Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki wnioskującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Rozwój i zastosowanie narzędzia bioinformatycznego do oceny jakości modeli struktur RNA

2014/12/T/NZ2/00501

Słowa kluczowe:

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka wnioskująca:

Instytut Biochemii i Biofizyki PAN

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki wnioskującej):

mgr Marcin Magnus 

Liczba wykonawców projektu: 2

Konkurs: ETIUDA 2 - ogłoszony 2013-12-16

Przyznana kwota: 98 540 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-08-19

Czas trwania projektu: 12 miesięcy

Status projektu: Projekt zakończony

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (2)
  • Publikacje książkowe (2)
  1. RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme. IF: 4,39
    Autorzy:
    Z. Miao, R. W. Adamiak, M. Antczak, R. T. Batey, A. J. Becka, M. Biesiada, M. J. Boniecki, J. M. Bujnicki, S.-J. Chen, C. Y. Cheng, F.-C. Chou, A. R. Ferré-D'Amaré, R. Das, W. K. Dawson, F. Ding, N. V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, K. Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. E. Łach, F. Major, T. H. Mann, M. Magnus, K. Pachulska-Wieczorek, D. J. Patel, J. A. Piccirilli, M. Popenda, K. J. Purzycka, A. Ren, G. M. Rice, J. Santalucia, J. Sarzynska, M. Szachniuk, A. Tandon, J. J. Trausch, S. Tian, J. Wang, K. M. Weeks, B. Williams, Y. Xiao, X. Xu, D. Zhang, T. Zok, and E. Westhof
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2017, tom: 23, strony: 655–672), Wydawca: RNA Society, Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1261/rna.060368.116 - link do publikacji
  2. SimRNAweb: a web server for RNA 3D structure modeling with optional restraints IF: 10,162
    Autorzy:
    M. Magnus, M. J. Boniecki, W. K. Dawson, and J. M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: W315–W319), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gkw279 - link do publikacji
  1. Modeling of Protein-RNA Complex Structures Using Computational Docking Methods
    Autorzy:
    B. Madan, J. M. Kasprzak, I. Tuszyńska, M. Magnus, K. Szczepaniak, W. K. Dawson, and J. M. Bujnicki
    Książka:
    Computational Design of Ligand Binding Proteins. Methods in Molecular Biology (rok: 2016, tom: 1414, strony: 353-372), Wydawca: Humana Press, New York, NY
    Status:
    Opublikowane
  2. RNA 3D Structure Modeling by Combination of Template-Based Method ModeRNA, Template-Free Folding with SimRNA, and Refinement with QRNAS.
    Autorzy:
    P. Piatkowski, J. M. Kasprzak, D. Kumar, M. Magnus, G. Chojnowski, and J. M. Bujnicki
    Książka:
    RNA Structure Determination. Methods in Molecular Biology (rok: 2016, tom: 1490, strony: 217–235), Wydawca: Humana Press, New York, NY
    Status:
    Opublikowane