Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Algorytmy globalnego dokowania białek oparte na gruboziarnistym modelu UNRES

2015/17/N/ST4/03937

Słowa kluczowe:

Dokowanie molekularne kompleksy białkowe

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Paweł Krupa 

Liczba wykonawców projektu: 2

Konkurs: PRELUDIUM 9 - ogłoszony 2015-03-16

Przyznana kwota: 77 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-01-28

Zakończenie projektu: 2018-01-27

Planowany czas trwania projektu: 24 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Nod komputerowy. Za kwotę 1 362 PLN
  2. Laptop. Za kwotę 7 638 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (8)
  • Publikacje książkowe (2)
  1. Re-optimized UNRES Potential for Protein Model Quality Assessment
    Autorzy:
    E. Faraggi, P. Krupa, M.A. Mozolewska, A. Liwo, A. Kloczkowski
    Czasopismo:
    Genes (rok: 2018, tom: 9, strony: 601), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/genes9120601 - link do publikacji
  2. Stability of α-Synuclein - Aβ42 Heterodimer: A Molecular Dynamics Study
    Autorzy:
    Yuliia Varenyk, Panagiotis E. Theodorakis, Dinh Q.H. Pham, Mai Suan Li, Paweł Krupa
    Czasopismo:
    PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics , Wydawca: Wiley
    Status:
    Złożona
    Doi:
    brak - link do publikacji
  3. Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
    Autorzy:
    Agnieszka S. Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 86, strony: 228-239), Wydawca: Wiley Periodicals, Inc
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.25421 - link do publikacji
  4. UNRES-Dock - protein-protein and peptide-protein docking by coarse-grained replica-exchange MD simulations
    Autorzy:
    Paweł Krupa, Agnieszka S. Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Adam Liwo, Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2021, ), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btaa897 - link do publikacji
  5. Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of protein structures and the refinement of server models: test with CASP12 targets
    Autorzy:
    Agnieszka Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Krzysztof K. Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, and Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modelling (rok: 2018, tom: 83, strony: 92-99), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2018.05.008 - link do publikacji
  6. Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment
    Autorzy:
    Marc F. Lensink*, Guillaume Brysbaert, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphaël A.G. Chaleil, Tereza Gerguri, Paul A. Bates, Elodie Laine, Alessandra Carbone, Sergei Grudinin, Ren Kong, Ran-Ran Liu, Xi-Ming Xu, Hang Shi, Shan Chang, Miriam Eisenstein, Agnieszka Karczynska, Cezary Czaplewski, Emilia Lubecka, Agnieszka Lipska, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Łukasz Golon, Sergey Samsonov, Adam Liwo, Silvia Crivelli, Guillaume Pagès, Mikhail Karasikov, Maria Kadukova, Yumeng Yan, Sheng-You Huang, Mireia Rosell, Luis Angel Rodríguez-Lumbreras, Miguel Romero-Durana, Lucía Díaz-Bueno, Juan Fernandez-Recio, Charles Christoffer, Genki Terashi, Woong-Hee Shin, Tunde Aderinwale, Sai Raghavendra Maddhuri Venkata Subraman, Daisuke Kihara, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Kathyn Porter, Dzmitry Padhorny, Israel Desta, Dmitri Beglov, Mikhail Ignatov, Sergey Kotelnikov, Iain H. Moal, David W. Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Maria Elisa Ruiz Echartea, Didier Barradas-Bautista, Zhen Cao, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Yue Cao, Yang Shen, Minkyung Baek, Taeyong Park, Hyeonuk Woo, Chaok Seok, Merav Braitbard, Lirane Bitton, Dina Scheidman-Duhovny, Justas Dapkūnas, Kliment Olechnovič, Česlovas Venclovas, Petras J. Kundrotas, Saveliy Belkin, Devlina Chakravarty, Varsha D. Badal, Ilya A. Vakser, Thom Vreven, Sweta Vangaveti, Tyler Borrman, Zhiping Weng, Johnathan D. Guest, Ragul Gowthaman, Brian G. Pierce, Xianjin Xu, Rui Duan, Liming Qiu, Jie Hou, Benjamin Ryan Merideth, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Panos I. Koukos, Jorge Roel-Touris, Francesco Ambrosetti, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Mikael E. Trellet, Adrien S.J. Melquiond, Li Xue, Brian Jiménez-García, Charlotte W. van Noort, Rodrigo V. Honorato, Alexandre M.J.J. Bonvin, Shoshana J. Wodak
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2019, tom: 87, strony: 1200-1221), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.25838 - link do publikacji
  7. Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    Autorzy:
    P. Krupa, M.A. Mozolewska, M. Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, A.K. Sieradzan, R. Ganzynkowicz, A.G. Lipska, A. Karczyńska, M. Ślusarz, R. Ślusarz, A. Giełdoń, C. Czaplewski, D. Jagieła, B. Zaborowski, H.A. Scheraga
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2016, tom: 31, strony: 3270-3278), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btw404 - link do publikacji
  8. Prediction of CD28-CD86 protein complex structure using different level of resolution approach
    Autorzy:
    Paweł Krupa, Marta Spodzieja, Adam K. Sieradzan
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Graphics and Modelling (rok: 2021, tom: 103, strony: 0), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2020.107802 - link do publikacji
  1. Physics-based coarse-grained modeling in bio- and nanochemistry
    Autorzy:
    Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka S. Karczyńska, Emilia A. Lubecka, Sergey A. Samsonov, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska
    Książka:
    Practical Aspects of Computational Chemistry V , Wydawca: Springer
    Status:
    Złożona
  2. Modeling the structure, dynamics, and transformations of proteins with the UNRES force field
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Agnieszka Karczyńska, Agnieszka Lipska, Emilia A. Lubecka, Ewa Gołaś, Tomasz Wirecki, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo
    Książka:
    Methods in Molecular Biology (rok: 2018, ), Wydawca: Springer
    Status:
    Przyjęta do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy