Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Wiązanie halogenowe w układach białko-ligand. Badania termodynamiczne i strukturalne dla racjonalnie wybranych kompleksów oraz analiza wszystkich struktur dostępnych w bazie PDB

2012/07/B/ST4/01334

Słowa kluczowe:

wiązanie halogenowe termodynamika modelowanie molekularne struktura krystalograficzna

Deskryptory:

  • NZ1_3: Biofizyka
  • ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna, m.in.:

Jednostka realizująca:

Instytut Biochemii i Biofizyki PAN

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. dr hab. Jarosław Poznański 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: OPUS 4 - ogłoszony 2012-09-15

Przyznana kwota: 669 450 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-06-24

Czas trwania projektu: 36 miesięcy

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Stacja graficzna 3D (min 8 rdzeni, 32GB RAM + NVIDIA 3d Vision) + UPS. Za kwotę 0 PLN
  2. Stacja graficzna 3D (4 rdzenie, 16GB RAM + NVIDIA 3d Vision) + UPS - szt.2. Za kwotę 23 500 PLN
  3. Termostat dedykowany do współpracy z posiadanym aparatem CD. Za kwotę 22 611 PLN
  4. automatyczny titrator. Za kwotę 0 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (4)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (13)
  1. Thermodynamics parameters for binding of halogenated benzotriazole inhibitors of human protein kinase CK2α IF: 3,1
    Autorzy:
    Winiewska, Maria; Kucinska, Katarzyna; Makowska, Malgorzata; Poznanski, Jaroslaw; Shugar David
    Czasopismo:
    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS (rok: 2015, tom: 1854, strony: 1708–1717), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.bbapap.2015.04.004 - link do publikacji
  2. Halogen bonds involved in binding of halogenated ligands by protein kinases. IF: 1,46
    Autorzy:
    Jarosław Poznański, Maria Winiewska, Honorata Czapinska, Anna Poznańska, David Shugar
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2016, tom: 63, strony: 203-214), Wydawca: Polish Biochemical Society
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.18388/abp.2015_1106 - link do publikacji
  3. A Protein Data Bank survey reveals shortening of intermolecular hydrogen bonds in ligand-protein complexes when a halogenated ligand is an H-bond donor. IF: 3,5
    Autorzy:
    Poznański J., Poznańska A., Shugar D.
    Czasopismo:
    PLoS One (rok: 2014, tom: 9, strony: e99984), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0099984 - link do publikacji
  4. Thermodynamic parameters for binding of some halogenated inhibitors of human protein kinase CK2. IF: 2,3
    Autorzy:
    Winiewska M., Makowska M., Maj P., Wielechowska M., Bretner M., Poznański J., Shugar D.
    Czasopismo:
    Biochem Biophys Res Commun. (rok: 2015, tom: 456, strony: 282-287), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.bbrc.2014.11.072 - link do publikacji
  1. Thermodynamics parameters for binding of some halogenated ligands by human protein kinase CK2.
    Autorzy:
    Makowska M., Winiewska M., Wielechowska M., Bretner M., Poznański J., Shugar D.
    Konferencja:
    8th International Conference Inhibitors of Protein Kinases, Warsaw, Poland (rok: 2014, ), Wydawca: IBB PAS
    Data:
    konferencja 21-25 September
    Status:
    Opublikowane
  2. Cyclodextrins moderately affects binding of halogenated benzotriazoles by protein kinase CK2
    Autorzy:
    Kucinska, Katarzyna; Winiewska, Maria; Poznanski, Jaroslaw
    Konferencja:
    29th Annual Symposium of the Protein-Society (rok: 2015, ), Wydawca: PROTEIN SCIENCE Volume: 24 Special Issue: SI
    Data:
    konferencja JUL 22-25
    Status:
    Opublikowane
  3. Contribution of electrostatic interactions to binding of halogenated benzotriazoles by the catalytic subunit of human protein kinase CK2.
    Autorzy:
    Winiewska M., Kucińska K., Poznański J., Shugar D.
    Konferencja:
    8th International Conference Inhibitors of Protein Kinases, Warsaw, Poland (rok: 2014, ), Wydawca: IBB PAS
    Data:
    konferencja 21-25 September
    Status:
    Opublikowane
  4. Topology, geometry and free energy of intermolecular halogen bond formed between halogenated ligand and protein kinase. Analysis of PDB structures and solution study
    Autorzy:
    Jarosław Poznański; Maria Winiewska; Katarzyna Kucińska; David Shugar
    Konferencja:
    Multi-Pole Approach to Structural Science Conference (rok: 2015, ), Wydawca: -
    Data:
    konferencja May 10 – 13
    Status:
    Opublikowane
  5. The ATP-binding site of CK2 carries two regions with antagonistic electrostatic potential that atracts charged ligands
    Autorzy:
    Winiewska, Maria; Poznanski, Jaroslaw
    Konferencja:
    29th Annual Symposium of the Protein-Society (rok: 2015, ), Wydawca: PROTEIN SCIENCE Volume: 24 Special Issue: SI
    Data:
    konferencja JUL 22-25
    Status:
    Opublikowane
  6. Synthesis and calorimetric characterization of complexes between cyclodextrins and benzotriazole derivatives in aqueous solution.
    Autorzy:
    Katarzyna Kucińska, Maria Winiewska, Jarosław Poznański
    Konferencja:
    15th International Seminar on Inclusion Compounds (ISIC-15) (rok: 2015, ), Wydawca: Cardinal Stefan Wyszynski University
    Data:
    konferencja August 17-21
    Status:
    Opublikowane
  7. ITC-derived binding constant may be biased due to a limited titrant solubility
    Autorzy:
    Winiewska, Maria; Makowska, Malgorzata; Poznanski, Jaroslaw
    Konferencja:
    CCTA12 - 12th Conference on Calorimetry and Thermal Analysis of the Polish Society of Calorimetry and Thermal Analysis (rok: 2015, ), Wydawca: Maria Curie-Sklodowska University Press
    Data:
    konferencja September 6-10
    Status:
    Opublikowane
  8. Competition between Halogen bonding and Electrostatic Interactions Identified in Complexes of Protein Kinase CK2α with Halogenated Ligands
    Autorzy:
    J. Poznański, M. Winiewska, A. Piasecka, M. Bochtler, H. Czapinska
    Konferencja:
    2nd International Symposium on Halogen Bonding (ISXB-2) (rok: 2016, ), Wydawca: Swedish Chemical Society
    Data:
    konferencja June 6-10
    Status:
    Opublikowane
  9. Calorimetric and Spectrometric Characterization of Inclusion Complexes Formed in Aqueous Solution Between Halogenated Benzotriazoles and Cyclodextrines
    Autorzy:
    Kucinska, Katarzyna; Winiewska, Maria; Poznanski, Jaroslaw
    Konferencja:
    CCTA12 - 12th Conference on Calorimetry and Thermal Analysis of the Polish Society of Calorimetry and Thermal Analysis (rok: 2015, ), Wydawca: Maria Curie-Sklodowska University Press
    Data:
    konferencja September 6-10
    Status:
    Opublikowane
  10. Thermodynamic parameters for ligand binding correlate with inhibitory activity. Application for bromobenzotriazoles and catalytic domain of protein kinase CK2.
    Autorzy:
    Kucińska K., Winiewska M., Poznański J., Shugar D.
    Konferencja:
    8th International Conference Inhibitors of Protein Kinases, Warsaw, Poland (rok: 2014, ), Wydawca: IBB PAS
    Data:
    konferencja 21-25 September
    Status:
    Opublikowane
  11. Thermodynamic Study on Binding of Halogenated Ligands by PK CK2 Reveals Dominance of Electrostatic Interactions over Halogen Bonding
    Autorzy:
    M. Winiewska, H. Czapińska, A. Piasecka, J. Poznański
    Konferencja:
    2nd International Symposium on Halogen Bonding (ISXB-2) (rok: 2016, ), Wydawca: Swedish Chemical Society.
    Data:
    konferencja June 6-10
    Status:
    Opublikowane
  12. Predominance of electrostatic interactions in binding of halogenated benzotriazoles by the catalytic subunit of human protein kinase ck2 confirmed by single point mutation.
    Autorzy:
    Winiewska, Maria; Poznanski, Jaroslaw
    Konferencja:
    CCTA12 - 12th Conference on Calorimetry and Thermal Analysis of the Polish Society of Calorimetry and Thermal Analysis (rok: 2015, ), Wydawca: Maria Curie-Sklodowska University Press
    Data:
    konferencja September 6-10
    Status:
    Opublikowane
  13. Thermodynamic contribution of a halogen bond to ligand binding: binding of halogenated ligands by a protein kinase
    Autorzy:
    Jarosław Poznański, David Shugar
    Konferencja:
    Challenges in Molecular Biology, Biophysics, and Biomedicine (rok: 2015, ), Wydawca: -
    Data:
    konferencja September 17-19
    Status:
    Opublikowane