Projekty finansowane przez NCN
TUMORMAP: Wyznaczanie map pod-klonów guzów nowotworowych i ich mikrośrodowiska w ultrawysokiej rozdzielczości przestrzennej i molekularnej
2020/38/E/NZ2/00305
Słowa kluczowe:
uczenie maszynowe modele probabilistyczne modelowanie przestrzenne oddziaływanie guz-mikrośrodowisko ewolucja guza obrazowanie guza
Deskryptory:
- NZ2_007: Bioinformatyka
- NZ2_008: Biologia obliczeniowa
Panel:
NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
woj. mazowieckie
Konkurs: SONATA BIS 10 - ogłoszony 2020-07-29
Przyznana kwota: 1 927 200 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2021-04-09
Zakończenie projektu: 2026-04-08
Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt w realizacji
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (3)
- CaClust: linking genotype to transcriptional heterogeneity of follicular lymphoma using BCR and exomic variants.Autorzy:Kazimierz Oksza-Orzechowski, Edwin Quinten, Shadi Shafighi, Szymon M. Kiełbasa, Hugo W. van Kessel, Ruben A. L. de Groen, Joost S. P. Vermaat, Julieta H. Sepúlveda Yáñez, Marcelo A. Navarrete, Hendrik Veelken, Cornelis A. M. van Bergen & Ewa SzczurekCzasopismo:Genome Biology (rok: 2024, tom: 25, strony: 286), Wydawca: Biomed CentralStatus:OpublikowanaDoi:10.1186/s13059-024-03417-1 - link do publikacji
- Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with TumoroscopeAutorzy:Shadi Shafighi, Agnieszka Geras, Barbara Jurzysta, Alireza Sahaf Naeini, Igor Filipiuk, Alicja Ra̧czkowska, Hosein Toosi, Łukasz Koperski, Kim Thrane, Camilla Engblom, Jeff E. Mold, Xinsong Chen, Johan Hartman, Dominika Nowis, Alessandra Carbone, Jens Lagergren & Ewa SzczurekCzasopismo:Nature Communications (rok: 2024, tom: 15, strony: 9343), Wydawca: Springer NatureStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41467-024-53374-3 - link do publikacji
- SIEVE: joint inference of single nucleotide variants and cell phylogeny from single-cell DNA sequencing dataAutorzy:S. Kang, N. Borgsmuller, M. Valecha, J. Kuipers, J.M. Alves, S. Prado-Lopez, D. Chantada, N. Beerenwinkel, D. Posada, E. SzczurekCzasopismo:Genome Biology (rok: 2022, tom: 23, strony: 248), Wydawca: Biomed CentralStatus:OpublikowanaDoi:10.1186/s13059-022-02813-9 - link do publikacji