Change language

Wyszukiwarka projektów

Rozwój " Komputerowej Lingwistyki Chemicznej" i jej zastosowanie do efektywnego planowania wieletapowych syntez chemicznych.

2014/12/W/ST5/00592

Słowa kluczowe

Deskryptory

  • ST5_23: Chemia organiczna
  • ST1_15: Matematyczne aspekty informatyki

Panel

ST5 – Synteza i materiały: otrzymywanie materiałów, związki struktury z właściwościami, nowoczesne materiały o założonych właściwościach, architektura (makro)molekularna, chemia organiczna, chemia nieorganiczna

Jednostka realizująca

Instytut Chemii Organicznej Polska Akademia Nauk

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki »

Kierownik projektu (z jednostki realizującej)

prof. Bartosz Andrzej Grzybowski

Liczba wykonawców projektu: 19

Konkurs

SYMFONIA 2 – ogłoszony 2013-12-16

Przyznana kwota
5 427 680 PLN
Rozpoczęcie projektu
2014-12-11
Zakończenie projektu
2020-12-10
Planowany czas trwania projektu
72 miesiące (z wniosku)
Status projektu
Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Drukarka sieciowa laserowa. Za kwotę 2 000 PLN
  2. Elementy do konstrukcji automatycznej linii do zaawansowanej syntezy organicznej. Za kwotę 450 000 PLN
  3. Komputer stacjonarny. Za kwotę 6 000 PLN
  4. Komputer stacjonarny. Za kwotę 8 000 PLN
  5. Notebook (2 szt.). Za kwotę 10 000 PLN
  6. Notebook (7 szt.). Za kwotę 28 000 PLN
  7. Notebook z oprogramowaniem (3 szt.). Za kwotę 21 000 PLN
  8. Oprogramowanie LabVIEW.
  9. Rzutnik multimedialny. Za kwotę 4 000 PLN
  10. Serwer plików z dyskami pamięci. Za kwotę 11 587 PLN
  11. Wyparka próżniowa. Za kwotę 25 000 PLN
  12. Wysokowydajny serwer. Za kwotę 54 500 PLN
  13. Wysokowydajny serwer. Za kwotę 70 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

Publikacje w czasopismach (22)

  1. Efficient syntheses of diverse, medicinally relevant targets planned by computer and executed in the laboratory.

    Autorzy:
    Klucznik T., Mikulak-Klucznik B., McCormack M. P. , Lima H., Szymkuć S., Bhowmick M., Molga K., Zhou Y., Rickershauser L., Gajewska E. P., Toutchkine A., Dittwald P., Startek M. P., Kirkovits G. J., Roszak R., Adamski A., Sieredzińska B., Mrksich M., Trice S. L. J., Grzybowski B. A.
    Czasopismo:
    Chem (rok: 2018, tom: 4, strony: 522-532), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.chempr.2018.02.002 – link do publikacji

  2. Discovery and Enumeration of Organic‐Chemical and Biomimetic Reaction Cycles within the Network of Chemistry

    Autorzy:
    M. D. Bajczyk, Dr P. Dittwald, A. Wołos, S. Szymkuć, Prof. B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie - Internatonal Edition (rok: 2018, tom: 57, strony: 2367-2371), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1002/anie.201712052 – link do publikacji

  3. Inferring Molecular Processes Heterogeneity from Transcriptional Data

    Autorzy:
    Krzysztof Gogolewski, Weronika Wronowska, Agnieszka Lech, Bogdan Lesyng, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    BioMed Research International (rok: 2017, tom: 2017, strony: 46036), Wydawca: Hindawi Publishing Corporation
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1155/2017/6961786 – link do publikacji

  4. Linguistic measures of chemical diversity and the keywords of molecular collections

    Autorzy:
    M. Woźniak, A. Wołos, U. Modrzyk, R. L. Górski, J. Winkowski, M. Bajczyk, S. Szymkuć, B. A. Grzybowski, M. Eder
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 7598), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s41598-018-25440-6 – link do publikacji

  5. Automatic mapping of atoms across both simple and complex chemical reactions

    Autorzy:
    Jaworski W., Szymkuć S., Mikulak-Klucznik B., Piecuch K., Klucznik T., Kaźmierowski M., Rydzewski J., Gambin A., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Nature communications (rok: 2019, tom: 10, strony: 1434), Wydawca: Nature Research
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s41467-019-09440-2 – link do publikacji

  6. masstodon: A Tool for Assigning Peaks and Modeling Electron Transfer Reactions in Top-Down Mass Spectrometry

    Autorzy:
    Łącki MK, Lermyte F, Miasojedow B, Startek MP, Sobott F, Valkenborg D, Gambin A.
    Czasopismo:
    Analytical chemistry (rok: 2019, tom: 91(3), strony: 1801-1807), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1021/acs.analchem.8b01479 – link do publikacji

  7. Jaccard/Tanimoto similarity test and estimation methods for biological presence-absence data

    Autorzy:
    Neo Christopher Chung, Błażej Miasojedow, Michał Startek, Anna Gambin
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2019, tom: 20, strony: 644), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1186/s12859-019-3118-5 – link do publikacji

  8. Computer-Assisted Synthetic Planning: The End of the Beginning

    Autorzy:
    Sara Szymkuć, Ewa P. Gajewska, Tomasz Klucznik, Karol Molga, Dr. Piotr Dittwald, Dr. Michał Startek, Michał Bajczyk, Prof. Dr. Bartosz A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2016, tom: vol 55 Issue 20, strony: 5904–5937), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1002/anie.201506101 – link do publikacji

  9. Stylometry with R: a package for computational text analysis.

    Autorzy:
    Eder, M., Kestemont, M. and Rybicki, J.
    Czasopismo:
    R Journal (rok: 2015, tom: 8(1), strony: 46037), Wydawca: R project
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    link do publikacji

  10. Improvement of the k-NN Entropy Estimator with Applications in Systems Biology

    Autorzy:
    Agata Charzyńska, Anna Gambin
    Czasopismo:
    Entropy (rok: 2015, tom: 18 (13), strony: 46041), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3390/e18010013 – link do publikacji

  11. Conformational Space and Stability of ETD Charge Reduction Products of Ubiquitin

    Autorzy:
    Frederik Lermyte, Mateusz Krzysztof Łącki, Dirk Valkenborg, Anna Gambin, Frank Sobott
    Czasopismo:
    J. Am. Soc. Mass Spectrom. (rok: 2017, tom: 28(1), strony: 69-76), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1007/s13361-016-1444-7 – link do publikacji

  12. IsoSpec: Hyperfast Fine Structure Calculator

    Autorzy:
    Mateusz K. Łącki, Michał Startrek, Dirk Valkenborg, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    Analytical Chemistry (rok: 2017, tom: 89(6), strony: 3272-3277), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1021/acs.analchem.6b01459 – link do publikacji

  13. Estimation of Rates of Reactions Triggered by Electron Transfer in Top-Down Mass Spectrometry

    Autorzy:
    Ciach Michał Aleksander, Łącki Mateusz Krzysztof, Miasojedow Błażej, Lermyte Frederik, Valkenborg Dirk, Sobott Frank, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2017, tom: 24, strony: 46042), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1089/cmb.2017.0156 – link do publikacji

  14. Predicting the outcomes of organic reactions via machine learning: are current descriptors sufficient?

    Autorzy:
    G. Skoraczyński, P. Dittwald, B. Miasojedow, S. Szymkuć, E. P. Gajewska, B. A. Grzybowski & A. Gambin
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 46031), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s41598-017-02303-0 – link do publikacji

  15. Low Entropy Sub-Networks Prevent the Integration of Metabolomic and Transcriptomic Data

    Autorzy:
    K. Gogolewski, M. Kostecki, A. Gambin
    Czasopismo:
    Entropy (rok: 2020, tom: 22, strony: 1238), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3390/e22111238 – link do publikacji

  16. Concentric liquid reactors for chemical synthesis and separation

    Autorzy:
    O. Cybulski, M. Dygas, B. Mikulak-Klucznik, M. Siek, T. Klucznik, S. Yeol Choi, R. J. Mitchell, Y. I. Sobolev, B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Nature (rok: 2020, tom: 586, strony: 57-63), Wydawca: Springer Nature Limited
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s41586-020-2768-9 – link do publikacji

  17. Minimal-uncertainty prediction of general drug-likeness based on Bayesian neural networks

    Autorzy:
    W. Beker, A. Wołos, S. Szymkuć, B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Nature Machine Intelligence (rok: 2020, tom: 2, strony: 457-465), Wydawca: Springer Nature Limited
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s42256-020-0209-y – link do publikacji

  18. Propagation of Oscillating Chemical Signals through Reaction Networks

    Autorzy:
    Roszak R., Bajczyk M.D., Gajewska E.P., Hołyst R., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2019, tom: 58(14), strony: 4520-4545), Wydawca: Wiley Online Library
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1002/anie.201808821 – link do publikacji

  19. Computational planning of the synthesis of complex natural products

    Autorzy:
    B. Mikulak-Klucznik, P. Gołębiowska, A. A. Bayly, O. Popik, T. Klucznik, S. Szymkuć, E. P. Gajewska, P. Dittwald, O. Staszewska-Krajewska, W. Beker, T. Badowski, K. A. Scheidt, K. Molga, J. Młynarski, M. Mrksich, B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Nature (rok: 2020, tom: 588, strony: 83-88), Wydawca: Springer Nature Limited
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s41586-020-2855-y – link do publikacji

  20. Selection of cost-effective yet chemically diverse pathways from the networks of computer-generated retrosynthetic plans

    Autorzy:
    Badowski T., Molga K., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Chemical Science (rok: 2019, tom: 10, strony: 4640-4651), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1039/C8SC05611K – link do publikacji

  21. Synthetic connectivity, emergence, and self-regeneration in the network of prebiotic chemistry.

    Autorzy:
    1.Wołos A., Roszak R., Żądło-Dobrowolska A., Beker W., Mikulak-Klucznik B., Spólnik G., Dygas M., Szymkuć S., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Science (rok: 2020, tom: 369, strony: eaaw1955), Wydawca: American Association for the Advancement of Science.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1126/science.aaw1955 – link do publikacji

  22. A Priori Estimation of Organic Reaction Yields

    Autorzy:
    Dr. Fateme S. Emami, Dr. Amir Vahid, Elizabeth K. Wylie, Sara Szymkuć, Dr. Piotr Dittwald, Karol Molga and Prof. Bartosz A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2015, tom: vol 54 Issue 37, strony: 10797–10801), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1002/anie.201503890 – link do publikacji

Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (2)

  1. The Wasserstein Distance as a Dissimilarity Measure for Mass Spectra with Application to Spectral Deconvolution

    Autorzy:
    Szymon Majewski, Michał Ciach, Michał Startek, Wanda Niemyska, Błażej Miasojedow i Anna Gambin
    Konferencja:
    18th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2018) (rok: 2018, strony: 25:1–25:21), Wydawca: Saarbrücken/Wadern Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing August, 2018
    Data:
    konferencja Sierpień 20–22, 2018
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    link do publikacji

  2. Pattern Recognition of Chemical Fingerprints from Large-Scale Databases of Molecules and Reactions

    Autorzy:
    Neo Christopher Chung, Błażej Miasojedow, Anna Gambin
    Konferencja:
    12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA) (rok: 2016, strony: 46027), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja June 5-8
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    link do publikacji

« Nowe wyszukiwanie

Projekt graficzny i wykonanie: Jakub Piotrowski