Koherentne Modele i Wydajne Algorytmy dla Duplikacji Genomowych
2017/27/B/ST6/02720
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 6
Konkurs
OPUS 14 – ogłoszony 2017-09-15
- Przyznana kwota
- 798 440 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2018-07-23
- Zakończenie projektu
- 2023-07-22
- Planowany czas trwania projektu
- 60 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (9)
-
Minimizing genomic duplication episodes
- Autorzy:
- Jarosław Paszek, Jerzy Tiuryn, Paweł Górecki
- Czasopismo:
- Computational Biology and Chemistry (rok: 2020, tom: 89, strony: 107260), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.compbiolchem.2020.107260 – link do publikacji
-
Unifying duplication episode clustering and gene-species mapping inference
- Autorzy:
- Paweł Górecki, Natalia Rutecka, Agnieszka Mykowiecka & Jarosław Paszek
- Czasopismo:
- Algorithms for Molecular Biology (rok: 2024, tom: 19, strony: 46042), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13015-024-00252-8 – link do publikacji
-
Integer Linear Programming Formulation for the Unified Duplication-Loss-Coalescence Model
- Autorzy:
- Javad Ansarifar, Alexey Markin, Paweł Górecki, Oliver Eulenstein
- Czasopismo:
- Lecture Notes in Computer Science (rok: 2020, tom: 12304, strony: 229-242), Wydawca: Springer
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1007/978-3-030-57821-3_20 – link do publikacji
-
Simultaneous Reconstruction of Duplication Episodes and Gene-Species Mappings
- Autorzy:
- P. Górecki, N. Rutecka, A.Mykowiecka, J.Paszek
- Czasopismo:
- Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs) (rok: 2023, tom: 242, strony: 6:1-6:18), Wydawca: Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs)
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.4230/LIPIcs.WABI.2023.6 – link do publikacji
-
Asymmetric Cluster-Based Measuresfor Comparative Phylogenetics
- Autorzy:
- Sanket Wagle, Alexey Markin, Paweł Górecki, Tavis K. Anderson and Oliver Eulenstein
- Czasopismo:
- Journal of Computational Biology (rok: 2024, tom: 31, strony: 312 - 327), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc., publishers
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1089/cmb.2023.0338 – link do publikacji
-
Exact median-tree inference for unrooted reconciliation costs
- Autorzy:
- Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
- Czasopismo:
- BMC Evolutionary Biology (rok: 2020, tom: 20, strony: 136), Wydawca: BMC/Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s12862-020-01700-w – link do publikacji
-
Taming the Duplication-Loss-Coalescence Model with Integer Linear Programming
- Autorzy:
- J Paszek, A Markin, P Górecki, O Eulenstein
- Czasopismo:
- Journal of Computational Biology (rok: 2021, tom: 28, strony: 758-773), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc.,
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1089/cmb.2021.0011 – link do publikacji
-
Feasibility Algorithms for the Duplication-Loss Cost
- Autorzy:
- Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
- Czasopismo:
- Lecture Notes in Computer Science (rok: 2019, tom: 11653, strony: 206-218), Wydawca: Springer
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1007/978-3-030-26176-4_17 – link do publikacji
-
The Unconstrained Diameters of the Duplication-Loss Cost and the Loss Cost
- Autorzy:
- Paweł Górecki ; Oliver Eulenstein ; Jerzy Tiuryn
- Czasopismo:
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 18, strony: 2125-2135), Wydawca: IEEE/ACM
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1109/TCBB.2019.2919617 – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
-
Novel Genomic Duplication Models through Integer Linear Programming
- Autorzy:
- Paszek, Eulenstein, Gorecki
- Konferencja:
- ACM BCB 2021 (rok: 2021, strony: 1–11), Wydawca: ACM
- Data:
- konferencja August 1–4
- Status:
- Opublikowana