Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Algorytmy kompresji i analizy danych genomowych

2015/17/B/ST6/01890

Słowa kluczowe:

kompresja danych genomika skompresowane struktury danych algorytmy zewnętrzne

Deskryptory:

  • ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Sebastian Deorowicz 

Liczba wykonawców projektu: 8

Konkurs: OPUS 9 - ogłoszony 2015-03-16

Przyznana kwota: 539 920 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-03-01

Zakończenie projektu: 2019-10-31

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Stacjonarna stacja robocza. Za kwotę 11 300 PLN
  2. Przenośne stacje robocze (2 szt.). Za kwotę 28 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (8)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (2)
  1. KMC 3: counting and manipulating k -mer statistics IF: 5,766
    Autorzy:
    Marek Kokot, Maciej Długosz, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2017, tom: 33, strony: 2759-2761), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btx304 - link do publikacji
  2. Whisper 2: indel-sensitive short read mapping IF: 8,86
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś
    Czasopismo:
    Bioinformatics , Wydawca: Oxford Uiversity Press
    Status:
    Złożona
  3. FAMSA: Fast and accurate multiple sequence alignment of huge protein families IF: 5,228
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Agnieszka Debudaj-Grabysz & Adam Gudyś
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2016, tom: 6, strony: Article no. 33964), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/srep33964 - link do publikacji
  4. GTC: how to maintain huge genotype collections in a compressed form IF: 8,561
    Autorzy:
    Agnieszka Danek, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2018, tom: 34, strony: 1834-1840), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty023 - link do publikacji
  5. Whisper: Read sorting allows robust mapping of sequencing data IF: 7,307
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Agnieszka Debudaj-Grabysz, Adam Gudyś, Szymon Grabowski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35, strony: 2043-2050), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty927 - link do publikacji
  6. Kmer-db: instant evolutionary distance estimation IF: 7,307
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś, Maciej Długosz, Marek Kokot, Agnieszka Danek
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35, strony: 133-136), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty610 - link do publikacji
  7. FQSqueezer: k-mer-based compression of sequencing data IF: 8,561
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2019, tom: brak, strony: brak), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Złożona
  8. CoMSA: compression of protein multiple sequence alignment files IF: 7,307
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Joanna Walczyszyn, Agnieszka Debudaj-Grabysz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35, strony: 227-234), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty619 - link do publikacji
  1. Even faster sorting of (not only) integers
    Autorzy:
    Marek Kokot, Sebastian Deorowicz, and Maciej D lugosz
    Konferencja:
    International Conference on Man-Machine Interactions (rok: 2017, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja October 3-6, 2017
    Status:
    Opublikowana
  2. Improvements in DNA Reads Correction
    Autorzy:
    Maciej Długosz, Sebastian Deorowicz, and Marek Kokot
    Konferencja:
    International Conference on Man-Machine Interactions (rok: 2017, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja October 3-6, 2017
    Status:
    Opublikowana