Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Wieloskalowa przestrzenna reorganizacja chromatyny w odpowiedzi na stres replikacyjny i jej rola w ochronie przed niestabilnością genomową

2020/37/B/NZ2/03757

Słowa kluczowe:

stres replikacyjny niestabilność genetyczna dwuniciowe pęknięcia DNA miejsca łamliwe w DNA genomika bioinformatyka pętle chromatynowe struktura genomu ssaków domeny genomiczne modelowanie polimerowe różnicowanie komórek uporządkowanie wyższego rzędu chromatyny genom ludzki,

Deskryptory:

  • NZ2_007: Bioinformatyka
  • NZ2_002: Genomika, transkryptomika i epigenomika
  • ST6_013: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Dariusz Michał Plewczyński 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 19 - ogłoszony 2020-03-16

Przyznana kwota: 2 950 920 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2021-02-01

Zakończenie projektu: 2027-01-31

Planowany czas trwania projektu: 72 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt w realizacji

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (36)
  1. Promoter-pervasive transcription causes RNA polymerase II pausing to boost DOG1 expression in response to salt
    Autorzy:
    Miguel Montez, Maria Majchrowska, Michal Krzyszton, Grzegorz Bokota, Sebastian Sacharowski, Magdalena Wrona, Ruslan Yatusevich, Ferran Massana, Dariusz Plewczynski, Szymon Swiezewski
    Czasopismo:
    EMBO Journal (rok: 2023, tom: 42(5), strony: e112443), Wydawca: EMBO Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.15252/embj.2022112443 - link do publikacji
  2. Unveiling the Biomarkers of Cancer and COVID-19 and Their Regulations in Different Organs by Integrating RNA-Seq Expression and Protein–Protein Interactions
    Autorzy:
    Nimisha Ghosh, Indrajit Saha, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 43589-43602), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.2c04389 - link do publikacji
  3. Online Predictor Using Machine Learning to Predict Novel Coronavirus and Other Pathogenic Viruses
    Autorzy:
    Jnanendra Prasad Sarkar, Indrajit Saha, Nimisha Ghosh, Debasree Maity, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 23069—23074), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.2c00215 - link do publikacji
  4. Structural Variants and Implicated Processes Associated with Familial Tourette Syndrome
    Autorzy:
    Jakub P Fichna, Mateusz Chiliński, Anup Kumar Halder, Paweł Cięszczyk, Dariusz Plewczynski, Cezary Żekanowski, Piotr Janik
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2024, tom: 25(11), strony: 5758), Wydawca: MPDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms25115758 - link do publikacji
  5. The 3D enhancer network of the developing T cell genome is shaped by SATB1
    Autorzy:
    Tomas Zelenka, Antonios Klonizakis, Despina Tsoukatou, Dionysios-Alexandros Papamatheakis, Sören Franzenburg, Petros Tzerpos, Ioannis-Rafail Tzonevrakis, George Papadogkonas, Manouela Kapsetaki, Christoforos Nikolaou, Dariusz Plewczynski & Charalampos Spilianakis
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2022, tom: 14, strony: 6954), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41467-022-34345-y - link do publikacji
  6. 3D chromatin connectivity underlies replication origin efficiency in mouse embryonic stem cells
    Autorzy:
    Karolina Jodkowska, Vera Pancaldi, Maria Rigau, Ricardo Almeida, José M Fernández-Justel, Osvaldo Graña-Castro, Sara Rodríguez-Acebes, Miriam Rubio-Camarillo, Enrique Carrillo-de Santa Pau, David Pisano, Fátima Al-Shahrour, Alfonso Valencia, María Gómez, Juan Méndez
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: 12149–12165), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkac1111 - link do publikacji
  7. PFP-GO: Integrating protein sequence, domain and protein-protein interaction information for protein function prediction using ranked GO terms
    Autorzy:
    Sengupta K, Saha S, Halder AK, Chatterjee P, Nasipuri M, Basu S and Plewczynski D
    Czasopismo:
    Frontiers in Genetics (rok: 2022, tom: 13, strony: 969915), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fgene.2022.969915 - link do publikacji
  8. Dormancy and heterogeneity among Arabidopsis thaliana seeds is linked to individual seed size
    Autorzy:
    Michal Krzyszton, Sebastian P. Sacharowski, Veena Halale Manjunath, Katarzyna Muter, Grzegorz Bokota, Ce Wang, Dariusz Plewczyński, Tereza Dobisova, Szymon Swiezewski
    Czasopismo:
    Plant Commun. (rok: 2024, tom: 5(2), strony: 100732), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.xplc.2023.100732 - link do publikacji
  9. A systematic analyses of different bioinformatics pipelines for genomic data and its impact on deep learning models for chromatin loop prediction
    Autorzy:
    Anup Kumar Halder, Abhishek Agarwal, Karolina Jodkowska, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Briefings in Functional Genomics (rok: 2024, tom: 23(5), strony: 538-548), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bfgp/elae009 - link do publikacji
  10. A Gibbs sampler for learning DAG: a unification for discrete and Gaussian domains
    Autorzy:
    Hamid Zareifard, Vahid Rezaei Tabar & Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Journal of Statistical Computation and Simulation (rok: 2021, tom: 91, strony: 2833-2853), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/00949655.2021.1909026 - link do publikacji
  11. Identification of Human miRNA Biomarkers Targeting the SARS-CoV-2 Genome
    Autorzy:
    Indrajit Saha, Nimisha Ghosh, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 46411–46420), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.2c05091 - link do publikacji
  12. The 3D enhancer network of the developing T cell genome is shaped by SATB1
    Autorzy:
    Tomas Zelenka, Antonios Klonizakis, Despina Tsoukatou, Dionysios-Alexandros Papamatheakis, Sören Franzenburg, Petros Tzerpos, Ioannis-Rafail Tzonevrakis, George Papadogkonas, Manouela Kapsetaki, Christoforos Nikolaou, Dariusz Plewczynski & Charalampos Spilianakis
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2022, tom: 14, strony: 6954), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41467-022-34345-y - link do publikacji
  13. In vitro immune evaluation of adenoviral vector-based platform for infectious diseases
    Autorzy:
    Joanna Baran, Łukasz Kuryk, Teresa Szczepińska, Michał Łaźniewski, Mariangela Garofalo, Anna Mazurkiewicz-Pisarek, Diana Mikiewicz, Alina Mazurkiewicz, Maciej Trzaskowski, Magdalena Wieczorek, Katarzyna Pancer, Ewelina Hallmann, Lidia Brydak, Dariusz Plewczynski, Tomasz Ciach, Jolanta Mierzejewska, Monika Staniszewska
    Czasopismo:
    BioTechnologia (rok: 2023, tom: 104(4), strony: 403-419), Wydawca: Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.5114/bta.2023.132775 - link do publikacji
  14. cudaMMC: GPU-enhanced multiscale Monte Carlo chromatin 3D modelling
    Autorzy:
    Michal Wlasnowolski, Pawel Grabowski, Damian Roszczyk, Krzysztof Kaczmarski, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: 588), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad588 - link do publikacji
  15. HiCDiffusion - diffusion-enhanced, transformer-based prediction of chromatin interactions from DNA sequences
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    BMC Genomics (rok: 2024, tom: 25, strony: -), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12864-024-10885-z - link do publikacji
  16. Chromatin image-driven modelling
    Autorzy:
    Michał Kadlof, Krzysztof Banecki, Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2024, tom: 226, strony: 54-60), Wydawca: ScienceDirect
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2024.04.006 - link do publikacji
  17. Unveiling the Molecular Mechanism of Trastuzumab Resistance in SKBR3 and BT474 Cell Lines for HER2 Positive Breast Cancer
    Autorzy:
    Anna Kokot, Sachin Gadakh, Indrajit Saha, Ewa Gajda, Michał Łaźniewski, Somnath Rakshit, Kaustav Sengupta, Ayatullah Faruk Mollah, Michał Denkiewicz, Katarzyna Górczak, Jürgen Claesen, Tomasz Burzykowski, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Curr. Issues Mol. Biol. (rok: 2024, tom: 46(3), strony: 2713-2740), Wydawca: MPDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/cimb46030171 - link do publikacji
  18. Advancements and future directions in single-cell Hi-C based 3D chromatin modeling
    Autorzy:
    Krzysztof Banecki, Sevastianos Korsak, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2024.09.026 - link do publikacji
  19. The dynamic role of cohesin in maintaining human genome architecture
    Autorzy:
    Abhishek Agarwal, Sevastianos Korsak, Ashutosh Choudhury, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    BioEssays (rok: 2023, tom: 45(10), strony: e2200240), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/bies.202200240 - link do publikacji
  20. Super-resolution visualization of chromatin loop folding in human lymphoblastoid cells using interferometric photoactivated localization microscopy
    Autorzy:
    Zofia Parteka-Tojek, Jacqueline Jufen Zhu, Byoungkoo Lee, Karolina Jodkowska, Ping Wang, Jesse Aaron, Teng-Leong Chew, Krzysztof Banecki, Dariusz Plewczynski & Yijun Ruan
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2022, tom: 12, strony: 8582), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-022-12568-9 - link do publikacji
  21. Editorial: SARS-CoV-2: From Genetic Variability to Vaccine Design
    Autorzy:
    Saha I, Ghosh N and Plewczynski D
    Czasopismo:
    Frontiers in Genetics (rok: 2022, tom: 13, strony: 960107), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fgene.2022.960107 - link do publikacji
  22. Unveiling novel aspects of SARS-CoV-2 to combat COVID-19
    Autorzy:
    Nimisha Ghosh, Indrajit Saha, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Front Genet. (rok: 2024, tom: 15, strony: 1383640), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fgene.2024.1383640 - link do publikacji
  23. TBC1D24 emerges as an important contributor to progressive postlingual dominant hearing loss
    Autorzy:
    Dominika Oziębło, Marcin L. Leja, Michal Lazniewski, Anna Sarosiak, Grażyna Tacikowska, Krzysztof Kochanek, Dariusz Plewczynski, Henryk Skarżyński & Monika Ołdak
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 45671), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-021-89645-y - link do publikacji
  24. Dormancy heterogeneity among Arabidopsis thaliana seeds is linked to individual seed size
    Autorzy:
    Michal Krzyszton, Sebastian P. Sacharowski, Veena Halale Manjunath, Katarzyna Muter, Grzegorz Bokota, Ce Wang, Dariusz Plewczyński, Tereza Dobisova, Szymon Swiezewski
    Czasopismo:
    Plant Communications (rok: 2023, tom: 5(12), strony: 100723), Wydawca: Science Direct
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.xplc.2023.100732 - link do publikacji
  25. PFP-GO: Integrating protein sequence, domain and protein-protein interaction information for protein function prediction using ranked GO terms
    Autorzy:
    Sengupta K, Saha S, Halder AK, Chatterjee P, Nasipuri M, Basu S and Plewczynski D
    Czasopismo:
    Frontiers in Genetics (rok: 2022, tom: 13, strony: 969915), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fgene.2022.969915 - link do publikacji
  26. Multiscale molecular modeling of chromatin with MultiMM: From nucleosomes to the whole genome
    Autorzy:
    Sevastianos Korsak, Krzysztof Banecki, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2024.09.025 - link do publikacji
  27. Potent but transient immunosuppression of T-cells is a general feature of CD71+ erythroid cells
    Autorzy:
    Tomasz M. Grzywa, Anna Sosnowska, Zuzanna Rydzynska, Michal Lazniewski, Dariusz Plewczynski, Klaudia Klicka, Milena Malecka-Gieldowska, Anna Rodziewicz-Lurzynska, Olga Ciepiela, Magdalena Justyniarska, Paulina Pomper, Marcin M. Grzybowski, Roman Blaszczyk, Michal Wegrzynowicz, Agnieszka Tomaszewska, Grzegorz Basak, Jakub Golab & Dominika Nowis
    Czasopismo:
    Communications Biology (rok: 2021, tom: 4, strony: 45676), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s42003-021-02914-4 - link do publikacji
  28. Genomic Marks Associated with Chromatin Compartments in the CTCF, RNAPII Loop and Genomic Windows
    Autorzy:
    Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah and Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 45670), Wydawca: MDPI, Basel, Switzerland
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms222111591 - link do publikacji
  29. Novel combinatorial therapy of oncolytic adenovirus AdV5/3-D24-ICOSL-CD40L with anti PD-1 exhibits enhanced anti-cancer efficacy through promotion of intratumoral T-cell infiltration and modulation of tumour microenvironment in mesothelioma mouse model
    Autorzy:
    Mariangela Garofalo, Magdalena Wieczorek, Ines Anders, Monika Staniszewska, Michal Lazniewski, Marta Prygiel, Aleksandra Anna Zasada, Teresa Szczepińska, Dariusz Plewczynski, Stefano Salmaso, Paolo Caliceti, Vincenzo Cerullo, Ramon Alemany, Beate Rinner, Katarzyna Pancer, Lukasz Kuryk
    Czasopismo:
    Frontiers in Oncology (rok: 2023, tom: 13, strony: 1259314), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fonc.2023.1259314 - link do publikacji
  30. 3D-GNOME 3.0: a three-dimensional genome modelling engine for analysing changes of promoter-enhancer contacts in the human genome
    Autorzy:
    Michal Wlasnowolski, Michal Kadlof, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: W5-W10), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkad354 - link do publikacji
  31. Use of in silico approaches, synthesis and profiling of Pan-filovirus GP-1,2 preprotein specific antibodies
    Autorzy:
    Maciej Wiśniewski, Peace Babirye, Carol Musubika, Eleni Papakonstantinou, Samuel Kirimunda, Michal Łaźniewski, Teresa Szczepińska, Moses L Joloba, Elias Eliopoulos, Erik Bongcam-Rudloff, Dimitrios Vlachakis, Anup Kumar Halder, Dariusz Plewczyński, Misaki Wayengera
    Czasopismo:
    Briefings in Functional Genomics (rok: 2024, tom: 23(6), strony: 765–774), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bfgp/elae012 - link do publikacji
  32. Editorial: SARS-CoV-2: From Genetic Variability to Vaccine Design
    Autorzy:
    Saha I, Ghosh N and Plewczynski D
    Czasopismo:
    Frontiers in Genetics (rok: 2022, tom: 13, strony: 960107), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fgene.2022.960107 - link do publikacji
  33. Super-resolution visualization of chromatin loop folding in human lymphoblastoid cells using interferometric photoactivated localization microscopy
    Autorzy:
    Zofia Parteka-Tojek, Jacqueline Jufen Zhu, Byoungkoo Lee, Karolina Jodkowska, Ping Wang, Jesse Aaron, Teng-Leong Chew, Krzysztof Banecki, Dariusz Plewczynski & Yijun Ruan
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2022, tom: 12, strony: 8582), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-022-12568-9 - link do publikacji
  34. 3dSpAn: An interactive software for 3D segmentation and analysis of dendritic spines
    Autorzy:
    Nirmal Das, Ewa Baczynska, Monika Bijata, Blazej Ruszczycki, Andre Zeug, Dariusz Plewczynski, Punam Kumar Saha, Evgeni Ponimaskin, Jakub Wlodarczyk & Subhadip Basu
    Czasopismo:
    Neuroinformatics (rok: 2021, tom: -, strony: 45677), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s12021-021-09549-0 - link do publikacji
  35. From DNA human sequence to the chromatin higher order organisation and its biological meaning: Using biomolecular interaction networks to understand the influence of structural variation on spatial genome organisation and its functional effect
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Seminars in Cell & Developmental Biology (rok: 2021, tom: 121, strony: 171-185), Wydawca: Elsevier Ltd.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.semcdb.2021.08.007 - link do publikacji
  36. LoopSage: An energy-based Monte Carlo approach for the loop extrusion modeling of chromatin
    Autorzy:
    Sevastianos Korsak, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2024, tom: 223, strony: 106-117), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2024.01.015 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy