Dynamika zmian konformacyjnych w pierścieniach piranozowych: modelowanie komputerowe
2011/03/D/ST4/01230
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych
- ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
- ST4_14: Reakcje chemiczne: mechanizmy, termodynamika, kinetyka i kataliza
Panel
ST4 – Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna
Jednostka realizująca
Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera PAN
woj. małopolskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 3
Konkurs
SONATA 2 – ogłoszony 2011-09-15
- Przyznana kwota
- 262 400 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2012-08-29
- Zakończenie projektu
- 2015-08-28
- Planowany czas trwania projektu
- 36 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Przenośny komputer typu notebook + podstawowe oprogramowani. Za kwotę 2 000 PLN
- Serwer obliczeniowy oparty na technologii GPU. Za kwotę 120 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (7)
-
Revision of the GROMOS 56A6CARBO force field: Improving the description of ring-conformational equilibria in hexopyranose-based carbohydrates chains
- Autorzy:
- W. Plazinski, A. Lonardi, P.H. Hünenberger
- Czasopismo:
- Journal of Computational Chemistry (rok: 2016, tom: 37, strony: 354-365), Wydawca: Wiley
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/jcc.24229 – link do publikacji
-
Ring inversion properties of 1→2, 1→3 and 1→6-linked hexopyranoses and their correlation with the conformation of glycosidic linkages
- Autorzy:
- W. Plazinski, M. Drach, A. Plazinska
- Czasopismo:
- Carbohydrate Research (rok: 2016, tom: 423, strony: 43–48), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.carres.2016.01.007 – link do publikacji
-
Acyclic forms of aldohexoses and ketohexoses in aqueous and DMSO solutions: conformational features studied using molecular dynamics simulations
- Autorzy:
- W. Plazinski, A. Plazinska, M. Drach
- Czasopismo:
- Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2016, tom: 18, strony: 9626-9635), Wydawca: Royal Society of Chemistry
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1039/c6cp00809g – link do publikacji
-
The influence of the hexopyranose ring geometry on the conformation of glycosidic linkages investigated using molecular dynamics simulations.
- Autorzy:
- W. Plazinski, M. Drach
- Czasopismo:
- Carbohydrate Research (rok: 2015, tom: 415, strony: 17-27), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.carres.2015.07.018 – link do publikacji
-
Water-catalyzed mechanism of the ring-opening reaction of glucose.
- Autorzy:
- W. Plazinski, A. Plazinska, M. Drach
- Czasopismo:
- Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2015, tom: 17, strony: 21622-21629), Wydawca: The Royal Society of Chemistry
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1039/C5CP03357H – link do publikacji
-
Kinetic characteristics of conformational changes in the hexopyranose rings.
- Autorzy:
- W. Plazinski, M. Drach
- Czasopismo:
- Carbohydrate Research (rok: 2015, tom: 416, strony: 41-50), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.carres.2015.08.010 – link do publikacji
-
The dynamics of the conformational changes in the hexopyranose ring: a transition path sampling approach
- Autorzy:
- W. Plazinski, M. Drach
- Czasopismo:
- RSC Advances (rok: 2014, tom: 4, strony: 25028-25039), Wydawca: The Royal Society of Chemistry
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1039/c4ra03410d – link do publikacji