The dynamic role of cohesin in maintaining human genome architecture
Autorzy:
Abhishek Agarwal, Sevastianos Korsak, Ashutosh Choudhury, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
BioEssays (rok: 2023, tom: 45(10), strony: e2200240), Wydawca: Wiley
From DNA human sequence to the chromatin higher order organisation and its biological meaning: Using biomolecular interaction networks to understand the influence of structural variation on spatial genome organisation and its functional effect
Autorzy:
Mateusz Chiliński, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
Seminars in Cell & Developmental Biology (rok: 2021, tom: 121, strony: 171-185), Wydawca: Elsevier Ltd.
Editorial: SARS-CoV-2: From Genetic Variability to Vaccine Design
Autorzy:
Saha I, Ghosh N and Plewczynski D
Czasopismo:
Frontiers in Genetics (rok: 2022, tom: 13, strony: 960107), Wydawca: Frontiers
From DNA human sequence to the chromatin higher order organisation and its biological meaning: Using biomolecular interaction networks to understand the influence of structural variation on spatial genome organisation and its functional effect
Autorzy:
Mateusz Chiliński, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
Seminars in Cell & Developmental Biology (rok: 2021, tom: 121, strony: 171-185), Wydawca: Elsevier Ltd.
Online Predictor Using Machine Learning to Predict Novel Coronavirus and Other Pathogenic Viruses
Autorzy:
Jnanendra Prasad Sarkar, Indrajit Saha, Nimisha Ghosh, Debasree Maity, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 23069—23074), Wydawca: ACS Publications
From DNA human sequence to the chromatin higher order organisation and its biological meaning: Using biomolecular interaction networks to understand the influence of structural variation on spatial genome organisation and its functional effect
Autorzy:
Mateusz Chiliński, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
Seminars in Cell & Developmental Biology (rok: 2021, tom: 121, strony: 171-185), Wydawca: Elsevier Ltd.
A Gibbs sampler for learning DAG: a unification for discrete and Gaussian domains
Autorzy:
Hamid Zareifard, Vahid Rezaei Tabar & Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
Journal of Statistical Computation and Simulation (rok: 2021, tom: 91, strony: 2833-2853), Wydawca: Taylor & Francis
3dSpAn: An interactive software for 3D segmentation and analysis of dendritic spines
Autorzy:
Nirmal Das, Ewa Baczynska, Monika Bijata, Blazej Ruszczycki, Andre Zeug, Dariusz Plewczynski, Punam Kumar Saha, Evgeni Ponimaskin, Jakub Wlodarczyk & Subhadip Basu
Czasopismo:
Neuroinformatics (rok: 2021, tom: -, strony: 45677), Wydawca: Springer Nature
TBC1D24 emerges as an important contributor to progressive postlingual dominant hearing loss
Autorzy:
Dominika Oziębło, Marcin L. Leja, Michal Lazniewski, Anna Sarosiak, Grażyna Tacikowska, Krzysztof Kochanek, Dariusz Plewczynski, Henryk Skarżyński & Monika Ołdak
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 45671), Wydawca: Springer Nature
PFP-GO: Integrating protein sequence, domain and protein-protein interaction information for protein function prediction using ranked GO terms
Autorzy:
Sengupta K, Saha S, Halder AK, Chatterjee P, Nasipuri M, Basu S and Plewczynski D
Czasopismo:
Frontiers in Genetics (rok: 2022, tom: 13, strony: 969915), Wydawca: Frontiers
3dSpAn: An interactive software for 3D segmentation and analysis of dendritic spines
Autorzy:
Nirmal Das, Ewa Baczynska, Monika Bijata, Blazej Ruszczycki, Andre Zeug, Dariusz Plewczynski, Punam Kumar Saha, Evgeni Ponimaskin, Jakub Wlodarczyk & Subhadip Basu
Czasopismo:
Neuroinformatics (rok: 2021, tom: -, strony: 45677), Wydawca: Springer Nature
3D chromatin connectivity underlies replication origin efficiency in mouse embryonic stem cells
Autorzy:
Karolina Jodkowska, Vera Pancaldi, Maria Rigau, Ricardo Almeida, José M Fernández-Justel, Osvaldo Graña-Castro, Sara Rodríguez-Acebes, Miriam Rubio-Camarillo, Enrique Carrillo-de Santa Pau, David Pisano, Fátima Al-Shahrour, Alfonso Valencia, María Gómez, Juan Méndez
Czasopismo:
Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: 12149–12165), Wydawca: Oxford University Press
In vitro immune evaluation of adenoviral vector-based platform for infectious diseases
Autorzy:
Joanna Baran, Łukasz Kuryk, Teresa Szczepińska, Michał Łaźniewski, Mariangela Garofalo, Anna Mazurkiewicz-Pisarek, Diana Mikiewicz, Alina Mazurkiewicz, Maciej Trzaskowski, Magdalena Wieczorek, Katarzyna Pancer, Ewelina Hallmann, Lidia Brydak, Dariusz Plewczynski, Tomasz Ciach, Jolanta Mierzejewska, Monika Staniszewska
Czasopismo:
BioTechnologia (rok: 2023, tom: 104(4), strony: 403-419), Wydawca: Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences
Novel combinatorial therapy of oncolytic adenovirus AdV5/3-D24-ICOSL-CD40L with anti PD-1 exhibits enhanced anti-cancer efficacy through promotion of intratumoral T-cell infiltration and modulation of tumour microenvironment in mesothelioma mouse model
Autorzy:
Mariangela Garofalo, Magdalena Wieczorek, Ines Anders, Monika Staniszewska, Michal Lazniewski, Marta Prygiel, Aleksandra Anna Zasada, Teresa Szczepińska, Dariusz Plewczynski, Stefano Salmaso, Paolo Caliceti, Vincenzo Cerullo, Ramon Alemany, Beate Rinner, Katarzyna Pancer, Lukasz Kuryk
Czasopismo:
Frontiers in Oncology (rok: 2023, tom: 13, strony: 1259314), Wydawca: Frontiers
Identification of Human miRNA Biomarkers Targeting the SARS-CoV-2 Genome
Autorzy:
Indrajit Saha, Nimisha Ghosh, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 46411–46420), Wydawca: ACS Publications
Unveiling the Biomarkers of Cancer and COVID-19 and Their Regulations in Different Organs by Integrating RNA-Seq Expression and Protein–Protein Interactions
Autorzy:
Nimisha Ghosh, Indrajit Saha, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 43589-43602), Wydawca: ACS Publications
Genomic Marks Associated with Chromatin Compartments in the CTCF, RNAPII Loop and Genomic Windows
Autorzy:
Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah and Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 45670), Wydawca: MDPI, Basel, Switzerland
Super-resolution visualization of chromatin loop folding in human lymphoblastoid cells using interferometric photoactivated localization microscopy
Autorzy:
Zofia Parteka-Tojek, Jacqueline Jufen Zhu, Byoungkoo Lee, Karolina Jodkowska, Ping Wang, Jesse Aaron, Teng-Leong Chew, Krzysztof Banecki, Dariusz Plewczynski & Yijun Ruan
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2022, tom: 12, strony: 8582), Wydawca: Springer Nature
Potent but transient immunosuppression of T-cells is a general feature of CD71+ erythroid cells
Autorzy:
Tomasz M. Grzywa, Anna Sosnowska, Zuzanna Rydzynska, Michal Lazniewski, Dariusz Plewczynski, Klaudia Klicka, Milena Malecka-Gieldowska, Anna Rodziewicz-Lurzynska, Olga Ciepiela, Magdalena Justyniarska, Paulina Pomper, Marcin M. Grzybowski, Roman Blaszczyk, Michal Wegrzynowicz, Agnieszka Tomaszewska, Grzegorz Basak, Jakub Golab & Dominika Nowis
Czasopismo:
Communications Biology (rok: 2021, tom: 4, strony: 45676), Wydawca: Springer Nature
Genomic Marks Associated with Chromatin Compartments in the CTCF, RNAPII Loop and Genomic Windows
Autorzy:
Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah and Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 45670), Wydawca: MDPI, Basel, Switzerland
Identification of Human miRNA Biomarkers Targeting the SARS-CoV-2 Genome
Autorzy:
Indrajit Saha, Nimisha Ghosh, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 46411–46420), Wydawca: ACS Publications
cudaMMC: GPU-enhanced multiscale Monte Carlo chromatin 3D modelling
Autorzy:
Michal Wlasnowolski, Pawel Grabowski, Damian Roszczyk, Krzysztof Kaczmarski, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: 588), Wydawca: Oxford Academic
3D-GNOME 3.0: a three-dimensional genome modelling engine for analysing changes of promoter-enhancer contacts in the human genome
Autorzy:
Michal Wlasnowolski, Michal Kadlof, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: W5-W10), Wydawca: Oxford Academic
Unveiling the Biomarkers of Cancer and COVID-19 and Their Regulations in Different Organs by Integrating RNA-Seq Expression and Protein–Protein Interactions
Autorzy:
Nimisha Ghosh, Indrajit Saha, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 43589-43602), Wydawca: ACS Publications
Online Predictor Using Machine Learning to Predict Novel Coronavirus and Other Pathogenic Viruses
Autorzy:
Jnanendra Prasad Sarkar, Indrajit Saha, Nimisha Ghosh, Debasree Maity, Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
ACS Omega (rok: 2022, tom: 7, strony: 23069—23074), Wydawca: ACS Publications
Potent but transient immunosuppression of T-cells is a general feature of CD71+ erythroid cells
Autorzy:
Tomasz M. Grzywa, Anna Sosnowska, Zuzanna Rydzynska, Michal Lazniewski, Dariusz Plewczynski, Klaudia Klicka, Milena Malecka-Gieldowska, Anna Rodziewicz-Lurzynska, Olga Ciepiela, Magdalena Justyniarska, Paulina Pomper, Marcin M. Grzybowski, Roman Blaszczyk, Michal Wegrzynowicz, Agnieszka Tomaszewska, Grzegorz Basak, Jakub Golab & Dominika Nowis
Czasopismo:
Communications Biology (rok: 2021, tom: 4, strony: 45676), Wydawca: Springer Nature
TBC1D24 emerges as an important contributor to progressive postlingual dominant hearing loss
Autorzy:
Dominika Oziębło, Marcin L. Leja, Michal Lazniewski, Anna Sarosiak, Grażyna Tacikowska, Krzysztof Kochanek, Dariusz Plewczynski, Henryk Skarżyński & Monika Ołdak
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 45671), Wydawca: Springer Nature
3dSpAn: An interactive software for 3D segmentation and analysis of dendritic spines
Autorzy:
Nirmal Das, Ewa Baczynska, Monika Bijata, Blazej Ruszczycki, Andre Zeug, Dariusz Plewczynski, Punam Kumar Saha, Evgeni Ponimaskin, Jakub Wlodarczyk & Subhadip Basu
Czasopismo:
Neuroinformatics (rok: 2021, tom: -, strony: 45677), Wydawca: Springer Nature
TBC1D24 emerges as an important contributor to progressive postlingual dominant hearing loss
Autorzy:
Dominika Oziębło, Marcin L. Leja, Michal Lazniewski, Anna Sarosiak, Grażyna Tacikowska, Krzysztof Kochanek, Dariusz Plewczynski, Henryk Skarżyński & Monika Ołdak
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 45671), Wydawca: Springer Nature
Potent but transient immunosuppression of T-cells is a general feature of CD71+ erythroid cells
Autorzy:
Tomasz M. Grzywa, Anna Sosnowska, Zuzanna Rydzynska, Michal Lazniewski, Dariusz Plewczynski, Klaudia Klicka, Milena Malecka-Gieldowska, Anna Rodziewicz-Lurzynska, Olga Ciepiela, Magdalena Justyniarska, Paulina Pomper, Marcin M. Grzybowski, Roman Blaszczyk, Michal Wegrzynowicz, Agnieszka Tomaszewska, Grzegorz Basak, Jakub Golab & Dominika Nowis
Czasopismo:
Communications Biology (rok: 2021, tom: 4, strony: 45676), Wydawca: Springer Nature
A Gibbs sampler for learning DAG: a unification for discrete and Gaussian domains
Autorzy:
Hamid Zareifard, Vahid Rezaei Tabar & Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
Journal of Statistical Computation and Simulation (rok: 2021, tom: 91, strony: 2833-2853), Wydawca: Taylor & Francis
Dormancy heterogeneity among Arabidopsis thaliana seeds is linked to individual seed size
Autorzy:
Michal Krzyszton, Sebastian P. Sacharowski, Veena Halale Manjunath, Katarzyna Muter, Grzegorz Bokota, Ce Wang, Dariusz Plewczyński, Tereza Dobisova, Szymon Swiezewski
Czasopismo:
Plant Communications (rok: 2023, tom: 5(12), strony: 100723), Wydawca: Science Direct
Promoter-pervasive transcription causes RNA polymerase II pausing to boost DOG1 expression in response to salt
Autorzy:
Miguel Montez, Maria Majchrowska, Michal Krzyszton, Grzegorz Bokota, Sebastian Sacharowski, Magdalena Wrona, Ruslan Yatusevich, Ferran Massana, Dariusz Plewczynski, Szymon Swiezewski
Czasopismo:
EMBO Journal (rok: 2023, tom: 42(5), strony: e112443), Wydawca: EMBO Press
The 3D enhancer network of the developing T cell genome is shaped by SATB1
Autorzy:
Tomas Zelenka, Antonios Klonizakis, Despina Tsoukatou, Dionysios-Alexandros Papamatheakis, Sören Franzenburg, Petros Tzerpos, Ioannis-Rafail Tzonevrakis, George Papadogkonas, Manouela Kapsetaki, Christoforos Nikolaou, Dariusz Plewczynski & Charalampos Spilianakis
Czasopismo:
Nature Communications (rok: 2022, tom: 14, strony: 6954), Wydawca: Springer Nature
Genomic Marks Associated with Chromatin Compartments in the CTCF, RNAPII Loop and Genomic Windows
Autorzy:
Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah and Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 45670), Wydawca: MDPI, Basel, Switzerland
The 3D enhancer network of the developing T cell genome is shaped by SATB1
Autorzy:
Tomas Zelenka, Antonios Klonizakis, Despina Tsoukatou, Dionysios-Alexandros Papamatheakis, Sören Franzenburg, Petros Tzerpos, Ioannis-Rafail Tzonevrakis, George Papadogkonas, Manouela Kapsetaki, Christoforos Nikolaou, Dariusz Plewczynski & Charalampos Spilianakis
Czasopismo:
Nature Communications (rok: 2022, tom: 14, strony: 6954), Wydawca: Springer Nature
A Gibbs sampler for learning DAG: a unification for discrete and Gaussian domains
Autorzy:
Hamid Zareifard, Vahid Rezaei Tabar & Dariusz Plewczynski
Czasopismo:
Journal of Statistical Computation and Simulation (rok: 2021, tom: 91, strony: 2833-2853), Wydawca: Taylor & Francis
Editorial: SARS-CoV-2: From Genetic Variability to Vaccine Design
Autorzy:
Saha I, Ghosh N and Plewczynski D
Czasopismo:
Frontiers in Genetics (rok: 2022, tom: 13, strony: 960107), Wydawca: Frontiers
Super-resolution visualization of chromatin loop folding in human lymphoblastoid cells using interferometric photoactivated localization microscopy
Autorzy:
Zofia Parteka-Tojek, Jacqueline Jufen Zhu, Byoungkoo Lee, Karolina Jodkowska, Ping Wang, Jesse Aaron, Teng-Leong Chew, Krzysztof Banecki, Dariusz Plewczynski & Yijun Ruan
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2022, tom: 12, strony: 8582), Wydawca: Springer Nature
PFP-GO: Integrating protein sequence, domain and protein-protein interaction information for protein function prediction using ranked GO terms
Autorzy:
Sengupta K, Saha S, Halder AK, Chatterjee P, Nasipuri M, Basu S and Plewczynski D
Czasopismo:
Frontiers in Genetics (rok: 2022, tom: 13, strony: 969915), Wydawca: Frontiers
3D chromatin connectivity underlies replication origin efficiency in mouse embryonic stem cells
Autorzy:
Karolina Jodkowska, Vera Pancaldi, Maria Rigau, Ricardo Almeida, José M Fernández-Justel, Osvaldo Graña-Castro, Sara Rodríguez-Acebes, Miriam Rubio-Camarillo, Enrique Carrillo-de Santa Pau, David Pisano, Fátima Al-Shahrour, Alfonso Valencia, María Gómez, Juan Méndez
Czasopismo:
Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: 12149–12165), Wydawca: Oxford University Press