Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Połączenie metody Rosetta z gruboziarnistym modelem SURPASS w nowy wieloskalowy algorytm modelowania białek i ich kompleksów

2018/29/B/ST6/01989

Słowa kluczowe:

modelowanie molekularne modelowanie białek giętkie dokowanie białek

Deskryptory:

  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Dominik Gront 

Liczba wykonawców projektu: 4

Konkurs: OPUS 15 - ogłoszony 2018-03-15

Przyznana kwota: 828 400 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2019-01-31

Zakończenie projektu: 2022-12-30

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt w realizacji

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (11)
  1. BioShell 3.0: Library for processing structural biology data. IF: 4,694
    Autorzy:
    Joanna M. Macnar, Natalia A. Szulc , Justyna D. Krys ́, Aleksandra E. Badaczewska-Dawid and Dominik Gront
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2020, ), Wydawca: MDPI
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.3390/biom10030461 - link do publikacji
  2. Ancient Bacterial Class Alphaproteobacteria Cytochrome P450 Monooxygenases Can Be Found in Other Bacterial Species IF: 5,942
    Autorzy:
    Nomfundo Nzuza 1, Tiara Padayachee, Puleng Rosinah Syed, Justyna Dorota Kryś , Wanping Chen, Dominik Gront , David R. Nelson and Khajamohiddin Syed
    Czasopismo:
    Int. J. Mol. Sci. (rok: 2021, tom: 22, strony: 5542), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22115542 - link do publikacji
  3. Diversification of Ferredoxins across Living Organisms IF: 2,081
    Autorzy:
    Nomfundo Nzuza, Tiara Padayachee , Wanping Chen , Dominik Gront , David R. Nelson and Khajamohiddin Syed
    Czasopismo:
    Curr. Issues Mol. Biol. (rok: 2021, tom: 43, strony: 1374-1390), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/cimb43030098 - link do publikacji
  4. Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks IF: 14,919
    Autorzy:
    Leman, Julia Koehler et al.
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2021, tom: 12, strony: 6947), Wydawca: NATURE RESEARCH
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41467-021-27222-7 - link do publikacji
  5. More P450s Are Involved in Secondary Metabolite Biosynthesis in Streptomyces Compared to Bacillus, Cyanobacteria, and Mycobacterium IF: 4,183
    Autorzy:
    Fanele Cabangile Mnguni, Tiara Padayachee, Wanping Chen, Dominik Gront, Jae-Hyuk Yu, David R. Nelson, and Khajamohiddin Syed
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2020, tom: 21, strony: 4814), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms21134814 - link do publikacji
  6. Better together: Elements of successful scientific software development in a distributed collaborative community IF: 4,7
    Autorzy:
    J. Koehler Leman, B. Weitzner, P.D. Renfrew, S. Lewis, R. Moretti, A. Watkins, V. Mulligan, S. Lyskov, J. Adolf-Bryfogle, J. Labonte, J. Krys, C. Bystroff, W. Schief, D. Gront, O. Schueler-Furman, D. Baker, P. Bradley, R. Dunbrack, T. Kortemme, A. Leaver-Fay, C.M. Strauss, J. Meiler, B. Kuhlman, J. Gray, R. Bonneau
    Czasopismo:
    PLOS Computational Biology (rok: 2020, tom: 16, strony: e1007507), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1007507 - link do publikacji
  7. In Silico Analysis of P450s and Their Role in Secondary Metabolism in the Bacterial Class Gammaproteobacteria IF: 4,412
    Autorzy:
    Ntombizethu Nokuphiwa Msomi, Tiara Padayachee, Nomfundo Nzuza, Puleng Rosinah Syed, Justyna Dorota Kryś , Wanping Chen, Dominik Gront , David R. Nelson , and Khajamohiddin Syed
    Czasopismo:
    Molecules (rok: 2021, tom: 26, strony: 1538), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/molecules26061538 - link do publikacji
  8. Macromolecular modeling and design in Rosetta: recent methods and frameworks IF: 30,822
    Autorzy:
    nie mieszczą się w formularzu
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2020, tom: 17, strony: 665-680), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41592-020-0848-2 - link do publikacji
  9. Practical Considerations for Atomistic Structure Modeling with Cryo-EM Maps IF: 4,549
    Autorzy:
    D. Kim, D. Gront, K. Sanbonmatsu
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2020, tom: 60, strony: 2436–2442), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.0c00090 - link do publikacji
  10. In Silico Structural Modeling and Analysis of Interactions of Tremellomycetes Cytochrome P450 Monooxygenases CYP51s with Substrates and Azoles IF: 5,924
    Autorzy:
    Olufunmilayo Olukemi Akapo , Joanna M. Macnar , Justyna D. Kryś , Puleng Rosinah Syed , Khajamohiddin Syed and Dominik Gront
    Czasopismo:
    Int. J. Mol. Sci. (rok: 2021, tom: 22, strony: 7811), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22157811 - link do publikacji
  11. VisuaLife: library for interactive visualization in rich web applications IF: 6,937
    Autorzy:
    Krys, JD Gront, D
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2021, tom: 37, strony: 3662-3663), Wydawca: OXFORD UNIV PRESS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab251 - link do publikacji