Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Efekty izotopowe wiązania do enzymu jako nowe, unikalne narzędzie badania oddziaływań receptor - ligand

2011/02/A/ST4/00246

Słowa kluczowe:

efekty izotopowe odwrotna transkryptaza HIV obliczenia QM/MM triazole

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • NZ1_2: Biochemia
  • NZ4_16: Farmacja

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna, m.in.:

Jednostka realizująca:

POLITECHNIKA ŁÓDZKA

woj. łódzkie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Piotr Paneth 

Liczba wykonawców projektu: 12

Konkurs: MAESTRO 1 - ogłoszony 2011-06-15

Przyznana kwota: 2 968 280 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2012-04-30

Zakończenie projektu: 2017-10-30

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. licencje oprogramowania kwantowo-mechanicznego. Za kwotę 5 227 PLN
  2. izotopowy spektrometr mas. Za kwotę 400 000 PLN
  3. klimatyzator. Za kwotę 0 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (16)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. A search for dual action HIV-1 reverse transcriptase, bacterial RNA polymerase inhibitors IF: 2,861
    Autorzy:
    Agata Paneth, Tomasz Frączek, Agnieszka Grzegorczyk, Dominika Janowska, Anna Malm, Piotr Paneth
    Czasopismo:
    Molecules (rok: 2017, tom: 22, strony: 1808), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.3390/molecules22111808 - link do publikacji
  2. Assessing biological activity with molecular docking tools: a case study of triazole HIV-1 NNRTIs IF: 4,304
    Autorzy:
    Tomasz Frączek, Agata Siwek, Piotr Paneth
    Czasopismo:
    J. Chem. Inform. Modeling (rok: 2013, tom: 53, strony: 3326-3342), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/ci400427a - link do publikacji
  3. Binding modes of DL-2-haloacid dehalogenase revealed by crystallography, modeling and isotope effects studies IF: 3043
    Autorzy:
    Agata Siwek, Rie Omi, Ken Hirotsu, Keiji Jitsumori, Nobuyoshi Esaki, Tatsuo Kurihara, Piotr Paneth
    Czasopismo:
    Archives of Biochemistry and Biophysics (rok: 2013, tom: 540, strony: 26-32), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.abb.2013.09.012 - link do publikacji
  4. Diaryl ethers with carboxymethoxyphenacyl motif as potent HIV-1 reverse transcriptase inhibitors with improved solubility IF: 4,293
    Autorzy:
    Tomasz Frączek, Rafał Kamiński, Agnieszka Krakowiak, Evelien Naessens, Bruno Verhasselt, Piotr Paneth
    Czasopismo:
    J. Enz. Inhib. Med. Chem (rok: 2018, tom: 33, strony: 44455), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1080/14756366.2017.1387542 - link do publikacji
  5. Searching for novel scaffold of triazole non-nucleoside inhibitors of HIV-1 reverse transcriptase IF: 3,428
    Autorzy:
    Tomasz Frączek, Agata Paneth, Rafał Kamiński, Agnieszka Krakowiak, Piotr Paneth
    Czasopismo:
    Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry (rok: 2016, tom: 31, strony: 481-489), Wydawca: Informa
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.3109/14756366.2015.1039531 - link do publikacji
  6. Oxygen binding isotope effects of triazole-based HIV-1 reverse transcriptase inhibitors indicate the actual binding site IF: 3,165
    Autorzy:
    Agnieszka Krzemińska, Tomasz Frączek, Piotr Paneth
    Czasopismo:
    Arch. Biochem. Biophys. (rok: 2017, tom: 635, strony: 87-95), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
  7. Theoretical studies of energetics and binding isotope effects of binding a triazole-based inhibitor to HIV-1 reverse transcriptase IF: 4,493
    Autorzy:
    A. Krzemińska, K. P. Świderek, P. Paneth
    Czasopismo:
    PCCP (rok: 2016, tom: 18, strony: 310-317), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1039/c5cp06050h - link do publikacji
  8. Theoretical Study of Primary Reaction of Pseudozyma Antarctica Lipase B as the Starting Point to Understand Its Pro,iscuity IF: 5,265
    Autorzy:
    Katarzyna Świderek, Sergio Marti, Vicent Moliner
    Czasopismo:
    ACS Catalysis (rok: 2014, tom: 4, strony: 426-434), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/cs401047k - link do publikacji
  9. Binding Isotope Effects IF: 41,298
    Autorzy:
    Katarzyna Świderek, Piotr Paneth
    Czasopismo:
    Chemical Reviews (rok: 2013, tom: 113, strony: 7851-7879), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/cr300515x - link do publikacji
  10. Binding Isotope Effects as a Tool for Distinguishing Hydrophobic and Hydrophilic Binding Sites of HIV-1 RT IF: 3,377
    Autorzy:
    Agnieszka Krzemińska, Piotr Paneth, Vicent Moliner, Katarzyna Świderek
    Czasopismo:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2015, tom: 119, strony: 917-927), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/jp606119h - link do publikacji
  11. Protein Conformational Landscapes and Catalysis. Infl uence of Active Site Conformations in the Reaction Catalyzed by L‑ Lactate Dehydrogenase IF: 5,265
    Autorzy:
    Katarzyna Świderek, Inaki Tunon, Sergio Marti, Vicent Moliner
    Czasopismo:
    ACS Catalysis (rok: 2015, tom: 5, strony: 1172-1185), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/cs501704f - link do publikacji
  12. Computational strategies for the design of new enzymatic functions IF: 3,043
    Autorzy:
    K. Świderek, I. Tuñón, V. Moliner, J. Bertran
    Czasopismo:
    Archives of Biochemistry and Biophysics (rok: 2015, tom: 582, strony: 68-79), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.abb.2015.03.013 - link do publikacji
  13. Heavy enzymes - experimental and computational insight in enzyme dynamics IF: 7,652
    Autorzy:
    Katarzyna Świderek, Javier Ruiz-Pernıa, Vicent Moliner, Inaki Tunon
    Czasopismo:
    Current Opinion in Chemical Biology (rok: 2014, tom: 21, strony: 44518), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.cbpa.2014.03.005 - link do publikacji
  14. Predicting enzymatic reactivity: from theory to design IF: 5,738
    Autorzy:
    K. Świderek, I. Tunon, V. Moliner
    Czasopismo:
    WIREs Comput Mol Sci (rok: 2013, tom: 4, strony: 407-421), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/wcms.1173 - link do publikacji
  15. What docking and QSAR tell us about design of HIV-1 reverse transcryptase nonnucleoside inhibitors? IF: 1,425
    Autorzy:
    Agata Paneth, Wojciech Płonka, Piotr Paneth
    Czasopismo:
    J. Mol. Mod. (rok: 2017, tom: 23, strony: 317), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1007/s00894-017-3489-3 - link do publikacji
  16. Assessment of nonnucleoside inhibitors binding to HIV-1 reverse transcryptase using HYDE scoring
    Autorzy:
    Agata Paneth, Wojciech Płonka, Piotr Paneth
    Status:
    Złożone
  1. Isotope Effects as analytical probes: applications of computational theory
    Autorzy:
    Agnieszka Dybała-Defratyka, Piotr Paneth
    Książka:
    RSC TheoChem Series: Computational Techniques for Analytical Chemistry and Bioanalysis (rok: 2019, ), Wydawca: Royal Chemical Society
    Status:
    Przyjęte