Uczenie statystyczne wolnych zmiennych kolektywnych z symulacji atomistycznych
2021/43/D/ST4/00920
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST4_004: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
- ST3_016: Fizyka układów biologicznych
- ST3_015: Fizyka statystyczna fazy skondensowanej, przejścia fazowe, szum i fluktuacje itp.
Panel
ST4 – Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna
Jednostka realizująca
Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
woj. kujawsko-pomorskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 2
Konkurs
SONATA 17 – ogłoszony 2021-09-15
- Przyznana kwota
- 769 200 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2022-07-11
- Zakończenie projektu
- 2026-07-10
- Planowany czas trwania projektu
- 48 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt w realizacji
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (7)
-
Learning Markovian dynamics with spectral maps
- Autorzy:
- Jakub Rydzewski, Tugce Gokdemir
- Czasopismo:
- Journal of Chemical Physics (rok: 2024, tom: 160, strony: 91102), Wydawca: AIP
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1063/5.0189241 – link do publikacji
-
Manifold Learning in Atomistic Simulations: A Conceptual Review
- Autorzy:
- Jakub Rydzewski, Ming Chen, Omar Valsson
- Czasopismo:
- Machine Learning: Science and Technology (rok: 2023, tom: 4, strony: 31001), Wydawca: IOP
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1088/2632-2153/ace81a – link do publikacji
-
Reweighted Manifold Learning of Collective Variables from Enhanced Sampling Simulations
- Autorzy:
- Jakub Rydzewski, Ming Chen, Tushar Ghosh, Omar Valsson
- Czasopismo:
- Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2022, tom: 18, strony: 7179–7192), Wydawca: ACS
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jctc.2c00873 – link do publikacji
-
Spectral Map for Slow Collective Variables, Markovian Dynamics, and Transition State Ensembles
- Autorzy:
- Jakub Rydzewski
- Czasopismo:
- Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2024, tom: 20, strony: 7775–7784), Wydawca: ACS
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jctc.4c00428 – link do publikacji
-
Selecting High-Dimensional Representations of Physical Systems by Reweighted Diffusion Maps
- Autorzy:
- Jakub Rydzewski
- Czasopismo:
- Journal of Physical Chemistry Letters (rok: 2023, tom: 14, strony: 2778–2783), Wydawca: ACS
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jpclett.3c00265 – link do publikacji
-
Spectral map: Embedding slow kinetics in collective variables
- Autorzy:
- Jakub Rydzewski
- Czasopismo:
- Journal of Physical Chemistry Letters (rok: 2023, tom: 14, strony: 5216–5220), Wydawca: ACS
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jpclett.3c01101 – link do publikacji
-
Machine learning of slow collective variables and enhanced sampling via spatial techniques
- Autorzy:
- Tugce Gokdemir, Jakub Rydzewski
- Czasopismo:
- Chemical Physics Reviews (rok: 2025, tom: 6, strony: 11304), Wydawca: AIP
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1063/5.0245177 – link do publikacji