TUMORMAP: Wyznaczanie map pod-klonów guzów nowotworowych i ich mikrośrodowiska w ultrawysokiej rozdzielczości przestrzennej i molekularnej
2020/38/E/NZ2/00305
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ2_007: Bioinformatyka
- NZ2_008: Biologia obliczeniowa
Panel
NZ2 – Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca
Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 5
Konkurs
SONATA BIS 10 – ogłoszony 2020-07-29
- Przyznana kwota
- 1 927 200 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2021-04-09
- Zakończenie projektu
- 2027-04-08
- Planowany czas trwania projektu
- 72 miesiące (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt w realizacji
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (3)
-
CaClust: linking genotype to transcriptional heterogeneity of follicular lymphoma using BCR and exomic variants.
- Autorzy:
- Kazimierz Oksza-Orzechowski, Edwin Quinten, Shadi Shafighi, Szymon M. Kiełbasa, Hugo W. van Kessel, Ruben A. L. de Groen, Joost S. P. Vermaat, Julieta H. Sepúlveda Yáñez, Marcelo A. Navarrete, Hendrik Veelken, Cornelis A. M. van Bergen & Ewa Szczurek
- Czasopismo:
- Genome Biology (rok: 2024, tom: 25, strony: 286), Wydawca: Biomed Central
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13059-024-03417-1 – link do publikacji
-
SIEVE: joint inference of single nucleotide variants and cell phylogeny from single-cell DNA sequencing data
- Autorzy:
- S. Kang, N. Borgsmuller, M. Valecha, J. Kuipers, J.M. Alves, S. Prado-Lopez, D. Chantada, N. Beerenwinkel, D. Posada, E. Szczurek
- Czasopismo:
- Genome Biology (rok: 2022, tom: 23, strony: 248), Wydawca: Biomed Central
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13059-022-02813-9 – link do publikacji
-
Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope
- Autorzy:
- Shadi Shafighi, Agnieszka Geras, Barbara Jurzysta, Alireza Sahaf Naeini, Igor Filipiuk, Alicja Ra̧czkowska, Hosein Toosi, Łukasz Koperski, Kim Thrane, Camilla Engblom, Jeff E. Mold, Xinsong Chen, Johan Hartman, Dominika Nowis, Alessandra Carbone, Jens Lagergren & Ewa Szczurek
- Czasopismo:
- Nature Communications (rok: 2024, tom: 15, strony: 9343), Wydawca: Springer Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/s41467-024-53374-3 – link do publikacji