Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

"Projektowalne" nukleazy - badania strukturalne, programowanie specyficzności i próby wykorzystania w inżynierii genomowej

2011/02/A/NZ1/00052

Słowa kluczowe:

nukleazy TAL krystalografia makromolekuł inżynieria białek celowanie genowe Drosophila

Deskryptory:

  • NZ1_4: Biologia strukturalna
  • NZ1_5: Inżynieria genetyczna
  • NZ2_1: Genetyka molekularna

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia, m.in.:

Jednostka realizująca:

Instytut Biochemii i Biofizyki PAN

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Matthias Bochtler 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: MAESTRO 1 - ogłoszony 2011-06-15

Przyznana kwota: 2 500 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2012-05-28

Zakończenie projektu: 2017-04-28

Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. APARAT DO ELEKTROFOREZY BIAŁEK z ZASILACZEM. Za kwotę 10 000 PLN
  2. APARAT DO ELEKTROFOREZY PIONOWEJ. Za kwotę 10 000 PLN
  3. Rotor z pokrywą. Za kwotę 8 815 PLN
  4. WIRÓWKA laboratoryjna. Za kwotę 15 000 PLN
  5. MIKROSKOP. Za kwotę 8 000 PLN
  6. WYCIĄGARKA do SZKLANYCH IGIEŁ i formowania mikropipet. Za kwotę 30 000 PLN
  7. WYTRZĄSARKA. Za kwotę 100 000 PLN
  8. FPLC - system do oczyszczania białek. Za kwotę 229 044 PLN
  9. MIKROINIEKROR + MIKROMANIPULATOR. Za kwotę 200 000 PLN
  10. TERMOCYKLER 96 dołkowy. Za kwotę 16 000 PLN
  11. TERMOMIKSER. Za kwotę 11 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (17)
  1. Activity and structure of EcoKMcrA IF: 11,561
    Autorzy:
    Czapinska H, Kowalska M, Zagorskaite E, Manakova E, Slyvka A, Xu SY, SiksnysV, Sasnauskas G, Bochtler M
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2018, tom: 46, strony: 9829-9841), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gky731 - link do publikacji
  2. On the role of steric clashes in methylation control of restriction endonuclease activity. IF: 10,162
    Autorzy:
    Mierzejewska K, Bochtler M, Czapinska H
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 485-95), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gkv1341 - link do publikacji
  3. Structural basis of the TAL effector-DNA interaction. IF: 2,683
    Autorzy:
    Bochtler M
    Czasopismo:
    Biological Chemistry (rok: 2012, tom: Oct;393(10), strony: 1055-66), Wydawca: W. de Gruyter
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1515/hsz-2012-0164 - link do publikacji
  4. The Bacteroidetes Q-Rule: Pyroglutamate in Signal Peptidase I Substrates IF: 4,019
    Autorzy:
    Bochtler M, Mizgalska D, Veillard F, Nowak ML, Houston J, Veith P, ReynoldsEC, Potempa J
    Czasopismo:
    Front Microbiol. (rok: 2018, tom: 9, strony: 230), Wydawca: Front Microbiol.
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.3389/fmicb.2018.00230 - link do publikacji
  5. The Y. bercovieri Anbu crystal structure sheds light on the evolution of highly (pseudo)symmetric multimers. IF: 4,894
    Autorzy:
    Piasecka A, Czapinska H, Vielberg MT, Szczepanowski RH, Kiefersauer R, Reed S, Groll M, Bochtler M
    Czasopismo:
    J Mol Biol (rok: 2018, tom: 430, strony: 611-627), Wydawca: Elsevier Ltd.
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.jmb.2017.11.016 - link do publikacji
  6. A TALE-inspired computational screen for proteins that contain approximate tandem repeats IF: 2,766
    Autorzy:
    Perycz M, Krwawicz J, Bochtler M
    Czasopismo:
    PLoS One (rok: 2017, tom: 12(6), strony: not yet), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0179173 - link do publikacji
  7. Crystal Structure and Directed Evolution of Specificity of NlaIV RestrictionEndonuclease. IF: 4,894
    Autorzy:
    Czapinska H, Siwek W, Szczepanowski RH, Bujnicki JM, Bochtler M, Skowronek KJ
    Czasopismo:
    J Mol Biol (rok: 2019, tom: -, strony: -), Wydawca: Elsevier Ltd.
    Status:
    Opublikowane
  8. Crystal structure of the 5hmC specific endonuclease PvuRts1I IF: 9,112
    Autorzy:
    Kazrani AA, Kowalska M, Czapinska H, Bochtler M
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 5929-36), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gku186 - link do publikacji
  9. Crystal structure of themodification-dependent SRA-HNH endonuclease TagI IF: 11,561
    Autorzy:
    Kisiala M, Copelas A, Czapinska H, Xu SY, Bochtler M
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2018, tom: 46, strony: 9829-41), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gky781 - link do publikacji
  10. Haloferax volcanii UbaA, catalytic engine for sampylation and sulfur transfer. IF: 3,902
    Autorzy:
    Bochtler M, Piasecka A.
    Czasopismo:
    FEBS J (rok: 2016, tom: 283, strony: 3563-66), Wydawca: John Wiley & Sons Ltd
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1111/febs.13826 - link do publikacji
  11. Nei-like 1 (NEIL1) excises 5-carboxylcytosine directly and stimulates TDG-mediated 5-formyl and 5-carboxylcytosine excision. IF: 4,122
    Autorzy:
    Slyvka A, Mierzejewska K, Bochtler M.
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 21, strony: 9001), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1038/s41598-017-07458-4 - link do publikacji
  12. Type II and type V CRISPR effector nucleases from a structural biologist's perspective.
    Autorzy:
    Fernandes H, Pastor M, Bochtler M
    Czasopismo:
    Postępy Biochemii (rok: 2016, tom: 62(3), strony: 315-326), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biochemiczne, Zarząd Główny
    Status:
    Opublikowane
  13. Type III CRISPR complexes from Thermus thermophilus. IF: 1,159
    Autorzy:
    Szychowska M, Siwek W, Pawolski D, Kazrani AA, Pyrc K, Bochtler M
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2016, tom: 63(2), strony: 377–386), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biochemiczne i Komitet Biochemii i Biofizyki PAN
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.18388/abp.2016_1261 - link do publikacji
  14. Indirect DNA Sequence Readout by LAGLIDADG Homing Endonucleases. IF: 4,945
    Autorzy:
    Bochtler M
    Czasopismo:
    Structure (rok: 2016, tom: 24(6), strony: 839-840), Wydawca: CellPress
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.str.2016.05.008 - link do publikacji
  15. Structural basis of the methylation specificity of R.DpnI IF: 9,112
    Autorzy:
    Mierzejewska K, Siwek W, Czapinska H, Kaus-Drobek M, Radlinska M, Skowronek K, Bujnicki JM, Dadlez M, Bochtler M
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 8745-54), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gku546 - link do publikacji
  16. Unique mechanism of target recognition by PfoI restrictionendonuclease of the CCGG-family. IF: 11,561
    Autorzy:
    Tamulaitiene G, Manakova E, Jovaisaite V, Tamulaitis G, Grazulis S, BochtlerM, Siksnys V
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2019, tom: 47, strony: 997-1010), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gky1137 - link do publikacji
  17. DNA demethylation pathways: Additional players and regulators. IF: 4,419
    Autorzy:
    Bochtler M, Kolano A, Xu GL
    Czasopismo:
    Bioessays (rok: 2017, tom: 39, strony: 44209), Wydawca: WILEY Periodicals, Inc.
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/bies.201600178 - link do publikacji