Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Zwiększenie rozdzielczości i zdolności predykcyjnych pola siłowego UNRES do symulacji zwijania białek poprzez udoskonalenie potencjałów opisujących oddziaływania z udziałem łańcucha głównego

2011/01/N/ST4/01772

Słowa kluczowe:

pole siłowe UNRES wiązanie wodorowe izomeryzacja cis-trans efekt ekranowania

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Adam Sieradzan 

Liczba wykonawców projektu: 2

Konkurs: PRELUDIUM 1 - ogłoszony 2011-03-15

Przyznana kwota: 150 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2011-12-13

Zakończenie projektu: 2014-12-12

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (6)
  1. Folding and Self-Assembly of a Small Protein Complex IF: 5,389
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, and Ulrich H. E. Hansmann
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2012, tom: 8(9), strony: 3416-3422), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/ct300528r - link do publikacji
  2. Physics-based potentials for the coupling between backbone- and side-chain-local conformational states in the united residue (UNRES) force field for protein simulations IF: 5,31
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan , Pawel Krupa , Harold A.Scheraga , Adam Liwo , and Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2015, tom: Just Accepted, strony: nie dotyczy), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1021/ct500736a - link do publikacji
  3. Extension of UNRES Force Field to Treat Polypeptide Chains with d-Amino Acid Residues IF: 5,389
    Autorzy:
    Adam K. Sieradzan, Ulrich H. E. Hansmann, Harold A. Scheraga, and Adam Liwo
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2012, tom: 8(11), strony: 4746-4757), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/ct3005563 - link do publikacji
  4. Improvement of the Treatment of Loop Structures in the UNRES Force Field by Inclusion of Coupling between Backbone- and Side-Chain-Local Conformational States IF: 5,389
    Autorzy:
    Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, S. Rackovsky, Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, and Cezary Czaplewski
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2013, tom: 9, strony: 4620–4632), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/ct4004977 - link do publikacji
  5. Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets IF: 9,737
    Autorzy:
    Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Khatuna Kachlishvili, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, and Harold A. Scheraga
    Czasopismo:
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America PNAS (rok: 2013, tom: 110, strony: 14936–14941), Wydawca: National Academy of Sciences
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1073/pnas.1313316110 - link do publikacji
  6. WeFold:Acoopetitionforprotein structureprediction IF: 2,921
    Autorzy:
    George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Pawel Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popovic, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli , and Foldit Players
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2014, tom: 82, strony: 1850-1868), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.24538 - link do publikacji