Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Bioinformatyczne i biofizyczne modele sekwencji DNA wiążących NF-kappaB: przewidywanie lokalizacji miejsc wiązania w genomach i ich weryfikacja doświadczalna, oraz analiza ko-ewolucji z rodziną białek NF-kappaB.

2012/05/B/NZ2/01618

Słowa kluczowe:

NF-kappaB,sekwencje wiążące modelowanie biofizyczne

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
  • NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Marek Kimmel 

Liczba wykonawców projektu: 9

Konkurs: OPUS 3 - ogłoszony 2012-03-15

Przyznana kwota: 716 325 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-03-01

Zakończenie projektu: 2016-09-05

Planowany czas trwania projektu: 42 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Macierz dyskowa RAID (NAS) wraz z dyskami. Za kwotę 15 000 PLN
  2. Stacje robocze (2 szt.). Za kwotę 2 765 PLN
  3. Sonikator.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (6)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (8)
  • Publikacje książkowe (3)
  1. Different Rates of DNA Replication at Early Versus Late S-phase Sections: Multiscale Modeling of Stochastic Events Related to DNA Content/EdU (5-ethynyl-20deoxyuridine) Incorporation Distributions
    Autorzy:
    Li B, Zhao H, Rybak P, Dobrucki JW, Darzynkiewicz Z, Kimmel M
    Czasopismo:
    Cytometry Part A (rok: 2014, tom: 85 (9), strony: 785-797), Wydawca: International Society for Advancement of Cytometry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/cyto.22484 - link do publikacji
  2. EMQIT: A machine learning approach for energy based PWM matrix quality improvement
    Autorzy:
    Smolińska K, Pacholczyk M
    Czasopismo:
    Biology Direct (rok: 2017, tom: 0,511805555555556, strony: 45299), Wydawca: BioMed Cetral
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13062-017-0189-y - link do publikacji
  3. Quantitative analysis reveals crosstalk mechanisms of heat shock-induced attenuation of NF-kB signaling at the single cell level
    Autorzy:
    Kardyńska M, Paszek A, Śmieja J, Spiller D, Widłak W, White MR, Paszek P, Kimmel M
    Czasopismo:
    PLOS Computational Biology (rok: 2018, tom: 14(4): e1006130, strony: 45316), Wydawca: International Society for Computational Biology
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1006130 - link do publikacji
  4. A novel mathematical model of ATM/p53/NF-κB pathways points to the importance of the DDR switch-off mechanisms
    Autorzy:
    Jonak K, Kurpas M, Szoltysek K, Janus P, Abramowicz A, Puszynski K
    Czasopismo:
    BMC Systems Biology (rok: 2016, tom: 10, strony: 75), Wydawca: Springer (Biomed Central)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12918-016-0293-0 - link do publikacji
  5. Induction of reactive oxygen and nitrogen species at different stages of the cell cycle and after exposure of human K562 and HL60 cells to ionizing radiation
    Autorzy:
    K. Gajda, M. Skonieczna, A. Cieslar–Pobuda, Y. Saenko and J. Rzeszowska-Wolny,
    Czasopismo:
    FEBS Journal (rok: 2013, tom: 280, Suppl. s1, strony: 244), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1111/febs.12340 - link do publikacji
  6. Crosstalk between cytokine and hyperthermia induced pathways: identification of different subsets of NFkappaB-dependent genes regulated by TNF-alfa and heat shock
    Autorzy:
    Janus P, Stokowy T, Jaksik R, Szoltysek K, Handschuh L, Podkowinski J, Widlak W, Kimmel M, Widlak P
    Czasopismo:
    Molecular Genetics and Genomics (rok: 2015, tom: 290(5), strony: 1979-1990), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00438-015-1055-1 - link do publikacji
  1. Changes of reactive oxygen species and nucleic acid modifications during cell cycle progression
    Autorzy:
    K. Gajda, M. Skonieczna, S. Student, D. Hudy, K. Biernacki, A. Krzywoń, I. Ślęzak-Prochazka, J. Rzeszowska-Wolny,
    Konferencja:
    48th Congress of the Polish Biochemical Society (rok: 2013, ), Wydawca: Acta Biochimica Polonica
    Data:
    konferencja 2-5.09.2013
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  2. Induction of reactive oxygen species in normal human fibroblasts co-cultivated with irradiated melanoma cells
    Autorzy:
    K. Biernacki, D. Hudy, M. Skonieczna, K. Gajda, A. Krzywoń, M. Wideł, J. Rzeszowska-Wolny
    Konferencja:
    48th Congress of the Polish Biochemical Society (rok: 2013, ), Wydawca: Acta Biochimica Polonica
    Data:
    konferencja 2-5.09.2013
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  3. Nitric oxide in control and irradiated K562 cells
    Autorzy:
    M. Skonieczna, A. Cieślar-Pobuda, M. Ochab, R. Buldak, J. Rzeszowska-Wolny,
    Konferencja:
    48th Congress of the Polish Biochemical Society (rok: 2013, ), Wydawca: Acta Biochimica Polonica
    Data:
    konferencja 2-5.09.2013
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  4. Computational approach for modelinga and testing NF-kappaB binding sites
    Autorzy:
    Pacholczyk M, Smolinska K, Iwanaszko M, Kimmel M
    Konferencja:
    IWBBIO 2014:International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (rok: 2014, ), Wydawca: brak
    Data:
    konferencja 7-9.04.2014
    Status:
    Opublikowana
  5. Crosstalk between stress-induced NF-κB, p53 and HSF1 signaling pathways – review.
    Autorzy:
    Widłak P, Gramatyka M, Kimmel M
    Konferencja:
    19th World Congress The International Federation of Automatic Control (rok: 2014, ), Wydawca: International Federation of Automatic Control
    Data:
    konferencja 24-29.08.2014
    Status:
    Opublikowana
  6. In Silico Analysis of Interactions Between NFkB and HSF Pathways
    Autorzy:
    Smieja J, Kardynska M, Naumowicz A, Janus P, Widlak P, Kimmel M
    Konferencja:
    6th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (rok: 2015, ), Wydawca: SCITEPRESS – Science and Technology Publications
    Data:
    konferencja 12-15.01.2015
    Status:
    Opublikowana
  7. Sloppy/Stiff Parameters Rankings in Sensitivity Analysis of Signaling Pathways
    Autorzy:
    Kardynska M, Smieja J, Naumowicz A, Janus P, Widlak P, Kimmel M
    Konferencja:
    9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2016) (rok: 2016, ), Wydawca: SCITEPRESS – Science and Technology Publications
    Data:
    konferencja 21-23.02.2016
    Status:
    Opublikowana
  8. Improved computational technique for modeling and testing transcription factor binding sites
    Autorzy:
    Pacholczyk M, Smolińska K, Kimmel M
    Konferencja:
    Recent Researches in Applied Informatics (rok: 2015, ), Wydawca: WSEAS Press
    Data:
    konferencja 27-29.06.2015
    Status:
    Opublikowana
  1. Uniwersalny kalibrator dla potrzeb estymacji ilości molekuł transkryptu
    Autorzy:
    Biernacki K, Hudy D, Jaksik R, Skonieczna M
    Książka:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2014, tom: II, strony: 41-49), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  2. Activation and inactiwation of DNA repair genes after irradiation
    Autorzy:
    Skonieczna M, Bensz W, Student S, Biernacki K, Widel M
    Książka:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2014, tom: II, strony: 207-215), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowana
  3. Modeling protein-ligand interaction with finite absorbing Markov chain
    Autorzy:
    Marcin Pacholczyk, Damian Borys, Marek Kimmel
    Książka:
    Computational Electrostatics for Biological Applications (rok: 2015, tom: nie dotyczy, strony: 297-306), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy