Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Rozwój " Komputerowej Lingwistyki Chemicznej" i jej zastosowanie do efektywnego planowania wieletapowych syntez chemicznych.

2014/12/W/ST5/00592

Słowa kluczowe:

Lingwistyka synteza chemiczna planowanie

Deskryptory:

  • ST5_23: Chemia organiczna
  • ST1_15: Matematyczne aspekty informatyki

Panel:

ST5 - Synteza i materiały: otrzymywanie materiałów, związki struktury z właściwościami, nowoczesne materiały o założonych właściwościach, architektura (makro)molekularna, chemia organiczna, chemia nieorganiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Organicznej Polskiej Akademii Nauk

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Bartosz Andrzej Grzybowski 

Liczba wykonawców projektu: 19

Konkurs: SYMFONIA 2 - ogłoszony 2013-12-16

Przyznana kwota: 5 427 680 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-12-11

Zakończenie projektu: 2020-12-10

Planowany czas trwania projektu: 72 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Notebook (2 szt.). Za kwotę 10 000 PLN
  2. Notebook (7 szt.). Za kwotę 28 000 PLN
  3. Wyparka próżniowa. Za kwotę 25 000 PLN
  4. Serwer plików z dyskami pamięci. Za kwotę 11 587 PLN
  5. Notebook z oprogramowaniem (3 szt.). Za kwotę 21 000 PLN
  6. Oprogramowanie LabVIEW.
  7. Wysokowydajny serwer. Za kwotę 54 500 PLN
  8. Wysokowydajny serwer. Za kwotę 70 000 PLN
  9. Drukarka sieciowa laserowa. Za kwotę 2 000 PLN
  10. Elementy do konstrukcji automatycznej linii do zaawansowanej syntezy organicznej. Za kwotę 450 000 PLN
  11. Rzutnik multimedialny. Za kwotę 4 000 PLN
  12. Komputer stacjonarny. Za kwotę 6 000 PLN
  13. Komputer stacjonarny. Za kwotę 8 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (29)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (3)
  1. Predicting the outcomes of organic reactions via machine learning: are current descriptors sufficient?
    Autorzy:
    G. Skoraczyński, P. Dittwald, B. Miasojedow, S. Szymkuć, E. P. Gajewska, B. A. Grzybowski & A. Gambin
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 45666), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-017-02303-0 - link do publikacji
  2. Conformational Space and Stability of ETD Charge Reduction Products of Ubiquitin
    Autorzy:
    Frederik Lermyte, Mateusz Krzysztof Łącki, Dirk Valkenborg, Anna Gambin, Frank Sobott
    Czasopismo:
    J. Am. Soc. Mass Spectrom. (rok: 2017, tom: 28(1), strony: 69-76), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s13361-016-1444-7 - link do publikacji
  3. Improvement of the k-NN Entropy Estimator with Applications in Systems Biology
    Autorzy:
    Agata Charzyńska, Anna Gambin
    Czasopismo:
    Entropy (rok: 2015, tom: 18 (13), strony: 45676), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/e18010013 - link do publikacji
  4. A Priori Estimation of Organic Reaction Yields
    Autorzy:
    Dr. Fateme S. Emami, Dr. Amir Vahid, Elizabeth K. Wylie, Sara Szymkuć, Dr. Piotr Dittwald, Karol Molga and Prof. Bartosz A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2015, tom: vol 54 Issue 37, strony: 10797–10801), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/anie.201503890 - link do publikacji
  5. Conformational Space and Stability of ETD Charge Reduction Products of Ubiquitin
    Autorzy:
    Frederik Lermyte, Mateusz Krzysztof Łącki, Dirk Valkenborg, Anna Gambin, Frank Sobott
    Czasopismo:
    J. Am. Soc. Mass Spectrom. (rok: 2017, tom: 28(1), strony: 69-76), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s13361-016-1444-7 - link do publikacji
  6. Low Entropy Sub-Networks Prevent the Integration of Metabolomic and Transcriptomic Data
    Autorzy:
    K. Gogolewski, M. Kostecki, A. Gambin
    Czasopismo:
    Entropy (rok: 2020, tom: 22, strony: 1238), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/e22111238 - link do publikacji
  7. Inferring Molecular Processes Heterogeneity from Transcriptional Data
    Autorzy:
    Krzysztof Gogolewski, Weronika Wronowska, Agnieszka Lech, Bogdan Lesyng, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    BioMed Research International (rok: 2017, tom: 2017, strony: 45671), Wydawca: Hindawi Publishing Corporation
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1155/2017/6961786 - link do publikacji
  8. Low Entropy Sub-Networks Prevent the Integration of Metabolomic and Transcriptomic Data
    Autorzy:
    K. Gogolewski, M. Kostecki, A. Gambin
    Czasopismo:
    Entropy (rok: 2020, tom: 22, strony: 1238), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/e22111238 - link do publikacji
  9. Synthetic connectivity, emergence, and self-regeneration in the network of prebiotic chemistry.
    Autorzy:
    1.Wołos A., Roszak R., Żądło-Dobrowolska A., Beker W., Mikulak-Klucznik B., Spólnik G., Dygas M., Szymkuć S., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Science (rok: 2020, tom: 369, strony: eaaw1955), Wydawca: American Association for the Advancement of Science.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1126/science.aaw1955 - link do publikacji
  10. Selection of cost-effective yet chemically diverse pathways from the networks of computer-generated retrosynthetic plans
    Autorzy:
    Badowski T., Molga K., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Chemical Science (rok: 2019, tom: 10, strony: 4640-4651), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C8SC05611K - link do publikacji
  11. Concentric liquid reactors for chemical synthesis and separation
    Autorzy:
    O. Cybulski, M. Dygas, B. Mikulak-Klucznik, M. Siek, T. Klucznik, S. Yeol Choi, R. J. Mitchell, Y. I. Sobolev, B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Nature (rok: 2020, tom: 586, strony: 57-63), Wydawca: Springer Nature Limited
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41586-020-2768-9 - link do publikacji
  12. Synthetic connectivity, emergence, and self-regeneration in the network of prebiotic chemistry.
    Autorzy:
    1.Wołos A., Roszak R., Żądło-Dobrowolska A., Beker W., Mikulak-Klucznik B., Spólnik G., Dygas M., Szymkuć S., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Science (rok: 2020, tom: 369, strony: eaaw1955), Wydawca: American Association for the Advancement of Science.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1126/science.aaw1955 - link do publikacji
  13. Linguistic measures of chemical diversity and the keywords" of molecular collections
    Autorzy:
    M. Woźniak, A. Wołos, U. Modrzyk, R. L. Górski, J. Winkowski, M. Bajczyk, S. Szymkuć, B. A. Grzybowski, M. Eder
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 7598), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-25440-6 - link do publikacji
  14. Efficient syntheses of diverse, medicinally relevant targets planned by computer and executed in the laboratory.
    Autorzy:
    Klucznik T., Mikulak-Klucznik B., McCormack M. P. , Lima H., Szymkuć S., Bhowmick M., Molga K., Zhou Y., Rickershauser L., Gajewska E. P., Toutchkine A., Dittwald P., Startek M. P., Kirkovits G. J., Roszak R., Adamski A., Sieredzińska B., Mrksich M., Trice S. L. J., Grzybowski B. A.
    Czasopismo:
    Chem (rok: 2018, tom: 4, strony: 522-532), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.chempr.2018.02.002 - link do publikacji
  15. Jaccard/Tanimoto similarity test and estimation methods for biological presence-absence data
    Autorzy:
    Neo Christopher Chung, Błażej Miasojedow, Michał Startek, Anna Gambin
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2019, tom: 20, strony: 644), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-019-3118-5 - link do publikacji
  16. Discovery and Enumeration of Organic‐Chemical and Biomimetic Reaction Cycles within the Network of Chemistry
    Autorzy:
    M. D. Bajczyk, Dr P. Dittwald, A. Wołos, S. Szymkuć, Prof. B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie - Internatonal Edition (rok: 2018, tom: 57, strony: 2367-2371), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/anie.201712052 - link do publikacji
  17. Minimal-uncertainty prediction of general drug-likeness based on Bayesian neural networks
    Autorzy:
    W. Beker, A. Wołos, S. Szymkuć, B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Nature Machine Intelligence (rok: 2020, tom: 2, strony: 457-465), Wydawca: Springer Nature Limited
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s42256-020-0209-y - link do publikacji
  18. Computer-Assisted Synthetic Planning: The End of the Beginning
    Autorzy:
    Sara Szymkuć, Ewa P. Gajewska, Tomasz Klucznik, Karol Molga, Dr. Piotr Dittwald, Dr. Michał Startek, Michał Bajczyk, Prof. Dr. Bartosz A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2016, tom: vol 55 Issue 20, strony: 5904–5937), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/anie.201506101 - link do publikacji
  19. Automatic mapping of atoms across both simple and complex chemical reactions
    Autorzy:
    Jaworski W., Szymkuć S., Mikulak-Klucznik B., Piecuch K., Klucznik T., Kaźmierowski M., Rydzewski J., Gambin A., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Nature communications (rok: 2019, tom: 10, strony: 1434), Wydawca: Nature Research
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41467-019-09440-2 - link do publikacji
  20. Estimation of Rates of Reactions Triggered by Electron Transfer in Top-Down Mass Spectrometry
    Autorzy:
    Ciach Michał Aleksander, Łącki Mateusz Krzysztof, Miasojedow Błażej, Lermyte Frederik, Valkenborg Dirk, Sobott Frank, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2017, tom: 24, strony: 45677), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/cmb.2017.0156 - link do publikacji
  21. IsoSpec: Hyperfast Fine Structure Calculator
    Autorzy:
    Mateusz K. Łącki, Michał Startrek, Dirk Valkenborg, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    Analytical Chemistry (rok: 2017, tom: 89(6), strony: 3272-3277), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.analchem.6b01459 - link do publikacji
  22. Linguistic measures of chemical diversity and the keywords" of molecular collections
    Autorzy:
    M. Woźniak, A. Wołos, U. Modrzyk, R. L. Górski, J. Winkowski, M. Bajczyk, S. Szymkuć, B. A. Grzybowski, M. Eder
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 7598), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-25440-6 - link do publikacji
  23. masstodon: A Tool for Assigning Peaks and Modeling Electron Transfer Reactions in Top-Down Mass Spectrometry
    Autorzy:
    Łącki MK, Lermyte F, Miasojedow B, Startek MP, Sobott F, Valkenborg D, Gambin A.
    Czasopismo:
    Analytical chemistry (rok: 2019, tom: 91(3), strony: 1801-1807), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.analchem.8b01479 - link do publikacji
  24. Stylometry with R: a package for computational text analysis.
    Autorzy:
    Eder, M., Kestemont, M. and Rybicki, J.
    Czasopismo:
    R Journal (rok: 2015, tom: 8(1), strony: 45672), Wydawca: R project
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  25. Computational planning of the synthesis of complex natural products
    Autorzy:
    B. Mikulak-Klucznik, P. Gołębiowska, A. A. Bayly, O. Popik, T. Klucznik, S. Szymkuć, E. P. Gajewska, P. Dittwald, O. Staszewska-Krajewska, W. Beker, T. Badowski, K. A. Scheidt, K. Molga, J. Młynarski, M. Mrksich, B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Nature (rok: 2020, tom: 588, strony: 83-88), Wydawca: Springer Nature Limited
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41586-020-2855-y - link do publikacji
  26. Inferring Molecular Processes Heterogeneity from Transcriptional Data
    Autorzy:
    Krzysztof Gogolewski, Weronika Wronowska, Agnieszka Lech, Bogdan Lesyng, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    BioMed Research International (rok: 2017, tom: 2017, strony: 45671), Wydawca: Hindawi Publishing Corporation
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1155/2017/6961786 - link do publikacji
  27. Improvement of the k-NN Entropy Estimator with Applications in Systems Biology
    Autorzy:
    Agata Charzyńska, Anna Gambin
    Czasopismo:
    Entropy (rok: 2015, tom: 18 (13), strony: 45676), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/e18010013 - link do publikacji
  28. A Priori Estimation of Organic Reaction Yields
    Autorzy:
    Dr. Fateme S. Emami, Dr. Amir Vahid, Elizabeth K. Wylie, Sara Szymkuć, Dr. Piotr Dittwald, Karol Molga and Prof. Bartosz A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2015, tom: vol 54 Issue 37, strony: 10797–10801), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/anie.201503890 - link do publikacji
  29. Propagation of Oscillating Chemical Signals through Reaction Networks
    Autorzy:
    Roszak R., Bajczyk M.D., Gajewska E.P., Hołyst R., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2019, tom: 58(14), strony: 4520-4545), Wydawca: Wiley Online Library
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/anie.201808821 - link do publikacji
  1. Pattern Recognition of Chemical Fingerprints from Large-Scale Databases of Molecules and Reactions
    Autorzy:
    Neo Christopher Chung, Błażej Miasojedow, Anna Gambin
    Konferencja:
    12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA) (rok: 2016, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja June 5-8
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  2. The Wasserstein Distance as a Dissimilarity Measure for Mass Spectra with Application to Spectral Deconvolution
    Autorzy:
    Szymon Majewski, Michał Ciach, Michał Startek, Wanda Niemyska, Błażej Miasojedow i Anna Gambin
    Konferencja:
    18th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2018) (rok: 2018, ), Wydawca: Saarbrücken/Wadern Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing August, 2018
    Data:
    konferencja Sierpień 20–22, 2018
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  3. Pattern Recognition of Chemical Fingerprints from Large-Scale Databases of Molecules and Reactions
    Autorzy:
    Neo Christopher Chung, Błażej Miasojedow, Anna Gambin
    Konferencja:
    12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA) (rok: 2016, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja June 5-8
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy