Projekty finansowane przez NCN
Kompresja wielkoskalowych kolekcji danych genomowych
2017/25/B/ST6/01525
Słowa kluczowe:
kompresja danych dane genomowe sekwencjonowanie genomów
Deskryptory:
- ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
Panel:
ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca:
Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki
woj. śląskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej):
Liczba wykonawców projektu: 4
Konkurs: OPUS 13 - ogłoszony 2017-03-15
Przyznana kwota: 457 800 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2018-02-14
Zakończenie projektu: 2022-02-13
Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Mobilna stacja robocza 2. Za kwotę 14 000 PLN
- Mobilna stacja robocza 1. Za kwotę 14 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (4)
- VCFShark: how to squeeze a VCF fileAutorzy:Sebastian Deorowicz, Agnieszka Danek, Marek KokotCzasopismo:Bioinformatics (rok: 2021, tom: 37, strony: 3358-3360), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/bioinformatics/btab211 - link do publikacji
- GTShark: Genotype compression in large projectAutorzy:Sebastian Deorowicz, Agnieszka DanekCzasopismo:Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35, strony: 4791-4793), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/bioinformatics/btz508 - link do publikacji
- AGC: Compact representation of assembled genomesAutorzy:Sebastian Deorowicz, Agnieszka Danek, Heng LiCzasopismo:Nature Biotechnology , Wydawca: Nature Publishing GroupStatus:ZłożonaDoi:brak - link do publikacji
- FQSqueezer: k-mer-based compression of sequencing dataAutorzy:Sebastian DeorowiczCzasopismo:Scientific Reports (rok: 2020, tom: 10, strony: 578), Wydawca: Springer NatureStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41598-020-57452-6 - link do publikacji