Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Rola międzydomenowej komunikacji allosterycznej w białku Rad50 w kontroli stabilności genomu przez kompleks Mre11

2016/21/B/NZ1/02847

Słowa kluczowe:

Mre11 Rad50 domena haczyka cynkowego fluorescencja FRET palec cynkowy alosteria stabilność

Deskryptory:

  • NZ1_3: Biofizyka
  • NZ1_2: Biochemia
  • ST5_16: Chemia biologiczna

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Biotechnologii

woj. dolnośląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Artur Krężel 

Liczba wykonawców projektu: 7

Konkurs: OPUS 11 - ogłoszony 2016-03-15

Przyznana kwota: 1 478 920 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2017-01-01

Zakończenie projektu: 2020-11-11

Planowany czas trwania projektu: 46 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. 2 zestawy komputerowe do analizy danych i obliczeń.
  2. Spektrofluorymetr do pomiaru czasu zaniku fluorescencji. Za kwotę 350 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (15)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (26)
  1. InterMetalDB: A Database and Browser of Intermolecular Metal Binding Sites in Macromolecules with Structural Information
    Autorzy:
    Józef Ba Tran, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Journal of Proteome Research (rok: 2021, tom: 20, strony: 1889-1901), Wydawca: American Chemical Society (ACS)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jproteome.0c00906 - link do publikacji
  2. Optimized allosteric inhibition of engineered protein tyrosine phosphatases with an expanded palette of biarsenical small molecules
    Autorzy:
    Samuel Korntner, Adam Pomorski, Artur Krężel, Anthony C. Bishop
    Czasopismo:
    Bioorganic and Medicinal Chemistry (rok: 2018, tom: 26, strony: 2610-2620), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bmc.2018.04.026 - link do publikacji
  3. Formation of highly stable multinuclear AgnSn clusters in zinc fingers disrupts their structure and function
    Autorzy:
    Katarzyna Kluska, Manuel D. Peris-Dıiaz, Dawid Płonka, Alexander Moysa, Michał Dadlez, Aurelien Deniaud, Wojciech Bal, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Chemical Communications (rok: 2020, tom: 56, strony: 1329--1332), Wydawca: Royal Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c9cc09418k - link do publikacji
  4. Molar absorption coefficients and stability constants of Zincon metal complexes for determination of metal ions and bioinorganic applications
    Autorzy:
    Anna Kocyła, Adam Pomorski, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Journal of Inorganic Biochemistry (rok: 2017, tom: 176, strony: 53-65), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jinorgbio.2017.08.006 - link do publikacji
  5. Phytochelatins as a Dynamic System for Cd(II) Buffering from the Micro- to Femtomolar Range
    Autorzy:
    Joanna Wątły, Marek Łuczkowski, Michał Padjasek, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Inorganic Chemistry (rok: 2021, tom: 60, strony: 4657-4675), Wydawca: American Chemical Society (ACS)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.inorgchem.0c03639 - link do publikacji
  6. Structural zinc binding sites shaped for greater works: Structure-function relations in classical zinc finger, hook and clasp domains
    Autorzy:
    Michał Padjasek, Anna Kocyła, Katarzyna Kluska, Olga Kerber, Józef Ba Tran, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Journal of Inorganic Biochemistry (rok: 2020, tom: 204, strony: 110955), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jinorgbio.2019.110955 - link do publikacji
  7. An Extremely Stable Interprotein Tetrahedral Hg(Cys)4 Core Formed in the Zinc Hook Domain of Rad50 Protein at Physiological pH
    Autorzy:
    Marek Łuczkowski, Michał Padjasek, Józef B. Tran, Lars Hemmingsen, Olga Kerber, Jelena Habjanič, Eva Freisinger, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Chemistry - A European Journal , Wydawca: Wiley
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1002/chem.202202738 - link do publikacji
  8. Chemometrics-assisted optimization of liquid chromatography-quadrupole-time-of-flight mass spectrometry analysis for targeted metabolomics
    Autorzy:
    Manuel David Peris-Díaz, Olga Rodak, Shannon R. Sweeney, Artur Krężel, Enrique Sentandreu
    Czasopismo:
    Talanta (rok: 2019, tom: 199, strony: 380-387), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.talanta.2019.02.075 - link do publikacji
  9. Mass Spectrometry-Based Structural Analysis of Cysteine-Rich Metal-Binding Sites in Proteins with MetaOdysseus R Software
    Autorzy:
    Manuel David Peris-Diaz
    Czasopismo:
    Journal of Proteome Reserach (rok: 2021, tom: 20, strony: 776-785), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jproteome.0c00651 - link do publikacji
  10. Zeptomolar Ag(I) affinity to Rad50 zinc hook domain leads to interprotein complex disruption through the formation of Ag4S4 cluster
    Autorzy:
    Olga Kerber, Józef Tran, Alicja Misiaszek, Aleksandra Chorążewska, Wojciech Bal, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Inorganic Chemistry , Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Złożona
    Doi:
    brak - link do publikacji
  11. Metal Exchange in the Interprotein ZnII-Binding Site of the Rad50 Hook Domain: Structural Insights into CdII-Induced DNA-Repair Inhibition
    Autorzy:
    Michał Padjasek, Maciej Maciejczyk, Michał Nowakowski, Olga Kerber, Maciej Pyrka, Wiktor Koźmiński, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Chemistry - A European Journal (rok: 2020, tom: 26, strony: 3297 – 3313), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/chem.201904942 - link do publikacji
  12. Fluorescent probes for selective protein labeling in lysosomes: a case of alpha-galactosidase A
    Autorzy:
    Cornelius Bohl, Adam Pomorski, Susanne Seemann, Anne-Marie Knospe, Chaonan Zheng, Artur Krężel, Arndt Rolfs, Jan Lukas
    Czasopismo:
    The FASEB Journal (rok: 2017, tom: 31, strony: 5258-5267), Wydawca: Federation of American Societies for Experimental Biology
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1096/fj.201700058RRRR - link do publikacji
  13. Galvanization of Protein–Protein Interactions in a Dynamic Zinc Interactome
    Autorzy:
    Anna Kocyła, Józef Tran, Artur Krężel
    Czasopismo:
    Trends in Biochem Sciences (rok: 2021, tom: 46, strony: 64-79), Wydawca: Cell Press / Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.tibs.2020.08.011 - link do publikacji
  14. Reactivity of Cu(II)-, Zn(II)- and Fe(II)-Thiosemicarbazone Complexes with Glutathione and Metallothionein: from Stability over Dissociation to Transmetallation
    Autorzy:
    Alice Santoro, Bertrand Vileno, Òscar Palacios, Manuel David Peris-Díaz, Gilles Riegel, Christian Gaiddon, Artur Krężel, Peter Faller
    Czasopismo:
    Metallomics (rok: 2019, tom: 11, strony: 994-1004), Wydawca: Royal Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C9MT00061E - link do publikacji
  15. Relations between Structure and Zn(II) Binding Affinity Shed Light on the Mechanisms of Rad50 Hook Domain Functioning and Its Phosphorylation
    Autorzy:
    Józef B. Tran, Michał Padjasek, Artur Krężel
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 11140), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms231911140 - link do publikacji
  1. Beyond classical binding sites in zinc proteins - biophysical overview of zinc hook, zinc clasp and altred zinc fingers
    Autorzy:
    Anna Kocyła, Michał Padjasek, Katarzyna Kluska, Justyna Adamczyk, Olga Kerber, Józef Tran, Artur Krężel
    Konferencja:
    Eurobic 14 (rok: 2018, ), Wydawca: University of Birmingham
    Data:
    konferencja 26-30.08
    Status:
    Opublikowana
  2. Bisarsenowe sondy fluorescencyjne - Chemia na pomoc biologii
    Autorzy:
    Adam Pomorski
    Konferencja:
    60 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego (rok: 2017, ), Wydawca: Politechnika Wrocławska
    Data:
    konferencja 17-21.09
    Status:
    Opublikowana
  3. Insight into Rad50's phosphorylation – stability and Zn(II) binding
    Autorzy:
    Józef Tran, Michał Padjasek, Artur Krężel
    Konferencja:
    25-th Polish Peptide Symosium (rok: 2019, ), Wydawca: Uniwersytet Medyczny we Wrocławiu
    Data:
    konferencja 2019-09-08 - 2019-09-12
    Status:
    Opublikowana
  4. Investigation of zinc hook domain of Rad50 from S. cerevisiae - spectroscopic stability studies of minimal and full domain length peptides interactions with Zn(II)
    Autorzy:
    Józef Tran, Michał Padjasek, Artur Krężel
    Konferencja:
    24-th Polish Peptide Symposium (rok: 2017, ), Wydawca: Uniwersytet Gdański
    Data:
    konferencja 3-7.09
    Status:
    Opublikowana
  5. Metal-coupled folding as the driving force for zinc proteins function - insight into sequence-structure-stability relationships in zinc finger, hook and clasp domains
    Autorzy:
    Olga Kerber, Michał Padjasek, Józef B. Tran, Katarzyna Kluska, Anna Kocyła, Artur Krężel
    Konferencja:
    17-th Naples Workshop on Bioactive Peptides (rok: 2022, ), Wydawca: 17-th Naples Workshop on Bioactive Peptides
    Data:
    konferencja 16-18.06
    Status:
    Opublikowana
  6. Structural and energetic factors that control zinc protein domains stability and function
    Autorzy:
    Justyna Adamczyk, Anna Kocyła, Michał Padjasek, Katarzyna Kluska, Artur Krężel
    Konferencja:
    24-th Polish Peptide Symposium (rok: 2017, ), Wydawca: Uniwersytet Gdański
    Data:
    konferencja 3-7.09
    Status:
    Opublikowana
  7. Biophysical characterization of Rad50 zinc hook domain from thermophilic archeon Thermoplasma acidophilum
    Autorzy:
    Olga Kerber, Artur Krężel
    Konferencja:
    43-rd FEBS Congress (rok: 2018, ), Wydawca: FEBS
    Data:
    konferencja 7-12.07
    Status:
    Opublikowana
  8. Biophysical characterization of Rad50 zinc hook domain from various thermophilic organisms
    Autorzy:
    Olga Kerber, Katarzyna Kluska, Artur Krężel
    Konferencja:
    7-th International Symposium on Metallomics (rok: 2019, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 2019-06-30 - 2019-07-03
    Status:
    Opublikowana
  9. Deciphering Cd(II) ion's impact on intermolecular Zn(II)-binding site of Rad50 zinc hook domain
    Autorzy:
    Michał Padjasek, Artur Krężel
    Konferencja:
    25-th Polish Peptide Symosium (rok: 2019, ), Wydawca: Uniwersytet Medyczny we Wrocławiu
    Data:
    konferencja 2019-09-08 - 2019-08-12
    Status:
    Opublikowana
  10. Effect of silver ions on zinc fingers structure and function – spectroscopic and stability studies
    Autorzy:
    Katarzyna Kluska, Dawid Płonka, Olga Kerber, Wojciech Bal, Artur Krężel
    Konferencja:
    7-th International Symposium on Metallomics (rok: 2019, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 2019-06-30 - 2019-07-03
    Status:
    Opublikowana
  11. How proteins match Zn(II) affinity with their functions? Relations between thermodynamics and free zinc status
    Autorzy:
    Adam Pomorski, Agnieszka drozd, Katarzyna Kluska, Justyna Adamczyk, Anna Kocyła, Artur Krężel
    Konferencja:
    International Society for Zinc in Biology ISZB 5-th meeting (rok: 2017, ), Wydawca: UCLAN
    Data:
    konferencja 18-22.06
    Status:
    Opublikowana
  12. Phosphorylation in zinc hook domain of Rad50 protein - stability and architecture Investigation
    Autorzy:
    Józef Tran, Michał Padjasek, Artur Krężel
    Konferencja:
    7-th International Symposium on Metallomics (rok: 2019, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 2019-06-30 - 2019-07-03
    Status:
    Opublikowana
  13. Regulacja i deregulacja funkcji białek cynkowych - Walka dobrego z dobrym i złym
    Autorzy:
    Artur Krężel
    Konferencja:
    64 Zjazd Naukowy PTChem (rok: 2022, ), Wydawca: UMCS
    Data:
    konferencja 11-16.09
    Status:
    Opublikowana
  14. Sequence-structure-stability relations in zinc hook, zinc clasp and altered zinc finger protein domains
    Autorzy:
    Katarzyna Kluska, Olga Kerber, Anna Kocyła, Józef Tran, Michał Padjasek, Artur Krężel
    Konferencja:
    International Symposium on Metal Complexes (rok: 2019, ), Wydawca: University of Debrecen
    Data:
    konferencja 2019-06-11 - 2019-06-14
    Status:
    Opublikowana
  15. Wpływ sposobu koordynacji oraz powinowactwa jonów Zn(II) na komórkową funkcję metalobiałek
    Autorzy:
    Katarzyna Kluska, Anna Kocyła, Olga Kerber, Józef Tran, Michał Padjasek, Manuel Peris-Díaz, Artur Krężel
    Konferencja:
    62 Zjazd PTChem Warszawa (rok: 2019, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 2019-09-02 - 2019-09-06
    Status:
    Opublikowana
  16. Biophysical properties of Rad50 zinc hook domain
    Autorzy:
    Olga Kerber, Artur Krężel
    Konferencja:
    25-th Polish Peptide Symosium (rok: 2019, ), Wydawca: Uniwersytet Medyczny we Wrocławiu
    Data:
    konferencja 2019-09-08 - 2019-09-12
    Status:
    Opublikowana
  17. Insights into the origin of weakly bound Zn(II) ion in metallothionein proteins from computational modeling
    Autorzy:
    Manuel David Peris-Díaz, Artur Krężel
    Konferencja:
    7-th International Symposium on Metallomics (rok: 2019, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 2019-06-30 - 2019-07-03
    Status:
    Opublikowana
  18. Metal-binding properties of the eukaryotic Rad50 hook domain variants – insights into the sequence-stability relationship
    Autorzy:
    Olga Kerber, Artur Krężel
    Konferencja:
    16-th European Biological Inorganic Chemistry Conference (rok: 2022, ), Wydawca: EuroBIC-16
    Data:
    konferencja 17-21.07
    Status:
    Opublikowana
  19. Relationship of the structural and zinc buffering properties of human metallothioneins
    Autorzy:
    Artur Krężel, Manuel David Peris-Díaz, Agnieszka Drozd, Dominika Wojewska, Roman Guran, Adam Pomorski, Ondrej Zitka, Vojtech Adam
    Konferencja:
    7-th International Symposium on Metallomics (rok: 2019, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 2019-06-30 - 2019-07-03
    Status:
    Opublikowana
  20. Relationships of the structural and zinc buffering properties of human metallothioneins
    Autorzy:
    Manuel D. Peris-Diaz, Agnieszka Drozd, Dominika Wojewska, Roman Guran, Adam Pomorski, Ondriej Zitka, Vojtech Adam, Artur Krężel
    Konferencja:
    The 6-th Meeting of International Society for Zinc Biology (rok: 2019, ), Wydawca: Kyoto University
    Data:
    konferencja 2019-09-06 - 2019-09-13
    Status:
    Opublikowana
  21. How proteins match Zn(II) affinity to fit their function? Relationship between thermodynamics and free zinc status
    Autorzy:
    Michał Padjasek, Anna Kocyła, Katarzyna Kluska, Justyna Adamczyk, Manuel David Peris Díaz, Artur Krężel
    Konferencja:
    11-th International Biometals Symposium (rok: 2018, ), Wydawca: University of Ottawa
    Data:
    konferencja 15-19.07
    Status:
    Opublikowana
  22. Insight into the cellular buffering mechanism through structural characterization of partially-depleted methallothionein 2
    Autorzy:
    Manuel David Peris-Díaz, Dominika Wojewska, Agnieszka Drozd, Artur Krężel
    Konferencja:
    11-th International Biometals Symposium (rok: 2018, ), Wydawca: University of Ottawa
    Data:
    konferencja 15-19.07
    Status:
    Opublikowana
  23. Metal dependent folding of a naturally altered zinc finger domains – insight into coordination mode, stability and function
    Autorzy:
    Katarzyna Kluska, Artur Krężel
    Konferencja:
    7-th International Symposium on Metallomics (rok: 2019, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 2019-06-30 - 2019-07-03
    Status:
    Opublikowana
  24. Relationship between the architecture of zinc coordination and zinc binding affinity in proteins-insights into zinc regulation
    Autorzy:
    Katarzyna Kluska, Olga Kerber, Adam Pomorski, Anna Kocyła, Michał Padjasek, Józef Tran, Manuel Peris-Diáz, Justyna Adamczyk, Artur Krężel
    Konferencja:
    61 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego (rok: 2018, ), Wydawca: Uniwersytet Jagielloński
    Data:
    konferencja 17-21.09
    Status:
    Opublikowana
  25. Składanie białek z wykorzystaniem peptydowych motywow dimeryzujących zależnych od jonow Zn(II)
    Autorzy:
    Anna Kocyła, Artur Krężel
    Konferencja:
    62 Zjazd PTChem Warszawa (rok: 2019, ), Wydawca: Politechnika Warszawska
    Data:
    konferencja 2019-09-02 - 2019-09.06
    Status:
    Opublikowana
  26. Zinc Hook Domain – Puzzling Rad50 Interprotein Zn(II) Binding Site with Many Faces
    Autorzy:
    Józef Tran, Olga Kerber, Michał Padjasek, Maciej Maciejczyk, Marek Łuczkowski, Tomasz Kochańczyk, Artur Krężel
    Konferencja:
    19th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (rok: 2019, ), Wydawca: University of Zurich
    Data:
    konferencja 2019-08-11 - 2019-08-16
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy