Projekty finansowane przez NCN
Zintegrowane podejście do przewidywania struktur białek oraz kompleksów białek przy użyciu gruboziarnistego pola siłowego UNRES z wykorzystaniem informacji z baz danych strukturalnych
2013/10/M/ST4/00640
Słowa kluczowe:
przewidywanie struktury białek gruboziarniste pola siłowe modelowanie porównawcze dynamika molekularna metody optymalizacji globalnej
Deskryptory:
- ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- NZ1_4: Biologia strukturalna
Panel:
ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii
woj. pomorskie
Konkurs: HARMONIA 5 - ogłoszony 2013-06-14
Przyznana kwota: 694 678 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2014-04-24
Zakończenie projektu: 2017-10-23
Planowany czas trwania projektu: 42 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (9)
- Publikacje książkowe (1)
- Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based informationAutorzy:Agnieszka S. Karczyńnska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Cezary CzaplewskiCzasopismo:Proteins: Structure Function and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 86, strony: 228-239), Wydawca: WileyStatus:OpublikowanaDoi:10.1002/prot.25421 - link do publikacji
- Ergodicity and model quality in template-restrained canonical and temperature/Hamiltonian replica exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteinsAutorzy:Agnieszka S. Karczyńska, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, and Adam LiwoCzasopismo:Journal of Computational Chemistry (rok: 2017, tom: 38, strony: 2730-2746), Wydawca: WileyStatus:OpublikowanaDoi:10.1002/jcc.25070 - link do publikacji
- Maximum likelihood calibration of the UNRES force field for simulation of protein structure and dynamicsAutorzy:Paweł Krupa, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam LiwoCzasopismo:Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2017, tom: 57, strony: 2364-2377), Wydawca: American Chemical SocietyStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/acs.jcim.7b00254 - link do publikacji
- An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12Autorzy:Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B.K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Lukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Pawel Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergei Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafal Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartlomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanislaw Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Söding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Foldit Players, Silvia N. CrivelliCzasopismo:Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 9939-1 - 9939-18), Wydawca: Nature Publishing GroupStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41598-018-26812-8 - link do publikacji
- Reoptimized UNRES Potential for Protein Model Quality AssessmentAutorzy:Eshel Faraggi, Pawel Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam Liwo, Andrzej KloczkowskiCzasopismo:Genes (rok: 2018, tom: 9, strony: 601-1 - 601-17), Wydawca: MDPIStatus:OpublikowanaDoi:10.3390/genes9120601 - link do publikacji
- Prediction of protein structure by template-based modeling combined with the UNRES force fieldAutorzy:Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski, Adam LiwoCzasopismo:Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2015, tom: 55, strony: 1271-1281), Wydawca: American Chemical SocietyStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/acs.jcim.5b00117 - link do publikacji
- Use of Restraints from Consensus Fragments of Multiple Server Models To Enhance Protein-Structure Prediction Capability of the UNRES Force FieldAutorzy:Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary CzaplewskiCzasopismo:Journal of Chemical Iinformation and Modeling (rok: 2016, tom: 56, strony: 2263-2279), Wydawca: American Chemical SocietyStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/acs.jcim.6b00189 - link do publikacji
- Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of proteins structures and the refinement of server models: test with CASP12 targetsAutorzy:Agnieszka Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Krzysztof K. Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo and Cezary CzaplewskiCzasopismo:J. Mol. Graph. Model. (rok: 2018, tom: 83, strony: 92-99), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.jmgm.2018.05.008 - link do publikacji
- In situ data analytics and indexing of protein trajectoriesAutorzy:Travis Johnston, Boyu Zhang, Adam Liwo, Silvia Crivelli, Michela TauferCzasopismo:Journal of Computational Chemistry (rok: 2017, tom: 38, strony: 1419-1430), Wydawca: WileyStatus:OpublikowanaDoi:10.1002/jcc.24729 - link do publikacji
- Chemoinformatics Methods for Studying BiomoleculesAutorzy:Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung LeeKsiążka:Handbook of Computational Chemistry (rok: 2017, tom: 5, strony: 2183-2199), Wydawca: Springer International Publishing SwitzerlandStatus:Opublikowana