Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Witamina B12 jako transporterprzeciwbakteryjnych modyfikowanych oligonukleotydów.

2014/12/W/ST5/00589

Słowa kluczowe:

witamina B12 bakterie translacja antybiotyki modyfikowane oligonukleotydy

Deskryptory:

  • ST5_23: Chemia organiczna

Panel:

ST5 - Synteza i materiały: otrzymywanie materiałów, związki struktury z właściwościami, nowoczesne materiały o założonych właściwościach, architektura (makro)molekularna, chemia organiczna, chemia nieorganiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Organicznej PAN

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Dorota Gryko 

Liczba wykonawców projektu: 10

Konkurs: SYMFONIA 2 - ogłoszony 2013-12-16

Przyznana kwota: 3 116 800 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-12-11

Zakończenie projektu: 2019-12-10

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. komputer.
  2. komputery z oprogramowaniem i drukarką (2 szt.). Za kwotę 10 000 PLN
  3. miniwirówka.
  4. wirówka laboratoryjna.
  5. Wysokosprawny chromatograf cieczowy. Za kwotę 250 000 PLN
  6. mała wytrząsarka.
  7. prosty spektrofotometr.
  8. termocykler do przygotowywania rekacji PCR w czasie rzeczywistym. Za kwotę 52 000 PLN
  9. wyparka próżniowa.
  10. pompa próżniowa.
  11. spektrofotometr. Za kwotę 44 000 PLN
  12. aparat do pionowej elektroforezy białek i moduł do transferu. Za kwotę 8 800 PLN
  13. monitor.
  14. stacja robocza do symulacji i wizualizacji. Za kwotę 10 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (32)
  1. Analysis of ribosomal inter-subunit sites as targets for complementary oligonucleotides.
    Autorzy:
    Sapna G. Thoduka, Paul A. Zaleski, Zofia Dąbrowska, Marcin Równicki, Joanna Stróżecka, Anna Górska, Mikołaj Olejniczak, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biopolymers (rok: 2017, tom: 107, strony: 23004), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/bip.23004 - link do publikacji
  2. Antimicrobial synergy between mRNA targeted peptide nucleic acid and antibiotics in E. coli
    Autorzy:
    Jaime Ivan Castillo, Marcin Równicki, Monika Wojciechowska, Joanna Trylska,
    Czasopismo:
    Bioorg. & Med. Chem. Lett. (rok: 2018, tom: 28, strony: 3094–3098), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bmcl.2018.07.037 - link do publikacji
  3. Synthetic Approaches toward Vitamin B12 Conjugates
    Autorzy:
    Aleksandra J. Wierzba, Sidra Hassan, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Asian Journal of Organic Chemistry (rok: 2019, tom: 8, strony: 45467), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/ajoc.201800579 - link do publikacji
  4. The Tetraarylpyrrolo[3,2‑b]pyrrolesFrom Serendipitous Discovery to Promising Heterocyclic Optoelectronic Materials
    Autorzy:
    Maciej Krzeszewski, Dorota Gryko, and Daniel T. Gryko
    Czasopismo:
    Accounts of Chemical Research (rok: 2017, tom: 50, strony: 2334-2345), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.accounts.7b00275 - link do publikacji
  5. Interactions of 2'-O-methyl Oligoribonucleotides with the RNA Models of the 30S Subunit A-site
    Autorzy:
    Maciej Jasiński, Marta Kulik, Monika Wojciechowska, Ryszard Stolarski, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    PLoS ONE (rok: 2018, tom: 13, strony: 13(1):e0191138), Wydawca: Scijournal.org
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0191138 - link do publikacji
  6. Computational methods used to explore transport events in biological systems
    Autorzy:
    T. Pieńko, J. Trylska
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling., 59(5):1772-1781, 2019 (rok: 2019, tom: 59, strony: 1772-17781), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.8b00974 - link do publikacji
  7. Improved force fields for peptide nucleic acids with optimized backbone torsion parameters
    Autorzy:
    Maciej Jasiński, Michel Feig, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2018, tom: 14, strony: 3603–3620), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.8b00291 - link do publikacji
  8. Inhibition of Escherichia coli growth by vitamin B12-peptide nucleic acid conjugates
    Autorzy:
    M. Równicki, Z. Dąbrowska, M. Wojciechowska, A. J. Wierzba, K. Maximova, D. Gryko, J. Trylska
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2019, tom: 4, strony: 819-824), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.8b03139 - link do publikacji
  9. Molecular dynamics simulations of L-RNA involving homo- and heterochiral complexes
    Autorzy:
    Marta Dudek, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2017, tom: 13, strony: 1244-1253, 2017), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.6b01075 - link do publikacji
  10. Photoinduced Vitamin B12-Catalysis for Deprotection of (Allyloxy)arenes
    Autorzy:
    Maciej Giedyk, Joanna Turkowska, Sandra Lepak, Marcin Marculewicz, Keith ó Proinsias, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Organic Letters (rok: 2017, tom: 19, strony: 2670-2673), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.orglett.7b01012 - link do publikacji
  11. Synthesis of Corroles and Their Heteroanalogs
    Autorzy:
    Rafał Orłowski, Dorota Gryko,Daniel T. Gryko
    Czasopismo:
    Chemical Reviews (rok: 2017, tom: 117, strony: 3102-3137), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.chemrev.6b00434 - link do publikacji
  12. Thermal stability of peptide nucleic acid complexes
    Autorzy:
    M. Jasiński, J. Miszkiewicz, M. Feig, J. Trylska
    Czasopismo:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2019, tom: 123, strony: 8168-8177), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.9b05168 - link do publikacji
  13. Vitamin B12 as a carrier of peptide nucleic acid (PNA) into bacterial cells
    Autorzy:
    Marcin Równicki, Monika Wojciechowska, Aleksandra J. Wierzba, Jakub Czarnecki, Dariusz Bartosik, Dorota Gryko, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 7644-), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-017-08032-8 - link do publikacji
  14. meso-Modified cobalamins – synthesis, structure, and properties
    Autorzy:
    Aleksandra J. Wierzba, Aleksandra Wincenciuk, Maksymilian Karczewski, Valentine I. Vullev, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Chemistry A European Journal (rok: 2018, tom: 24, strony: 10344-10356), Wydawca: Wiley-VCH
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/chem.201801807 - link do publikacji
  15. 5'-Vitamin B12 derivatives suitable for bioconjugation via the amide bond
    Autorzy:
    A. Jackowska, M. Chromiński, M. Giedyk, D. Gryko
    Czasopismo:
    Organic & Biomolecular Chemistry (rok: 2018, tom: 16, strony: 936-943), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c7ob02898a - link do publikacji
  16. Helix 69 of Escherichia coli 23S ribosomal RNA as a peptide nucleic acid target
    Autorzy:
    Marta Kulik a, b, 1, Agnieszka Markowska-Zagrajek, Monika Wojciechowska, Renata Grzela, Tomasz Wituła, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biochimie (rok: 2017, tom: 138, strony: 32-42), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.biochi.2017.04.001 - link do publikacji
  17. Interactions of 2'-O-methyl Oligoribonucleotides with the RNA Models of the 30S Subunit A-site
    Autorzy:
    Maciej Jasiński, Marta Kulik, Monika Wojciechowska, Ryszard Stolarski, Joanna Trylska,
    Czasopismo:
    PLoS ONE (rok: 2018, tom: 13, strony: e0191138), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    Interactions - link do publikacji
  18. Modeling nucleic acids at the residue-level resolution, in: Computational methods to study the structure and dynamics of biomolecules and biomolecular processes - from bioinformatics to molecular quantum mechanics
    Autorzy:
    F. Leonarski, J. Trylska
    Czasopismo:
    Springer series on Bio- and Neurosystems (rok: 2019, tom: 8, strony: 117-161), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    doi - link do publikacji
  19. Scanning of 16S ribosomal RNA for peptide nucleic acid targets
    Autorzy:
    Anna Górska, Agnieszka Markowska-Zagrajek, Marcin Równicki, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2016, tom: 120, strony: 8369-8378), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.6b02081 - link do publikacji
  20. Vitamin B12 transports modified RNA into E. coli and S. Typhimurium cells
    Autorzy:
    M. Giedyk, A. Jackowska, M. Równicki, M. Kolanowska, J. Trylska, D. Gryko
    Czasopismo:
    Chemical. Communications (rok: 2019, tom: 55, strony: 763-766), Wydawca: RSC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C8CC05064C - link do publikacji
  21. Molecular dynamics simulations suggest why the A2058G mutation in 23S RNA results in bacterial resistance against clindamycin
    Autorzy:
    Katarzyna Kulczycka-Mierzejewska, Joanna Sadlej, Joanna Trylska,
    Czasopismo:
    J. Mol. Model (rok: 2018, tom: 24, strony: 191), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00894-018-3689-5 - link do publikacji
  22. Analysis of ribosomal inter-subunit sites as targets for complementary oligonucleotides
    Autorzy:
    Sapna G. Thoduka, Paul A. Zaleski, Zofia Dąbrowska, Marcin R!ownicki, Joanna Stróżecka , Anna Górska, Mikołaj Olejniczak, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biopolymers (rok: 2017, tom: 107, strony: 23004-23023), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/bip.23004 - link do publikacji
  23. Vitamin B12 Deficiency Induces Imbalance in Melanocytes Homeostasis—A Cellular Basis of Hypocobalaminemia Pigmentary Manifestations
    Autorzy:
    Zuzanna Rzepka, Michalina Respondek, Jakub Rok, Artur Beberok , Keith ó Proinsias, Dorota Gryko, Dorota Wrześniok
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2018, tom: 19, strony: 2845-2858), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms19092845 - link do publikacji
  24. Vitamin B12-peptide nucleic acids use the BtuBreceptor to pass through theEscherichia colioutermembrane
    Autorzy:
    Tomasz Pieńko, Jakub Czarnecki, Marcin Równicki, Monika Wojciechowska, Aleksandra J.Wierzba, Dorota Gryko, Dariusz Bartosik, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biophysical Journal (rok: 2021, tom: 120, strony: 725–737), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bpj.2021.01.004 - link do publikacji
  25. Artificial activation of Escherichia coli mazEF and hipBA toxin–antitoxin systems by antisense peptide nucleic acids as an antibacterial strategy,
    Autorzy:
    Marcin Równicki, Tomasz Pieńko, Jakub Czarnecki, Monika Kolanowska, Dariusz Bartosik, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Frontiers in Microbiology (rok: 2018, tom: 9, strony: 2870), Wydawca: JCR, Clarivate Analytics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fmicb.2018.02870 - link do publikacji
  26. Conformational Dynamics of Cyanocobalamin and Its Conjugates with Peptide Nucleic Acids
    Autorzy:
    Tomasz Pieńko, Aleksandra J. Wierzba, Monika Wojciechowska, Dorota Gryko, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2017, tom: 121, strony: 2968-2979), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.7b00649 - link do publikacji
  27. Interactions of aminoglycoside antibiotics with rRNA
    Autorzy:
    Joanna Trylska, Marta Kulik
    Czasopismo:
    Biochem. Soc. Trans. (rok: 2016, tom: 44, strony: 987-993), Wydawca: Portland Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1042/BST20160087 - link do publikacji
  28. Molecular Dynamics Simulations of L‑RNA Involving Homo- and Heterochiral Complexes
    Autorzy:
    Marta Dudek, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2017, tom: 13, strony: 1244-1253), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.6b01075 - link do publikacji
  29. Thermodynamics of the pseudo-knot in helix 18 of 16S ribosomal RNA
    Autorzy:
    Monika Wojciechowska, Marta Dudek, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biopolymers (rok: 2018, tom: 109, strony: e23116), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/bip.23116 - link do publikacji
  30. Truncated vitamin B12 derivative with the phosphate group retained
    Autorzy:
    Sidra Hassan, Agnieszka Jackowska, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Journal of Porphyrins and Phtalocyanines (rok: 2019, tom: 23, strony: 554–560), Wydawca: World Scientific
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1142/S1088424619500421 - link do publikacji
  31. Vitamin B12 Suitably Tailoed for Disulfide-Based Conjugation
    Autorzy:
    Aleksandra Wierzba,† Monika Wojciechowska, Joanna Trylska, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Bioconjugate Chemistry (rok: 2016, tom: 27, strony: 189-197), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.bioconjchem.5b00599 - link do publikacji
  32. Vitamin B12 transports modified RNA into E. coli and S. Typhimurium cells
    Autorzy:
    Maciej Giedyk, Agnieszka Jackowska,Marcin Równicki, Monika Kolanowska, Joanna Trylska, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Chemical Communications (rok: 2019, tom: 55, strony: 763-766), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c8cc05064c - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy