Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Zwiększenie globalnej i lokalnej dokładności gruboziarnistego modelu UNRES białek oraz jego rozszerzenie na symulacje bardzo dużych układów białkowych i racemizację reszt aminokwasowych.

2017/25/B/ST4/01026

Słowa kluczowe:

przewidywanie struktury białek zwijanie białek modele gruboziarniste potencjały średniej siły uogólnione rozwinięcie kumulantowe dynamika molekularna

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_4: Struktura i architektura molekularna
  • ST3_17: Fizyka statystyczna (materii skondensowanej)

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Józef Liwo 

Liczba wykonawców projektu: 7

Konkurs: OPUS 13 - ogłoszony 2017-03-15

Przyznana kwota: 739 200 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2018-01-01

Zakończenie projektu: 2021-06-02

Planowany czas trwania projektu: 41 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Zestaw do archiwizacji danych: streamer obsługujący techologię LTO-7, pojemność taśmy 6TB oraz 20 taśm. Za kwotę 21 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (16)
  • Publikacje książkowe (4)
  1. Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
    Autorzy:
    A. Antoniak, I. Biskupek, K.K. Bojarski, C. Czaplewski, A. Giełdoń, M. Kogut, M.M. Kogut, P. Krupa, A.G. Lipska, A. Liwo, E.A. Lubecka, M. Marcisz, M. Maszota-Zieleniak, S.A. Samsonov, A.K. Sieradzan, M.J. Ślusarz, R. Ślusarz, P.A. Wesołowski, K. Zięba
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modeling (rok: 2021, tom: 108, strony: 108008), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2021.108008 - link do publikacji
  2. UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of protein structure, dynamics and thermodynamics
    Autorzy:
    Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2018, tom: 46, strony: W304–W309), Wydawca: Oxford Univ. Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gky328 - link do publikacji
  3. Unfolding the prospects of computational (bio)materials modeling
    Autorzy:
    G. J. Agur Sevink, Jozef Adam Liwo, Pietro Asinari, Donal MacKernan, Giuseppe Milano, Ignacio Pagonabarraga
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2020, tom: 153, strony: 100901), Wydawca: American Physical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/5.0019773 - link do publikacji
  4. Evaluation of the scale-consistent UNRES force field in template-free prediction of protein structures in the CASP13 experiment
    Autorzy:
    Emilia A. Lubecka, Agnieszka S. Karczyńska, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Celina Sikorska, Urszula Uciechowska, Sergey A. Samsonov, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Łukasz Golon, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Silvia N. Crivelli, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modeling (rok: 2019, tom: 92, strony: 154-166), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2019.07.013 - link do publikacji
  5. Hydrophobic hydration and pairwise hydrophobic interaction of Lennard-Jones and Mie particles in different water models
    Autorzy:
    Karolina Zięba, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Giuseppe Graziano
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2020, tom: 22, strony: 4758-4771), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c9cp06627f - link do publikacji
  6. A general method for the derivation of the functional forms of the effective energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. III. Determination of scaleconsistent backbone-local and correlation potentials in the UNRES force field and force-field calibration and validation
    Autorzy:
    Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Cezary Czaplewski, InSuk Joung, Wioletta Żmudzińska, Anna Hałabis, Stanisław Ołdziej
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2019, tom: 150, strony: 155104-1 - 155104-24), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.5093015 - link do publikacji
  7. Large-scale simulations in chemistry and biochemistry
    Autorzy:
    Adam Liwo
    Czasopismo:
    TASK Quarterly (rok: 2018, tom: 22, strony: 45302), Wydawca: TASK Publishing
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.17466/tq2018/22.4/g - link do publikacji
  8. Modeling SARS-CoV2 proteins in the CASP-commons experiment
    Autorzy:
    Andriy Kryshtafovych, John Moult, Dennis Della Corte, Krzysztof Fidelis, Sohee Kwon, Kliment Olechnovič, Chaok Seok, Česlovas Venclovas, Jonghun Won, collaborative authors
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics (rok: 2021, ), Wydawca: Wiley
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1002/prot.26231 - link do publikacji
  9. Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14-CAPRI experiment
    Autorzy:
    Marc F Lensink, Guillaume Brysbaer, Théo Mauri, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphael AG Chaleil, Tereza Clarence, Paul A Bates, Ren Kong, Bin Liu, Guangbo Yang, Ming Liu, Hang Shi, Xufeng Lu, Shan Chang, Raj S Roy, Farhan Quadir, Jian Liu, Jianlin Cheng, Anna Antoniak, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Mateusz Kogut, Agnieszka G Lipska, Adam Liwo, Emilia A Lubecka, Martyna Maszota-Zieleniak, Adam K Sieradzan, Rafał Ślusarz, Patryk A Wesołowski, Karolina Zięba, Carlos A Del Carpio Muñoz, Eiichiro Ichiishi, Ameya Harmalkar, Jeffrey J Gray, Alexandre MJJ Bonvin, Francesco Ambrosetti, Rodrigo Vargas Honorato, Zuzana Jandova, Brian Jiménez- García, Panagiotis I Koukos, Siri Van Keulen, Charlotte W Van Noort, Manon Réau, Jorge Roel-Touris, Sergei Kotelnikov, Dzmitry Padhorny, Kathryn A Porter, Andrey Alekseenko, Mikhail Ignatov, Israel Desta, Ryota Ashizawa, Zhuyezi Sun1, Usman Ghani, Nasser Hashemi, Sandor Vajda, Dima Kozakov, Mireia Rosell, Luis A Rodríguez-Lumbreras, Juan Fernandez-Recio, Agnieszka Karczynska, Sergei Grudinin, Yumeng Yan, Hao Li, Peicong Lin, Sheng-You Huang, Charles Christoffer, Genki Terashi, Jacob Verburgt, Daipayan Sarkar, Tunde Aderinwale, Xiao Wang, Daisuke Kihara, Tsukasa Nakamura, Yuya Hanazono, Ragul Gowthaman, Johnathan D Guest, Rui Yin, Ghazaleh Taherzadeh, Brian G Pierce, Didier Barradas-Bautista, Zhen Cao, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Yuanfei Sun, Shaowen Zhu, Yang Shen, Taeyong Park, Hyeonuk Woo, Jinsol Yang, Sohee Kwon, Jonghun Won, Chaok Seok, Yasuomi Kiyota, Shinpei Kobayashi, Yoshiki Harada, Mayuko Takeda-Shitaka, Petras J Kundrotas, Amar Singh, Ilya A Vakser, Justas Dapkūnas, Kliment Olechnovič, Česlovas Venclovas, Rui Duan, Liming Qiu, Shuang Zhang, Xiaoqin Zou, Shoshana J Wodak
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics (rok: 2021, ), Wydawca: John Wiley & Sons
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1002/prot.26222 - link do publikacji
  10. ESCASA: Analytical estimation of atomic coordinates from coarse-grained geometry for nuclear-magnetic-resonance-assisted protein structure modeling. I. Backbone and Hβ protons
    Autorzy:
    Emilia Lubecka, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2021, tom: 42, strony: 1579-1589), Wydawca: John Wiley & Sons
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.26695 - link do publikacji
  11. High Performance Computing with Coarse Grained Model of Biological Macromolecules
    Autorzy:
    Emilia Lubecka, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Pawe l Krupa, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Supercomputing Frontiers and Innovations (rok: 2018, tom: 5, strony: 63-75), Wydawca: Publishing Center of South Ural State University
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.14529/jsfi180206 - link do publikacji
  12. Introduction of a Bounded Penalty Function in Contact-Assisted Simulations of Protein Structures to Omit False Restraints
    Autorzy:
    Emilia A. Lubecka, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2019, tom: 40, strony: 2164–2178), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.25847 - link do publikacji
  13. Assessment of chemical-crosslink-assisted protein structure modeling in CASP13
    Autorzy:
    J. Eduardo Fajardo, Rojan Shrestha, Nelson Gil, Adam Belsom, Silvia N. Crivelli, Cezary Czaplewski, Krzysztof Fidelis, Sergei Grudinin, Mikhail Karasikov, Agnieszka S. Karczyńska, Andriy Kryshtafovych, Alexander Leitner, Adam Liwo, Emilia A. Lubecka, Bohdan Monastyrskyy, Guillaume Pagès, Juri Rappsilber, Adam K. Sieradzan, Celina Sikorska, Esben Trabjerg, Andras Fiser
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics (rok: 2019, tom: 87, strony: 1283–1297), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.25816 - link do publikacji
  14. Extension of the force-matching method to coarse-grained models with axially symmetric sites to produce transferable force fields: Application to the UNRES model of proteins
    Autorzy:
    Adam Liwo, Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2020, tom: 152, strony: 54902), Wydawca: American Physical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.5138991 - link do publikacji
  15. Improved Consensus-Fragment Selection in Template-Assisted Prediction of Protein Structures with the UNRES Force Field in CASP13
    Autorzy:
    Agnieszka S. Karczyńska, Karolina Ziȩba, Urszula Uciechowska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Celina Sikorska, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2020, tom: 60, strony: 1844−1864), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.9b00864 - link do publikacji
  16. Pseudopotentials for coarse-grained cross-link-assisted modeling of protein structures
    Autorzy:
    Mateusz Kogut, Zhou Gong, Chun Tang, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2021, ), Wydawca: John Wiley & Sons
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.26736 - link do publikacji
  1. Formation of Secondary and Supersecondary Structure of Proteins as a Result of Coupling Between Local and Backbone-Electrostatic Interactions: A View Through Cluster-Cumulant Scope
    Autorzy:
    Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski
    Książka:
    Methods in Molecular Biology: Protein Supersecondary Structures: Methods and Protocols (rok: 2019, tom: 1958, strony: 133-145), Wydawca: Springer Science+Business Media, LLC,
    Status:
    Opublikowana
  2. Scale-consistent approach to the derivation of coarse-grained force fields for simulating structure, dynamics, and thermodynamics of biopolymers
    Autorzy:
    Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Łukasz Golon, Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Mariusz Makowski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Maciej Maciejczyk
    Książka:
    PROGRESS IN MOLECULAR BIOLOGY AND TRANSLATIONAL SCIENCE (rok: 2020, tom: 170, strony: 74-122), Wydawca: Academic Press, Elsevier
    Status:
    Opublikowana
  3. Physics-based coarse-grained modeling in bio- and nanochemistry
    Autorzy:
    Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka S. Karczyńska, Emilia A. Lubecka, Sergey A. Samsonov, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska
    Książka:
    Practical Aspects of Computational Chemistry (rok: 2021, tom: V, strony: 45318), Wydawca: Springer
    Status:
    Przyjęta do publikacji
  4. Probing Protein Aggregation Using the Coarse-Grained UNRES Force Field
    Autorzy:
    Ana V. Rojas, Gia G. Maisuradze, Harold A. Scheraga, Adam Liwo
    Książka:
    Computer Simulations of Aggregation of Proteins and Peptides: Methods and Protocols (rok: 2021, ), Wydawca: Springer
    Status:
    Przyjęta do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy