Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Atlas obszarów regulatorowych specyficznych dla mózgu ludzkiego - nowe narzędzie odkrywania ścieżek powodujących wybrane choroby mózgu

2015/16/W/NZ2/00314

Słowa kluczowe:

DNAse-Seq otwarta chromatyna ChIP-Seq epigenetyka regulatorowe DNA glejaki,

Deskryptory:

  • NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
  • NZ1_1: Biologia molekularna

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Bartosz Wilczyński 

Liczba wykonawców projektu: 25

Konkurs: SYMFONIA 3 - ogłoszony 2014-12-15

Przyznana kwota: 6 842 014 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2015-11-18

Zakończenie projektu: 2021-11-17

Planowany czas trwania projektu: 72 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Stacje robocze IPI PAN.
  2. KOMORA DO PCR.
  3. Komputery osobiste (2 szt.). Za kwotę 10 000 PLN
  4. The CHEF Mapper® XA system - aparat do pulsacyjnej elekroforezy DNA. Za kwotę 120 000 PLN
  5. komputery osobiste (MIM UW).
  6. Dwie stacje robocze z monitorami (10000 zł/każda) (2 szt.). Za kwotę 20 000 PLN
  7. Serwer danych do przechowywania danych eksperymentalnych i atlasu obszarów. Za kwotę 90 000 PLN
  8. Stacja robocza MIM UW.
  9. Wysokowydajny serwer. Za kwotę 21 912 PLN
  10. Zamrażarka niskotemperaturowa.
  11. Automatyczna stacja pipetująca. Za kwotę 170 000 PLN
  12. Macierz dyskowa do serwera w instytucie Nenckiego.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (16)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. A non-coding cancer mutation disrupting an HNF4α binding motif affects an enhancer regulating genes associated to the progression of liver cancer
    Autorzy:
    Marco Cavalli, Klev Diamanti, Gang Pan, Michał J. Dąbrowski, Jan Komorowski, Claes Wadelius
    Czasopismo:
    Experimental Oncology (rok: 2021, tom: 43 (1), strony: 45328), Wydawca: Morion LLC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.32471/exp-oncology.2312-8852.vol-43-no-1.15925 - link do publikacji
  2. Unveiling new interdependencies between significant DNA methylation sites, gene expression profiles and glioma patients survival.
    Autorzy:
    Dabrowski, Michal J., Michal Draminski, Klev Diamanti, Karolina Stepniak, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Teisseyre, Jacek Koronacki, Jan Komorowski, Bozena Kaminska, and Bartosz Wojtas.
    Czasopismo:
    Scientific reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 4390), Wydawca: Nature Publishing
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-22829-1 - link do publikacji
  3. Combinatorial identification of DNA methylation patterns over age in the human brain
    Autorzy:
    Behrooz Torabi Moghadam, Michal Dabrowski, Bozena Kaminska, Manfred G. Grabherr and Jan KomorowskiEmail author
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2016, tom: 0,98125, strony: 45301), Wydawca: Springer Verlag
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-016-1259-3 - link do publikacji
  4. Epistasis in genomic and survival data of cancer patients
    Autorzy:
    Dariusz Matlak, Ewa Szczurek
    Czasopismo:
    PLoS Computational Biology (rok: 2017, tom: 2017, strony: 45307), Wydawca: Public library of science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1005626 - link do publikacji
  5. Genomic characterization of relapsed acute myeloid leukemia reveals novel putative therapeutic targets
    Autorzy:
    Svea Stratmann, Sara A. Yones, Markus Mayrhofer, Nina Norgren, Aron Skaftason, Jitong Sun, Karolina Smolińska, Jan Komorowski, Morten K. Herlin, Christer Sundström, Anna Eriksson, Martin Höglund, Josefine Palle, Jonas Abrahamsson, Kirsi Jahnukainen, Monica Cheng Munthe-Kaas, Bernward Zeller, Katja Pokrovskaja Tamm, Lucia Cavelier, Linda Holmfeldt
    Czasopismo:
    Blood Advances (rok: 2021, tom: 5(3), strony: 900-912), Wydawca: American society for Hematology
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1182/bloodadvances.2020003709 - link do publikacji
  6. QChromosomeVisualizer: A new tool for 3D visualization of long simulations of polymer-like chromosome models
    Autorzy:
    Bartłomiej Zawalski IrinaTuszyńska Bartek Wilczyński
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2020, tom: 181, strony: 80-85), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2019.08.006 - link do publikacji
  7. Unveiling new interdependencies between signifcant DNA methylation sites, gene expression profles and glioma patients survival
    Autorzy:
    Michal J. Dabrowski, Michal Draminski, Klev Diamanti, Karolina Stepniak, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Teisseyre, Jacek Koronacki, Jan Komorowski, Bozena Kaminska, Bartosz Wojtas
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 4390), Wydawca: Nature publishing group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-22829-1 - link do publikacji
  8. A Significant Regulatory Mutation Burden at a High-Affinity Position of the CTCF Motif in Gastrointestinal Cancers
    Autorzy:
    Husen M. Umer, Marco Cavalli, Michal J. Dabrowski, Klev Diamanti, Marcin Kruczyk, Gang Pan, Jan Komorowski, and Claes Wadelius
    Czasopismo:
    Human Mutation (rok: 2016, tom: 37(9), strony: 904-913), Wydawca: Wiley Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/humu.23014 - link do publikacji
  9. BPscore: An Effective Metric for Meaningful Comparisons of Structural Chromosome Segmentations
    Autorzy:
    Rafał Zaborowski, Bartek Wilczyński
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2019, tom: 26(4), strony: 305-314), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/cmb.2018.0162 - link do publikacji
  10. PiiL: visualization of DNA methylation and gene expression data in gene pathways
    Autorzy:
    Behrooz Torabi Moghadam , Neda Zamani, Jan Komorowski and Manfred Grabherr
    Czasopismo:
    BMC Genomics (rok: 2017, tom: 1,14652777777778, strony: 571), Wydawca: Bio Med Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12864-017-3950-9 - link do publikacji
  11. The role of epigenetic modifications, long-range contacts, enhancers and topologically associating domains in the regulation of glioma grade-specific genes
    Autorzy:
    Ilona Grabowicz, Bartosz Wilczyński, Bożena Kamińska, Adria‐Jaume Roura, Bartosz Wojtaś, Michał J. Dąbrowski
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11 (1), strony: 45306), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-021-95009-3 - link do publikacji
  12. Global DNA Methylation Patterns in Human Gliomas and Their Interplay with Other Epigenetic Modifications
    Autorzy:
    Michal J. Dabrowski, Bartosz Wojtas
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2019, tom: 20(14), strony: 3478), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms20143478 - link do publikacji
  13. Mapping chromatin accessibility and active regulatory elements reveals pathological mechanisms in human gliomas
    Autorzy:
    Karolina Stępniak, Magdalena A. Machnicka, Jakub Mieczkowski, Anna Macioszek, Bartosz Wojtaś, Bartłomiej Gielniewski, Katarzyna Poleszak, Małgorzata Perycz, Sylwia K. Król, Rafał Guzik, Michał J. Dąbrowski, Michał Dramiński, Marta Jardanowska, Ilona Grabowicz, Agata Dziedzic, Hanna Kranas, Karolina Sienkiewicz, Klev Diamanti, Katarzyna Kotulska, Wiesława Grajkowska, Marcin Roszkowski, Tomasz Czernicki, Andrzej Marchel, Jan Komorowski, Bożena Kamińska, Bartosz Wilczyński
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2021, tom: 12, 3621, strony: 45308), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41467-021-23922-2 - link do publikacji
  14. Maps of context-dependent putative regulatory regions and genomic signal interactions
    Autorzy:
    Klev Diamanti Husen M. Umer Marcin Kruczyk Michał J. Dąbrowski Marco Cavalli Claes Wadelius Jan Komorowski
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44(19), strony: 9110-9120), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw800 - link do publikacji
  15. Automated inference of gene regulatory networks using explicit regulatory modules
    Autorzy:
    Clémence Réda Bartek Wilczyński
    Czasopismo:
    Journal of Theoretical Biology (rok: 2020, tom: 486, strony: 11091), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jtbi.2019.110091 - link do publikacji
  16. Endothelial cell differentiation is encompassed by changes in long range interactions between inactive chromatin regions
    Autorzy:
    Henri Niskanen Irina Tuszynska Rafal Zaborowski Merja Heinäniemi Seppo Ylä-Herttuala Bartek Wilczynski Minna U Kaikkonen
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 46(4), strony: 1724-1740), Wydawca: Oxford University press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx1214 - link do publikacji
  1. Histone Modifying Enzymes and Chromatin Modifiers in Glioma Pathobiology and Therapy Responses
    Autorzy:
    Iwona A. Ciechomska, Chinchu Jayaprakash, Marta Maleszewska, Bozena Kaminska
    Książka:
    Glioma Signaling (rok: 2020, tom: 1202, strony: 259-279), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy