Algorytmy kompresji i analizy danych genomowych
2015/17/B/ST6/01890
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- NZ2_7: Bioinformatyka
Panel
ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca
Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki
woj. śląskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 8
Konkurs
OPUS 9 – ogłoszony 2015-03-16
- Przyznana kwota
- 539 920 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2016-03-01
- Zakończenie projektu
- 2019-10-31
- Planowany czas trwania projektu
- 44 miesiące (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Przenośne stacje robocze (2 szt.). Za kwotę 28 000 PLN
- Stacjonarna stacja robocza. Za kwotę 11 300 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (6)
-
KMC 3: counting and manipulating k -mer statistics
- Autorzy:
- Marek Kokot, Maciej Długosz, Sebastian Deorowicz
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2017, tom: 33, strony: 2759-2761), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/btx304 – link do publikacji
-
GTC: how to maintain huge genotype collections in a compressed form
- Autorzy:
- Agnieszka Danek, Sebastian Deorowicz
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2018, tom: 34, strony: 1834-1840), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/bty023 – link do publikacji
-
Whisper: Read sorting allows robust mapping of sequencing data
- Autorzy:
- Sebastian Deorowicz, Agnieszka Debudaj-Grabysz, Adam Gudyś, Szymon Grabowski
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35, strony: 2043-2050), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/bty927 – link do publikacji
-
CoMSA: compression of protein multiple sequence alignment files
- Autorzy:
- Sebastian Deorowicz, Joanna Walczyszyn, Agnieszka Debudaj-Grabysz
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35, strony: 227-234), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/bty619 – link do publikacji
-
Kmer-db: instant evolutionary distance estimation
- Autorzy:
- Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś, Maciej Długosz, Marek Kokot, Agnieszka Danek
- Czasopismo:
- Bioinformatics (rok: 2019, tom: 35, strony: 133-136), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bioinformatics/bty610 – link do publikacji
-
FAMSA: Fast and accurate multiple sequence alignment of huge protein families
- Autorzy:
- Sebastian Deorowicz, Agnieszka Debudaj-Grabysz & Adam Gudyś
- Czasopismo:
- Scientific Reports (rok: 2016, tom: 6, strony: Article no. 33964), Wydawca: Nature Publishing Group
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/srep33964 – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (2)
-
Even faster sorting of (not only) integers
- Autorzy:
- Marek Kokot, Sebastian Deorowicz, and Maciej D lugosz
- Konferencja:
- International Conference on Man-Machine Interactions (rok: 2017, strony: 481-491), Wydawca: Springer
- Data:
- konferencja October 3-6, 2017
- Status:
- Opublikowana
-
Improvements in DNA Reads Correction
- Autorzy:
- Maciej Długosz, Sebastian Deorowicz, and Marek Kokot
- Konferencja:
- International Conference on Man-Machine Interactions (rok: 2017, strony: 115-124), Wydawca: Springer
- Data:
- konferencja October 3-6, 2017
- Status:
- Opublikowana