Wyszukiwarka projektów

Epistasis in genomic and survival data of cancer patients

Autorzy:

Dariusz Matlak, Ewa Szczurek

Czasopismo:

PLoS Computational Biology (rok: 2017, tom: 2017, strony: 46038), Wydawca: Public library of science

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1371/journal.pcbi.1005626 – link do publikacji

Unveiling new interdependencies between signifcant DNA methylation sites, gene expression profles and glioma patients survival

Autorzy:

Michal J. Dabrowski, Michal Draminski, Klev Diamanti, Karolina Stepniak, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Teisseyre, Jacek Koronacki, Jan Komorowski, Bozena Kaminska, Bartosz Wojtas

Czasopismo:

Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 4390), Wydawca: Nature publishing group

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1038/s41598-018-22829-1 – link do publikacji

Endothelial cell differentiation is encompassed by changes in long range interactions between inactive chromatin regions

Autorzy:

Henri Niskanen Irina Tuszynska Rafal Zaborowski Merja Heinäniemi Seppo Ylä-Herttuala Bartek Wilczynski Minna U Kaikkonen

Czasopismo:

Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 46(4), strony: 1724-1740), Wydawca: Oxford University press

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1093/nar/gkx1214 – link do publikacji

Maps of context-dependent putative regulatory regions and genomic signal interactions

Autorzy:

Klev Diamanti Husen M. Umer Marcin Kruczyk Michał J. Dąbrowski Marco Cavalli Claes Wadelius Jan Komorowski

Czasopismo:

Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44(19), strony: 9110-9120), Wydawca: Oxford University Press

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1093/nar/gkw800 – link do publikacji

Global DNA Methylation Patterns in Human Gliomas and Their Interplay with Other Epigenetic Modifications

Autorzy:

Michal J. Dabrowski, Bartosz Wojtas

Czasopismo:

International Journal of Molecular Sciences (rok: 2019, tom: 20(14), strony: 3478), Wydawca: MDPI

Status:

Opublikowana

DOI:

10.3390/ijms20143478 – link do publikacji

PiiL: visualization of DNA methylation and gene expression data in gene pathways

Autorzy:

Behrooz Torabi Moghadam , Neda Zamani, Jan Komorowski and Manfred Grabherr

Czasopismo:

BMC Genomics (rok: 2017, tom: 1,14652777777778, strony: 571), Wydawca: Bio Med Central

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1186/s12864-017-3950-9 – link do publikacji

A Significant Regulatory Mutation Burden at a High-Affinity Position of the CTCF Motif in Gastrointestinal Cancers

Autorzy:

Husen M. Umer, Marco Cavalli, Michal J. Dabrowski, Klev Diamanti, Marcin Kruczyk, Gang Pan, Jan Komorowski, and Claes Wadelius

Czasopismo:

Human Mutation (rok: 2016, tom: 37(9), strony: 904-913), Wydawca: Wiley Inc.

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1002/humu.23014 – link do publikacji

BPscore: An Effective Metric for Meaningful Comparisons of Structural Chromosome Segmentations

Autorzy:

Rafał Zaborowski, Bartek Wilczyński

Czasopismo:

Journal of Computational Biology (rok: 2019, tom: 26(4), strony: 305-314), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1089/cmb.2018.0162 – link do publikacji

The role of epigenetic modifications, long-range contacts, enhancers and topologically associating domains in the regulation of glioma grade-specific genes

Autorzy:

Ilona Grabowicz, Bartosz Wilczyński, Bożena Kamińska, Adria‐Jaume Roura, Bartosz Wojtaś, Michał J. Dąbrowski

Czasopismo:

Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11 (1), strony: 46037), Wydawca: Nature Publishing Group

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1038/s41598-021-95009-3 – link do publikacji

Genomic characterization of relapsed acute myeloid leukemia reveals novel putative therapeutic targets

Autorzy:

Svea Stratmann, Sara A. Yones, Markus Mayrhofer, Nina Norgren, Aron Skaftason, Jitong Sun, Karolina Smolińska, Jan Komorowski, Morten K. Herlin, Christer Sundström, Anna Eriksson, Martin Höglund, Josefine Palle, Jonas Abrahamsson, Kirsi Jahnukainen, Monica Cheng Munthe-Kaas, Bernward Zeller, Katja Pokrovskaja Tamm, Lucia Cavelier, Linda Holmfeldt

Czasopismo:

Blood Advances (rok: 2021, tom: 5(3), strony: 900-912), Wydawca: American society for Hematology

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1182/bloodadvances.2020003709 – link do publikacji

Mapping chromatin accessibility and active regulatory elements reveals pathological mechanisms in human gliomas

Autorzy:

Karolina Stępniak, Magdalena A. Machnicka, Jakub Mieczkowski, Anna Macioszek, Bartosz Wojtaś, Bartłomiej Gielniewski, Katarzyna Poleszak, Małgorzata Perycz, Sylwia K. Król, Rafał Guzik, Michał J. Dąbrowski, Michał Dramiński, Marta Jardanowska, Ilona Grabowicz, Agata Dziedzic, Hanna Kranas, Karolina Sienkiewicz, Klev Diamanti, Katarzyna Kotulska, Wiesława Grajkowska, Marcin Roszkowski, Tomasz Czernicki, Andrzej Marchel, Jan Komorowski, Bożena Kamińska, Bartosz Wilczyński

Czasopismo:

Nature Communications (rok: 2021, tom: 12, 3621, strony: 46039), Wydawca: Nature Publishing Group

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1038/s41467-021-23922-2 – link do publikacji

Automated inference of gene regulatory networks using explicit regulatory modules

Autorzy:

Clémence Réda Bartek Wilczyński

Czasopismo:

Journal of Theoretical Biology (rok: 2020, tom: 486, strony: 11091), Wydawca: Elsevier

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1016/j.jtbi.2019.110091 – link do publikacji

Unveiling new interdependencies between significant DNA methylation sites, gene expression profiles and glioma patients survival.

Autorzy:

Dabrowski, Michal J., Michal Draminski, Klev Diamanti, Karolina Stepniak, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Teisseyre, Jacek Koronacki, Jan Komorowski, Bozena Kaminska, and Bartosz Wojtas.

Czasopismo:

Scientific reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 4390), Wydawca: Nature Publishing

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1038/s41598-018-22829-1 – link do publikacji

A non-coding cancer mutation disrupting an HNF4α binding motif affects an enhancer regulating genes associated to the progression of liver cancer

Autorzy:

Marco Cavalli, Klev Diamanti, Gang Pan, Michał J. Dąbrowski, Jan Komorowski, Claes Wadelius

Czasopismo:

Experimental Oncology (rok: 2021, tom: 43 (1), strony: 46059), Wydawca: Morion LLC

Status:

Opublikowana

DOI:

10.32471/exp-oncology.2312-8852.vol-43-no-1.15925 – link do publikacji

QChromosomeVisualizer: A new tool for 3D visualization of long simulations of polymer-like chromosome models

Autorzy:

Bartłomiej Zawalski IrinaTuszyńska Bartek Wilczyński

Czasopismo:

Methods (rok: 2020, tom: 181, strony: 80-85), Wydawca: Elsevier

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1016/j.ymeth.2019.08.006 – link do publikacji

Combinatorial identification of DNA methylation patterns over age in the human brain

Autorzy:

Behrooz Torabi Moghadam, Michal Dabrowski, Bozena Kaminska, Manfred G. Grabherr and Jan KomorowskiEmail author

Czasopismo:

BMC Bioinformatics (rok: 2016, tom: 0,98125, strony: 46032), Wydawca: Springer Verlag

Status:

Opublikowana

DOI:

10.1186/s12859-016-1259-3 – link do publikacji

Histone Modifying Enzymes and Chromatin Modifiers in Glioma Pathobiology and Therapy Responses

Autorzy:

Iwona A. Ciechomska, Chinchu Jayaprakash, Marta Maleszewska, Bozena Kaminska

Książka:

Glioma Signaling (rok: 2020, tom: 1202, strony: 259-279), Wydawca: Springer

Status:

Opublikowana

DOI:

link do publikacji