Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Integratywne modelowanie i ustalanie struktur kompleksów makromolekularnych składających się z RNA i białek

2017/26/A/NZ1/01083

Słowa kluczowe:

biologia strukturalna RNP modelowanie molekularne dokowanie krystalografia SAXS mikroskopia elektronowa

Deskryptory:

  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ1_4: Biologia strukturalna

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Janusz Bujnicki 

Liczba wykonawców projektu: 8

Konkurs: MAESTRO 9 - ogłoszony 2017-06-14

Przyznana kwota: 3 500 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2018-10-02

Zakończenie projektu: 2025-06-01

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt w realizacji

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (12)
  • Publikacje książkowe (2)
  1. 1D2DSimScore: A novel method for comparing contacts in biomacromolecules and their complexes
    Autorzy:
    S. Naeim Moafineja, Iswarya P. N. Pandaranadar Jeyeram, Farhang Jaryani, Niloofar Shirvanizadeh, Eugene F. Bauli, Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Protein Science (rok: 2022, tom: 32, strony: 14), Wydawca: Wiley-Blackwell
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/pro.4503 - link do publikacji
  2. Computational modeling of RNA 3D structure based on experimental data
    Autorzy:
    Ponce-Salvatierra A+, Astha+, Merdas K+, Nithin C, Ghosh P, Mukherjee S and Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Bioscience Reports (rok: 2019, tom: 39, strony: 45316), Wydawca: Portland Press (Biochemical Society)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1042/BSR20180430 - link do publikacji
  3. RNA tertiary structure prediction in CASP15 by the GeneSilico group: Folding simulations based on statistical potentials and spatial restraints
    Autorzy:
    Eugene F. Baulin, Sunandan Mukherjee, S. Naeim Moafinejad, Tomasz K. Wirecki, Nagendar Goud Badepally, Farhang Jaryani, Filip Stefaniak, Masoud Amiri Farsani, Angana Ray, Tales Rocha de Moura, Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Proteins (rok: 2023, tom: 91, strony: 1800-1810), Wydawca: Wiley Periodicals LLC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.26575 - link do publikacji
  4. Bioinformatics tools and benchmarks for computational docking and 3D structure prediction of RNA-protein complexes
    Autorzy:
    Nithin C, Ghosh P and Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Genes (rok: 2018, tom: 9, strony: 432), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/genes9090432 - link do publikacji
  5. Genome-wide mapping of SARS-CoV-2 RNA structures identifies therapeutically-relevant elements
    Autorzy:
    Manfredonia I, Nithin C, Ponce-Salvatierra MA, Ghosh P, Wirecki TK, Marinus T, Ogando NS, Eric J. Snijder EJ, van Hemert MJ, Bujnicki JM, Incarnato D
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2020, tom: Vol. 48, No. 22, strony: 12436–12452), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkaa1053 - link do publikacji
  6. QRNAS: software tool for refinement of nucleic acid structures
    Autorzy:
    Stasiewicz J, Mukherjee S, Nithin C and Bujnicki JM
    Czasopismo:
    BMC Structural Biology (rok: 2019, tom: 19, strony: 45302), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12900-019-0103-1 - link do publikacji
  7. RNA 3D structure modeling by fragment assembly with small-angle X-ray scattering restraints
    Autorzy:
    Grzegorz Chojnowski, Rafał Zaborowski, Marcin Magnus, Sunandan Mukherjee, Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39(9), strony: 45295), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad527 - link do publikacji
  8. RNA target highlights in CASP15: Evaluation of predicted models by structure providers
    Autorzy:
    Kretsch RC, Andersen ES, Bujnicki JM, Chiu W, Das R, Luo B, Masquida B, McRae EKS, Schroeder GM, Su Z, Wedekind JE, Xu L, Zhang K, Zheludev IN, Moult J, Kryshtafovych A
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2023, tom: 91, strony: 1600-1615), Wydawca: Wiley Periodicals LLC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.26550 - link do publikacji
  9. Open Access Molecular insights into RNA recognition and gene regulation by the TRIM-NHL protein Mei-P26
    Autorzy:
    Anna Salerno-Kochan, Andreas Horn, Pritha Ghosh, Chandran Nithin, Anna Kościelniak, Andreas Meindl, Daniela Strauss, Rościsław Krutyhołowa, Oliver Rossbach, Janusz M.Bujnicki, Monika Gaik, Jan Medenbach, Sebastian Glatt
    Czasopismo:
    Life Science Alliance (rok: 2022, tom: 5, strony: e202201418), Wydawca: EMBO Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.26508/lsa.202201418 - link do publikacji
  10. RNA-Puzzles toolkit: a computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation, and evaluation tools
    Autorzy:
    Magnus M, Antczak M, Zok T, Wiedemann J, Lukasiak P, Cao Y, Bujnicki JM, Westhof E, Szachniuk M, Miao M
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2019, tom: Vol. 48, No. 2, strony: 576–588), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkz1108 - link do publikacji
  11. Structural basis of sRNA RsmZ regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence
    Autorzy:
    Jia X, Pan Z, Yuan Y, Luo B, Luo Y, Mukherjee S, Jia G, Liu L, Ling X, Yang X, Miao Z, Wei X, Bujnicki JM, Zhao K, Su Z
    Czasopismo:
    Cell Research (rok: 2023, tom: 33, strony: 328-330), Wydawca: Springernature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41422-023-00786-3 - link do publikacji
  12. Cryo-EM reveals dynamics of Tetrahymena group I intron self-splicing
    Autorzy:
    Luo B, Zhang C, Ling X, Mukherjee S, Jia G, Xie J, Jia X, Liu L, Baulin EF, Luo Y, Jiang L, Dong H, Wei X, Bujnicki JM, Su Z
    Czasopismo:
    Nature Catalysis (rok: 2023, tom: 6 (4), strony: 298–309), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41929-023-00934-3 - link do publikacji
  1. Modeling of three-dimensional RNA structures using SimRNA
    Autorzy:
    Wirecki TK, Nithin C, Mukherjee S, Bujnicki JM, Bonieck MJ
    Książka:
    Protein Structure Prediction (4th edition) (rok: 2020, tom: NA, strony: NA), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
  2. Computational modeling methods for 3D structure prediction of ribozymes
    Autorzy:
    Ghosh P, Nithin C, Astha, Stefaniak F, Wirecki TK, Bujnick JM
    Książka:
    Ribozymes (rok: 2020, tom: NA, strony: NA), Wydawca: Wiley-VCH
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy