:
- M. Zurkowski, M. Antczak, M. Szachniuk
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: btad315), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btad315 – link do publikacji
-
WebTetrado: a webserver to explore quadruplexes in nucleic acid 3D structures
- Autorzy:
- B. Adamczyk, M. Zurkowski, M. Szachniuk, T. Zok
- Czasopismo:
- Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: W607-W612), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/nar/gkad346 – link do publikacji