Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Algorytmy kompresji i eksploracji danych genomowych i ich implikacje dla genomiki porównawczej

2011/01/B/ST6/06868

Słowa kluczowe:

kompresja przeszukiwanie danych genomowych genomika porównawcza retrogeny miRNA

Deskryptory:

  • ST6_9: Obliczenia naukowe

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Andrzej Polański 

Liczba wykonawców projektu: 10

Konkurs: OPUS 1 - ogłoszony 2011-03-15

Przyznana kwota: 750 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2011-12-27

Zakończenie projektu: 2015-06-26

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Macierz dyskowa. Za kwotę 20 000 PLN
  2. Stacje robocze o raz komputery przenośne (3 szt.). Za kwotę 30 000 PLN
  3. Wysokowydajne karty graficzne (2 szt.). Za kwotę 10 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (7)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (7)
  • Publikacje książkowe (5)
  1. Genome compression: a novel approach for large collections IF: 5,323
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Agnieszka Danek, Szymon Grabowski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2013, tom: 29, strony: 2572-2578), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btt460 - link do publikacji
  2. Disk-based k-mer counting on a PC IF: 3,02
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Agnieszka Debudaj-Grabysz, Szymon Grabowski
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2013, tom: 14, strony: 160), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/1471-2105-14-160 - link do publikacji
  3. HuntMi: an efficient and taxon-specific approach in pre-miRNA identification IF: 3,02
    Autorzy:
    Adam Gudyś, Michał Wojciech Szcześniak, Marek Sikora, Izabela Makałowska
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2013, tom: 14, strony: 83), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/1471-2105-14-83 - link do publikacji
  4. Signal Partitioning Algorithm for Highly Efficient Gaussian Mixture Modeling in Mass Spectrometry IF: 3,53
    Autorzy:
    Andrzej Polanski, Michal Marczyk, Monika Pietrowska, Piotr Widlak, Joanna Polanska
    Czasopismo:
    PLOS ONE (rok: 2015, tom: 10, strony: e0134256), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0134256 - link do publikacji
  5. Inter-population differences in retrogenes loss and expression in human IF: 8,17
    Autorzy:
    Michał Kabza, Magdalena Regina Kubiak, Agnieszka Danek, Wojciech Rosikiewicz, Sebastian Deorowicz, Andrzej Polański, Izabela Makalowska
    Czasopismo:
    PLOS Genetics , Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Złożona
  6. Adaptive filtering of microarray gene expression data based on Gaussian mixture decomposition IF: 3,02
    Autorzy:
    Michal Marczyk, Roman Jaksik, Andrzej Polański, Joanna Polańska
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2013, tom: 14, strony: 101), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/1471-2105-14-101 - link do publikacji
  7. Modeling of Imaging Mass Spectrometry Data and Testing by Permutation for Biomarkers Discovery in Tissues
    Autorzy:
    Michal Marczyk, Grzegorz Drazek, Monika Pietrowska, Piotr Widlak, Joanna Polanska, Andrzej Polanski
    Czasopismo:
    Procedia Computer Science (rok: 2015, tom: 51, strony: 693-702), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.procs.2015.05.186 - link do publikacji
  1. Genomic data compression
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz
    Konferencja:
    Bioinformatics in Torun (rok: 2012, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne
    Data:
    konferencja 27-29 września 2012
    Status:
    Opublikowana
  2. A study of decorrelation methods for GO annotations of gene sets
    Autorzy:
    Wojciech Łabaj, Andrzej Polański
    Konferencja:
    6th Symposium of the Polish Bioinformatics Society (rok: 2013, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne
    Data:
    konferencja 27-29 września 2013
    Status:
    Opublikowana
  3. Comparison of methods for parameters estimation in system biology models
    Autorzy:
    Michał Capiński
    Konferencja:
    6th Symposium of the Polish Bioinformatics Society (rok: 2013, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne
    Data:
    konferencja 27-29 września 2013
    Status:
    Opublikowana
  4. Population specific retrogenes in the human genome
    Autorzy:
    Michał Kabza, Agnieszka Danek, Sebastian Deorowicz, Michał Szcześniak, Wojciech Rosikiewicz, Izabela Makałowska, Andrzej Polański
    Konferencja:
    Genome Informatics 2012 (rok: 2012, ), Wydawca: Wellcome Trust Scientific Conferences/Cold Spring Harbor Laboratory
    Data:
    konferencja 6-9 września
    Status:
    Opublikowana
  5. Recycling of unmapped reads to improve knowledge about the human genome
    Autorzy:
    Agnieszka Danek, Michał Kabza, Sebastian Deorowicz, Michał Szcześniak, Wojciech Rosikiewicz, Izabela Makałowska, Andrzej Polański
    Konferencja:
    16th Gliwice Scientific Meetings (rok: 2012, ), Wydawca: Politechnika Śląska; Centrum Onkologii - Instytut im. M. Skłodowskiej-Curie Oddział w Gliwicach; Stowarzyszenie na rzecz Wspierania Badań nad Rakiem z siedzibą w Gliwicach
    Data:
    konferencja 16-17 listopada
    Status:
    Opublikowana
  6. Retrogenes – trash or treasure
    Autorzy:
    Izabela Makałowska, Michał Kabza, Joanna Ciomborowska, Agnieszka Danek, Sebastian Deorowicz, Michał Szcześniak,Wojciech Rosikiewicz, Elżbieta Kaja, Andrzej Polański
    Konferencja:
    16th Gliwice Scientific Meetings (rok: 2012, ), Wydawca: Politechnika Śląska; Centrum Onkologii - Instytut im. M. Skłodowskiej-Curie Oddział w Gliwicach; Stowarzyszenie na rzecz Wspierania Badań nad Rakiem z siedzibą w Gliwicach
    Data:
    konferencja 16-17 listopada
    Status:
    Opublikowana
  7. Population specific retrogenes in the human genome
    Autorzy:
    Michał Kabza, Agnieszka Danek, Sebastian Deorowicz, Michał Szcześniak, Wojciech Rosikiewicz, Izabela Makałowska, Andrzej Polański
    Konferencja:
    Bioinformatics in Torun (rok: 2012, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne
    Data:
    konferencja 27-29 września
    Status:
    Opublikowana
  1. Algorytmy kompresji danych bioinformatycznych
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Szymon Grabowski
    Książka:
    Inżynieria biomedyczna. Podstawy i zastosowania. Bioinformatyka. (rok: 2014, tom: 10, strony: 15-40), Wydawca: Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT
    Status:
    Opublikowana
  2. Wybrane algorytmy przeszukiwania sekwencji genomowych
    Autorzy:
    Rafał Pokrzywa, Marek Kimmel, Andrzej Polański
    Książka:
    Inżynieria biomedyczna. Podstawy i zastosowania. Bioinformatyka. (rok: 2014, tom: 10, strony: 41-63), Wydawca: Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT
    Status:
    Opublikowana
  3. Aspect Analyzer - Distributed System for Bi-clustering Analysis
    Autorzy:
    Pawel Foszner and Andrzej Polanski
    Książka:
    Man-Machine Interactions 4; Advances in Intelligent Systems and Computing (rok: 2016, tom: 391, strony: ), Wydawca: Springer International Publishing
    Status:
    Przyjęta do publikacji
  4. An Automated Approach of Designing Multiplex PCR Primers for the Amplification of Exons
    Autorzy:
    Adam Skowron, Rafał Pokrzywa
    Książka:
    Advances in Databases and Information Systems (rok: 2013, tom: 186, strony: 241-252), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
    Status:
    Opublikowana
  5. Application of the Burrows-Wheeler Transform for Searching for Approximate Tandem Repeats
    Autorzy:
    Agnieszka Danek, Rafał Pokrzywa, Izabela Makałowska, Andrzej Polański
    Książka:
    Pattern Recognition in Bioinformatics (rok: 2012, tom: 7632, strony: 255-266), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
    Status:
    Opublikowana