Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki wnioskującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Informatyczne modele i metody w biologii komórkowej

2012/05/B/ST6/03026

Słowa kluczowe:

bioinformatyka algorytmy

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne, m.in.:

Jednostka wnioskująca:

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

woj. wielkopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki wnioskującej):

dr hab. inż. Marta Agnieszka Kasprzak 

Liczba wykonawców projektu: 22

Konkurs: OPUS 3 - ogłoszony 2012-03-15

Przyznana kwota: 960 180 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-01-31

Czas trwania projektu: 36 miesięcy

Status projektu: Projekt rozliczony

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (32)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (2)
  1. DNA sequence assembly involving an acyclic graph model
    Autorzy:
    Jacek Błażewicz, Wojciech Frohmberg, Piotr Gawron, Marta Kasprzak, Michał Kierzynka, Aleksandra Świercz, Paweł Wojciechowski
    Czasopismo:
    Foundations of Computing and Decision Sciences (rok: 2013, tom: 38, strony: 25-34), Wydawca: Politechnika Poznańska
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.2478/v10209-011-0019-4 - link do publikacji
  2. New in silico approach to assessing RNA secondary structures with non-canonical base pairs IF: 2,576
    Autorzy:
    Agnieszka Rybarczyk, Natalia Szóstak, Maciej Antczak, Tomasz Żok, Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak, Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2015, tom: 16, strony: Article ID 276), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1186/s12859-015-0718-6 - link do publikacji
  3. Assigning NMR spectra of irregular RNAs by heuristic algorithms IF: 0,914
    Autorzy:
    Marta Szachniuk
    Czasopismo:
    Bulletin of the Polish Academy of Sciences - Technical Sciences (rok: 2015, tom: 63, strony: 329-338), Wydawca: Polska Akademia Nauk, Wydział IV Nauk Technicznych
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1515/bpasts-2015-0037 - link do publikacji
  4. AmiRNA Designer - new method of artificial miRNA design IF: 1,153
    Autorzy:
    Agnieszka Mickiewicz, Agnieszka Rybarczyk, Joanna Sarzyńska, Marek Figlerowicz, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2016, tom: 63, strony: Article ID 2015_989), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.18388/abp.2015_989 - link do publikacji
  5. Computer Representations of Bioinformatics Models IF: 0,921
    Autorzy:
    Tomasz Prejzendanc, Szymon Wąsik, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Current Bioinformatics (rok: 2016, tom: 11, strony: 551-560), Wydawca: Bentham Science Publishers
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.2174/1574893610666150928193510 - link do publikacji
  6. A gene expression microarray for Nicotiana benthamiana based on de novo transcriptome sequence assembly IF: 3,102
    Autorzy:
    Michał Góralski, Paula Sobieszczańska, Aleksandra Obrępalska-Stęplowska, Aleksandra Świercz, Agnieszka Żmieńko, Marek Figlerowicz
    Czasopismo:
    Plant Methods (rok: 2016, tom: 12, strony: Article ID 28), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1186/s13007-016-0128-4 - link do publikacji
  7. G-MAPSEQ - a new method for mapping reads to a reference genome
    Autorzy:
    Paweł Wojciechowski, Wojciech Frohmberg, Michał Kierzynka, Piotr Żurkowski, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Foundations of Computing and Decision Sciences (rok: 2016, tom: 41, strony: 123-142), Wydawca: Politechnika Poznańska
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1515/fcds-2016-0007 - link do publikacji
  8. MCQ4Structures to compute similarity of molecule structures IF: 0,787
    Autorzy:
    Tomasz Żok, Mariusz Popenda, Marta Szachniuk
    Czasopismo:
    Central European Journal of Operations Research (rok: 2014, tom: 22, strony: 457-473), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1007/s10100-013-0296-5 - link do publikacji
  9. Preprocessing and storing high-throughput sequencing data
    Autorzy:
    Aleksandra Świercz, Bartosz Bosak, Marek Chłopkowski, Arkadiusz Hoffa, Marta Kasprzak, Krzysztof Kurowski, Tomasz Piontek, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Computational Methods in Science and Technology (rok: 2014, tom: 20, strony: 01.09.2020), Wydawca: Ośrodek Wydawnictw Naukowych
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.12921/cmst.2014.20.01.9-20 - link do publikacji
  10. Sorting signal targeting mRNA into hepatic extracellular vesicles IF: 5,377
    Autorzy:
    Natalia Szóstak, Felix Royo, Agnieszka Rybarczyk, Marta Szachniuk, Jacek Błażewicz, Antonio del Sol, Juan M. Falcon-Perez
    Czasopismo:
    RNA Biology (rok: 2014, tom: 11, strony: 836-844), Wydawca: Landes Bioscience
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.4161/rna.29305 - link do publikacji
  11. Unified encoding for hyper-heuristics with application to bioinformatics IF: 0,787
    Autorzy:
    Aleksandra Świercz, Edmund K. Burke, Mateusz Cicheński, Grzegorz Pawlak, Sanja Petrovic, Tomasz Żurkowski, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Central European Journal of Operations Research (rok: 2014, tom: 22, strony: 567-589), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1007/s10100-013-0321-8 - link do publikacji
  12. Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach IF: 1,227
    Autorzy:
    Tomasz Żok, Maciej Antczak, Martin Riedel, David Nebel, Thomas Villmann, Piotr Łukasiak, Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk
    Czasopismo:
    International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (rok: 2015, tom: 25, strony: 689-700), Wydawca: Uniwersytet Zielonogórski
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1515/amcs-2015-0050 - link do publikacji
  13. DomGen - graph based method for protein domain delineation IF: 0,405
    Autorzy:
    Maciej Miłostan, Piotr Łukasiak
    Czasopismo:
    RAIRO Operations Research (rok: 2016, tom: 50, strony: online), Wydawca: EDP Sciences
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1051/ro/2015040 - link do publikacji
  14. ModeLang: A New Approach for Experts-Friendly Viral Infections Modeling IF: 0,791
    Autorzy:
    Szymon Wąsik, Tomasz Prejzendanc, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Computational and Mathematical Methods in Medicine (rok: 2013, tom: 2013, strony: Article ID 320715), Wydawca: Hindawi Publishing Corporation
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1155/2013/320715 - link do publikacji
  15. An integrated approach (CLuster Analysis Integration Method) to combine expression data and protein-protein interaction networks in agrigenomics: application on Arabidopsis thaliana IF: 2,73
    Autorzy:
    Daniele Santoni, Aleksandra Świercz, Agnieszka Żmieńko, Marta Kasprzak, Marek Błażewicz, Paola Bertolazzi, Giovanni Felici
    Czasopismo:
    OMICS A Journal of Integrative Biology (rok: 2014, tom: 18, strony: 155-165), Wydawca: Mary Ann Liebert
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1089/omi.2013.0050 - link do publikacji
  16. Graph algorithms for DNA sequencing - origins, current models and the future IF: 2,358
    Autorzy:
    Jacek Błażewicz, Marta Kasprzak, Michał Kierzynka, Wojciech Frohmberg, Aleksandra Świercz, Paweł Wojciechowski, Piotr Żurkowski
    Czasopismo:
    European Journal of Operational Research (rok: 2018, tom: 264, strony: 799-812), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.ejor.2016.06.043 - link do publikacji
  17. RNAlyzer - novel approach for quality analysis of RNA structural models IF: 8,278
    Autorzy:
    Piotr Łukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Ratajczak, Janusz M. Bujnicki, Marta Szachniuk, Ryszard W. Adamiak, Mariusz Popenda, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2013, tom: 41, strony: 5978-5990), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gkt318 - link do publikacji
  18. G-DNA – a highly efficient multi-GPU/MPI tool for aligning nucleotide reads IF: 0,98
    Autorzy:
    Wojciech Frohmberg, Michał Kierzynka, Jacek Błażewicz, Piotr Gawron, Paweł Wojciechowski
    Czasopismo:
    Bulletin of the Polish Academy of Sciences - Technical Sciences (rok: 2013, tom: 61, strony: 989-992), Wydawca: Polska Akademia Nauk, Wydział IV Nauk Technicznych
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.2478/bpasts-2013-0106 - link do publikacji
  19. MLP accompanied beam search for the resonance assignment problem IF: 1,471
    Autorzy:
    Marta Szachniuk, Mikołaj Małaczyński, Erwin Pesch, Edmund K. Burke, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Journal of Heuristics (rok: 2013, tom: 19, strony: 443-464), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1007/s10732-013-9220-3 - link do publikacji
  20. Reference alignment based methods for quality evaluation of multiple sequence alignment - a survey IF: 1,726
    Autorzy:
    Paweł Wojciechowski, Piotr Formanowicz, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Current Bioinformatics (rok: 2014, tom: 9, strony: 44-56), Wydawca: Bentham Science Publishers
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.2174/15748936113080990005 - link do publikacji
  21. The orderly colored longest path problem – a survey of applications and new algorithms IF: 0,333
    Autorzy:
    Marta Szachniuk, Maria Cristina De Cola, Giovanni Felici, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    RAIRO - Operations Research (rok: 2014, tom: 48, strony: 25-51), Wydawca: EDP Sciences
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1051/ro/2013046 - link do publikacji
  22. RNAssess - a web server for quality assessment of RNA 3D structures IF: 9,112
    Autorzy:
    Piotr Łukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Ratajczak, Marta Szachniuk, Mariusz Popenda, Ryszard W. Adamiak, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2015, tom: 43, strony: W502-W506), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1093/nar/gkv557 - link do publikacji
  23. Tabu search for the RNA Partial Degradation Problem IF: 1,227
    Autorzy:
    Agnieszka Rybarczyk, Alain Hertz, Marta Kasprzak, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (rok: 2017, tom: 27, strony: 401-415), Wydawca: Uniwersytet Zielonogórski
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1515/amcs-2017-0028 - link do publikacji
  24. Multi-agent model of hepatitis C virus infection IF: 1,356
    Autorzy:
    Szymon Wąsik, Paulina Jackowiak, Marek Figlerowicz, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Artificial Intelligence in Medicine (rok: 2014, tom: 60, strony: 123-131), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.artmed.2013.11.001 - link do publikacji
  25. Inferring mathematical equations using crowdsourcing IF: 3,234
    Autorzy:
    Szymon Wąsik, Filip Frątczak, Jakub Krzyśków, Jarosław Wulnikowski
    Czasopismo:
    PLoS ONE (rok: 2015, tom: 10, strony: Article ID e0145557), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0145557 - link do publikacji
  26. Selection of reference genes for qPCR- and ddPCR-based analyses of gene expression in senescing barley leaves IF: 3,234
    Autorzy:
    Agnieszka Żmieńko, Anna Samelak-Czajka, Michał Góralski, Ewa Sobieszczuk- Nowicka, Piotr Kozłowski, Marek Figlerowicz
    Czasopismo:
    PLoS ONE (rok: 2015, tom: 10, strony: Article ID e0118226), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0118226 - link do publikacji
  27. Optimal pathway reconstruction on 3D NMR maps IF: 0,802
    Autorzy:
    Marta Szachniuk, Maria Cristina De Cola, Giovanni Felici, Dominique de Werra, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Discrete Applied Mathematics (rok: 2015, tom: 182, strony: 134-149), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.dam.2014.04.010 - link do publikacji
  28. High-order statistical compressor for long-term storage of DNA sequencing data IF: 0,405
    Autorzy:
    Marek Chłopkowski, Maciej Antczak, Michał Ślusarczyk, Aleksander Wdowiński, Michał Zajączkowski, Marta Kasprzak
    Czasopismo:
    RAIRO Operations Research (rok: 2016, tom: 50, strony: online), Wydawca: EDP Sciences
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1051/ro/2015039 - link do publikacji
  29. Structural alignment of protein descriptors - a combinatorial model IF: 2,576
    Autorzy:
    Maciej Antczak, Marta Kasprzak, Piotr Łukasiak, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2016, tom: 17, strony: Article ID 383), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1186/s12859-016-1237-9 - link do publikacji
  30. Computational prediction of non-enzymatic RNA degradation patterns IF: 1,153
    Autorzy:
    Agnieszka Rybarczyk, Paulina Jackowiak, Marek Figlerowicz, Jacek Błażewicz
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2016, tom: 63, strony: 745-751), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.18388/abp.2016_1331 - link do publikacji
  31. Classification of de Bruijn-based labeled digraphs IF: 0,802
    Autorzy:
    Marta Kasprzak
    Czasopismo:
    Discrete Applied Mathematics (rok: 2018, tom: 234, strony: 86-92), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
  32. Parallel GPU algorithms for phylogenetic tree construction
    Autorzy:
    Jacek Błażewicz, Paweł Kędziora, Marcin Nowaczyk
    Status:
    Złożone
  1. SphereGrinder - reference structure-based tool for quality assessment of protein structural models
    Autorzy:
    Piotr Łukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Ratajczak, Jacek Błażewicz
    Konferencja:
    2015 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) (rok: 2015, ), Wydawca: IEEE (Institute of Electrical and Electronics Engineers)
    Data:
    konferencja 9-12.11.2015
    Status:
    Opublikowane
  2. Turning data into folds using RNAComposer
    Autorzy:
    Marta Szachniuk, Joanna Sarzyńska, Jacek Błażewicz
    Konferencja:
    2013 International Symposium on Computational Models for Life Sciences (rok: 2013, ), Wydawca: AIP Publishing, DOI: 10.1063/1.4825029
    Data:
    konferencja 27–29.11.2013
    Status:
    Opublikowane