Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Przestrzenny model sieciowy zróżnicowania sekwencji i struktury genomu ludzkiego w skali populacyjnej

2019/35/O/ST6/02484

Słowa kluczowe:

bioinformatyka warianty strukturalne pętle chromatynowe struktura genomu ssaków domeny genomiczne uczenie głębokie przestrzenny model sieciowy modelowanie biofizyczne różnicowanie komórek hematopoeza proces nowotworzenia immortalizacja

Deskryptory:

  • ST6_013: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_012: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • NZ2_007: Bioinformatyka

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Warszawska, Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Dariusz Michał Plewczyński 

Liczba wykonawców projektu: 2

Konkurs: PRELUDIUM BIS 1 - ogłoszony 2019-09-16

Przyznana kwota: 528 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2020-10-01

Zakończenie projektu: 2025-06-30

Planowany czas trwania projektu: 57 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt zakończony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (37)
  1. From DNA human sequence to the chromatin higher order organisation and its biological meaning: Using biomolecular interaction networks to understand the influence of structural variation on spatial genome organisation and its functional effect
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Seminars in Cell & Developmental Biology (rok: 2021, tom: 121, strony: 171-185), Wydawca: Elsevier Ltd.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.semcdb.2021.08.007 - link do publikacji
  2. 3dSpAn: An interactive software for 3D segmentation and analysis of dendritic spines
    Autorzy:
    Nirmal Das, Ewa Baczynska, Monika Bijata, Blazej Ruszczycki, Andre Zeug, Dariusz Plewczynski, Punam Kumar Saha, Evgeni Ponimaskin, Jakub Wlodarczyk & Subhadip Basu
    Czasopismo:
    Neuroinformatics (rok: 2021, tom: -, strony: 45677), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s12021-021-09549-0 - link do publikacji
  3. cudaMMC: GPU-enhanced multiscale Monte Carlo chromatin 3D modelling
    Autorzy:
    Michal Wlasnowolski, Pawel Grabowski, Damian Roszczyk, Krzysztof Kaczmarski, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: 588), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad588 - link do publikacji
  4. TBC1D24 emerges as an important contributor to progressive postlingual dominant hearing loss
    Autorzy:
    Dominika Oziębło, Marcin L. Leja, Michal Lazniewski, Anna Sarosiak, Grażyna Tacikowska, Krzysztof Kochanek, Dariusz Plewczynski, Henryk Skarżyński & Monika Ołdak
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 45671), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-021-89645-y - link do publikacji
  5. ConsensuSV-ONT-a modern method for accurate structural variant calling
    Autorzy:
    Antoni Pietryga, Mateusz Chiliński, Sachin Gadakh, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    bioRxiv (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1101/2024.07.26.605267 - link do publikacji
  6. FGVC8 based foliar diseases identification with use of multi-label classifiers
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Piotr Góralewski, Tomasz Lehmann, Adam Nowacki, Justyna Stypułkowska
    Czasopismo:
    International Journal of Computer Information Systems and Industrial Management Applications (rok: 2022, tom: 14, strony: 92-99), Wydawca: Machine Intelligence Research Labs
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  7. 3D-GNOME 3.0: a three-dimensional genome modelling engine for analysing changes of promoter-enhancer contacts in the human genome
    Autorzy:
    Michal Wlasnowolski, Michal Kadlof, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: W5-W10), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkad354 - link do publikacji
  8. Structural Variants and Implicated Processes Associated with Familial Tourette Syndrome
    Autorzy:
    Jakub P Fichna, Mateusz Chiliński, Anup Kumar Halder, Paweł Cięszczyk, Dariusz Plewczynski, Cezary Żekanowski, Piotr Janik
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2024, tom: 25, strony: 5758), Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms25115758 - link do publikacji
  9. Enhanced performance of gene expression predictive models with protein-mediated spatial chromatin interactions
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Jakub Lipiński, Abhishek Agarwal, Yijun Ruan, Dariusz Plewczyński
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2023, tom: 13, strony: 11693), Wydawca: Springer Nature Limited
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-023-38865-5 - link do publikacji
  10. COVID-DeepPredictor: Recurrent Neural Network to Predict SARS-CoV-2 and Other Pathogenic Viruses
    Autorzy:
    Indrajit Saha, Nimisha Ghosh, Debasree Maity, Arjit Seal and Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Frontiers in Genetics (rok: 2021, tom: 12, strony: 45669), Wydawca: Frontiers Media S.A.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fgene.2021.569120 - link do publikacji
  11. Improved cohesin HiChIP protocol and bioinformatic analysis for robust detection of chromatin loops and stripes
    Autorzy:
    Karolina Jodkowska, Zofia Parteka-Tojek, Abhishek Agarwal, Michal Denkiewicz, Sevastianos Korsak, Mateusz Chilinski, Krzysztof Banecki, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    bioRxiv (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1101/2024.05.16.594268 - link do publikacji
  12. Genomic Marks Associated with Chromatin Compartments in the CTCF, RNAPII Loop and Genomic Windows
    Autorzy:
    Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah and Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 45670), Wydawca: MDPI, Basel, Switzerland
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms222111591 - link do publikacji
  13. Hematopoietic stem cells undergo a lymphoid to myeloid switch in early stages of emergency granulopoiesis
    Autorzy:
    Karolina Vanickova, Mirko Milosevic, Irina Ribeiro Bas, Monika Burocziova, Asumi Yokota, Petr Danek, Srdjan Grusanovic, Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczyński, Jakub Rohlena, Hideyo Hirai, Katerina Rohlenova, Meritxell Alberich-Jorda
    Czasopismo:
    EMBO Journal (rok: 2023, tom: 23, strony: 45675), Wydawca: EMBO Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.15252/embj.2023113527 - link do publikacji
  14. Chromatin image-driven modelling
    Autorzy:
    Michał Kadlof, Krzysztof Banecki, Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2024.04.006 - link do publikacji
  15. NanoForms: an integrated server for processing, analysis and assembly of raw sequencing data of microbial genomes, from Oxford Nanopore technology
    Autorzy:
    Anna Czmil, Michal Wronski, Sylwester Czmil, Marta Sochacka-Pietal, Michal Cmil, Jan Gawor, Tomasz Wołkowicz, Dariusz Plewczynski, Dominik Strzalka, Michal Pietal
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2022, tom: 10, strony: e13056), Wydawca: PeerJ
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7717/peerj.13056 - link do publikacji
  16. Rule-Based Pruning and In Silico Identification of Essential Proteins in Yeast PPIN
    Autorzy:
    Anik Banik, Souvik Podder, Sovan Saha, Piyali Chatterjee, Anup Kumar Halder, Mita Nasipuri, Subhadip Basu, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Cells (rok: 2022, tom: 11, strony: 2648), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/cells11172648 - link do publikacji
  17. BERTrand-peptide:TCR binding prediction using Bidirectional Encoder Representations from Transformers augmented with random TCR pairing
    Autorzy:
    Alexander Myronov, Giovanni Mazzocco, Paulina Król, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39(8), strony: 468), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad468 - link do publikacji
  18. MCIBox: a toolkit for single-molecule multi-way chromatin interaction visualization and micro-domains identification
    Autorzy:
    Simon Zhongyuan Tian, Guoliang Li, Duo Ning, Kai Jing, Yewen Xu, Yang Yang, Melissa J Fullwood, Pengfei Yin, Guangyu Huang, Dariusz Plewczynski, Jixian Zhai, Ziwei Dai, Wei Chen, Meizhen Zheng
    Czasopismo:
    Briefings in Bioinformatics (rok: 2022, tom: 23, strony: bbac380), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bib/bbac380 - link do publikacji
  19. Multi-scale phase separation by explosive percolation with single chromatin loop resolution
    Autorzy:
    Kaustav Sengupta, Michał Denkiewicz, Mateusz Chiliński, Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah, Sevastianos Korsak, Raissa D'Souza, Yijun Ruan, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2022, tom: 20, strony: 3591-3603), Wydawca: Elsevier B.V.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2022.06.063 - link do publikacji
  20. 3D-GNOME 3.0: a three-dimensional genome modelling engine for analysing changes of promoter-enhancer contacts in the human genome
    Autorzy:
    Michal Wlasnowolski, Michal Kadlof, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: W5-W10), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkad354 - link do publikacji
  21. HiCDiffusion-diffusion-enhanced, transformer-based prediction of chromatin interactions from DNA sequences
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczyński
    Czasopismo:
    bioRxiv (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1101/2024.02.01.578389 - link do publikacji
  22. PartSeg: a tool for quantitative feature extraction from 3D microscopy images for dummies
    Autorzy:
    Grzegorz Bokota, Jacek Sroka, Subhadip Basu, Nirmal Das, Pawel Trzaskoma, Yana Yushkevich, Agnieszka Grabowska, Adriana Magalska & Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 45672), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-021-03984-1 - link do publikacji
  23. Prediction of chromatin looping using deep hybrid learning (DHL)
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Anup Kumar Halder, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Quantitative Biology (rok: 2023, tom: 2, strony: 155-162), Wydawca: Higher Education Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.15302/j-qb-022-0315 - link do publikacji
  24. 3dSpAn: An interactive software for 3D segmentation and analysis of dendritic spines
    Autorzy:
    Nirmal Das, Ewa Baczynska, Monika Bijata, Blazej Ruszczycki, Andre Zeug, Dariusz Plewczynski, Punam Kumar Saha, Evgeni Ponimaskin, Jakub Wlodarczyk & Subhadip Basu
    Czasopismo:
    Neuroinformatics (rok: 2021, tom: -, strony: 45677), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s12021-021-09549-0 - link do publikacji
  25. Single-Hit Inactivation Drove Tumor Suppressor Genes Out of the X Chromosome during Evolution
    Autorzy:
    Xiansong Wang; Wei Hu; Xiangchun Li; Dan Huang; Qing Li; Hung Chan; Judeng Zeng; Chuan Xie; Huarong Chen; Xiaodong Liu; Tony Gin; Maggie Haitian Wang; Alfred Sze Lok Cheng; Wei Kang; Ka-Fai To; Dariusz Plewczynski; Qingpeng Zhang; Xiaoting Chen; Danny Cheuk Wing Chan; Ho Ko; Sunny Hei Wong; Jun Yu; Matthew Tak Vai Chan; Lin Zhang; William Ka Kei Wu
    Czasopismo:
    CANCER RESEARCH (rok: 2022, tom: 82, strony: 1482–1491), Wydawca: AACR
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1158/0008-5472.CAN-21-3458 - link do publikacji
  26. A Gibbs sampler for learning DAG: a unification for discrete and Gaussian domains
    Autorzy:
    Hamid Zareifard, Vahid Rezaei Tabar & Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Journal of Statistical Computation and Simulation (rok: 2021, tom: 91, strony: 2833-2853), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/00949655.2021.1909026 - link do publikacji
  27. ConsensuSV—from the whole-genome sequencing data to the complete variant list
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38/24, strony: 5440-5442), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac709 - link do publikacji
  28. Genome-wide analysis of 10664 SARS-CoV-2 genomes to identify virus strains in 73 countries based on single nucleotide polymorphism
    Autorzy:
    Nimisha Ghosh, Indrajit Saha, Nikhil Sharma, Suman Nandi, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Virus Research (rok: 2021, tom: 298, strony: 45676), Wydawca: Elsevier B.V.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.virusres.2021.198401 - link do publikacji
  29. ML-DTD: Machine Learning-Based Drug Target Discovery for the Potential Treatment of COVID-19
    Autorzy:
    Sovan Saha, Piyali Chatterjee, Anup Kumar Halder, Mita Nasipuri, Subhadip Basu, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Vaccines (rok: 2022, tom: 10, strony: 1643), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/vaccines10101643 - link do publikacji
  30. Potent but transient immunosuppression of T-cells is a general feature of CD71+ erythroid cells
    Autorzy:
    Tomasz M. Grzywa, Anna Sosnowska, Zuzanna Rydzynska, Michal Lazniewski, Dariusz Plewczynski, Klaudia Klicka, Milena Malecka-Gieldowska, Anna Rodziewicz-Lurzynska, Olga Ciepiela, Magdalena Justyniarska, Paulina Pomper, Marcin M. Grzybowski, Roman Blaszczyk, Michal Wegrzynowicz, Agnieszka Tomaszewska, Grzegorz Basak, Jakub Golab & Dominika Nowis
    Czasopismo:
    Communications Biology (rok: 2021, tom: 4, strony: 45676), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s42003-021-02914-4 - link do publikacji
  31. Consensus-based identification and comparative analysis of structural variants and their influence on 3D genome structure using long- and short-read sequencing technologies in polish families
    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Sachin Gadakh, Kaustav Sengupta, Karolina Jodkowska, Natalia Zawrotna, Jan Gawor, Michal Pietal, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Networks and Systems (rok: 2022, tom: 404, strony: 41-49), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-981-19-0105-8_5 - link do publikacji
  32. Potent but transient immunosuppression of T-cells is a general feature of CD71+ erythroid cells
    Autorzy:
    Tomasz M. Grzywa, Anna Sosnowska, Zuzanna Rydzynska, Michal Lazniewski, Dariusz Plewczynski, Klaudia Klicka, Milena Malecka-Gieldowska, Anna Rodziewicz-Lurzynska, Olga Ciepiela, Magdalena Justyniarska, Paulina Pomper, Marcin M. Grzybowski, Roman Blaszczyk, Michal Wegrzynowicz, Agnieszka Tomaszewska, Grzegorz Basak, Jakub Golab & Dominika Nowis
    Czasopismo:
    Communications Biology (rok: 2021, tom: 4, strony: 45676), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s42003-021-02914-4 - link do publikacji
  33. BERTrand-peptide:TCR binding prediction using Bidirectional Encoder Representations from Transformers augmented with random TCR pairing
    Autorzy:
    Alexander Myronov, Giovanni Mazzocco, Paulina Król, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39(8), strony: 468), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad468 - link do publikacji
  34. 3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics
    Autorzy:
    International Nucleome Consortium (Polina Belokopytova, Emil Viesná, Mateusz Chiliński, Yifeng Qi, Hossein Salari, Marco Di Stefano, Andrea Esposito, Mattia Conte, Andrea M. Chiariello, Vladimir B. Teif, Dariusz Plewczynski, Bin Zhang, Daniel Jost, Veniamin Fishman)
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50/W1, strony: W4-W12), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkac396 - link do publikacji
  35. Drug repurposing for identification of potential spike inhibitors for SARS-CoV-2 using molecular docking and molecular dynamics simulations
    Autorzy:
    Michal Lazniewski, Doni Dermawan, Syahrul Hidayat, Muchtaridi Muchtaridi, Wayne Dawson, Dariusz Plewczyński
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2022, tom: 203, strony: 498—510), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2022.02.004 - link do publikacji
  36. cudaMMC: GPU-enhanced multiscale Monte Carlo chromatin 3D modelling
    Autorzy:
    Michal Wlasnowolski, Pawel Grabowski, Damian Roszczyk, Krzysztof Kaczmarski, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: 588), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad588 - link do publikacji
  37. Multi-scale phase separation by explosive percolation with single chromatin loop resolution
    Autorzy:
    Kaustav Sengupta, Michał Denkiewicz, Mateusz Chiliński, Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah, Sevastianos Korsak, Raissa D'Souza, Yijun Ruan, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2022, tom: 20, strony: 3591-3603), Wydawca: Elsevier B.V.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2022.06.063 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy