Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Koherentne Modele i Wydajne Algorytmy dla Duplikacji Genomowych

2017/27/B/ST6/02720

Słowa kluczowe:

duplikacje genomów drzewo filogenetyczne genomika porównawcza

Deskryptory:

  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Paweł Górecki 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 14 - ogłoszony 2017-09-15

Przyznana kwota: 798 440 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2018-07-23

Zakończenie projektu: 2023-07-22

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt w realizacji

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (8)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
  1. Integer Linear Programming Formulation for the Unified Duplication-Loss-Coalescence Model
    Autorzy:
    Javad Ansarifar, Alexey Markin, Paweł Górecki, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2020, tom: 12304, strony: 229-242), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-030-57821-3_20 - link do publikacji
  2. Exact median-tree inference for unrooted reconciliation costs IF: 3,252
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    BMC Evolutionary Biology (rok: 2020, tom: 20, strony: 136), Wydawca: BMC/Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12862-020-01700-w - link do publikacji
  3. Feasibility Algorithms for the Duplication-Loss Cost
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2019, tom: 11653, strony: 206-218), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-030-26176-4_17 - link do publikacji
  4. Minimizing genomic duplication episodes IF: 1,85
    Autorzy:
    Jarosław Paszek, Jerzy Tiuryn, Paweł Górecki
    Czasopismo:
    Computational Biology and Chemistry (rok: 2020, tom: 89, strony: 107260), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.compbiolchem.2020.107260 - link do publikacji
  5. Taming the Duplication-Loss-Coalescence Model with Integer Linear Programming IF: 1,479
    Autorzy:
    J Paszek, A Markin, P Górecki, O Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2021, tom: 28, strony: 758-773), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc.,
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/cmb.2021.0011 - link do publikacji
  6. The Unconstrained Diameters of the Duplication-Loss Cost and the Loss Cost IF: 2,428
    Autorzy:
    Paweł Górecki ; Oliver Eulenstein ; Jerzy Tiuryn
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 18, strony: 2125-2135), Wydawca: IEEE/ACM
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2019.2919617 - link do publikacji
  7. Feasibility Problems for Tree Reconciliation IF: 0,698
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Theoretical Computer Science , Wydawca: Elsevier
    Status:
    Złożona
  8. Cophenetic Distances in Near-linear Time IF: 2,17
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of ACM , Wydawca: ACM
    Status:
    Złożona
  1. Novel Genomic Duplication Models through Integer Linear Programming
    Autorzy:
    Paszek, Eulenstein, Gorecki
    Konferencja:
    ACM BCB 2021 (rok: 2021, ), Wydawca: ACM
    Data:
    konferencja August 1–4
    Status:
    Opublikowana