Zwiększenie rozdzielczości i zdolności predykcyjnych pola siłowego UNRES do symulacji zwijania białek poprzez udoskonalenie potencjałów opisujących oddziaływania z udziałem łańcucha głównego
2011/01/N/ST4/01772
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
- ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych
Panel
ST4 – Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna
Jednostka realizująca
Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii
woj. pomorskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 2
Konkurs
PRELUDIUM 1 – ogłoszony 2011-03-15
- Przyznana kwota
- 150 000 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2011-12-13
- Zakończenie projektu
- 2014-12-12
- Planowany czas trwania projektu
- 36 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Komputery. Za kwotę 18 040 PLN
- Switch. Za kwotę 9 537 PLN
- UPS. Za kwotę 50 400 PLN
- Zestawy komputerowe do klastra obliczeniowego wraz z monitorami do obsługi klastra (8 szt.). Za kwotę 32 000 PLN
- tablet.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (6)
-
Extension of UNRES Force Field to Treat Polypeptide Chains with d-Amino Acid Residues
- Autorzy:
- Adam K. Sieradzan, Ulrich H. E. Hansmann, Harold A. Scheraga, and Adam Liwo
- Czasopismo:
- J. Chem. Theory Comput. (rok: 2012, tom: 8(11), strony: 4746-4757), Wydawca: ACS Publications
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/ct3005563 – link do publikacji
-
Folding and Self-Assembly of a Small Protein Complex
- Autorzy:
- Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, and Ulrich H. E. Hansmann
- Czasopismo:
- J. Chem. Theory Comput. (rok: 2012, tom: 8(9), strony: 3416-3422), Wydawca: ACS Publications
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/ct300528r – link do publikacji
-
WeFold:Acoopetitionforprotein structureprediction
- Autorzy:
- George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Pawel Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popovic, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli , and Foldit Players
- Czasopismo:
- Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2014, tom: 82, strony: 1850-1868), Wydawca: Wiley
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/prot.24538 – link do publikacji
-
Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
- Autorzy:
- Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Khatuna Kachlishvili, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, and Harold A. Scheraga
- Czasopismo:
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America PNAS (rok: 2013, tom: 110, strony: 14936–14941), Wydawca: National Academy of Sciences
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1073/pnas.1313316110 – link do publikacji
-
Improvement of the Treatment of Loop Structures in the UNRES Force Field by Inclusion of Coupling between Backbone- and Side-Chain-Local Conformational States
- Autorzy:
- Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, S. Rackovsky, Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, and Cezary Czaplewski
- Czasopismo:
- J. Chem. Theory Comput. (rok: 2013, tom: 9, strony: 4620–4632), Wydawca: ACS Publications
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/ct4004977 – link do publikacji
-
Physics-based potentials for the coupling between backbone- and side-chain-local conformational states in the united residue (UNRES) force field for protein simulations
- Autorzy:
- Adam K. Sieradzan , Pawel Krupa , Harold A.Scheraga , Adam Liwo , and Cezary Czaplewski
- Status:
- Przyjęta do publikacji