Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Modelowanie molekularne tworzenia struktury białkowej przez glikozaminoglikany oraz ich wpływ na biologicznie istotne oddziaływania białko-ligand

2018/30/E/ST4/00037

Słowa kluczowe:

dynamika molekularna glikozaminoglikany oddziaływania białko-cukier doking molekularny modele gruboziarniste

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • NZ1_3: Biofizyka
  • NZ1_4: Biologia strukturalna

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Sergey Samsonov 

Liczba wykonawców projektu: 4

Konkurs: SONATA BIS 8 - ogłoszony 2018-06-15

Przyznana kwota: 2 477 304 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2019-06-03

Zakończenie projektu: 2024-06-02

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt zakończony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (41)
  • Publikacje książkowe (3)
  1. Coarse-grained and atomic resolution biomolecular docking with the ATTRACT approach.
    Autorzy:
    Glashagen G., de Vries S., Uciechowska-Kaczmarzyk U., Samsonov S.A., Murail S., Tuffery P., Zacharias M.
    Czasopismo:
    Proteins (rok: 2019, tom: 88, strony: 1018–1028), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.25860 - link do publikacji
  2. Computational insights into the calcium ions role in protein-glycosaminoglycan systems.
    Autorzy:
    Kogut M.M., Maszota-Zieleniak M., Marcisz M., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Phys Chem Chem Phys (rok: 2021, tom: 23, strony: 3519–3530), Wydawca: Royal Society of Chemistry (United Kingdom)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/D0CP05438K - link do publikacji
  3. Cyclic peptidic furin inhibitors developed by combinatorial chemistry
    Autorzy:
    Gitlin-Domagalska A., Dębowki D., Maciejewska A., Samsonov S.A., Maszota-Zieleniak M., Ptaszyńska N., Łęgowska A., Rolka K.
    Czasopismo:
    ACS Medicinal Chemistry Letters (rok: 2023, tom: 14, strony: 458-465), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsmedchemlett.3c00008 - link do publikacji
  4. In silico insights into procathepsin S maturation mediated by glycosaminoglycans
    Autorzy:
    Bojarski K.K., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modeling (rok: 2023, tom: 120, strony: 108406), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2023.108406 - link do publikacji
  5. Interplay of heparan sulfate chains with the core proteins of syndecans 2 and 4
    Autorzy:
    Maszota-Zieleniak M., Liwo A., Ricard-Blum S., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Proteoglycan Research (rok: 2023, tom: 1, strony: e10), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/pgr2.10 - link do publikacji
  6. Studying specificity in protein-glycosaminoglycan recognition with umbrella sampling
    Autorzy:
    Marcicz M., Anila S., Gaardløs M., Zacharias M., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Beilstein Journal of Organic Chemistry (rok: 2023, tom: 19, strony: 1933-1946), Wydawca: The Beilstein Institute
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3762/bjoc.19.144 - link do publikacji
  7. Theory and practice of coarse-grained molecular dynamics of biologically important systems.
    Autorzy:
    Liwo A., Czaplewski C., Sieradzan A.K., Lipska A.G., Samsonov S.A., Murarka R.K.
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2021, tom: 11, strony: 1347), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom11091347 - link do publikacji
  8. Advanced Molecular Dynamics Approaches to Model a Tertiary Complex APRIL/TACI with Long Glycosaminoglycans.
    Autorzy:
    Marcisz M., Maszota-Zieleniak M., Huard B., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2021, tom: 11, strony: 1349), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom11091349 - link do publikacji
  9. Binding of fluorescent dansyl amino acids in albumin: when the access to the protein cavity is more important than the strength of binding.
    Autorzy:
    Bertozo L. C., Maszota-Zieleniak M., Bolean M., Ciancaglini P., Samsonov S.A., Ximenes V.F.
    Czasopismo:
    Dyes and Pigments (rok: 2021, tom: 188, strony: 109195), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.dyepig.2021.109195 - link do publikacji
  10. Further analyses of APRIL/APRIL-Receptor/Glycosaminoglycan interactions by biochemical assays linked to computational studies.
    Autorzy:
    Marcisz M., Huard B., Lipska A.G., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Glycobiology (rok: 2021, tom: 31, strony: 772-786), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/glycob/cwab016 - link do publikacji
  11. Induced Circular Dichroism as a Tool to Monitor the Displacement of Ligands Between Albumins
    Autorzy:
    Bertozo L., Kogut M., Maszota-Zieleniak A., Samsonov S.A., Ximenez V.F.
    Czasopismo:
    Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy (rok: 2022, tom: 278, strony: 121374), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.saa.2022.121374 - link do publikacji
  12. Insights into the roles of charged residues in substrate binding and mode of action of mannuronan C-5 epimerase AlgE4
    Autorzy:
    Gaardløs M., Samsonov S.A., Sletmoen M., Sætrom G.I., Hjørnevik M., Sletta H., Tøndervik A., Aachmann F.L.
    Czasopismo:
    Glycobiology (rok: 2021, tom: Epub, strony: Epub), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/glycob/cwab025 - link do publikacji
  13. Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment.
    Autorzy:
    Antoniak A., Biskupek I., Bojarski K.K., Czaplewski C., Giełdoń A., Kogut M., Kogut M.M., Krupa P., Lipska A.G., Liwo A., Lubecka E.A., Marcisz M., Maszota-Zieleniak M., Samsonov S.A., Sieradzan A.K., Ślusarz M.J., Ślusarz R., Wesołowski P.A., Ziȩba K.
    Czasopismo:
    J Mol Graph Mod. (rok: 2021, tom: 108, strony: 108008), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2021.108008 - link do publikacji
  14. Modulation of the expression and activity of cathepsin S in reconstructed human skin by neohesperidin dihydrochalcone
    Autorzy:
    Sage J., Renault J., Domain R., Bojarski K.K., Chazeirat T., Saidi A., Leblanc E., Nizard C., Samsonov S.A., Kurfurst R., Lalmanach G., Lecaille F.
    Czasopismo:
    Matrix Biology (rok: 2022, tom: 107, strony: 97-112), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.matbio.2022.02.003 - link do publikacji
  15. Rat cathepsin K: enzymatic specificity and regulation of its collagenolytic activity.
    Autorzy:
    Lecaille F., Chazeirat T., Bojarski K.K., Renault J., Saidi A., Prasad V.G.N.V, Samsonov S.A., Lalmanach G.
    Czasopismo:
    BBA – Proteins and Proteomics (rok: 2019, tom: 1868, strony: 140318), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbapap.2019.140318 - link do publikacji
  16. The abnormal accumulation of heparan sulfate in patients with mucopolysaccharidosis prevents the elastolytic activity of cathepsin V.
    Autorzy:
    Chazeirat T., Denamur S., Bojarski K.K., Andrault P.-M., Sizaret D., Zhang F., Saidi A., Tardieu M., Linhardt R.J., Labarthe F., Brömme D., Samsonov S.A., Lalmanach G., Lecaille F.
    Czasopismo:
    Carbohydrate Polymers (rok: 2020, tom: 253, strony: 117261), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carbpol.2020.117261 - link do publikacji
  17. Insights into the interaction of Human Serum Albumin with Ionic Liquids – Thermodynamic, spectroscopic and molecular modelling studies
    Autorzy:
    Kowalska D., Dołżonek J., Żamojć K., Samsonov S.A., Maszota-Zieleniak M., Makowska J., Stepnowski P., Białk-Bielińska A., Wyrzykowski D.
    Czasopismo:
    International Journal of Biological Macromolecules (rok: 2023, tom: 249, strony: 125883), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ijbiomac.2023.125883 - link do publikacji
  18. A case of Parkinson's disease with early onset in a heterozygous carrier of mutation in Atp7b gene.
    Autorzy:
    Ilyechova E., Miliukhina I., Karpenko M., Orlov I., Puchkova L., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Journal of Personalized Medicine (rok: 2019, tom: 9, strony: 41), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/jpm9030041 - link do publikacji
  19. Binding of heparan sulfate to human cystatin C modulates inhibition of cathepsin L:consequences in mucopolysaccharidosis
    Autorzy:
    Denamur S., Chazeirat T., Masztoa-Zieleniak M., Vives R., Saidi A., Zhang F., Linhardt R.J., Labarthe F., Samsonov S.A., Lalmanach G., Lecaille F.
    Czasopismo:
    Carbohydrate Polymers (rok: 2022, tom: 293, strony: 119734), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carbpol.2022.119734 - link do publikacji
  20. Improved consensus-fragment selection in template-assisted prediction of protein structures with the UNRES force field in CASP13.
    Autorzy:
    Karczyńska A., Zięba K., Uciechowska U., Mozolewska, M., Krupa P., Lubecka E., Lipska A., Sikorska C., Samsonov S., Sieradzan A., Gieldon A., Liwo A., Ślusarz R., Ślusarz M., Lee, J., Joo K., Czaplewski C.
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2020, tom: 60, strony: 1844–1864), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.9b00864 - link do publikacji
  21. Mind your dye: the amyloid sensor thioflavin T interacts with sulfated glycosaminoglycans used to induce cross-β-sheet motifs.
    Autorzy:
    Zsila F., Samsonov S.A., Maszota-Zieleniak M.
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2020, tom: 124, strony: 11625-11633), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.0c08273 - link do publikacji
  22. Probing proton-loading site of cytochrome c oxidase by time-resolved Fourier transform infrared spectroscopy.
    Autorzy:
    Gorbikova E., Samsonov S.A., Kalendar R.
    Czasopismo:
    Molecules (rok: 2020, tom: 25, strony: 3393), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/molecules25153393 - link do publikacji
  23. Truncation of Huia versabilis Bowman-Birk inhibitor increases its selectivity, matriptase-1 inhibitory activity and proteolytic stability.
    Autorzy:
    Gitlin-Domagalska A., Dębowski D., Gucwa K., Starego D., Ptaszyńska N., Sieradzan A., Karczyńska A., Samsonov S.A., Mangold M., Gütschow M., Łęgowska A., Rolka K.
    Czasopismo:
    Biochemie (rok: 2020, tom: 171–172, strony: 178–186), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.biochi.2020.03.006 - link do publikacji
  24. Acute phase α1-acid glycoprotein as a siderophore-capturing component of the human plasma: a molecular modeling study.
    Autorzy:
    Samsonov S.A., Zsila F., Maszota-Zieleniak M.
    Czasopismo:
    J Mol Graph Mod. (rok: 2021, tom: 105, strony: 107861), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2021.107861 - link do publikacji
  25. Affinity and putative entrance mechanisms of alkyl sulfates into the β-CD cavity
    Autorzy:
    Kogut M.M., Grabowska O., Wyrzykowski D., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Liquids (rok: 2022, tom: 364, strony: 119978), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.molliq.2022.119978 - link do publikacji
  26. Analysis of procollagen C-proteinase enhancer-1/glycosaminoglycan binding sites and of the potential role of calcium ions in the interaction.
    Autorzy:
    Potthoff J., Bojarski K.K., Kohut G., Lipska A.G., Liwo A., Kessler E., Ricard-Blum S., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2019, tom: 20, strony: 5021), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms20205021 - link do publikacji
  27. Computational insights into heparin-small molecule interactions: evaluation of the balance between stacking and non-stacking binding modes.
    Autorzy:
    Maszota-Zieleniak M., Zsila F., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Carbohydrate Research (rok: 2021, tom: 507, strony: 108390), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carres.2021.108390 - link do publikacji
  28. Effect of Tetraphenylborate on Physicochemical Properties of Bovine Serum Albumin.
    Autorzy:
    Grabowska O., Kogut M.M., Żamojć K., Samsonov S.A., Makowska J., Tesmar A., Chmur K., Wyrzykowski D., Chmurzyński L.
    Czasopismo:
    Molecules (rok: 2021, tom: 26, strony: 6565), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/molecules26216565 - link do publikacji
  29. Evaluation of Replica Exchange with Repulsive Scaling Approach for Docking Glycosaminoglycans.
    Autorzy:
    Maszota-Zieleniak M., Marcisz M., Kogut M.M., Siebenmorgen T., Zacharias M., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    J Comp Chem (rok: 2021, tom: 42, strony: 1040-1053), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/JCC.26496 - link do publikacji
  30. Explicit Solvent Repulsive Scaling Replica Exchange Molecular Dynamics (RS-REMD) in Molecular Modeling of Protein-Glycosaminoglycan Complexes
    Autorzy:
    Marcisz M., Gaardløs M., Bojarski K.K., Siebenmorgen T., Zacharias M., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    J Comp Chem (rok: 2022, tom: 43, strony: 1633-1640), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.26965 - link do publikacji
  31. Impact of calcium ions on the structural and dynamic properties of heparin oligosaccharides by computational analysis
    Autorzy:
    Kogut M.M., Danielsson A., Ricard-Blum S., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Computational Biology and Chemistry (rok: 2022, tom: 99, strony: 107727), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.compbiolchem.2022.107727 - link do publikacji
  32. Modeling protein-glycosaminoglycan complexes: does the size matter?
    Autorzy:
    Marcisz M., Zacharias M., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    J Chem Inf Mod. (rok: 2021, tom: 61, strony: 4475-4485), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.1c00664 - link do publikacji
  33. Molecular Dynamics Approaches Dissect Molecular Mechanisms Underlying Methylene Blue–Glycosaminoglycan Interactions
    Autorzy:
    Maszota-Zieleniak M., Zsila F., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Molecules (rok: 2022, tom: 27, strony: 2654), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.saa.2022.121374 - link do publikacji
  34. Physicochemical nature of sodium dodecyl sulfate interactions with bovine serum albumin revealed by interdisciplinary approaches.
    Autorzy:
    Tesmar A., Kogut M.M., Żamojć K., Grabowska O., Chmur K., Samsonov S.A., Makowska J., Wyrzykowski D., Chmurzyński L.
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Liquids (rok: 2021, tom: 340, strony: 117185), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.molliq.2021.117185 - link do publikacji
  35. In silico and in vitro mapping of specificity patterns of glycosaminoglycans towards cysteine cathepsins B, L, K, S and V
    Autorzy:
    Bojarski K.K., Sage J., Lalmanach G., Lecaille F., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    J Mol Graph Mod (rok: 2022, tom: 113, strony: 108153), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2022.108153 - link do publikacji
  36. Modeling glycosaminoglycan-protein complexes
    Autorzy:
    Kogut M.M., Marcisz M., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Current Opinion in Structural Biology (rok: 2022, tom: 73, strony: 102332), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.sbi.2022.102332 - link do publikacji
  37. Evaluation of the scale-consistent UNRES force field in template-free prediction of protein structures in the CASP13 experiment.
    Autorzy:
    Lubecka E.A., Karczynska A.S., Lipska A.G., Sieradzan A.K., Zieba K., Sikorska C., Uciechowska U., Samsonov S.A., Krupa P., Mozolewska M.A., Golon L., Gieldon A., Czaplewski C., Slusarz R., Slusarz M., Crivelli S.N., Liwo A.
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modeling (rok: 2019, tom: 92, strony: 154–166), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2019.07.013 - link do publikacji
  38. Investigation of the Structure of Regulatory Proteins Interacting with Glycosaminoglycans by Combining NMR Spectroscopy and Molecular Modeling – The Beginning of a Wonderful Friendship.
    Autorzy:
    Künze G., Huster D., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Biological Chemistry (rok: 2021, tom: 402, strony: 1337-1355.), Wydawca: Walter de Gruyter
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1515/hsz-2021-0119 - link do publikacji
  39. Solvent models benchmark for molecular dynamics of glycosaminoglycans
    Autorzy:
    Marcisz M., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2023, tom: 63, strony: 2147-2157), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.2c01472 - link do publikacji
  40. The potential role of glycosaminoglycans in serum amyloid A fibril formation by in silico approaches.
    Autorzy:
    Maszota-Zieleniak M., Danielsson A., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Matrix Biology Plus (rok: 2021, tom: 12, strony: 1000080), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.mbplus.2021.100080 - link do publikacji
  41. The role of glycosaminoglycans in procathepsin B maturation – molecular mechanism elucidated by a computational study.
    Autorzy:
    Bojarski K.K., Karczyńska A.S., Samsonov S.A.
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2020, tom: 60, strony: 2247–2256), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.0c00023 - link do publikacji
  1. Molecular dynamics simulation-based prediction of glycosaminoglycan interactions with drug molecules
    Autorzy:
    Maszota-Zieleniak M., Samsonov S.A.
    Książka:
    Computational Drug Discovery and Design (2nd Ed.). Methods in Molecular Biology Series (rok: 2023, tom: 2714, strony: 143-153), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  2. Physics-Based Coarse-Grained Modeling in Bio- and Nanochemistry
    Autorzy:
    Liwo A., Sieradzan A.K., Karczyńska A.S., Lubecka E.A., Samsonov S.A., Czaplewski C., Krupa P., Mozolewska M.
    Książka:
    Practical Aspects of Computational Chemistry (rok: 2022, tom: V, strony: 31-69), Wydawca: Springer Nature Switzerland AG
    Status:
    Opublikowana
  3. Repulsive Scaling Replica Exchange Molecular Dynamics in Modeling Protein-Glycosaminoglycan Complexes
    Autorzy:
    Marcisz M., Maszota-Zieleniak M., Samsonov S.A.
    Książka:
    Proteoglycans: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology Series (rok: 2023, tom: 2619, strony: 153–167), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy