Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Jednolity model gruboziarnisty makromolekuł biologicznych oparty o średniopolowe oddziaływania multipol-multipol

2012/06/A/ST4/00376

Słowa kluczowe:

białka kwasy nukleinowe cukry modele gruboziarniste potencjały średniej siły oddziaływania multipol-multipol dynamika molekularna właściwości termodynamiczne

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_4: Struktura i architektura molekularna
  • ST3_17: Fizyka statystyczna (materii skondensowanej)

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Józef Liwo 

Liczba wykonawców projektu: 9

Konkurs: MAESTRO 3 - ogłoszony 2012-06-15

Przyznana kwota: 1 071 480 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-03-26

Zakończenie projektu: 2018-03-25

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Kable, gniazdka, wtyczki elektryczne, kable eternetowe, inny drobny sprzęt elektryczny. Za kwotę 800 PLN
  2. Macbook.
  3. Switch 24-portowy. Za kwotę 3 700 PLN
  4. Laptop Dell.
  5. Przenośny klimatyzator (37 kW). Za kwotę 3 000 PLN
  6. Rack na max. 20 nodów. Za kwotę 2 500 PLN
  7. brak danych.
  8. Laptop ASUS.
  9. Nod obliczeniowy; 1 U Intel dual CPU SC815R; 2x Intel Xeon 6-Core E5645 2.40 GHz 12MB 5.86 GT/s (Westmere); 24 GB ECC Registered DDR3 RAM 2Rank ATP (6x 4096 MB); osłona przednia (16 szt.). Za kwotę 152 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (18)
  • Publikacje książkowe (2)
  1. Kinks, loops, and protein folding, with protein A as an example
    Autorzy:
    Andrey Krokhotin, Adam Liwo, Gia G. Maisuradze, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2014, tom: 140, strony: 25101), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4855735 - link do publikacji
  2. WeFold: A coopetition for protein structure prediction
    Autorzy:
    George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit,7 Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Pawel Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popovic, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli , Foldit Players
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2014, tom: 82, strony: 1850–1868), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.24538 - link do publikacji
  3. A maximum-likelihood approach to force-field calibration
    Autorzy:
    Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Agnieszka Karczyńska, Christian Omieczynski, Tomasz Wirecki, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2017, tom: 55, strony: 2050-2070), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.5b00395 - link do publikacji
  4. A new protein nucleic-acid coarse-grained force field based on the UNRES and NARES-2P force fields
    Autorzy:
    A.K. Sieradzan, A. Giełdoń, Y. Yin, Y. He, H.A. Scheraga, A. Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2018, tom: 39, strony: 2360-2370), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.25571 - link do publikacji
  5. Common functionally important motions of the nucleotide-binding domain of Hsp70
    Autorzy:
    Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics (rok: 2015, tom: 83, strony: 282-299), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.24731 - link do publikacji
  6. Mean-Field Interactions between Nucleic-Acid-Base Dipoles can Drive the Formation of a Double Helix
    Autorzy:
    Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Physical Review Letters (rok: 2013, tom: 110, strony: 98101), Wydawca: American Physical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.098101 - link do publikacji
  7. Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    Autorzy:
    Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2016, tom: 144, strony: 184110), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4948710 - link do publikacji
  8. A general method for the derivation of the functional forms of the effective energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. I. Backbone potentials of coarse-grained polypeptide chains
    Autorzy:
    A.K. Sieradzan, M. Makowski, A. Augustynowicz, A. Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2017, tom: 146, strony: 124106), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4978680 - link do publikacji
  9. A general method for the derivation of the functional forms of the effective energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. II. Backbone-local potentials of coarse-grained O1->4-bonded polyglucose chains
    Autorzy:
    E.A. Lubecka, A. Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2017, tom: 147, strony: 115101), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4994130 - link do publikacji
  10. Coarse graining: a tool for large-scale simulations or more?
    Autorzy:
    Adam Liwo
    Czasopismo:
    Physica Scripta (rok: 2013, tom: 87, strony: 58502), Wydawca: IOP Publishing LTD
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1088/0031-8949/87/05/058502 - link do publikacji
  11. Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    Autorzy:
    Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, and Adam Liwo
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2016, tom: 32, strony: 3270–3278), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btw404 - link do publikacji
  12. A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole–multipole interactions
    Autorzy:
    Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Modeling (rok: 2014, tom: 20, strony: 2306-1 - 2306-5), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00894-014-2306-5 - link do publikacji
  13. Dynamics of disulfide-bond disruption and formation in the thermal unfolding of ribonuclease A
    Autorzy:
    P. Krupa, A.K. Sieradzan, M.A. Mozolewska, H. Li, A. Liwo, H.A. Scheraga
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2017, tom: 13, strony: 5721-5730), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.7b00724 - link do publikacji
  14. Optimization of a Nucleic Acids united-RESidue 2- Point model (NARES-2P) with a maximum-likelihood approach.
    Autorzy:
    Yi He, Adam Liwo, Harold A. Scheraga
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2015, tom: 143, strony: 243111), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/1.4932082 - link do publikacji
  15. Physics-based Potentials for coarse-grained modeling of protein DNA interactions
    Autorzy:
    Yanping Yin, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2015, tom: 11, strony: 1792-1808), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/ct5009558 - link do publikacji
  16. Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
    Autorzy:
    Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Khatuna Kachlishvili, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga
    Czasopismo:
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (rok: 2013, tom: 110, strony: 14937-14941), Wydawca: National Academy of Sciences
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1073/pnas.1313316110 - link do publikacji
  17. Prediction of DNA and RNA Structure with the NARES- 2P Force Field and Conformational Space Annealing
    Autorzy:
    A.K. Sieradzan, Ł. Golon, A. Liwo
    Czasopismo:
    Physical Chemisty and Chemical Physics (rok: 2018, tom: 20, strony: 19656-19663), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c8cp03018a - link do publikacji
  18. Studies of conformational changes of an arginine-binding protein from Thermotoga maritima in the presence and absence of ligand via molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field
    Autorzy:
    Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Modeling (rok: 2015, tom: 21, strony: /s00894-015-2609-1 - /s00894-015-2609-5), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00894-015-2609-1 - link do publikacji
  1. Microscopic Physics-Based Models of Proteins and Nucleic Acids UNRES and NARES
    Autorzy:
    Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa I. Gołaś, Yuan-Jie He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Adam Liwo, Gia G. Maisuradze, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Antti J. Niemi, Shelly Rackovsky, RafałŚlusarz, Adam K. Sieradzan, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga
    Książka:
    Coarse-Grained Models of Biomolecules (rok: 2018, tom: 1, strony: 65-116), Wydawca: CRC Press,
    Status:
    Opublikowana
  2. A Novel Coarse-Grained Description of Protein Structure and Folding by UNRES Force Field and Discrete Nonlinear Schrödinger Equation
    Autorzy:
    Adam Liwo, Antti Niemi, Xubiao Peng, Adam K. Sieradzan
    Książka:
    Frontiers in Computational Chemistry (rok: 2015, tom: 1, strony: 257-289), Wydawca: Bentham Science Publications
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy