Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Zintegrowane metody modelowania kompleksów białko-białko i złożonych układów biologicznych

2021/40/Q/NZ2/00078

Słowa kluczowe:

dokowanie białko-białko gruboziarniste modelowanie wieloskalowe modelowanie dokowanie molekularne

Deskryptory:

  • NZ2_010: Modelowanie i symulacje biologiczne
  • NZ2_007: Bioinformatyka
  • NZ2_008: Biologia obliczeniowa

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Sebastian Kmiecik 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: SHENG 2 - ogłoszony 2020-12-15

Przyznana kwota: 1 918 816 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2021-12-22

Zakończenie projektu: 2025-12-21

Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt w realizacji

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (9)
  1. A3DyDB: exploring structural aggregation propensities in the yeast proteome
    Autorzy:
    Javier Garcia-Pardo, Aleksandra E. Badaczewska-Dawid, Carlos Pintado-Grima, Valentín Iglesias, Aleksander Kuriata, Sebastian Kmiecik, Salvador Ventura
    Czasopismo:
    Microbial Cell Factories (rok: 2023, tom: 22, strony: 186), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12934-023-02182-3 - link do publikacji
  2. Efficient improvement of the proliferation, differentiation, and anti-arthritic capacity of mesenchymal stem cells by simply culturing on the immobilized FGF2 derived peptide, 44-ERGVVSIKGV-53
    Autorzy:
    Soo Bin Lee, Ahmed Abdal Dayem, Sebastian Kmiecik, Kyung Min Lim, Dong Sik Seo, Hyeong-Taek Kim, Polash Kumar Biswas, Minjae Do, Deok-Ho Kim, Ssang-Goo Cho
    Czasopismo:
    Journal of Advanced Research (rok: 2023, tom: 28, strony: S2090-1232), Wydawca: Elsevier B.V.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jare.2023.09.041 - link do publikacji
  3. A3DyDB: exploring structural aggregation propensities in the yeast proteome
    Autorzy:
    Javier Garcia-Pardo, Aleksandra E. Badaczewska-Dawid, Carlos Pintado-Grima, Valentín Iglesias, Aleksander Kuriata, Sebastian Kmiecik, Salvador Ventura
    Czasopismo:
    Microbial Cell Factories (rok: 2023, tom: 22, strony: 186), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12934-023-02182-3 - link do publikacji
  4. Fatty Acids Reverse the Supramolecular Chirality of Insulin Fibrils
    Autorzy:
    Aidan P Holman, Kimberly Quinn, Rakesh Kumar, Sebastian Kmiecik, Abid Ali, Dmitry Kurouski
    Czasopismo:
    The Journal of Physical Chemistry Letters (rok: 2023, tom: 14, 30, strony: 6935–6939), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpclett.3c01527 - link do publikacji
  5. Exploring protein functions from structural flexibility using CABS-flex modeling.
    Autorzy:
    Chandran Nithin, Rocco Peter Fornari, Smita P. Pilla, Karol Wroblewski, Mateusz Zalewski, Rafał Madaj, Andrzej Kolinski, Joanna M. Macnar, Sebastian Kmiecik
    Czasopismo:
    Protein Science (rok: 2024, tom: 33(9), strony: e5090), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/pro.5090 - link do publikacji
  6. RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures
    Autorzy:
    Fan Bu, Yagoub Adam, Ryszard W. Adamiak, Maciej Antczak, Belisa Rebeca H. de Aquino, Nagendar Goud Badepally, Robert T. Batey, Eugene F. Baulin, Pawel Boinski, Michal J. Boniecki, Janusz M. Bujnicki, Kristy A. Carpenter, Jose Chacon, Shi-Jie Chen, Wah Chiu, Pablo Cordero, Naba Krishna Das, Rhiju Das, Wayne K. Dawson, Frank DiMaio, Feng Ding, Anne-Catherine Dock-Bregeon, Nikolay V. Dokholyan, Ron O. Dror, Stanisław Dunin-Horkawicz, Stephan Eismann, Eric Ennifar, Reza Esmaeeli, Masoud Amiri Farsani, Adrian R. Ferré-D'Amaré, Caleb Geniesse, George E. Ghanim, Horacio V. Guzman, Iris V. Hood, Lin Huang, Dharm Skandh Jain, Farhang Jaryani, Lei Jin, Astha Joshi, Masha Karelina, Jeffrey S. Kieft, Wipapat Kladwang, Sebastian Kmiecik, Deepak Koirala, Markus Kollmann, Rachael C. Kretsch, Mateusz Kurciński, Jun Li, Shuang Li, Marcin Magnus, BenoÎt Masquida, S. Naeim Moafinejad, Arup Mondal, Sunandan Mukherjee, Thi Hoang Duong Nguyen, Grigory Nikolaev, Chandran Nithin, Grace Nye, Iswarya P. N. Pandaranadar Jeyeram, Alberto Perez, Phillip Pham, Joseph A. Piccirilli, Smita Priyadarshini Pilla, Radosław Pluta, Simón Poblete, Almudena Ponce-Salvatierra, Mariusz Popenda, Lukasz Popenda, Fabrizio Pucci, Ramya Rangan, Angana Ray, Aiming Ren, Joanna Sarzynska, Congzhou Mike Sha, Filip Stefaniak, Zhaoming Su, Krishna C. Suddala, Marta Szachniuk, Raphael Townshend, Robert J. Trachman III, Jian Wang, Wenkai Wang, Andrew Watkins, Tomasz K. Wirecki, Yi Xiao, Peng Xiong, Yiduo Xiong, Jianyi Yang, Joseph David Yesselman, Jinwei Zhang, Yi Zhang, Zhenzhen Zhang, Yuanzhe Zhou, Tomasz Zok, Dong Zhang, Sicheng Zhang, Adriana Żyła, Eric Westhof & Zhichao Miao
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2024, tom: 22, strony: 399–411), Wydawca: Springer nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41592-024-02543-9 - link do publikacji
  7. Aggrescan4D: Structure-informed analysis of pH-dependent protein aggregation
    Autorzy:
    Oriol Bárcenas, Aleksander Kuriata, Mateusz Zalewski, Valentín Iglesias, Carlos Pintado-Grima, Grzegorz Firlik, Michał Burdukiewicz, Sebastian Kmiecik, Salvador Ventura
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2024, tom: 52(W1), strony: W170–W175), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkae382 - link do publikacji
  8. Aggrescan4D: A comprehensive tool for pH-dependent analysis and engineering of protein aggregation propensity.
    Autorzy:
    Mateusz Zalewski, Valentin Iglesias, Oriol Bárcenas, Salvador Ventura, Sebastian Kmiecik
    Czasopismo:
    Protein Science (rok: 2024, tom: 33(10), strony: e5180), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/pro.5180 - link do publikacji
  9. A3D Model Organism Database (A3D-MODB): a database for proteome aggregation predictions in model organisms
    Autorzy:
    Aleksandra E Badaczewska-Dawid, Aleksander Kuriata, Carlos Pintado-Grima, Javier Garcia-Pardo, Michał Burdukiewicz, Valentín Iglesias, Sebastian Kmiecik, Salvador Ventura
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 52, D1, strony: D360–D367), Wydawca: Oxford academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkad942 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy