Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Zintegrowane podejście do przewidywania struktur białek oraz kompleksów białek przy użyciu gruboziarnistego pola siłowego UNRES z wykorzystaniem informacji z baz danych strukturalnych

2013/10/M/ST4/00640

Słowa kluczowe:

przewidywanie struktury białek gruboziarniste pola siłowe modelowanie porównawcze dynamika molekularna metody optymalizacji globalnej

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • NZ1_4: Biologia strukturalna

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna, m.in.:

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Józef Liwo 

Liczba wykonawców projektu: 11

Konkurs: HARMONIA 5 - ogłoszony 2013-06-14

Przyznana kwota: 694 678 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-04-24

Zakończenie projektu: 2017-10-23

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (9)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Use of Restraints from Consensus Fragments of Multiple Server Models To Enhance Protein-Structure Prediction Capability of the UNRES Force Field IF: 3,738
    Autorzy:
    Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Iinformation and Modeling (rok: 2016, tom: 56, strony: 2263-2279), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.6b00189 - link do publikacji
  2. Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information IF: 2,289
    Autorzy:
    Agnieszka S. Karczyńnska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    Proteins: Structure Function and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 86, strony: 228-239), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/prot.25421 - link do publikacji
  3. Reoptimized UNRES Potential for Protein Model Quality Assessment IF: 3,191
    Autorzy:
    Eshel Faraggi, Pawel Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam Liwo, Andrzej Kloczkowski
    Czasopismo:
    Genes (rok: 2018, tom: 9, strony: 601-1 - 601-17), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.3390/genes9120601 - link do publikacji
  4. Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of proteins structures and the refinement of server models: test with CASP12 targets IF: 1,754
    Autorzy:
    Agnieszka Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Krzysztof K. Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo and Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    J. Mol. Graph. Model. (rok: 2018, tom: 83, strony: 92-99), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.jmgm.2018.05.008 - link do publikacji
  5. Maximum likelihood calibration of the UNRES force field for simulation of protein structure and dynamics IF: 3,76
    Autorzy:
    Paweł Krupa, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2017, tom: 57, strony: 2364-2377), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.7b00254 - link do publikacji
  6. An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12 IF: 4,122
    Autorzy:
    Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B.K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Lukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Pawel Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergei Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafal Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartlomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanislaw Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Söding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Foldit Players, Silvia N. Crivelli
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 9939-1 - 9939-18), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1038/s41598-018-26812-8 - link do publikacji
  7. Ergodicity and model quality in template-restrained canonical and temperature/Hamiltonian replica exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteins IF: 3,229
    Autorzy:
    Agnieszka S. Karczyńska, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, and Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2017, tom: 38, strony: 2730-2746), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/jcc.25070 - link do publikacji
  8. In situ data analytics and indexing of protein trajectories IF: 3,229
    Autorzy:
    Travis Johnston, Boyu Zhang, Adam Liwo, Silvia Crivelli, Michela Taufer
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2017, tom: 38, strony: 1419-1430), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/jcc.24729 - link do publikacji
  9. Prediction of protein structure by template-based modeling combined with the UNRES force field IF: 4,068
    Autorzy:
    Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2015, tom: 55, strony: 1271-1281), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.5b00117 - link do publikacji
  1. Chemoinformatics Methods for Studying Biomolecules
    Autorzy:
    Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung Lee
    Książka:
    Handbook of Computational Chemistry (rok: 2017, tom: 5, strony: 2183-2199), Wydawca: Springer International Publishing Switzerland
    Status:
    Opublikowane