Badanie procesów wiązania ligandów oraz aktywacji receptorów GPCR formylowych, opioidowych i kanabinoidowych
2011/03/B/NZ1/03204
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ1_4: Biologia strukturalna
- NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
Panel
NZ1 – Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia
Jednostka realizująca
Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 7
Konkurs
OPUS 2 – ogłoszony 2011-09-15
- Przyznana kwota
- 506 000 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2012-08-27
- Zakończenie projektu
- 2015-08-26
- Planowany czas trwania projektu
- 36 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Licencja oprogramowania LigandScout. Za kwotę 15 239 PLN
- Licencja oprogramowania Schrodinger. Za kwotę 12 294 PLN
- Procesory Intel XEON. Za kwotę 33 148 PLN
- Wysokowydajny serwer GPU. Za kwotę 150 000 PLN
- komputer małej mocy.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (9)
-
Lipid receptor S1P1 activation scheme concluded from microsecond all-atom molecular dynamics simulations
- Autorzy:
- S. Yuan, R. Wu, D. Latek, B. Trzaskowski, S. Filipek
- Czasopismo:
- PLOS Comp. Biol. (rok: 2013, tom: 9, strony: e1003261), Wydawca: PLOS
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1371/journal.pcbi.1003261 – link do publikacji
-
Hydrophobic ligands entry and exit pathways of CB1 cannabinoid receptor
- Autorzy:
- J. Jakowiecki, S. Filipek
- Czasopismo:
- J. Chem. Inf. Model. (rok: 2016, tom: 56, strony: 2457-2466), Wydawca: American Chemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jcim.6b00499 – link do publikacji
-
Towards improved quality of GPCR models by usage of multiple templates and profile-profile comparison
- Autorzy:
- D. Latek, P. Pasznik, T. Carlomagno, S. Filipek
- Czasopismo:
- PLOS ONE (rok: 2013, tom: 8, strony: e56742), Wydawca: PLOS
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1371/journal.pone.0056742 – link do publikacji
-
G Protein-Coupled Receptors – Recent Advances
- Autorzy:
- D. Latek, A. Modzelewska, B. Trzaskowski, K. Palczewski, S. Filipek
- Czasopismo:
- Acta Biochim. Pol. (rok: 2012, tom: 59, strony: 515-529), Wydawca: Polish Biochemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- link do publikacji
-
W246(6.48) opens a gate for a continuous intrinsic water pathway during activation of the adenosine A2A receptor
- Autorzy:
- S. Yuan, Z. Hu, S. Filipek, H. Vogel
- Czasopismo:
- Angew. Chem. Int. Ed. (rok: 2015, tom: 54, strony: 556-559), Wydawca: Wiley
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/anie.201409679 – link do publikacji
-
Activation of G-protein-coupled receptors correlates with the formation of a continuous internal water pathway
- Autorzy:
- S. Yuan, S. Filipek, K. Palczewski, H. Vogel
- Czasopismo:
- Nature Communications (rok: 2014, tom: 5, strony: 4733), Wydawca: Nature Publishing Group
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/ncomms5733 – link do publikacji
-
The mechanism of ligand-induced activation or inhibition of mu- and kappa-opioid receptors
- Autorzy:
- S. Yuan, K. Palczewski, Q. Peng, M. Kolinski, H. Vogel, S. Filipek
- Czasopismo:
- Angew. Chem. Int. Ed. (rok: 2015, tom: 54, strony: 7560-7563), Wydawca: Wiley
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/anie.201501742 – link do publikacji
-
The Role of Water and Sodium Ions in the Activation of the mu-Opioid Receptor
- Autorzy:
- S. Yuan, H. Vogel, S. Filipek
- Czasopismo:
- Angew. Chem. Int. Ed. (rok: 2013, tom: 52, strony: 10112-10115), Wydawca: Wiley
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/anie.201302244 – link do publikacji
-
Non-peptide ligand binding to the formyl peptide receptor FPR2—A comparison to peptide ligand binding modes
- Autorzy:
- T.M. Stepniewski, S. Filipek
- Czasopismo:
- Bioorganic & Medicinal Chemistry (rok: 2015, tom: 23, strony: 4072–4081), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.bmc.2015.03.062 – link do publikacji