Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Dynamika zmian konformacyjnych w pierścieniach piranozowych: modelowanie komputerowe

2011/03/D/ST4/01230

Słowa kluczowe:

węglowodany konformacje pierścieni modelowanie molekularne stany przejściowe

Deskryptory:

  • ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych
  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_14: Reakcje chemiczne: mechanizmy, termodynamika, kinetyka i kataliza

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera PAN

woj. małopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Wojciech Płaziński 

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs: SONATA 2 - ogłoszony 2011-09-15

Przyznana kwota: 262 400 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2012-08-29

Zakończenie projektu: 2015-08-28

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Serwer obliczeniowy oparty na technologii GPU. Za kwotę 120 000 PLN
  2. Przenośny komputer typu notebook + podstawowe oprogramowani. Za kwotę 2 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (7)
  1. Ring inversion properties of 1→2, 1→3 and 1→6-linked hexopyranoses and their correlation with the conformation of glycosidic linkages IF: 2,023
    Autorzy:
    W. Plazinski, M. Drach, A. Plazinska
    Czasopismo:
    Carbohydrate Research (rok: 2016, tom: 423, strony: 43–48), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carres.2016.01.007 - link do publikacji
  2. The dynamics of the conformational changes in the hexopyranose ring: a transition path sampling approach IF: 3,708
    Autorzy:
    W. Plazinski, M. Drach
    Czasopismo:
    RSC Advances (rok: 2014, tom: 4, strony: 25028-25039), Wydawca: The Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c4ra03410d - link do publikacji
  3. Revision of the GROMOS 56A6CARBO force field: Improving the description of ring-conformational equilibria in hexopyranose-based carbohydrates chains IF: 4,648
    Autorzy:
    W. Plazinski, A. Lonardi, P.H. Hünenberger
    Czasopismo:
    Journal of Computational Chemistry (rok: 2016, tom: 37, strony: 354-365), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/jcc.24229 - link do publikacji
  4. Water-catalyzed mechanism of the ring-opening reaction of glucose. IF: 4,219
    Autorzy:
    W. Plazinski, A. Plazinska, M. Drach
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2015, tom: 17, strony: 21622-21629), Wydawca: The Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C5CP03357H - link do publikacji
  5. Acyclic forms of aldohexoses and ketohexoses in aqueous and DMSO solutions: conformational features studied using molecular dynamics simulations IF: 4,273
    Autorzy:
    W. Plazinski, A. Plazinska, M. Drach
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2016, tom: 18, strony: 9626-9635), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c6cp00809g - link do publikacji
  6. Kinetic characteristics of conformational changes in the hexopyranose rings. IF: 2,133
    Autorzy:
    W. Plazinski, M. Drach
    Czasopismo:
    Carbohydrate Research (rok: 2015, tom: 416, strony: 41-50), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carres.2015.08.010 - link do publikacji
  7. The influence of the hexopyranose ring geometry on the conformation of glycosidic linkages investigated using molecular dynamics simulations. IF: 2,133
    Autorzy:
    W. Plazinski, M. Drach
    Czasopismo:
    Carbohydrate Research (rok: 2015, tom: 415, strony: 17-27), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carres.2015.07.018 - link do publikacji