Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Bioinformatyczne i biofizyczne modele sekwencji DNA wiążących NF-kappaB: przewidywanie lokalizacji miejsc wiązania w genomach i ich weryfikacja doświadczalna, oraz analiza ko-ewolucji z rodziną białek NF-kappaB.

2012/05/B/NZ2/01618

Słowa kluczowe:

NF-kappaB,sekwencje wiążące modelowanie biofizyczne

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
  • NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna, m.in.:

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. dr hab. inż. Marek Kimmel 

Liczba wykonawców projektu: 9

Konkurs: OPUS 3 - ogłoszony 2012-03-15

Przyznana kwota: 716 325 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-03-06

Czas trwania projektu: 36 miesięcy

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Macierz dyskowa RAID (NAS) wraz z dyskami. Za kwotę 14 821 PLN
  2. Stacje robocze (2 szt.). Za kwotę 20 604 PLN
  3. Sonikator. Za kwotę 48 511 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (6)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (8)
  • Publikacje książkowe (3)
  1. EMQIT: A machine learning approach for energy based PWM matrix quality improvement IF: 3,83
    Autorzy:
    Smolińska K, Pacholczyk M
    Czasopismo:
    Biology Direct (rok: 2017, tom: 0,511805555555556, strony: 08.01.2019), Wydawca: BioMed Cetral
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1186/s13062-017-0189-y - link do publikacji
  2. Crosstalk between cytokine and hyperthermia induced pathways: identification of different subsets of NFkappaB-dependent genes regulated by TNF-alfa and heat shock IF: 2,831
    Autorzy:
    Janus P, Stokowy T, Jaksik R, Szoltysek K, Handschuh L, Podkowinski J, Widlak W, Kimmel M, Widlak P
    Czasopismo:
    Molecular Genetics and Genomics (rok: 2015, tom: 290(5), strony: 1979-1990), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1007/s00438-015-1055-1 - link do publikacji
  3. A novel mathematical model of ATM/p53/NF-κB pathways points to the importance of the DDR switch-off mechanisms IF: 2,213
    Autorzy:
    Jonak K, Kurpas M, Szoltysek K, Janus P, Abramowicz A, Puszynski K
    Czasopismo:
    BMC Systems Biology (rok: 2016, tom: 10, strony: 75), Wydawca: Springer (Biomed Central)
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1186/s12918-016-0293-0 - link do publikacji
  4. Quantitative analysis reveals crosstalk mechanisms of heat shock-induced attenuation of NF-kB signaling at the single cell level IF: 4,587
    Autorzy:
    Kardyńska M, Paszek A, Śmieja J, Spiller D, Widłak W, White MR, Paszek P, Kimmel M
    Czasopismo:
    PLOS Computational Biology (rok: 2018, tom: 14(4): e1006130, strony: 25.01.2019), Wydawca: International Society for Computational Biology
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1006130 - link do publikacji
  5. Different Rates of DNA Replication at Early Versus Late S-phase Sections: Multiscale Modeling of Stochastic Events Related to DNA Content/EdU (5-ethynyl-20deoxyuridine) Incorporation Distributions IF: 3,711
    Autorzy:
    Li B, Zhao H, Rybak P, Dobrucki JW, Darzynkiewicz Z, Kimmel M
    Czasopismo:
    Cytometry Part A (rok: 2014, tom: 85 (9), strony: 785-797), Wydawca: International Society for Advancement of Cytometry
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/cyto.22484 - link do publikacji
  6. Induction of reactive oxygen and nitrogen species at different stages of the cell cycle and after exposure of human K562 and HL60 cells to ionizing radiation IF: 4,25
    Autorzy:
    K. Gajda, M. Skonieczna, A. Cieslar–Pobuda, Y. Saenko and J. Rzeszowska-Wolny,
    Czasopismo:
    FEBS Journal (rok: 2013, tom: 280, Suppl. s1, strony: 244), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1111/febs.12340 - link do publikacji
  1. In Silico Analysis of Interactions Between NFkB and HSF Pathways
    Autorzy:
    Smieja J, Kardynska M, Naumowicz A, Janus P, Widlak P, Kimmel M
    Konferencja:
    6th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (rok: 2015, ), Wydawca: SCITEPRESS – Science and Technology Publications
    Data:
    konferencja 12-15.01.2015
    Status:
    Opublikowane
  2. Nitric oxide in control and irradiated K562 cells
    Autorzy:
    M. Skonieczna, A. Cieślar-Pobuda, M. Ochab, R. Buldak, J. Rzeszowska-Wolny,
    Konferencja:
    48th Congress of the Polish Biochemical Society (rok: 2013, ), Wydawca: Acta Biochimica Polonica
    Data:
    konferencja 2-5.09.2013
    Status:
    Opublikowane
  3. Changes of reactive oxygen species and nucleic acid modifications during cell cycle progression
    Autorzy:
    K. Gajda, M. Skonieczna, S. Student, D. Hudy, K. Biernacki, A. Krzywoń, I. Ślęzak-Prochazka, J. Rzeszowska-Wolny,
    Konferencja:
    48th Congress of the Polish Biochemical Society (rok: 2013, ), Wydawca: Acta Biochimica Polonica
    Data:
    konferencja 2-5.09.2013
    Status:
    Opublikowane
  4. Induction of reactive oxygen species in normal human fibroblasts co-cultivated with irradiated melanoma cells
    Autorzy:
    K. Biernacki, D. Hudy, M. Skonieczna, K. Gajda, A. Krzywoń, M. Wideł, J. Rzeszowska-Wolny
    Konferencja:
    48th Congress of the Polish Biochemical Society (rok: 2013, ), Wydawca: Acta Biochimica Polonica
    Data:
    konferencja 2-5.09.2013
    Status:
    Opublikowane
  5. Crosstalk between stress-induced NF-κB, p53 and HSF1 signaling pathways – review.
    Autorzy:
    Widłak P, Gramatyka M, Kimmel M
    Konferencja:
    19th World Congress The International Federation of Automatic Control (rok: 2014, ), Wydawca: International Federation of Automatic Control
    Data:
    konferencja 24-29.08.2014
    Status:
    Opublikowane
  6. Computational approach for modelinga and testing NF-kappaB binding sites
    Autorzy:
    Pacholczyk M, Smolinska K, Iwanaszko M, Kimmel M
    Konferencja:
    IWBBIO 2014:International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (rok: 2014, ), Wydawca: brak
    Data:
    konferencja 7-9.04.2014
    Status:
    Opublikowane
  7. Sloppy/Stiff Parameters Rankings in Sensitivity Analysis of Signaling Pathways
    Autorzy:
    Kardynska M, Smieja J, Naumowicz A, Janus P, Widlak P, Kimmel M
    Konferencja:
    9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2016) (rok: 2016, ), Wydawca: SCITEPRESS – Science and Technology Publications
    Data:
    konferencja 21-23.02.2016
    Status:
    Opublikowane
  8. Improved computational technique for modeling and testing transcription factor binding sites
    Autorzy:
    Pacholczyk M, Smolińska K, Kimmel M
    Konferencja:
    Recent Researches in Applied Informatics (rok: 2015, ), Wydawca: WSEAS Press
    Data:
    konferencja 27-29.06.2015
    Status:
    Opublikowane
  1. Activation and inactiwation of DNA repair genes after irradiation
    Autorzy:
    Skonieczna M, Bensz W, Student S, Biernacki K, Widel M
    Książka:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2014, tom: II, strony: 207-215), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowane
  2. Uniwersalny kalibrator dla potrzeb estymacji ilości molekuł transkryptu
    Autorzy:
    Biernacki K, Hudy D, Jaksik R, Skonieczna M
    Książka:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2014, tom: II, strony: 41-49), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Opublikowane
  3. Modeling protein-ligand interaction with finite absorbing Markov chain
    Autorzy:
    Marcin Pacholczyk, Damian Borys, Marek Kimmel
    Książka:
    Computational Electrostatics for Biological Applications (rok: 2015, tom: nie dotyczy, strony: 297-306), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane