Change language

Wyszukiwarka projektów

Przestrzenny model sieciowy zróżnicowania sekwencji i struktury genomu ludzkiego w skali populacyjnej

2019/35/O/ST6/02484

Słowa kluczowe

Deskryptory

  • ST6_013: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_012: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • NZ2_007: Bioinformatyka

Panel

ST6 – Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca

Politechnika Warszawska, Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki »

Kierownik projektu (z jednostki realizującej)

prof. Dariusz Michał Plewczyński

Liczba wykonawców projektu: 2

Konkurs

PRELUDIUM BIS 1 – ogłoszony 2019-09-16

Przyznana kwota
528 000 PLN
Rozpoczęcie projektu
2020-10-01
Zakończenie projektu
2025-06-30
Planowany czas trwania projektu
57 miesięcy (z wniosku)
Status projektu
Projekt zakończony

Opis projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

Publikacje w czasopismach (31)

  1. MCIBox: a toolkit for single-molecule multi-way chromatin interaction visualization and micro-domains identification

    Autorzy:
    Simon Zhongyuan Tian, Guoliang Li, Duo Ning, Kai Jing, Yewen Xu, Yang Yang, Melissa J Fullwood, Pengfei Yin, Guangyu Huang, Dariusz Plewczynski, Jixian Zhai, Ziwei Dai, Wei Chen, Meizhen Zheng
    Czasopismo:
    Briefings in Bioinformatics (rok: 2022, tom: 23, strony: bbac380), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/bib/bbac380 – link do publikacji

  2. Multi-scale phase separation by explosive percolation with single chromatin loop resolution

    Autorzy:
    Kaustav Sengupta, Michał Denkiewicz, Mateusz Chiliński, Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah, Sevastianos Korsak, Raissa D'Souza, Yijun Ruan, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2022, tom: 20, strony: 3591-3603), Wydawca: Elsevier B.V.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.csbj.2022.06.063 – link do publikacji

  3. Rule-Based Pruning and In Silico Identification of Essential Proteins in Yeast PPIN

    Autorzy:
    Anik Banik, Souvik Podder, Sovan Saha, Piyali Chatterjee, Anup Kumar Halder, Mita Nasipuri, Subhadip Basu, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Cells (rok: 2022, tom: 11, strony: 2648), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3390/cells11172648 – link do publikacji

  4. ML-DTD: Machine Learning-Based Drug Target Discovery for the Potential Treatment of COVID-19

    Autorzy:
    Sovan Saha, Piyali Chatterjee, Anup Kumar Halder, Mita Nasipuri, Subhadip Basu, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Vaccines (rok: 2022, tom: 10, strony: 1643), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3390/vaccines10101643 – link do publikacji

  5. Consensus-based identification and comparative analysis of structural variants and their influence on 3D genome structure using long- and short-read sequencing technologies in polish families

    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Sachin Gadakh, Kaustav Sengupta, Karolina Jodkowska, Natalia Zawrotna, Jan Gawor, Michal Pietal, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Networks and Systems (rok: 2022, tom: 404, strony: 41-49), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1007/978-981-19-0105-8_5 – link do publikacji

  6. FGVC8 based foliar diseases identification with use of multi-label classifiers

    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Piotr Góralewski, Tomasz Lehmann, Adam Nowacki, Justyna Stypułkowska
    Czasopismo:
    International Journal of Computer Information Systems and Industrial Management Applications (rok: 2022, tom: 14, strony: 92-99), Wydawca: Machine Intelligence Research Labs
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    link do publikacji

  7. A Gibbs sampler for learning DAG: a unification for discrete and Gaussian domains

    Autorzy:
    Hamid Zareifard, Vahid Rezaei Tabar & Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Journal of Statistical Computation and Simulation (rok: 2021, tom: 91, strony: 2833-2853), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1080/00949655.2021.1909026 – link do publikacji

  8. 3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics

    Autorzy:
    International Nucleome Consortium (Polina Belokopytova, Emil Viesná, Mateusz Chiliński, Yifeng Qi, Hossein Salari, Marco Di Stefano, Andrea Esposito, Mattia Conte, Andrea M. Chiariello, Vladimir B. Teif, Dariusz Plewczynski, Bin Zhang, Daniel Jost, Veniamin Fishman)
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50/W1, strony: W4-W12), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/nar/gkac396 – link do publikacji

  9. ConsensuSV—from the whole-genome sequencing data to the complete variant list

    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38/24, strony: 5440-5442), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/bioinformatics/btac709 – link do publikacji

  10. BERTrand-peptide:TCR binding prediction using Bidirectional Encoder Representations from Transformers augmented with random TCR pairing

    Autorzy:
    Alexander Myronov, Giovanni Mazzocco, Paulina Król, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39(8), strony: 468), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/bioinformatics/btad468 – link do publikacji

  11. NanoForms: an integrated server for processing, analysis and assembly of raw sequencing data of microbial genomes, from Oxford Nanopore technology

    Autorzy:
    Anna Czmil, Michal Wronski, Sylwester Czmil, Marta Sochacka-Pietal, Michal Cmil, Jan Gawor, Tomasz Wołkowicz, Dariusz Plewczynski, Dominik Strzalka, Michal Pietal
    Czasopismo:
    PeerJ (rok: 2022, tom: 10, strony: e13056), Wydawca: PeerJ
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.7717/peerj.13056 – link do publikacji

  12. Prediction of chromatin looping using deep hybrid learning (DHL)

    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Anup Kumar Halder, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Quantitative Biology (rok: 2023, tom: 2, strony: 155-162), Wydawca: Higher Education Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.15302/j-qb-022-0315 – link do publikacji

  13. Enhanced performance of gene expression predictive models with protein-mediated spatial chromatin interactions

    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Jakub Lipiński, Abhishek Agarwal, Yijun Ruan, Dariusz Plewczyński
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2023, tom: 13, strony: 11693), Wydawca: Springer Nature Limited
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s41598-023-38865-5 – link do publikacji

  14. Single-Hit Inactivation Drove Tumor Suppressor Genes Out of the X Chromosome during Evolution

    Autorzy:
    Xiansong Wang; Wei Hu; Xiangchun Li; Dan Huang; Qing Li; Hung Chan; Judeng Zeng; Chuan Xie; Huarong Chen; Xiaodong Liu; Tony Gin; Maggie Haitian Wang; Alfred Sze Lok Cheng; Wei Kang; Ka-Fai To; Dariusz Plewczynski; Qingpeng Zhang; Xiaoting Chen; Danny Cheuk Wing Chan; Ho Ko; Sunny Hei Wong; Jun Yu; Matthew Tak Vai Chan; Lin Zhang; William Ka Kei Wu
    Czasopismo:
    CANCER RESEARCH (rok: 2022, tom: 82, strony: 1482–1491), Wydawca: AACR
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1158/0008-5472.CAN-21-3458 – link do publikacji

  15. HiCDiffusion-diffusion-enhanced, transformer-based prediction of chromatin interactions from DNA sequences

    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczyński
    Czasopismo:
    bioRxiv (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1101/2024.02.01.578389 – link do publikacji

  16. Drug repurposing for identification of potential spike inhibitors for SARS-CoV-2 using molecular docking and molecular dynamics simulations

    Autorzy:
    Michal Lazniewski, Doni Dermawan, Syahrul Hidayat, Muchtaridi Muchtaridi, Wayne Dawson, Dariusz Plewczyński
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2022, tom: 203, strony: 498—510), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.ymeth.2022.02.004 – link do publikacji

  17. cudaMMC: GPU-enhanced multiscale Monte Carlo chromatin 3D modelling

    Autorzy:
    Michal Wlasnowolski, Pawel Grabowski, Damian Roszczyk, Krzysztof Kaczmarski, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: 588), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/bioinformatics/btad588 – link do publikacji

  18. 3D-GNOME 3.0: a three-dimensional genome modelling engine for analysing changes of promoter-enhancer contacts in the human genome

    Autorzy:
    Michal Wlasnowolski, Michal Kadlof, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: W5-W10), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1093/nar/gkad354 – link do publikacji

  19. Potent but transient immunosuppression of T-cells is a general feature of CD71+ erythroid cells

    Autorzy:
    Tomasz M. Grzywa, Anna Sosnowska, Zuzanna Rydzynska, Michal Lazniewski, Dariusz Plewczynski, Klaudia Klicka, Milena Malecka-Gieldowska, Anna Rodziewicz-Lurzynska, Olga Ciepiela, Magdalena Justyniarska, Paulina Pomper, Marcin M. Grzybowski, Roman Blaszczyk, Michal Wegrzynowicz, Agnieszka Tomaszewska, Grzegorz Basak, Jakub Golab & Dominika Nowis
    Czasopismo:
    Communications Biology (rok: 2021, tom: 4, strony: 46041), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s42003-021-02914-4 – link do publikacji

  20. Structural Variants and Implicated Processes Associated with Familial Tourette Syndrome

    Autorzy:
    Jakub P Fichna, Mateusz Chiliński, Anup Kumar Halder, Paweł Cięszczyk, Dariusz Plewczynski, Cezary Żekanowski, Piotr Janik
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2024, tom: 25, strony: 5758), Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3390/ijms25115758 – link do publikacji

  21. Improved cohesin HiChIP protocol and bioinformatic analysis for robust detection of chromatin loops and stripes

    Autorzy:
    Karolina Jodkowska, Zofia Parteka-Tojek, Abhishek Agarwal, Michal Denkiewicz, Sevastianos Korsak, Mateusz Chilinski, Krzysztof Banecki, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    bioRxiv (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1101/2024.05.16.594268 – link do publikacji

  22. PartSeg: a tool for quantitative feature extraction from 3D microscopy images for dummies

    Autorzy:
    Grzegorz Bokota, Jacek Sroka, Subhadip Basu, Nirmal Das, Pawel Trzaskoma, Yana Yushkevich, Agnieszka Grabowska, Adriana Magalska & Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 46037), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1186/s12859-021-03984-1 – link do publikacji

  23. Chromatin image-driven modelling

    Autorzy:
    Michał Kadlof, Krzysztof Banecki, Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.ymeth.2024.04.006 – link do publikacji

  24. ConsensuSV-ONT-a modern method for accurate structural variant calling

    Autorzy:
    Antoni Pietryga, Mateusz Chiliński, Sachin Gadakh, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    bioRxiv (rok: 2024, tom: -, strony: -), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1101/2024.07.26.605267 – link do publikacji

  25. Hematopoietic stem cells undergo a lymphoid to myeloid switch in early stages of emergency granulopoiesis

    Autorzy:
    Karolina Vanickova, Mirko Milosevic, Irina Ribeiro Bas, Monika Burocziova, Asumi Yokota, Petr Danek, Srdjan Grusanovic, Mateusz Chiliński, Dariusz Plewczyński, Jakub Rohlena, Hideyo Hirai, Katerina Rohlenova, Meritxell Alberich-Jorda
    Czasopismo:
    EMBO Journal (rok: 2023, tom: 23, strony: 46040), Wydawca: EMBO Press
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.15252/embj.2023113527 – link do publikacji

  26. From DNA human sequence to the chromatin higher order organisation and its biological meaning: Using biomolecular interaction networks to understand the influence of structural variation on spatial genome organisation and its functional effect

    Autorzy:
    Mateusz Chiliński, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Seminars in Cell & Developmental Biology (rok: 2021, tom: 121, strony: 171-185), Wydawca: Elsevier Ltd.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.semcdb.2021.08.007 – link do publikacji

  27. 3dSpAn: An interactive software for 3D segmentation and analysis of dendritic spines

    Autorzy:
    Nirmal Das, Ewa Baczynska, Monika Bijata, Blazej Ruszczycki, Andre Zeug, Dariusz Plewczynski, Punam Kumar Saha, Evgeni Ponimaskin, Jakub Wlodarczyk & Subhadip Basu
    Czasopismo:
    Neuroinformatics (rok: 2021, tom: -, strony: 46042), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1007/s12021-021-09549-0 – link do publikacji

  28. Genomic Marks Associated with Chromatin Compartments in the CTCF, RNAPII Loop and Genomic Windows

    Autorzy:
    Teresa Szczepińska, Ayatullah Faruk Mollah and Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 46035), Wydawca: MDPI, Basel, Switzerland
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3390/ijms222111591 – link do publikacji

  29. COVID-DeepPredictor: Recurrent Neural Network to Predict SARS-CoV-2 and Other Pathogenic Viruses

    Autorzy:
    Indrajit Saha, Nimisha Ghosh, Debasree Maity, Arjit Seal and Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Frontiers in Genetics (rok: 2021, tom: 12, strony: 46034), Wydawca: Frontiers Media S.A.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3389/fgene.2021.569120 – link do publikacji

  30. TBC1D24 emerges as an important contributor to progressive postlingual dominant hearing loss

    Autorzy:
    Dominika Oziębło, Marcin L. Leja, Michal Lazniewski, Anna Sarosiak, Grażyna Tacikowska, Krzysztof Kochanek, Dariusz Plewczynski, Henryk Skarżyński & Monika Ołdak
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 46036), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1038/s41598-021-89645-y – link do publikacji

  31. Genome-wide analysis of 10664 SARS-CoV-2 genomes to identify virus strains in 73 countries based on single nucleotide polymorphism

    Autorzy:
    Nimisha Ghosh, Indrajit Saha, Nikhil Sharma, Suman Nandi, Dariusz Plewczynski
    Czasopismo:
    Virus Research (rok: 2021, tom: 298, strony: 46041), Wydawca: Elsevier B.V.
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1016/j.virusres.2021.198401 – link do publikacji

« Nowe wyszukiwanie

Projekt graficzny i wykonanie: Jakub Piotrowski