Projekty finansowane przez NCN
Zwiększenie rozdzielczości i zdolności predykcyjnych pola siłowego UNRES do symulacji zwijania białek poprzez udoskonalenie potencjałów opisujących oddziaływania z udziałem łańcucha głównego
2011/01/N/ST4/01772
Słowa kluczowe:
pole siłowe UNRES wiązanie wodorowe izomeryzacja cis-trans efekt ekranowania
Deskryptory:
- ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
- ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych
Panel:
ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii
woj. pomorskie
Konkurs: PRELUDIUM 1 - ogłoszony 2011-03-15
Przyznana kwota: 150 000 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2011-12-13
Zakończenie projektu: 2014-12-12
Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Switch. Za kwotę 9 537 PLN
- Zestawy komputerowe do klastra obliczeniowego wraz z monitorami do obsługi klastra (8 szt.). Za kwotę 32 000 PLN
- Komputery. Za kwotę 18 040 PLN
- UPS. Za kwotę 50 400 PLN
- tablet.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (6)
- Improvement of the Treatment of Loop Structures in the UNRES Force Field by Inclusion of Coupling between Backbone- and Side-Chain-Local Conformational StatesAutorzy:Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, S. Rackovsky, Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, and Cezary CzaplewskiCzasopismo:J. Chem. Theory Comput. (rok: 2013, tom: 9, strony: 4620–4632), Wydawca: ACS PublicationsStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/ct4004977 - link do publikacji
- Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targetsAutorzy:Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Khatuna Kachlishvili, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, and Harold A. ScheragaCzasopismo:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America PNAS (rok: 2013, tom: 110, strony: 14936–14941), Wydawca: National Academy of SciencesStatus:OpublikowanaDoi:10.1073/pnas.1313316110 - link do publikacji
- Physics-based potentials for the coupling between backbone- and side-chain-local conformational states in the united residue (UNRES) force field for protein simulationsAutorzy:Adam K. Sieradzan , Pawel Krupa , Harold A.Scheraga , Adam Liwo , and Cezary CzaplewskiCzasopismo:J. Chem. Theory Comput. (rok: 2015, tom: Just Accepted, strony: nie dotyczy), Wydawca: ACS PublicationsStatus:Przyjęta do publikacjiDoi:10.1021/ct500736a - link do publikacji
- WeFold:Acoopetitionforprotein structurepredictionAutorzy:George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Pawel Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popovic, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli , and Foldit PlayersCzasopismo:Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2014, tom: 82, strony: 1850-1868), Wydawca: WileyStatus:OpublikowanaDoi:10.1002/prot.24538 - link do publikacji
- Extension of UNRES Force Field to Treat Polypeptide Chains with d-Amino Acid ResiduesAutorzy:Adam K. Sieradzan, Ulrich H. E. Hansmann, Harold A. Scheraga, and Adam LiwoCzasopismo:J. Chem. Theory Comput. (rok: 2012, tom: 8(11), strony: 4746-4757), Wydawca: ACS PublicationsStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/ct3005563 - link do publikacji
- Folding and Self-Assembly of a Small Protein ComplexAutorzy:Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, and Ulrich H. E. HansmannCzasopismo:J. Chem. Theory Comput. (rok: 2012, tom: 8(9), strony: 3416-3422), Wydawca: ACS PublicationsStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/ct300528r - link do publikacji