Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Wpływ aminokwasów bramkujących i aminokwasów kotwiczących na regulację aktywności i selektywności enzymów.

2013/10/E/NZ1/00649

Słowa kluczowe:

projektowanie enzymów bramka aminokwas bramkujący aminokwas kotwiczący selektywność transport tunel

Deskryptory:

  • NZ1_4: Biologia strukturalna
  • NZ1_1: Biologia molekularna
  • NZ1_9: Biotechnologia

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Centrum Biotechnologii

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Artur Góra 

Liczba wykonawców projektu: 11

Konkurs: SONATA BIS 3 - ogłoszony 2013-06-14

Przyznana kwota: 1 482 500 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-07-16

Zakończenie projektu: 2019-12-15

Planowany czas trwania projektu: 65 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Stacje robocze oparte o karty graficzne do obliczeń dynamiki molekularnej. Za kwotę 100 000 PLN
  2. Drukarka. Za kwotę 3 000 PLN
  3. Lokalna stacja robocza.
  4. Lokalna stacja robocza. Za kwotę 42 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (10)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (18)
  1. AQUA-DUCT: Analysis of Molecular Dynamics Simulations of Macromolecules with the use of Molecular Probes [Article v1. 0]
    Autorzy:
    K Mitusińska, A Raczyńska, P Wojsa, M Bzówka, A Góra
    Czasopismo:
    Living Journal of Computational Molecular Science (rok: 2021, tom: 2, strony: 21383), Wydawca: University of Colorado Boulder
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.33011/livecoms.2.1.21383 - link do publikacji
  2. BALCONY: an R package for MSA and functional compartments of protein variability analysis
    Autorzy:
    Alicja Płuciennik, Michał Stolarczyk, Maria Bzówka, Agata Raczyńska, Tomasz Magdziarz and Artur Góra
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2018, tom: 19, strony: 300-308), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-018-2294-z - link do publikacji
  3. Modulating D-amino acid oxidase (DAAO) substrate specificity through facilitated solvent access
    Autorzy:
    Kalyanasundaram Subramanian, Artur Góra, Ruud Spruijt, Karolina Mitusińska, Maria Suarez-Diez, Vitor Martins dos Santos, Peter J. Schaap
    Czasopismo:
    PLoS One (rok: 2018, tom: 13(6), strony: e0198990), Wydawca: PLoS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0198990 - link do publikacji
  4. Applications of water molecules for analysis of macromolecule properties
    Autorzy:
    Karolina Mitusińska, Agata Raczyńska, Maria Bzówka, Weronika Bagrowska, Artur Góra
    Czasopismo:
    Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2020, tom: 18, strony: 355-365), Wydawca: Elsevier B.V.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2020.02.001 - link do publikacji
  5. Computational insights into the known inhibitors of human soluble epoxide hydrolase
    Autorzy:
    Maria Bzówka, Karolina Mitusińska, Katarzyna Hopko, Artur Góra
    Czasopismo:
    Drug Discovery Today (rok: 2021, tom: XX, strony: XXX), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1016/j.drudis.2021.05.017 - link do publikacji
  6. Distant Non-Obvious Mutations Influence the Activity of a Hyperthermophilic Pyrococcus furiosus Phosphoglucose Isomerase
    Autorzy:
    Subramanian, K.; Mitusińska, K.; Raedts, J.; Almourfi, F.; Joosten, H.-J.; Hendriks, S.; Sedelnikova, S. E.; Kengen, S. W. M.; Hagen, W. R.; Góra, A.; Martins dos Santos, V. A. P.; Baker, P. J.; van der Oost, J.; Schaap, P. J.
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2019, tom: 9(6), strony: 212), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom9060212 - link do publikacji
  7. Exploring Solanum tuberosum Epoxide Hydrolase Internal Architecture by Water Molecules Tracking
    Autorzy:
    Karolina Mitusińska, Tomasz Magdziarz, Maria Bzówka, Agnieszka Stańczak and Artur Góra
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2018, tom: 8, strony: 143), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom8040143 - link do publikacji
  8. AQUA-DUCT a ligands tracking tool
    Autorzy:
    Tomasz Magdziarz, Karolina Mitusińska, Sandra Gołdowska, Alicja Płuciennik, Michał Stolarczyk, Magdalena Ługowska, Artur Góra
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2017, tom: 33, strony: 2045–2046), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btx125 - link do publikacji
  9. Structural and Evolutionary Analysis Indicate That the SARS-CoV-2 Mpro Is a Challenging Target for Small-Molecule Inhibitor Design
    Autorzy:
    Maria Bzówka, Karolina Mitusińska, Agata Raczyńska, Aleksandra Samol, Jack A. Tuszyński, Artur Góra
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2020, tom: 21(9), strony: 3099-3116), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms21093099 - link do publikacji
  10. AQUA-DUCT 1.0: structural and functional analysis of macromolecules from an intramolecular voids perspective
    Autorzy:
    Magdziarz, T.; Mitusińska, K.; Bzówka, M.; Raczyńska, A.; Stańczak, A.; Banas, M.; Bagrowska, W.; Góra, A.
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2020, tom: 36(8), strony: 2599–2601), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btz946 - link do publikacji
  1. Evolution of functionally important compartments of proteins – what can we learn from studying epoxide hydrolases?
    Autorzy:
    M. Bzówka , T. Magdziarz, K. Mitusinska, A. Stanczak, A. Raczynska, A. Góra
    Konferencja:
    18th European Congress on Biotechnology (rok: 2018, ), Wydawca: Elsevier - New Biotechnology
    Data:
    konferencja 1-4 lipiec
    Status:
    Opublikowana
  2. Influence of the missing loop refinement for substrate access to the active site in Aspergillus Niger epoxide hydrolase
    Autorzy:
    Karolina Markowska, Artur Góra
    Konferencja:
    XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 20-21.11
    Status:
    Opublikowana
  3. PROTEIN HOT SPOTS IDENTIFICATION CAN WE REPLACE LONG SIMULATIONS BY SERIES OF SHORT RUNS?
    Autorzy:
    Aleksandra Samol, Karolina Mitusińsla, Maria Bzówka, Tomasz Magdziarz, Artur Góra
    Konferencja:
    XXII nd Gliwice Scientific Meetings 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 16-17.11
    Status:
    Opublikowana
  4. VALIDATION OF THE USABILITY OF VARIOUS CLUSTERIZATIO N AND TRIMMING METHODS FOR OBJECTS DISPERSED SPHERICALLY IN THREE DIMENSIONAL SPACE – EXTENSIVE ANALYSIS OF WATER FLOW THROUGH PROTEIN CORE
    Autorzy:
    Agata Raczyńska, Tomasz Magdziarz, Karolina Mitusińska, Artur Góra
    Konferencja:
    XXI st Gliwice Scientific Meetings 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 17-18.11
    Status:
    Opublikowana
  5. AQUADUCT - a water tracking tool
    Autorzy:
    Tomasz Magdziarz, Karolina Markowska, Artur Góra
    Konferencja:
    EMBO conference The biochemistry and chemistry of biocatalysis: From understanding to design (rok: 2016, ), Wydawca: EMBOpress
    Data:
    konferencja 12-15.06
    Status:
    Opublikowana
  6. PANTA RHEI: analysis of solvent flow in MD simulations
    Autorzy:
    Tomasz Magdziarz, Karolina Markowska, Sandra Gołdowska, Artur Góra
    Konferencja:
    BIT16 (rok: 2016, ), Wydawca: Uniwersytet Mikołaja Kopernika W Toruniu.
    Data:
    konferencja 16-18.06
    Status:
    Opublikowana
  7. MODIFICATION OF THE HUMAN SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE ACTIVE SITE ACCESSIBILITY BY ENGINEERING OF ITS ENTRANCE TUNNEL
    Autorzy:
    Sandra GOŁDOWSKA, Karolina MARKOWSKA, Alicja PŁUCIENNIK, Artur GÓRA
    Konferencja:
    8th Central European Conference Chemistry towards Biology (rok: 2016, ), Wydawca: University of Veterinary and Pharmaceutical Sciences Brno, Czech Republic, ISBN 978-80-7305-777-0
    Data:
    konferencja 28.08-1.09
    Status:
    Opublikowana
  8. THE OPENING AND CLOSING MOVEMENTS OF LOOP REGULATING THE ACCESS TO THE ACTIVE SITE
    Autorzy:
    Karolina Mitusińska , Tomasz Magdziarz, Artur Góra
    Konferencja:
    XXI st Gliwice Scientific Meetings 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 17-18.11
    Status:
    Opublikowana
  9. The evolutionary glance at tunnels in proteins
    Autorzy:
    Alicja Płuciennik, Michał Stolarczyk, Sandra Gołdowska, Magdalena Ługowska, Tomasz Magdziarz, Artur Góra
    Konferencja:
    BIT16 (rok: 2016, ), Wydawca: Uniwersytet Mikołaja Kopernika W Toruniu.
    Data:
    konferencja 16-18.06
    Status:
    Opublikowana
  10. Identification of gates in humane soluble epoxide hydrolase
    Autorzy:
    Sandra Gołdowska, Karolina Markowska, Artur Góra
    Konferencja:
    XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 20-21.11
    Status:
    Opublikowana
  11. Modification of the accessibility of the human soluble epoxide hydrolase active site, in silico study
    Autorzy:
    Sandra Gołdowska, Karolina Markowska, Alicja Płuciennik, Artur Góra
    Konferencja:
    BIT16 (rok: 2016, ), Wydawca: Uniwersytet Mikołaja Kopernika W Toruniu.
    Data:
    konferencja 16-18.06
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  12. THE IMPORTANCE OF LIGANDS PRESENCE IN ENZYME CRYSTAL STRUCTURES FOR MOLECULAR DYNAMICS STUDY
    Autorzy:
    Weronika Bagrowska, Karolina Mitusińska, Tomasz Magdziarz, Artur Góra
    Konferencja:
    XXII nd Gliwice Scientific Meetings 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 16-17.11
    Status:
    Opublikowana
  13. Water tracing as an alternative method for tunnels exploration in macromolecules
    Autorzy:
    A. Raczynska, T. Magdziarz, K. Mitusinska, A. Góra
    Konferencja:
    18th European Congress On Biotechnology (rok: 2018, ), Wydawca: Elsevier - New Biotechnology
    Data:
    konferencja 1-4 lipca
    Status:
    Opublikowana
  14. BALCONY - Better Alignment Consensus Analysis
    Autorzy:
    Alicja Płuciennik, Michał Stolarczyk, Tomasz Magdziarz, Artur Góra
    Konferencja:
    XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 20-21.11
    Status:
    Opublikowana
  15. Finding of proteins 'breathing motions' through the analysis of water flow
    Autorzy:
    Maria Bzówka, Karolina Mitusińska, Tomasz Magdziarz, Artur Góra
    Konferencja:
    Artificial Water Channels: Faraday Discussion (rok: 2018, ), Wydawca: RSC
    Data:
    konferencja 25-27.06
    Status:
    Opublikowana
  16. How does the missing loop refillment influence on the substrate access to the catalytic pocket in Aspergillus Niger epoxide hydrolase?
    Autorzy:
    Mariusz Wiecha, Karolina Markowska, Artur Góra
    Konferencja:
    XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 20-21.11
    Status:
    Opublikowana
  17. Influence of binding pocket reshaping on the access to the active site in Limonene-1,2-epoxide hydrolase from Rhodococcus Erythropolis
    Autorzy:
    Magdalena Ługowska, Karolina Markowska, Artur Góra
    Konferencja:
    XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 20-21.11
    Status:
    Opublikowana
  18. SEARCHING FOR THE ALPHA-1,6-FUCOSYLOTRANSFERASE INHIBITORS
    Autorzy:
    Weronika Bagrowska, Katarzyna Hopko, Karolina Mitusińska, Radosław Kitel, Anna Kasprzycka, Artur Góra
    Konferencja:
    XXIII rd Gliwice Scientific Meetings 2019 (rok: 2019, ), Wydawca: Association for the Support of Cancer Research
    Data:
    konferencja 22-23.11
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy