Efektywne algorytmy symulacji modeli procesów stochastycznych w biologii obliczeniowej oraz metody syntezy modeli szlaków sygnałowych
2016/23/B/ST6/03455
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
- ST7_4: Inżynieria systemów, sensoryka, automatyka
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki
woj. śląskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 6
Konkurs
OPUS 12 – ogłoszony 2016-09-15
- Przyznana kwota
- 895 400 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2017-08-24
- Zakończenie projektu
- 2021-08-23
- Planowany czas trwania projektu
- 48 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Komputer przenośny. Za kwotę 7 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (9)
-
Single stranded-DNA detection: the role of Wip1 in ATR-dependent pathway.
- Autorzy:
- Kurpas M, Jonak K, Puszynski K
- Czasopismo:
- Mathematica Applicanda (Matematyka Stosowana) (rok: 2018, tom: 46, strony: 10), Wydawca: Polskie Towarzystwo Matematyczne
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.14708/ma.v46i1.6375 – link do publikacji
-
Quantitative analysis reveals crosstalk mechanisms of heat shock-induced attenuation of NF-κB signaling at the single cell level.
- Autorzy:
- Kardyńska M, Paszek A, Smieja J, Spiller D, Widlak W, White MR, Paszek P, Kimmel M
- Czasopismo:
- Plos Computational Biology (rok: 2018, tom: 14, strony: 25), Wydawca: Plos Computational Biology
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1371/journal.pcbi.1006130 – link do publikacji
-
Computational determination of the optimal dose of the cis-platinum to maximize the life time of patients diagnosed with cancer
- Autorzy:
- Emilia Kozłowska, Krzysztof Puszynski
- Czasopismo:
- Mathematica Applicanda (Matematyka Stosowana) (rok: 2019, tom: 47 (2), strony: 187-196), Wydawca: Polskie Towarzystwo Matematyczne
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.14708/ma.v47i2.6485 – link do publikacji
-
Sensitivity Analysis Aimed at Finding Potential Molecular Drug Targets
- Autorzy:
- Jaroslaw Smieja, Małgorzata Kardyńska, Marta Pudlo
- Czasopismo:
- Mathematica Applicanda (Matematyka Stosowana) (rok: 2019, tom: 47 (2), strony: 197-205), Wydawca: Polskie Towarzystwo Matematyczne
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.14708/ma.v47i2.6488 – link do publikacji
-
Piece-wise linear models of biological systems - Application, analysis, and comparison with nonlinear models using the example of the p53 regulatory module
- Autorzy:
- Magdalena Ochab, Krzysztof Puszynski
- Czasopismo:
- Plos One (rok: 2020, tom: 1, strony: 20), Wydawca: PLOS
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1371/journal.pone.0243823 – link do publikacji
-
Heat shock response regulates stimulus-specificity and sensitivity of the pro-inflammatory NF-κB signalling
- Autorzy:
- Paszek A, Kardyńska M, Begnall J, Smieja J, Spiller D, Widlak P, Kimmel M, Widlak W, Paszek P
- Czasopismo:
- Cell Communication and Signaling (rok: 2020, tom: 18, strony: 46043), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s12964-020-00583-0 – link do publikacji
-
Application of Sensitivity Analysis for Molecular Drug Targets Searching with Regard to the NF-κB Signaling Pathway
- Autorzy:
- Kardyńska M, Smieja J, Puszynski K
- Czasopismo:
- International Journal of Pharma Medicine and Biological Sciences (rok: 2021, tom: 1, strony: 82-87), Wydawca: IJPMBS
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.18178/ijpmbs.10.2.82-87 – link do publikacji
-
Activation of the atypical NF-κB pathway induced by ionizing radiation is not affected by a p53 status.
- Autorzy:
- Gracjana Zając, Marek Rusin, Barbara Łasut-Szyszka, Krzysztof Puszyński, Piotr Widłak
- Czasopismo:
- Acta Biochimica Polonica (rok: 2021, tom: N.A., strony: N.A.), Wydawca: Polish Biochemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.18388/abp.2020_5942 – link do publikacji
-
Petri nets and ODEs as complementary methods for comprehensive analysis on an example of the ATM–p53–NF-κB signaling pathways
- Autorzy:
- Gutowska K, Kogut D, Kardynska M, Formanowicz P, Smieja J, Puszynski K
- Czasopismo:
- Scientific Reports (rok: 2021, tom: N.A., strony: N.A.), Wydawca: Nature Publishing Group
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/s41598-022-04849-0 – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (3)
-
Influence of the Stochasticity in the Model on the Certain Drugs Pharmacodynamics
- Autorzy:
- Krzysztof Puszynski
- Konferencja:
- 7th International Work-Conference, IWBBIO 2019 (rok: 2019, strony: 486-497), Wydawca: Springer Nature Switzerland AG 2019
- Data:
- konferencja 43593
- Status:
- Opublikowana
-
Apoptotic Regulatory Module as Switched Control System - Analysis of Asymptotic Properties
- Autorzy:
- Ochab M , Swierniak Andrzej , Klamka Jerzy , Puszynski Krzysztof
- Konferencja:
- the 11th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2018) (rok: 2018, strony: 8), Wydawca: SCITEPRESS – Science and Technology Publications, Lda.
- Data:
- konferencja 19-21.01.2018
- Status:
- Opublikowana
-
Correction of the genes expression measurements based on the probes design features.
- Autorzy:
- Krzysztof Puszynski ; Anna Lalik ; Roman Jaksik
- Konferencja:
- The 13th International Conference on Signal Processing and Communication Systems, ICSPCS'2019 (rok: 2019, strony: 46028), Wydawca: IEEE
- Data:
- konferencja 43815
- Status:
- Opublikowana
Publikacje książkowe (3)
-
Influence of the Number of Thresholds on the Dynamics of Models with Switchings of the Biological Systems
- Autorzy:
- Magdalena Ochab, Krzysztof Puszynski
- Książka:
- Advanced, Contemporary Control (rok: 2020, tom: 1, strony: 587-598), Wydawca: Springer, Cham
- Status:
- Opublikowana
-
System with switchings as models of regulatory modules in genomic cell systems
- Autorzy:
- Andrzej Swierniak, Magdalena Ochab, Krzysztof Puszynski
- Książka:
- Studies in Systems, Decision and Control (rok: 2020, tom: 1, strony: 29), Wydawca: Springer
- Status:
- Opublikowana
-
Układy sterowania z przełaczeniami jako modele modułów regulacyjnych w sieciach genowo-komórkowych
- Autorzy:
- Andrzej Swierniak, Magdalena Ochab, Krzysztof Puszynski
- Książka:
- Automatyka, robotyka i przetwarzanie informacji (rok: 2019, tom: 1, strony: 31), Wydawca: PWN
- Status:
- Opublikowana