Projekty finansowane przez NCN
Globalne badanie podwójnych pęknięć DNA w genomie Saccharomyces cerevisiae
2015/17/D/NZ2/03711
Słowa kluczowe:
metoda BLESS pęknięcia dsDNA integralność genomu widełki replikacyjne S. cerevisiae sekwencjonowanie nowej generacji
Deskryptory:
- NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
- NZ2_7: Bioinformatyka
- NZ1_1: Biologia molekularna
Panel:
NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej):
Liczba wykonawców projektu: 3
Konkurs: SONATA 9 - ogłoszony 2015-03-16
Przyznana kwota: 914 000 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2016-03-16
Zakończenie projektu: 2019-09-15
Planowany czas trwania projektu: 42 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Rozbudowa mikroskopu.
- Analizator komórek. Za kwotę 95 000 PLN
- Drobny sprzęt laboratoryjny (miniwirówka, kołyska). Za kwotę 9 000 PLN
- Rozbudowa termomiksera.
- System oczyszczania wody.
- Pipetor ręczny.
- Wielokanałowe pipety o regulowanym rozstawie wylotów i objętości.
- Wirówko-worteks.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (9)
- i-BLESS: ultra-sensitive method for detection of DNA double-strand breaksAutorzy:Biernacka, A., Zhu, Y., Skrzypczak, M., Forey, R., Pardo, B., Grzelak, M., Nde, J., Mitra, A., Kudlicki, A., Crosetto, N., Pasero, P., Rowicka, M., Ginalski, K.Czasopismo:Communications Biology (rok: 2018, tom: 1, strony: -), Wydawca: Springer NatureStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s42003-018-0165-9 - link do publikacji
- qDSB-Seq: quantitative DNA double-strand break sequencingAutorzy:Zhu, Y., Biernacka, A., Pardo, B., Dojer, N., Forey, R., Skrzypczak, M., Fongang, B., Nde, J., Yousefi, R., Pasero, P., Ginalski, K. and Rowicka, M.Czasopismo:Nature Communications (rok: 2019, tom: 2,02291666666667, strony: 11), Wydawca: Nature Publishing GroupStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41467-019-10332-8 - link do publikacji
- Exome scale map of genetic alterations promoting metastasis in colorectal cancerAutorzy:Goryca, K., Kulecka, M., Paziewska, A., Dabrowska, M., Grzelak, M., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Mroz, A., Rutkowski, A., Paczkowska, K., Mikula, M., Ostrowski, J.Czasopismo:BMC Genetics (rok: 2018, tom: 19, strony: -), Wydawca: Springer NatureStatus:OpublikowanaDoi:10.1186/s12863-018-0673-0 - link do publikacji
- MRX increases chromatin accessibility at stalled replication forks to promote nascent DNA resection and cohesin loadingAutorzy:Delamarre, A., Barthe, A., de la Roche Saint-André, C., Luciano, P., Forey, R., Padioleau, I., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Géli, V., Lengronne, A. and Pasero, P.Czasopismo:Molecular Cell (rok: 2020, tom: 77, strony: 395-410.e3), Wydawca: Cell PressStatus:OpublikowanaDoi:10.029 - link do publikacji
- Ssb1 and Ssb2 cooperate to regulate mouse hematopoietic stem and progenitor cell function by resolving replicative stress in vivoAutorzy:Shi, W., Vu, T., Boucher, D., Biernacka, A., Nde, J., Pandita, R.K., Straube, J., Boyle, G.M., Al-Ejeh, F., Nag, P., Jeffery, J., Harris, J.L., Bain, A.L., Grzelak, M., Skrzypczak, M., Mitra, A., Dojer, N., Crosetto, N., Cloonan, N., Becherel, O.J., Finnie, J., Skaar, J.R., Walkley, C.R., Pandita, T.K., Rowicka, M., Ginalski, K., Lane, S.W., Khanna, K.K.Czasopismo:Blood (rok: 2017, tom: 129, strony: 2479–2492), Wydawca: American Society of HematologyStatus:OpublikowanaDoi:10.1182/blood-2016-06-725093 - link do publikacji
- Comprehensive Mapping of Histone Modifications at DNA Double-Strand Breaks Deciphers Repair Pathway Chromatin SignaturesAutorzy:Clouaire, T., Rocher, V., Lashgari, A., Arnould, C., Aguirrebengoa, M., Biernacka, A., Skrzypczak, M., Aymard, F., Fongang, B., Dojer, N., Iacovoni, J.S., Rowicka, M., Ginalski, K., Coté, J. and Legube, G.Czasopismo:Molecular Cell (rok: 2018, tom: 72, strony: 250-262), Wydawca: Cell PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.molcel.2018.08.020 - link do publikacji
- Hypermethylation of TRIM59 and KLF14 influences cell death signaling in familial Alzheimer's diseaseAutorzy:Wezyk, M., Spolnicka, M., Pospiech, E., Peplonska, B., Zbiec-Piekarska, R., Ilkowski, J., Styczynska, M., Barczak, A., Zboch, M., Filipek-Gliszczynska, A., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Kabza, M., Makalowska, I., Barcikowska-Kotowicz, M., Branicki, W., Zekanowski, C.Czasopismo:Oxidative Medicine and Cellular Longevity (rok: 2018, tom: 2018, strony: 11), Wydawca: HindawiStatus:OpublikowanaDoi:10.1155/2018/6918797 - link do publikacji
- Genome wide mapping of long range contacts unveils DNA Double Strand Breaks clustering at damaged active genesAutorzy:Aymard, F., Aguirrebengoa, M., Guillou, E., Javierre, B.M., Bugler, B., Arnould, C., Rocher, V., Iacovoni, J.S., Biernacka, A., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Rowicka, M., Fraser, P., Legube, G.Czasopismo:Nature Structural & Molecular Biology (rok: 2017, tom: 24, strony: 353–361), Wydawca: Springer NatureStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/nsmb.3387 - link do publikacji
- Overactive BRCA1 Affects Presenilin 1 in Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Neurons in Alzheimer's DiseaseAutorzy:Wezyk, M., Szybinska, A., Wojsiat, J., Szczerba, M., Day, K., Ronnholm, H., Kele, M., Berdynski, M., Peplonska, B., Fichna, JP., Ilkowski, J., Styczynska, M., Barczak, A., Zboch, M., Filipek-Gliszczynska, A., Bojakowski, K., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Kabza, M., Makalowska, I., Barcikowska-Kotowicz, M., Wojda, U., Falk, A. and Zekanowski, C.Czasopismo:Journal of Alzheimer's Disease (rok: 2018, tom: 62, strony: 175-202), Wydawca: IOS PressStatus:OpublikowanaDoi:10.3233/JAD-170830 - link do publikacji