Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Zintegrowane podejście do modelowania struktury i dynamiki białek z wykorzystaniem gruboziarnistego pola siłowego UNRES i metod bioinformatycznych oraz niekompletnych danych doświadczalnych.

2017/26/M/ST4/00044

Słowa kluczowe:

przewidywanie struktury białek gruboziarniste pola siłowe modelowanie porównawcze dynamika molekularna metody optymalizacji globalnej

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • NZ1_4: Biologia strukturalna

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Cezary Czaplewski 

Liczba wykonawców projektu: 8

Konkurs: HARMONIA 9 - ogłoszony 2017-06-14

Przyznana kwota: 503 440 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2018-04-13

Zakończenie projektu: 2023-04-12

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (20)
  • Publikacje książkowe (3)
  1. Extension of the force-matching method to coarse-grained models with axially symmetric sites to produce transferable force fields: Application to the UNRES model of proteins.
    Autorzy:
    Adam Liwo, Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2020, tom: 152, strony: 54902), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.5138991 - link do publikacji
  2. Prediction of Aggregation of Biologically-Active Peptides with the UNRES Coarse-Grained Model
    Autorzy:
    Iga Biskupek, Cezary Czaplewski, Justyna Sawicka, Emilia Iłowska, Maria Dzierżyńska, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2022, tom: 12, strony: 1140), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom12081140 - link do publikacji
  3. Theory and practice of coarse-grained molecular dynamics of biologically important systems
    Autorzy:
    Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam Sieradzan, Agnieszka Lipska, Sergey Samsonov, Rajesh K. Murarka
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2021, tom: 11, strony: 1347), Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom11091347 - link do publikacji
  4. UNRES-GPU for physics-based coarse-grained simulations of protein systems at biological time- and size-scales
    Autorzy:
    Krzysztof Ocetkiewicz, Cezary Czaplewski, Henryk Krawczyk, Agnieszka Lipska, Józef Adam Liwo, Jerzy Proficz, Adam Sieradzan, Paweł Czarnul
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: btad391), Wydawca: Oxford Univ Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad391 - link do publikacji
  5. Blind prediction of homo‐ and hetero‐protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment
    Autorzy:
    Marc F. Lensink , Guillaume Brysbaert , Nurul Nadzirin , Sameer Velankar , Raphaël A. G. Chaleil , Tereza Gerguri , Paul A. Bates , Elodie Laine , Alessandra Carbone , Sergei Grudinin , Ren Kong , Ran‐Ran Liu , Xi‐Ming Xu , Hang Shi , Shan Chang , Miriam Eisenstein , Agnieszka Karczyńska , Cezary Czaplewski , Emilia Lubecka , Agnieszka Lipska , Paweł Krupa , Magdalena Mozolewska , Łukasz Golon , Sergey Samsonov , Józef Adam Liwo , Silvia N. Crivelli , Guillaume Pagès , Mikhail Karasikov , Maria Kadukova , Yumeng Yan , Sheng‐You Huang , Mireia Rosell , Luis A. Rodríguez‐Lumbreras , Miguel Romero‐Durana , Lucía Díaz‐Bueno , Juan Fernandez‐Recio , Charles Christoffer , Genki Terashi , Woong‐Hee Shin , Tunde Aderinwale , Sai Raghavendra Maddhuri Venkata Subraman , Daisuke Kihara , Dima Kozakov , Sandor Vajda , Kathryn Porter , Dzmitry Padhorny , Israel Desta , Dmitri Beglov , Mikhail Ignatov , Sergey Kotelnikov , Iain H. Moal , David W. Ritchie , Isaure Chauvot de Beauchene , Bernard Maigret , Marie‐Dominique Devignes , Maria E. Ruiz Echartea , Didier Barradas‐Bautista , Zhen Cao , Luigi Cavallo , Romina Oliva , Yue Cao , Yang Shen , Minkyung Baek , Taeyong Park , Hyeonuk Woo , Chaok Seok , Merav Braitbard , Lirane Bitton , Dina Scheidman‐Duhovny , Justas Dapkūnas , Kliment Olechnovič , Česlovas Venclovas , Petras J. Kundrotas , Saveliy Belkin , Devlina Chakravarty , Varsha D. Badal , Ilya A. Vakser , Thom Vreven , Sweta Vangaveti , Tyler Borrman , Zhiping Weng , Johnathan D. Guest , Ragul Gowthaman , Brian G. Pierce , Xianjin Xu , Rui Duan , Liming Qiu , Jie Hou , Benjamin Ryan Merideth , Zhiwei Ma , Jianlin Cheng , Xiaoqin Zou , Panagiotis I. Koukos , Jorge Roel‐Touris , Francesco Ambrosetti , Cunliang Geng , Jörg Schaarschmidt , Mikael E. Trellet , Adrien S. J. Melquiond , Li Xue , Brian Jiménez‐García , Charlotte W. Noort , Rodrigo V. Honorato , Alexandre M. J. J. Bonvin , Shoshana J. Wodak
    Czasopismo:
    Proteins-Structure Function and Bioinformatics (rok: 2019, tom: 87, strony: 1200-1221), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.25838 - link do publikacji
  6. Improved consensus-fragment selection in template-assisted prediction of protein structures with the UNRES force field in CASP13
    Autorzy:
    Agnieszka Karczyńska, Karolina Zięba, Urszula Uciechowska, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Emilia Lubecka, Agnieszka Lipska, Celina Sikorska, Sergey Samsonov, Adam Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2020, tom: 60, strony: 1844-1864), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.9b00864 - link do publikacji
  7. Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions
    Autorzy:
    Rafał Ślusarz, Emilia A. Lubecka, Cezary Czaplewski and Adam Liwo
    Czasopismo:
    Frontiers in Molecular Biosciences (rok: 2022, tom: 9, strony: 1071428), Wydawca: Frontiers Media SA
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fmolb.2022.1071428 - link do publikacji
  8. Prediction of protein assemblies, the next frontier: the CASP14‐CAPRI experiment
    Autorzy:
    Marc F. Lensink, Guillaume Brysbaert, Théo Mauri, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphael A. G. Chaleil, Tereza Clarence, Paul A. Bates, Ren Kong, Bin Liu, Guangbo Yang, Ming Liu, Hang Shi, Xufeng Lu, Shan Chang, Raj S. Roy, Farhan Quadir, Jian Liu, Jianlin Cheng, Anna Antoniak, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Mateusz Kogut, Agnieszka Lipska, Józef Adam Liwo, Emilia Lubecka, Martyna Maszota-Zieleniak, Adam Sieradzan, Rafał Ślusarz, Patryk Wesołowski, Karolina Zięba, Carlos A. Del Carpio Muñoz, Eiichiro Ichiishi, Ameya Harmalkar, Jeffrey J. Gray, Alexandre M. J. J. Bonvin, Francesco Ambrosetti, Rodrigo Vargas Honorato, Zuzana Jandova, Brian Jiménez‐García, Panagiotis I. Koukos, Siri Van Keulen, Charlotte W. Van Noort, Manon Réau, Jorge Roel‐Touris, Sergei Kotelnikov, Dzmitry Padhorny, Kathryn A. Porter, Andrey Alekseenko, Mikhail Ignatov, Israel Desta, Ryota Ashizawa, Zhuyezi Sun, Usman Ghani, Nasser Hashemi, Sandor Vajda, Dima Kozakov, Mireia Rosell, Luis A. Rodríguez‐Lumbreras, Juan Fernandez‐Recio, Agnieszka Karczyńska, Sergei Grudinin, Yumeng Yan, Hao Li, Peicong Lin, Sheng‐You Huang, Charles Christoffer, Genki Terashi, Jacob Verburgt, Daipayan Sarkar, Tunde Aderinwale, Xiao Wang, Daisuke Kihara, Tsukasa Nakamura, Yuya Hanazono, Ragul Gowthaman, Johnathan D. Guest, Rui Yin, Ghazaleh Taherzadeh, Brian G. Pierce, Didier Barradas‐Bautista, Zhen Cao, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Yuanfei Sun, Shaowen Zhu, Yang Shen, Taeyong Park, Hyeonuk Woo, Jinsol Yang, Sohee Kwon, Jonghun Won, Chaok Seok, Yasuomi Kiyota, Shinpei Kobayashi, Yoshiki Harada, Mayuko Takeda‐Shitaka, Petras J. Kundrotas, Amar Singh, Ilya A. Vakser, Justas Dapkūnas, Kliment Olechnovič, Česlovas Venclovas, Rui Duan, Liming Qiu, Xianjin Xu, Shuang Zhang, Xiaoqin Zou, Shoshana J. Wodak
    Czasopismo:
    Proteins-Structure Function and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 89, strony: 1800-1823), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.26222 - link do publikacji
  9. Pseudopotentials for coarse‐grained cross‐link‐assisted modeling of protein structures
    Autorzy:
    Mateusz Kogut, Zhou Gong, Chun Tang, Józef Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2021, tom: 42, strony: 2054-2067), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.26736 - link do publikacji
  10. Hydrophobic hydration and pairwise hydrophobic interaction of Lennard-Jones and Mie particles in different water models
    Autorzy:
    Karolina Zięba, Cezary Czaplewski, Józef Adam Liwo, Giuseppe Graziano
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2020, tom: 22, strony: 4758-4771), Wydawca: RSC Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C9CP06627F - link do publikacji
  11. Recent developments in data-assisted modeling of flexible proteins
    Autorzy:
    Cezary Czaplewski, Zhou Gong, Emilia Lubecka, Kai Xue, Chun Tang, Józef Adam Liwo
    Czasopismo:
    Frontiers in Molecular Biosciences (rok: 2021, tom: 8, strony: 765562), Wydawca: Frontiers Media SA
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fmolb.2021.765562 - link do publikacji
  12. Theoretical Investigation of the Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) Infection Mechanism and Selectivity
    Autorzy:
    Iga Biskupek, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Adam Lesner, Artur Giełdoń
    Czasopismo:
    Molecules (rok: 2022, tom: 27, strony: 2080), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ - link do publikacji
  13. Modeling SARS‐CoV‐2 proteins in the CASP‐commons experiment
    Autorzy:
    Andriy Kryshtafovych, John Moult, Wendy M. Billings, Dennis Della Corte, Krzysztof Fidelis, Sohee Kwon, Kliment Olechnovič, Chaok Seok, Česlovas Venclovas, Jonghun Won, Badri Adhikari, Recep Adiyaman, Joaquim Aguirre-Plans, Minkyung Baek, David Baker, Frederico Baldassarre, Jacob Barger, Sutanu Bhattacharya, Debswapna Bhattacharya, Mor Bitton, Renzhi Cao, Jianlin Cheng, Charles Christoffer, Cezary Czaplewski, Zongyang Du, Arne Elofsson, Eshel Faraggi, Michael Feig, Narcis Fernandez-Fuentes, Nick Grishin, Sergei Grudinin, Zhiye Guo, Yuya Hanazono, Demis Hassabis, Bryce Hedelius, Lim Heo, Cassandra Hunt, Ilia Igashov, Takashi Ishida, Robert L. Jernigan, David Jones, John Jumper, Maria Kadukova, Shaun Kandathil, Chen Keasar, Daisuke Kihara, Lisa Kinch, Yasuomi Kiyota, Andrzej Kloczkowski, Pushmeet Kohli, Mateusz Kogut, Elodie Laine, Cade Lilley, Jian Liu, Józef Adam Liwo, Emilia Lubecka, Arup Mondal, Connor J. Morris, Liam J. McGuffin, Alexis Molina, Tsukasa Nakamura, Baldo Oliva, Alberto Perez, Gabriele Pozzati, Daipayan Sarkar, Rin Sato, Torsten Schwede, Bikash Shrestha, Tomer Sidi, Gabriel Studer, Md Hossain Shuvo, Mayuko Takeda-Shitaka, Yuma Takei, Genki Terashi, Kentaro Tomii, Yuko Tsuchiya, Kathryn Tunyasuvunakool, Björn Wallner, Tianqi Wu, Jinbo Xu, Yu Yamamori, Jianyi Yang, Lisha Ye, Chengxin Zhang, Yang Zhang, Wei Zheng
    Czasopismo:
    Proteins-Structure Function and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 89, strony: 1987-1996), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.26231 - link do publikacji
  14. Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
    Autorzy:
    Anna Antoniak, Iga Biskupek, Krzysztof Bojarski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Mateusz Kogut, Małgorzata Kogut, Paweł Krupa, Agnieszka Lipska, Józef Adam Liwo, Emilia Lubecka, Mateusz Marcisz, Martyna Maszota-Zieleniak, Sergey Samsonov, Adam Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Patryk Wesołowski, Karolina Zięba
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics & Modelling (rok: 2021, tom: 108, strony: 108008), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2021.108008 - link do publikacji
  15. Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse-grained simulations to treat large proteins
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Jordi Sans-Duño, Emilia A. Lubecka, Cezary Czaplewski, Agnieszka G. Lipska, Henryk Leszczyński, Krzysztof M. Ocetkiewicz, | Jerzy Proficz, Paweł Czarnul, Henryk Krawczyk, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2023, tom: 44, strony: 602-625), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.27026 - link do publikacji
  16. Assessment of chemical-crosslink-assisted protein structure modeling in CASP13
    Autorzy:
    J. Eduardo Fajardo , Rojan Shrestha , Nelson Gil , Adam Belsom , Silvia N. Crivelli , Cezary Czaplewski , Krzysztof Fidelis , Sergei Grudinin , Mikhail Karasikov , Agnieszka Karczyńska , Andriy Kryshtafovych , Alexander Leitner , Józef Adam Liwo , Emilia Lubecka , Bohdan Monastyrskyy , Guillaume Pagès , Juri Rappsilber , Adam Sieradzan , Celina Sikorska , Esben Trabjerg , Andras Fiser
    Czasopismo:
    Proteins-Structure Function and Bioinformatics (rok: 2019, tom: 87, strony: 1283-1297), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.25816 - link do publikacji
  17. Evaluation of the scale-consistent UNRES force field in template-free prediction of protein structures in the CASP13 experiment
    Autorzy:
    Emilia A. Lubecka, Agnieszka S. Karczyńska, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Celina Sikorska, Urszula Uciechowska, Sergey A. Samsonov, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Łukasz Golon, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Rafał Ślusarz b, Magdalena Ślusarz, Silvia N. Crivelli, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modelling (rok: 2019, tom: 92, strony: 154-166), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2019.07.013 - link do publikacji
  18. Long-Time Dynamics of Selected Molecular-Motor Components Using a Physics-Based Coarse-Grained Approach
    Autorzy:
    Adam Liwo, Maciej Pyrka, Cezary Czaplewski, Xubiao Peng, Antti J. Niemi
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2023, tom: 13, strony: 941), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom13060941 - link do publikacji
  19. Long-time scale simulations of virus-like particles from three human-norovirus strains
    Autorzy:
    Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan,| Cezary Czaplewski, Andrea D. Lipińska, Krzysztof M. Ocetkiewicz, Jerzy Proficz, Paweł Czarnul, Henryk Krawczyk, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2023, tom: 44, strony: 1470–1483), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.27087 - link do publikacji
  20. UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of protein structure, dynamics and thermodynamics
    Autorzy:
    Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2018, tom: 46, strony: W304-W309), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gky328 - link do publikacji
  1. Formation of Secondary and Supersecondary Structure of Proteins as a Result of Coupling Between Local and Backbone-Electrostatic Interactions: A View Through Cluster-Cumulant Scope
    Autorzy:
    Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, and Cezary Czaplewski
    Książka:
    Protein Supersecondary Structures: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology (rok: 2019, tom: vol. 1958, strony: 133-146), Wydawca: Humana Press
    Status:
    Opublikowana
  2. Scale-consistent approach to the derivation of coarse-grained force fields for simulating structure, dynamics, and thermodynamics of biopolymers
    Autorzy:
    Adam Liwo, Cezary Czaplewskia, Adam K. Sieradzan, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Łukasz Golon, Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewskae, Mariusz Makowski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Maciej Maciejczyk
    Książka:
    Progress in Molecular Biology and Translational Science. Computational Approaches for Understanding Dynamical Systems: Protein Folding and Assembly (rok: 2020, tom: 170, strony: 73-122), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
  3. Physics-Based Coarse-Grained Modeling in Bio- and Nanochemistry
    Autorzy:
    Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka S. Karczy´nska, Emilia A. Lubecka, Sergey A. Samsonov, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, and Magdalena Mozolewska
    Książka:
    Practical Aspects of Computational Chemistry (rok: 2022, tom: V, strony: 31-69), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy