Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Oddziaływania peptydów amyloidu beta z jonami metali i błonami lipidowymi: Spojrzenie z symulacji sieciowych i pełnoatomowych

2015/19/B/ST4/02721

Słowa kluczowe:

agregacja białka peptydy amyloid beta oligomer jon miedzi Cu (II) jon wapniowy Ca(II) błon lipidowy choroba Alzheimera pełnoatomowa symulacja model sieciowy pole siłowe

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_1: Chemia fizyczna
  • ST4_7: Fizyka chemiczna

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Fizyki Polskiej Akademii Nauk

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Mai Li 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 10 - ogłoszony 2015-09-15

Przyznana kwota: 395 200 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-06-10

Zakończenie projektu: 2020-04-09

Planowany czas trwania projektu: 46 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Stacja robocza.
  2. Oprogramowanie (licencja MOLP). Za kwotę 359 PLN
  3. Laptop. Za kwotę 5 000 PLN
  4. Stacja robocza Quantum TXR433-0064R. Za kwotę 20 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (11)
  1. Coppe Binding Induces Polymorphism in Amyloid-beta Peptide: Results of Computational Models
    Autorzy:
    Dinh Quoc Huy Pham, Mai Suan Li, and Giovanni La Penna
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2018, tom: 122, strony: 7243-7252), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.8b03983 - link do publikacji
  2. Impact of Mutations at C-Terminus on Structures and Dynamics of Ab40 and Ab42: A Molecular Simulation Study
    Autorzy:
    Nguyen Hoang Linh, Tran Thi Minh Thu, Ly Anh Tu, Chin-Kun Hu, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem B (rok: 2017, tom: 121, strony: 4341-4354), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.6b12888 - link do publikacji
  3. Kinetics and mechanical stability of the fibril state control fibril formation time of polypeptide chains: A computational study
    Autorzy:
    Maksim Kouza, Nguyen Truong Co, Mai Suan Li, Sebastian Kmiecik, Andrzej Kolinski, Andrzej Kloczkowski, and Irina Alexandra Buhimschi
    Czasopismo:
    J Chem Phys (rok: 2018, tom: 148, strony: 215106), Wydawca: American Physical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.5028575 - link do publikacji
  4. Computational Model to Unravel the Function of Amyloid‐β Peptides in Contact with a Phospholipid Membrane
    Autorzy:
    Dinh Quoc Huy Pham, Pawel Krupa, Hoang Linh Nguyen, Giovanni La Penna, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2020, tom: 124, strony: 3300-3314), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.0c00771 - link do publikacji
  5. Computational models explain how copper binding to amyloid-β peptide oligomers enhances oxidative pathways
    Autorzy:
    Giovanni La Penna and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    Phys Chem Chem Phys (rok: 2019, tom: 21, strony: 8774-8784), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c9cp00293f - link do publikacji
  6. Heat-induced degradation of fibrils: Exponential vs logistic kinetics
    Autorzy:
    Nguyen Truong Co, Pham Dang Lan, Pham Dinh Quoc Huy, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Chem. Phys. (rok: 2020, tom: 152, strony: 115101), Wydawca: AIP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.5144305 - link do publikacji
  7. Aggregation rate of amyloid beta peptide is controlled by beta-content in monomeric state
    Autorzy:
    Tran Thi Minh Thu, Nguyen Truong Co, Ly Anh Tu and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Chem. Phys. (rok: 2019, tom: 150, strony: 225101), Wydawca: AIP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.5096379 - link do publikacji
  8. Properties of monomeric Aβ42 probed by different sampling methods and force fields: Role of energy components
    Autorzy:
    Pawel Krupa , Pham Dinh Quoc Huy, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Chem. Phys. (rok: 2019, tom: 151, strony: 55101), Wydawca: AIP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.5093184 - link do publikacji
  9. Structure and Physicochemical Properties of the Aβ42 Tetramer: Multiscale Molecular Dynamics Simulations
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Pawel Krupa, Nguyen Minh Hai, Huynh Quang Linh, Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2019, tom: 123, strony: 7253-7269), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.9b04208 - link do publikacji
  10. Towards a high-throughput modelling of copper reactivity induced by structural disorder in amyloid peptides
    Autorzy:
    G. La Penna and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    Chemistry A- European Journal (rok: 2018, tom: 24, strony: 5259), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/chem.201704654 - link do publikacji
  11. Zinc Binding Promotes Greater Hydrophobicity in Alzheimer's Aβ42 peptide than Copper Binding: Molecular Dynamics and Solvation Thermodynamics Studies
    Autorzy:
    Subramanian Boopathi, Pham Dinh Quoc Huy, Wendy Gonzalez, Panagiotis E. Theodorakis, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics (rok: 2020, tom: 88, strony: 1285-1302), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.25901 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy